]> git.lyx.org Git - lyx.git/blobdiff - lib/templates/JSS-article.lyx
Update docs to 2.3.0alpha1 format
[lyx.git] / lib / templates / JSS-article.lyx
index a55dc796fc8b7c5cbdf5ccdbb5b1b35ffc34837e..12b8785720e869af2cfe196803c9bb00941a54a7 100644 (file)
-#LyX 1.6.0svn created this file. For more info see http://www.lyx.org/\r
-\lyxformat 341\r
-\begin_document\r
-\begin_header\r
-\textclass jss\r
-\begin_preamble\r
-%the following commands are used only for articles and codesnippets\r
-\r
-\author{First Author\\Affiliation of the first author \And \r
-        Second Author\\Affiliation of the second author \AND\r
-        Third Author\\Affiliation of the third author}\r
-\title{Article About the Use of Package \pkg{foo} in \proglang{R}}\r
-\r
-% the same as above, without any formatting\r
-\Plainauthor{First Author, Second Author, Third author}\r
-\Plaintitle{Article About the Use of Package foo in R} \r
-%if necessary, provide a short title\r
-\Shorttitle{Package foo in R} \r
-\r
-\Abstract{This is the abstract of the article.}\r
-%at least one keyword is needed\r
-\Keywords{keyword 1, keyword 2, \pkg{foo}, \proglang{R}}\r
-%the same as above, without any formatting\r
-\Plainkeywords{keyword 1, keyword 2, foo, R} \r
-\r
-%the following commands are used only for book or software reviews\r
-\r
-%\Reviewer{Some Author\\University of Somewhere}\r
-%\Plainreviewer{Some Author}\r
-\r
-%the following commands are used only for book reviews\r
-%\Booktitle{LyX and \proglang{R}: Secrets of the LyX Master}\r
-%\Bookauthor{Book Author}\r
-%\Pubyear{2008}\r
-%\ISBN{0-12345-678-9}\r
-%\Pages{500}\r
-\r
-%the following command is used only for software reviews\r
-%\Softwaretitle{\proglang{gretl 1.7.4}}\r
-\r
-%the following commands are used only for book or software reviews\r
-%\Publisher{LyX Publishing Inc.}\r
-%\Pubaddress{LyX City}\r
-%\Price{USD 59.95 (P), USD 99.95 (H)}\r
-%\URL{http://www.lyx.org/}\r
-\r
-%without any formatting\r
-%\Plaintitle{LyX and R: Secrets of the LyX Master}\r
-%\Shorttitle{LyX and R}\r
-\r
-%the following commands are used for articles, codesnippets, book reviews and software reviews\r
-\r
-%publication information\r
-%do not use these commands before the article has been accepted\r
-%\Volume{00}\r
-%\Issue{0}\r
-%\Month{Month}\r
-%\Year{2000}\r
-%\Submitdate{2000-00-00}\r
-%\Acceptdate{2000-00-00}\r
-\r
-%The address of at least one author should be given in the following format\r
-\Address{\r
-  First Author\\\r
-  Department of Statistics\\\r
-  University of Somewhere\\\r
-  Somewhere, Somecountry\\\r
-  E-mail: \email{first.author@lyx.org}\\\r
-  URL: \url{http://www.lyx.org}\r
-}\r
-%you can add a telephone and fax number before the e-mail in the format\r
-%Telephone: +12/3/4567-89\r
-%Fax: +12/3/4567-89\r
-\r
-%if you use Sweave,  include the following line (with % symbols):\r
-%% need no \usepackage{Sweave.sty}\r
-\end_preamble\r
-\options article\r
-\language english\r
-\inputencoding auto\r
-\font_roman default\r
-\font_sans default\r
-\font_typewriter default\r
-\font_default_family default\r
-\font_sc false\r
-\font_osf false\r
-\font_sf_scale 100\r
-\font_tt_scale 100\r
-\r
-\graphics default\r
-\paperfontsize default\r
-\spacing single\r
-\use_hyperref false\r
-\papersize default\r
-\use_geometry false\r
-\use_amsmath 0\r
-\use_esint 0\r
-\cite_engine natbib_authoryear\r
-\use_bibtopic false\r
-\paperorientation portrait\r
-\secnumdepth 3\r
-\tocdepth 3\r
-\paragraph_separation indent\r
-\defskip medskip\r
-\quotes_language english\r
-\papercolumns 1\r
-\papersides 1\r
-\paperpagestyle default\r
-\tracking_changes false\r
-\output_changes false\r
-\author "" \r
-\author "" \r
-\end_header\r
-\r
-\begin_body\r
-\r
-\begin_layout Standard\r
-\begin_inset Note Note\r
-status open\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-This is a template LyX file for an article written using the Journal of\r
- Statistical Software (JSS) LaTeX style file, which can be downloaded from\r
- http://www.jstatsoft.org/downloads/JSSstyle.zip.\r
- These files have to be installed before this template can be used.\r
- Consult chapter 5.1 in the LyX Customization manual.\r
- See also the documentation included with the JSS LaTeX style file.\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-Note that title, author, address, abstract, keywords etc for this article\r
- style are written in the LaTeX preamble (accessed from Document\SpecialChar \menuseparator\r
-Settings...\SpecialChar \menuseparator\r
-LaTeX\r
- Preamble).\r
\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-To use the JSS codesnippet, bookreview or softwarereview styles, replace\r
- the option \r
-\begin_inset Quotes eld\r
-\end_inset\r
-\r
-article\r
-\begin_inset Quotes erd\r
-\end_inset\r
-\r
- in Document\SpecialChar \menuseparator\r
-Settings...\SpecialChar \menuseparator\r
-Document Class\SpecialChar \menuseparator\r
