]> git.lyx.org Git - lyx.git/blobdiff - lib/doc/Additional.lyx
Fix # 8414: Use the noweb module instead of literate-* article layouts
[lyx.git] / lib / doc / Additional.lyx
index aba8f0d2698d570b7ed0fcb0505b2b120a0ed8a1..a4d0c2186555008718d5aec633ee180dbbcbacd0 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #LyX 2.1 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
-\lyxformat 417
+\lyxformat 447
 \begin_document
 \begin_header
 \textclass scrbook
@@ -38,6 +38,7 @@
 
 % extra space for tables
 \newcommand{\extratablespace}[1]{\noalign{\vskip#1}}
+\usepackage{enumitem}
 \end_preamble
 \options fleqn,bibliography=totoc,index=totoc,BCOR7.5mm,titlepage,captions=tableheading
 \use_default_options false
@@ -70,13 +71,13 @@ End
 \font_roman default
 \font_sans default
 \font_typewriter default
+\font_math auto
 \font_default_family default
 \use_non_tex_fonts false
 \font_sc false
 \font_osf false
 \font_sf_scale 100
 \font_tt_scale 100
-
 \graphics default
 \default_output_format default
 \output_sync 0
@@ -101,16 +102,21 @@ End
 \pdf_quoted_options "linkcolor=black, citecolor=black, urlcolor=blue, filecolor=blue, pdfpagelayout=OneColumn, pdfnewwindow=true, pdfstartview=XYZ, plainpages=false"
 \papersize default
 \use_geometry false
-\use_amsmath 1
-\use_esint 0
-\use_mhchem 1
-\use_mathdots 1
-\use_undertilde 1
+\use_package amsmath 1
+\use_package amssymb 1
+\use_package esint 0
+\use_package mathdots 1
+\use_package mathtools 0
+\use_package mhchem 1
+\use_package undertilde 0
 \cite_engine basic
+\cite_engine_type numerical
+\biblio_style plain
 \use_bibtopic false
 \use_indices false
 \paperorientation portrait
 \suppress_date false
+\justification true
 \use_refstyle 0
 \notefontcolor #0000ff
 \index Index
@@ -125,11 +131,12 @@ End
 \papercolumns 1
 \papersides 2
 \paperpagestyle headings
-\tracking_changes false
+\tracking_changes true
 \output_changes false
 \html_math_output 0
 \html_css_as_file 0
 \html_be_strict true
+\author 819523532 "Kayvan Sylvan" 
 \end_header
 
 \begin_body
@@ -193,7 +200,7 @@ This manual is essentially Part II of the
 User's Guide\SpecialChar \@.
 
 \emph default
- The reason for separating this document out is simple: the 
+ The reason for separating the two documents is simple: the 
 \emph on
 User's Guide
 \emph default
@@ -688,6 +695,12 @@ Insert\SpecialChar \menuseparator
 TeX Code
 \end_layout
 
+\end_inset
+
+ or the keyboard shortcut 
+\begin_inset Info
+type  "shortcut"
+arg   "ert-insert"
 \end_inset
 
 .
@@ -711,7 +724,7 @@ begin{minipage}{5cm}
 \begin_inset Newline newline
 \end_inset
 
-This is an example for a minipage environment.
+This is an example of a minipage environment.
  You 
 \begin_inset Newline newline
 \end_inset
@@ -799,11 +812,15 @@ TeX Code
  box containing this text is directly after this paragraph.
  Those of you reading the manual in LyX will only see the TeX code inset.
  Those reading a printed version of the manuals will see the actual results:
+\begin_inset VSpace bigskip
+\end_inset
+
+
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \begin_inset ERT
-status collapsed
+status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
@@ -821,7 +838,7 @@ begin{minipage}{5cm}
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-This is an example for a minipage environment.
+This is an example of a minipage environment.
  You can put nearly everything in it, even (non-floating) figures and tables.
  
 \end_layout
@@ -896,6 +913,10 @@ end{tabular}
 \end_inset
 
 
+\begin_inset VSpace bigskip
+\end_inset
+
+
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -957,7 +978,7 @@ does not
 \end_layout
 
 \begin_layout Itemize
-Beware reinventing the wheel.
+Beware of reinventing the wheel.
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -1038,6 +1059,8 @@ Declare the usage of packages.
 
