AEA.lyx/layout: update templates/AEA.lyx

- make template compilable
- update it according to the latest AEA guidelines
- add 4 missing styles to the layout:
* \keywords
* \JEL
* figurenotes environment
* tablenotes environment

installer: fix an issue with 64bit MiKTeX

- splitindex did not work when 64bit-MiKTeX was used

listerrors.lyx: set default output to ps2pdf

ps2pdf dependency is hardcoded in the preamble, which is why
pdflatex and luatex are failing.

RJournal template now also works with latex

Before, only PDFs were being generated so latex did not compile.
Now, both PDF and EPS files are generated.

This is not efficient but could save the user some pain, which is
the goal of templates.

An alternative would be to set the default output to use pdflatex.

RJournal: use 'classic' decoration for email inset

This makes it clear that

  (1) the emails are in their own insets
  (2) the \email command is embedded in the \address command

RJournal: set ForcePlain to 'true' for email inset

This prevents the user from some mistakes, such as
embedding an itemize or ennumerate environment.

RJournal: change 'Address' Flex inset into a Style

This looks better and gives natural separation between multiple
authors.

RJournal: change 'Abstract' from a Flex to a Style

This looks more consistent with other templates to me.

RJournal template and layout: move ERTs to layout

The layout now takes care of \begin{article} and \end{article}
by using \AtBeginDocument and \AtEndDocument.

This cleans up the template a little by removing some ERT. The
user no longer needs to read the two notes explaining why the
ERT boxes were necessary. The user also does not need to think
about why this LaTeX environment exists.

RJournal.lyx: hardcoded shortcuts -> insets

This way if the shortcut changes or a user is using
a different bind file, the correct shortcut will appear.

RJournal.lyx: English tweaks

Add a layout and template for the R Journal

Patch by Yihui Xie.

New \cite_engine_type default.

The default citation capability of LaTeX is not a true numerical
citation engine, rather it uses a mixture of labels/numbers. Thus
we now distinguish them: "numerical" always increments the bibitem
counter and uses its value as a numerical citation label, while
"default" only uses the bibitem counter when no label is provided.

LyX file format incremented to 471.

Don't use widest label for numerical citations.

Fixes bug #8513.

Compute and output numbers for numerical citations.

Slowly going through the suggestion made by our headers script.

I tried not to kill "redundant" includes which are actually used
in the header, apology for mistakes.

installer: fix converter for HTML

- fix bug reported on the lyx-devel list that eLyXer could not be invoked if Python is not installed

* header_check.sh: filter headers; we should suspect only .h files.

* header_check.sh: fix error order

cmake:
1.) Do not include layout tests on MAC, since the
  linker-option which allows multiple definitions is
  no longer supported.
2.) Indenting made consistent

lyx::support::get_document_dir uses QDesktopServices::storageLocation and this is in QT_QTGUI_LIBRARY

Add a special regfile for filetools test on windows

* header_check.sh: forgot on exec flag

* header_check.sh: more tweaks

* header_check.sh: Apply new changes from Scott.

I see lot of errors like:
The following string was expected to be '.cpp' or '.h':
 LyX.cpp: In member function 'void lyx::LyX::printError(const lyx::ErrorItem&)':
Warning: the error was not parsed correctly.
The following string was expected to be '.cpp' or '.h':
 LyX.cpp: In function 'void lyx::error_handler(int)':

check_layout: Add more libraries

GuiAbout: Add missing include

Implement forced local layouts

These should be used if any new style needs to be introduced in the stable
2.1 series: If the ForceLocal flag of the style is set, it will always be
written to the document header, so that even older 2.1 versions can read
and correctly output the document.

InsetBox.cpp: remove unnecessary non-ASCII char

- this char made problems when storing the file in Unicode

UserGuide.lyx: next revision step

sec. 6.13 - 6.18

Fix check_layout and adhere casing to other tests

- Fixes cases such that it is the same as check_convert, check_filetools, check_listrings,
- Makes the compilation work on MSVC

Only show the configuration of theme icons on X11

Also hide the ui items in the constructor to prevent flickering.

qt5: Fix use of zlib using config.h

Revert "qt5: Fix use of zlib"

This reverts commits ba3332c6 and f96583e8.