-Options with \r
-\begin_inset Quotes eld\r
-\end_inset\r
-\r
-codesnippet\r
-\begin_inset Quotes erd\r
-\end_inset\r
-\r
-, \r
-\begin_inset Quotes eld\r
-\end_inset\r
-\r
-bookreview\r
-\begin_inset Quotes erd\r
-\end_inset\r
-\r
- or \r
-\begin_inset Quotes eld\r
-\end_inset\r
-\r
-softwarereview\r
-\begin_inset Quotes erd\r
-\end_inset\r
-\r
- and remove/uncomment the relevant parts in the LaTeX Preamble.\r
\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-If you want to use this JSS article style for a non-JSS article, replace\r
- the option \r
-\begin_inset Quotes eld\r
-\end_inset\r
-\r
-article\r
-\begin_inset Quotes erd\r
-\end_inset\r
-\r
- with \r
-\begin_inset Quotes eld\r
-\end_inset\r
-\r
-nojss\r
-\begin_inset Quotes erd\r
-\end_inset\r
-\r
-.\r
- This will suppress the JSS-specic parts of the layout.\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-To include the JSS-specific parts of the layout, the article has to be processed\r
- with PDF, i.e.\r
- you cannot process it with DVI or PS.\r
- However, if the option \r
-\begin_inset Quotes eld\r
-\end_inset\r
-\r
-nojss\r
-\begin_inset Quotes erd\r
-\end_inset\r
-\r
- is used, it can be processed with DVI or PS.\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
-\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Section\r
-\begin_inset Note Note\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-The opt field provides bookmarks for PDF files\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
-\r
-\begin_inset OptArg\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-About package foo in R\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
-About package \r
-\begin_inset ERT\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-pkg\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
-\r
-\begin_inset ERT\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-{\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
-foo\r
-\begin_inset ERT\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-}\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
- in \r
-\begin_inset ERT\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-proglang\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
-\r
-\begin_inset ERT\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-{\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
-R\r
-\begin_inset ERT\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-}\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
-\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Standard\r
-The special JSS style commands related to software and mathematical formulas\r
- are written as follows in LyX: \r
-\begin_inset ERT\r
-status open\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-proglang{R}\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
- or \r
-\begin_inset ERT\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-proglang{\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
-R\r
-\begin_inset ERT\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-}\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
- for the names of programming languages, \r
-\begin_inset ERT\r
-status open\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-pkg{foo}\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
- or \r
-\begin_inset ERT\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-pkg{\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
-foo\r
-\begin_inset ERT\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-}\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
- for software packages, and \r
-\begin_inset ERT\r
-status open\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-code{some code}\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
- or \r
-\begin_inset ERT\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-pkg{\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
-some code\r
-\begin_inset ERT\r
-status collapsed\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-}\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
- for code; \r
-\begin_inset Formula $\E$\r
-\end_inset\r
-\r
\r
-\begin_inset Note Note\r
-status open\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-written as \r
-\backslash\r
-E\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
- for expectations, \r
-\begin_inset Formula $\VAR$\r
-\end_inset\r
-\r
\r
-\begin_inset Note Note\r
-status open\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-written as \r
-\backslash\r
-VAR\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
- for variances, \r
-\begin_inset Formula $\COV$\r
-\end_inset\r
-\r
\r
-\begin_inset Note Note\r
-status open\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-written as \r
-\backslash\r
-COV\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
- for covariances, and \r
-\begin_inset Formula $\Prob$\r