 LaTeX packages provide special commands, which are only available within
  a document when the package has been declared in the preamble.
+ In addition to providing special commands, the inclusion of a package can
+ change the document.
  For example, the package 
 \begin_inset Flex Code
 status collapsed
@@ -1059,13 +1082,13 @@ Set counters, variables, lengths and widths.
 \begin_inset Newline newline
 \end_inset
 
-There are several LaTeX counters and variables which 
+There are several LaTeX counters and variables that 
 \emph on
 must
 \emph default
  be set globally from within the preamble in order to have the desired effect.
- (There are variables which you can set and reset inside the document, too.)
- Margins are a good example of something which must be set in the preamble.
+ (There are variables that you can set and reset inside the document, too.)
+ Margins are a good example of something that must be set in the preamble.
  Another example is the label format for lists.
  You can actually set these just about anywhere, but it's best to do it
  just once, inside the preamble.
@@ -1564,7 +1587,7 @@ LyX and LaTeX Errors
 When LyX calls LaTeX, it tells LaTeX to blithely ignore any errors and keep
  going.
  It then uses the logfile from the LaTeX run to do a post-mortem.
- After analyzing the logfile,LyX displays a dialog listing the errors.
+ After analyzing the logfile, LyX displays a dialog listing the errors.
  Clicking on any one of them will take you to the position in your LyX file
  where the error occurred.
 \begin_inset Foot
@@ -1783,7 +1806,7 @@ Warnings about troubles breaking the page.
 status collapsed
 
 \begin_layout Plain Layout
- LaTeX Error: File 
+LaTeX Error: File 
 \begin_inset Quotes els
 \end_inset
 
@@ -2173,7 +2196,7 @@ natbib
 
 \end_inset
 
-, than the established 
+, then the established 
 \begin_inset Flex Code
 status collapsed
 
@@ -2472,7 +2495,7 @@ scientific.bib
 
 .
  You are free to use the same or different styles for each section.
- Additionally, you can chose if the bibliography section should contain
+ Additionally, you can choose if the bibliography section should contain
  
 \begin_inset Quotes eld
 \end_inset
@@ -2535,7 +2558,7 @@ bibtopic
 
 \end_inset
 
- removes the bibliography title, you have manually re-add that, too (as
+ removes the bibliography title, you have to manually re-add that, too (as
  a chapter* or section*, for instance).
 \end_layout
 
@@ -2680,7 +2703,7 @@ end{btUnit}
 \end_inset
 
  (those commands have to be inserted as TeX code).
- The bibliography will contain all references which have been cited in the
+ The bibliography will contain all references that have been cited in the
  current 
 \begin_inset Flex Code
 status collapsed
@@ -2757,7 +2780,7 @@ master
 \begin_inset space \thinspace{}
 \end_inset
 
-g.
+e.
 \begin_inset space \space{}
 \end_inset
 
@@ -2857,7 +2880,7 @@ input
 \end_inset
 
  is really only meaningful to LaTeXperts, but the practical difference is
- that files which are 
+ that files that are 
 \begin_inset Quotes eld
 \end_inset
 
@@ -2865,7 +2888,7 @@ included
 \begin_inset Quotes erd
 \end_inset
 
- are typeset beginning on a new page, while files which are 
+ are typeset beginning on a new page, while files that are 
 \begin_inset Quotes eld
 \end_inset
 
@@ -2878,7 +2901,7 @@ inputted
 
 \begin_layout Standard
 Generally, the master file is converted into a full LaTeX file before typesettin
-g, while the included files are converted to LaTeX files which do not have
+g, while the included files are converted to LaTeX files that do not have
  all the preamble information.
 \end_layout
 