Make the use of system's theme icons configurable

A lyxrc variable is added and a checkbox is added to the LyX->preferences
dialog.

Use system's theme icons

On X11 Qt offers the possibility to use the system's icons. To this end,
we must link the "lyx command" to a standard action icon as specified in:

http://standards.freedesktop.org/icon-naming-spec/icon-naming-spec-latest.html

Fix compilation

cmake: Try to make layout-tests available for MSVC too

qt5: Fix use of zlib

As Qt5 includes zlib as well, we have to use the same naming convention.

qt5: Treat wchar_t as a builtin type

Qt5 is compiled treating wchar_t as a builtin type, while Qt4 did not. So,
we have to do the same.

qt5: Only include a single header to fix compilation

Fix MSVC warnings

Finally also fix #6986 for autotools out-of-source builds.

configure.py: Check path accessibility before call to os.path.isfile.

If you have an unmounted dir, ac_dir, in your PATH, the call to

os.path.isfile( os.path.join(ac_dir, ac_word + ext) )

hangs. This is probably a python bug, but the result of configure.py
hanging and LyX freezing is really bad, hence this workaround.

According to the python docs, MacOS doesn't provide os.access();
the hasattr protection is used for this reason.

Add test for Layout::write() on cmake too
(For now runns only on unix platforms using gcc)

GuiMathMatrix.cpp: remove an unused header

- sorry, I accidentally added it in the last commit

GuiMathMatrix.cpp: fix bug #7049

- we should not fill the dialog comboBoxes in the .ui-files

Use [[Context]] for the msgid of some strings

Implement the use of [[Context]] for placeholders

When placeholders are used, the context can indicate what will be
substituted for the placeholder (e.g. "%1$s[[date]], %1$s[[time]]).

Add test for Layout::write()

When running the test, you'll get the following messages:

Testing ../../src/../lib/layouts/siamltex.layout...
Layout.cpp (268): Cannot copy unknown style `Enumerate'
Testing ../../src/../lib/layouts/svglobal.layout...
Cannot delete style `Dedication'
Testing ../../src/../lib/layouts/svjog.layout...
Cannot delete style `Dedication'
Testing ../../src/../lib/layouts/svprobth.layout...
Cannot delete style `Dedication'

These are no errors of Layout::write(), but they indicate problems in the
definition of the layout files.

Kornel, it would be nice if you could do the cmake part.

Add missing space in front of edition in generated bibentry.

Add modifier to jurabib and natbib (author-year) modules.

Natbib authoryear uses (Ref1; Ref2) by default.

I was confused when I checked this. It looks like plainnat.bst
overwrites this default to use [Ref1, Ref2] style instead, but
when using natbib's defaults you get the (Ref1; Ref2) style.

Initialize BibTeXInfo modifier to zero, always.

Get font sizes working for XHTML.

Get font families working for XHTML.

XHTML support for font shapes.

Rework that way that font tags are handled in XHTML output. We need
to do this in order to handle span tags properly, when they act as
font tags.

Rework the way the parsep tag is handled, and introduce comparison
operators for these tags.

Rework how paragraph ids are handled.

Previously, an empty paragraph would always yield something like:
<div><a id='magicparid-35' /></div>
because we had no way to "defer" the anchor tag. Now this is wrapped
into the div, in effect, and we abandon it all if there's no content.

Reorganize the TagStack objects.

* sk.po

Translate build version strings

Remove the 'running' booleans quit and optional

Reason for this 'cleanup' is the strange "optional = false" lines at the
end of the "case md_item" and "case md_subitem". Then, it is nicer to
directly use the value of the switch to be the running variable and to use
this to determine whether an item is optional and whether we should quit.