-\end_inset\r
-\r
\r
-\begin_inset Note Note\r
-status open\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-written as \r
-\backslash\r
-Prob\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
- for probabilities.\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Standard\r
-Writing several lines of code: \r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Standard\r
-\begin_inset ERT\r
-status open\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-begin{CodeChunk}\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-begin{Code}\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-first line of code\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-second line of code\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-third line of code\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-end{Code}\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-end{CodeChunk}\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
-\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Standard\r
-Alternatively, you can distinguish between input and output code:\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Standard\r
-\begin_inset ERT\r
-status open\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-begin{CodeChunk}\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-begin{CodeInput}\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-first line of input code\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-second line of input code\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-end{CodeInput}\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-begin{CodeOutput}\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-first line of output code\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-second line of output code\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-third line of output code\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-end{CodeOutput}\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Plain Layout\r
-\r
-\r
-\backslash\r
-end{CodeChunk}\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_inset\r
-\r
-\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Section*\r
-Acknowledgments\r
-\end_layout\r
-\r
-\begin_layout Standard\r
-Here you can write some acknowledgments.\r
-\end_layout\r
-\r
-\end_body\r
-\end_document\r
+#LyX 2.3 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
+\lyxformat 541
+\begin_document
+\begin_header
+\save_transient_properties true
+\origin /systemlyxdir/templates/
+\textclass jss
+\begin_preamble
+%the following commands are used only for book or software reviews
+
+%\Reviewer{Some Author\\University of Somewhere}
+%\Plainreviewer{Some Author}
+
+%the following commands are used for articles, codesnippets, book reviews and software reviews
+
+%publication information
+%do not use these commands before the article has been accepted
+%\Volume{00}
+%\Issue{0}
+%\Month{Month}
+%\Year{2000}
+%\Submitdate{2000-00-00}
+%\Acceptdate{2000-00-00}
+
+%if you use Sweave,  include the following line (with % symbols):
+%% need no \usepackage{Sweave.sty}
+\end_preamble
+\options article
+\use_default_options false
+\maintain_unincluded_children false
+\language english
+\language_package default
+\inputencoding auto
+\fontencoding global
+\font_roman "default" "default"
+\font_sans "default" "default"
+\font_typewriter "default" "default"
+\font_math "auto" "auto"
+\font_default_family default
+\use_non_tex_fonts false
+\font_sc false
+\font_osf false
+\font_sf_scale 100 100
+\font_tt_scale 100 100
+\use_microtype false
+\use_dash_ligatures true
+\graphics default
+\default_output_format pdf2
+\output_sync 0
+\bibtex_command default
+\index_command default
+\paperfontsize default
+\spacing single
+\use_hyperref false
+\papersize default
+\use_geometry false
+\use_package amsmath 1
+\use_package amssymb 1
+\use_package cancel 1
+\use_package esint 1
+\use_package mathdots 1
+\use_package mathtools 1
+\use_package mhchem 1
+\use_package stackrel 1
+\use_package stmaryrd 1
+\use_package undertilde 1
+\cite_engine natbib
+\cite_engine_type authoryear
+\biblio_style plainnat
+\use_bibtopic false
+\use_indices false
+\paperorientation portrait
+\suppress_date false
+\justification true
+\use_refstyle 0
+\index Index
+\shortcut idx
+\color #008000
+\end_index
+\secnumdepth 3
+\tocdepth 3
+\paragraph_separation indent
+\paragraph_indentation default
+\is_math_indent 0
+\quotes_style english
+\papercolumns 1
+\papersides 1
+\paperpagestyle default
+\tracking_changes false
+\output_changes false
+\html_math_output 0
+\html_css_as_file 0
+\html_be_strict false
+\end_header
+
+\begin_body
+
+\begin_layout Standard
+\begin_inset Note Note
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+This is a template \SpecialChar LyX
+ file for articles to be submitted to the Journal of
+ Statistical Software (JSS).
+ How to install the JSS \SpecialChar LaTeX
+ class to your \SpecialChar LaTeX
+ system is explained in 
+\begin_inset Flex URL
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+
+http://wiki.lyx.org/Layouts/JSS
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+.
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\begin_inset Note Note
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+To use the JSS codesnippet, bookreview or softwarereview styles, replace
+ the option 
+\begin_inset Quotes eld
+\end_inset
+
+article
+\begin_inset Quotes erd
+\end_inset
+
+ in Document\SpecialChar menuseparator
+Settings\SpecialChar menuseparator
+Document Class\SpecialChar menuseparator
+Options with 
+\begin_inset Quotes eld
+\end_inset
+
+codesnippet
+\begin_inset Quotes erd
+\end_inset
+
+, 
+\begin_inset Quotes eld
+\end_inset
+
+bookreview
+\begin_inset Quotes erd
+\end_inset
+
+ or 
+\begin_inset Quotes eld
+\end_inset
+
+softwarereview
+\begin_inset Quotes erd
+\end_inset
+
+ and remove/uncomment the relevant parts in the \SpecialChar LaTeX
+ Preamble.
+\end_layout
+
+\begin_layout Plain Layout
+If you want to use this JSS article style for a non-JSS article, replace
+ the option 
+\begin_inset Quotes eld
+\end_inset
+
+article
+\begin_inset Quotes erd
+\end_inset
+
+ with 
+\begin_inset Quotes eld
+\end_inset
+
+nojss
+\begin_inset Quotes erd
+\end_inset
+
+.
+ This will suppress the JSS-specific parts of the layout.
+\end_layout
+
+\begin_layout Plain Layout
+To include the JSS-specific parts of the layout, the article has to be processed
+ with PDF, i.
+\begin_inset space \thinspace{}
+\end_inset
+
+e.
+\begin_inset space ~
+\end_inset
+
+you cannot process it with DVI or PS.
+ However, if the option 
+\begin_inset Quotes eld
+\end_inset
+
+nojss
+\begin_inset Quotes erd
+\end_inset
+
+ is used, it can be processed with DVI or PS.
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\end_layout
+
+\begin_layout Title
+A Capitalized Title: Something about a Package 
+\begin_inset Flex Pkg
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+foo
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\end_layout
+
+\begin_layout Plain Title
+A Capitalized Title: Something about a Package foo
+\begin_inset Note Note
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+optional
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\end_layout
+
+\begin_layout Author
+Achim Zeileis
+\begin_inset Newline newline
+\end_inset
+
+Universität Innsbruck 
+\begin_inset ERT
+status collapsed
+
+\begin_layout Plain Layout
+
+
+\backslash
+And 
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+Second Author
+\begin_inset Newline newline
+\end_inset
+
+Plus Affiliation
+\end_layout
+
+\begin_layout Plain Author
+Achim Zeileis, Second Author
+\begin_inset Note Note
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+optional
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\end_layout
+
+\begin_layout Short Title
+\begin_inset Flex Pkg
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+foo
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+: A Capitalized Title
+\begin_inset Note Note
+status collapsed
+
+\begin_layout Plain Layout
+only if necessary
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\end_layout
+
+\begin_layout Abstract
+\noindent
+The abstract of the article.
+ The abstract of the article.The abstract of the article.The abstract of the
+ article.The abstract of the article.The abstract of the article.The abstract
+ of the article.The abstract of the article.The abstract of the article.The
+ abstract of the article.The abstract of the article.The abstract of the article.Th
+e abstract of the article.The abstract of the article.The abstract of the
+ article.The abstract of the article.The abstract of the article.