Fix assert: Do not use translated names as keys

The panels in GuiDocument and GuiPrefs are stored in a map. The keys are
the translated descriptions of these panels. Whenever someone changes the
gui language and reopens the Document Settings pane, LyX asserted because
it could not find the "Child Documents" pane.

Add a function to translate QStrings

Fix crash with FindAndReplaceUi

In commit bd9e8fecd the currentIndex of the FindAndReplaceAdv Pane was
changed from 0 to 1. Since then LyX crashed when requesting the pane or
when changing LyX preferences.

This patch reverts this, although it is not clear why it would crash
otherwise. It is still committed like this, because LyX is unusable
without.

Remove ; from end of function definitions

UserGuide.lyx: next revision step

- sec. 6.7 - 6.13

Make the different paste menu items optional

This was suggested by Jean-Marc some time ago, and I simply forgot to apply.
With this change you do not see unusable menu entries like linkback on linux
anymore. I also added an entry for emf, since this will be quite useful on
windows.

This probably doesn't matter, but the reason for bug #8666 traces,
ultimately, to the layout conversion for format 2.

Fix bug #8666. Parts should have toclevel -1.

A lot of this involves removing toclevel tags. They got introduced
by the automatic update of some layout files to format 19.

PageLayoutUi.ui: use a more sensible option name

Math.lyx: fix a typo

GuiMathMatrix.cpp: fix a compiler warning

Remove cruft

Another try at making the source view dock arrange itself.

The idea is to minimize the size of the form that contains the buttons.

Since I do not really know what I am doing, I will revert if problems occur.

Small clanup (just move functions around)

Fix bug 6055: change-next does not work in tables

The problem was just the faulty use of CursorSlice::at_begin/end(), which does not look for end of cell, but end of inset.

Revert "tex2lyx/text.cpp: fix a typo spotted by clang"

This reverts commit 055b425b646e748e0c35f0eef89e03e6126a143d.

This requires much more work and i don't have time to do this now

tex2lyx/text.cpp: fix a typo spotted by clang

GuiBox.cpp: fix a dialog initialization issue

thanks Jean-Marc for the hint

Automatic horiz/vert switch also for Advanced Tab (completing e3677975).

Automatic horiz/vert switch of layout when docking Advanced F&R pane top-bottom/left-right (copying 49c2450f).

Add layout intelligence to View Source pane (bug #8653).

View Source pane layout now automatically switches between horizontal
and vertical design when docked in vertical or horizontal way.

Original idea and patch from Edwin.

http://www.mail-archive.com/lyx-devel@lists.lyx.org/msg178801.html

Note: the long standing-fight with too bulky minimal QTextEdit size
is now solved via ViewSourceUi.sizePolicy=Ignored.

Set "dryrun" to true for XHTML copying routine. This suppresses
the production of images, etc, making copying even the entire
User's Guide and almost instantaneous operation.

ViewSourceUi.ui layout was broken

Comment.

UserGuide.lyx: next revision step

- revised sec. 6 - 6.6
- describe longest label feature for bibliography environment

Don't consider unnumbered sections for tocdepth.

header_check.sh: allow exclusion of common headers

Continuing to address #6305

Minor cleanup.

The update here needs doing no matter what.

This fixes a bug introduced in db358a4315.

installer: fix an issue

- also take care of emergency releases when updating LyX
- add some prerequisites for a new feature

Re-rename. The last renaming broke monolithic compilation.

Make strings used in various assertions non-static.

Even more llvm/clang warnings

Remove lyxview_ member of lyx::Action, fix a prototype in TexStream and comment out a Cursor function.

More llvm/clang warnings

This is mostly unused private class members.

There are also a few unused functions that got #if'ed out. I never know in this case whether the code should be nuked.

A first batch of potential bugs spotted by llvm/clang

There are more warnings left, but these are the easiest to fix. And some of them are real bugs (assignments with == instead of =).

Remove some header leftovers based on Scott's script hints.

False positive rate of hints is quite high. Although the includes can be
technically removed (due to other includes) they logically belong to the
header.