+\end_layout
+
+\begin_layout Keywords
+keywords, comma-separated, not capitalized, 
+\begin_inset Flex Proglang
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+Java
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\begin_inset Note Note
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+at least one keyword must be supplied
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\end_layout
+
+\begin_layout Plain Keywords
+keyword 1, keyword 2, foo, R
+\end_layout
+
+\begin_layout Address
+Achim Zeileis
+\begin_inset Newline newline
+\end_inset
+
+Department of Statistics and Mathematics
+\begin_inset Newline newline
+\end_inset
+
+Faculty of Economics and Statistics
+\begin_inset Newline newline
+\end_inset
+
+Universität Innsbruck
+\begin_inset Newline newline
+\end_inset
+
+6020 Innsbruck, Austria
+\begin_inset Newline newline
+\end_inset
+
+E-mail: 
+\begin_inset Flex E-mail
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+
+Achim.Zeileis@uibk.ac.at
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\begin_inset Newline newline
+\end_inset
+
+URL: 
+\begin_inset Flex URL
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+
+http://eeecon.uibk.ac.at/~zeileis/
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\begin_inset Note Note
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+It is also possible to add a telephone and fax number before the e-mail
+ in the following format:
+\begin_inset Newline newline
+\end_inset
+
+Telephone: +43/512/507-7103
+\end_layout
+
+\begin_layout Plain Layout
+Fax: +43/512/507-2851
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\end_layout
+
+\begin_layout Section
+About package 
+\begin_inset Flex Pkg
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+foo
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+ in 
+\begin_inset Flex Proglang
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+R
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\begin_inset Argument 1
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+About package foo in R
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\begin_inset Note Note
+status collapsed
+
+\begin_layout Plain Layout
+The short title provides bookmarks for PDF files
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\end_layout
+
+\begin_layout Standard
+The special JSS style commands related to software and mathematical formulas
+ are written as follows in \SpecialChar LyX
+: 
+\begin_inset Flex Proglang
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+R
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+ or 
+\begin_inset Flex Proglang
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+R
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+ for the names of programming languages, 
+\begin_inset Flex Pkg
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+foo
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+ or 
+\begin_inset Flex Pkg
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+foo
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+ for software packages, and 
+\begin_inset Flex Code
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+some code
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+ or 
+\begin_inset Flex Pkg
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+some code
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+ for code; 
+\begin_inset Formula $\E$
+\end_inset
+
+\begin_inset Note Note
+status collapsed
+
+\begin_layout Plain Layout
+written as 
+\backslash
+E
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+ for expectations, 
+\begin_inset Formula $\VAR$
+\end_inset
+
+\begin_inset Note Note
+status collapsed
+
+\begin_layout Plain Layout
+written as 
+\backslash
+VAR
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+ for variances, 
+\begin_inset Formula $\COV$
+\end_inset
+
+\begin_inset Note Note
+status collapsed
+
+\begin_layout Plain Layout
+written as 
+\backslash
+COV
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+ for covariances, and 
+\begin_inset Formula $\Prob$
+\end_inset
+
+\begin_inset Note Note
+status collapsed
+
+\begin_layout Plain Layout
+written as 
+\backslash
+Prob
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+ for probabilities.
+\end_layout
+
+\begin_layout Standard
+Writing several lines of code:
+\end_layout
+
+\begin_layout Standard
+\begin_inset Flex Code Chunk
+status open
+
+\begin_layout Code
+
+first line of code
+\end_layout
+
+\begin_layout Code
+
+second line of code
+\end_layout
+
+\begin_layout Code
+
+third line of code
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\end_layout
+
+\begin_layout Standard
+Alternatively, you can distinguish between input and output code:
+\end_layout
+
+\begin_layout Standard
+\begin_inset Flex Code Chunk
+status open
+
+\begin_layout Code Input
+
+first line of input code
+\end_layout
+
+\begin_layout Code Input
+
+second line of input code
+\end_layout
+
+\begin_layout Code Output
+
+first line of output code
+\end_layout
+
+\begin_layout Code Output
+
+second line of output code
+\end_layout
+
+\begin_layout Code Output
+
+third line of output code
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+
+\end_layout
+
+\begin_layout Section*
+Acknowledgments
+\end_layout
+
+\begin_layout Standard
+Here you can write some acknowledgments.
+\end_layout
+
+\begin_layout Section
+\start_of_appendix
+This is the first appendix section
+\end_layout
+
+\begin_layout Subsection
+A subsection
+\end_layout
+
+\begin_layout Subsubsection
+A subsubsection
+\end_layout
+
+\begin_layout Standard
+some text
+\end_layout
+
+\end_body
+\end_document