@@ -2896,7 +2919,7 @@ verbatim
 \begin_inset space \thinspace{}
 \end_inset
 
-g.
+e.
 \begin_inset space \space{}
 \end_inset
 
@@ -2974,7 +2997,7 @@ It is possible to set up cross-references between the different files.
  First, open all the files in question: let's call them A and B in a two
  file example, where B is included in A.
  Let's say you insert a label in A, then want to reference it in B.
- Open the cross-reference dialog in whilst in document B, and you can select
+ Open the cross-reference dialog whilst in document B, and you can select
  the 
 \begin_inset Quotes eld
 \end_inset
@@ -3032,8 +3055,8 @@ status collapsed
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-As the bibliography list is in a comment, LaTeX won't use use it and the
references will look like this: [?], instead of like this: [1].
+As the bibliography list is in a comment, LaTeX won't use it and the references
+ will look like this: [?], instead of like this: [1].
  One solution is to use the LaTeX-package 
 \begin_inset Flex Code
 status collapsed
@@ -3397,7 +3420,7 @@ lhead{John Q.
 \begin_layout Standard
 You will now see your name in the upper left.
  If a field has a default entry that you would like to get rid of (often
- the page number appears in the central footer, simply include a command
+ the page number appears in the central footer) simply include a command
  with a blank argument, e.
 \begin_inset space \thinspace{}
 \end_inset
@@ -3744,14 +3767,14 @@ The dialog provides you with a table of bullet shapes.
 
 \begin_layout Standard
 The six panels are divided up by the packages they require.
- The following table shows the mappings from button name to LaTeX packages.
+ The following table shows the mappings from button name to LaTeX package.
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \align center
 \begin_inset Tabular
 <lyxtabular version="3" rows="7" columns="2">
-<features tabularvalignment="middle">
+<features rotate="0" tabularvalignment="middle">
 <column alignment="center" valignment="top" width="0pt">
 <column alignment="center" valignment="top" width="0pt">
 <row>
@@ -4501,7 +4524,7 @@ development/HTML.notes
 \begin_inset CommandInset href
 LatexCommand href
 name "accessed online"
-target "http://www.lyx.org/trac/browser/lyx-devel/trunk/development/HTML/HTML.notes"
+target "http://www.lyx.org/trac/browser/lyxgit/development/HTML/HTML.notes?rev=master"
 
 \end_inset
 
@@ -5330,7 +5353,7 @@ development/lyxserver/server_monitor.c
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-Another useful tool is command-line based client you will find in 
+Another useful tool is the command-line based clientfound in 
 \begin_inset Flex Code
 status collapsed
 
@@ -6466,18 +6489,27 @@ Sync
 
 \end_inset
 
- select Ly
-\begin_inset ERT
+ choose 
+\begin_inset Flex MenuItem
 status collapsed
 
 \begin_layout Plain Layout
+custom
+\end_layout
 
-{}
+\end_inset
+
+ preset and enter command 
+\begin_inset Flex MenuItem
+status collapsed
+
+\begin_layout Plain Layout
+/Applications/LyX.app/Contents/MacOS/lyxeditor
 \end_layout
 
 \end_inset
 
-X.
+.
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -6945,7 +6977,7 @@ opposite
 \begin_inset Quotes erd
 \end_inset
 
to reverse search.
of reverse search.
  It allows you to let the viewer jump to a given position from within LyX.
  If forward search is set up (as described in what follows), you can put
  the cursor anywhere in your LyX document, and hit 
@@ -7034,7 +7066,21 @@ $$t
 
 \end_inset
 
-: name of the (temporary) exported .tex file
+: name of the (temporary) exported .tex file (without path)
+\end_layout
+
+\begin_layout Itemize
+\noindent
+\begin_inset Flex Code
+status collapsed
+
+\begin_layout Plain Layout
+$$f
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+: name of the (temporary) exported .tex file (including path)
 \end_layout
 
 \begin_layout Itemize
@@ -7087,7 +7133,7 @@ near
 \end_inset
 
 .
- These latter functionality is provided by an external call of synctex (see
+ This latter functionality is provided by an external call of synctex (see
  the predefined example configurations).
  
 \end_layout
@@ -8898,8 +8944,7 @@ Theorems (AMS)
 
 \end_inset
 
- module, which is loaded by default when when you select one of the AMS
- classes.
+ module, which is loaded by default when you select one of the AMS classes.
  (It can also be used with other classes and can be removed, if you would
  rather use something else.) Less commonly used environments are in the 
 \begin_inset Flex Code
@@ -10713,7 +10758,7 @@ FoilTeX
 \begin_inset space \thinspace{}
 \end_inset
 
-g.
+e.
 \emph on
 
 \begin_inset space \space{}
@@ -12831,7 +12876,7 @@ Information given at the beginning of the article (i.
 \begin_inset space \thinspace{}
 \end_inset
 
-g.
+e.
 \begin_inset space \space{}
 \end_inset
 
@@ -14350,7 +14395,7 @@ NextAddress
 \begin_inset space \thinspace{}
 \end_inset
 
-g.
+e.
 \begin_inset space \space{}
 \end_inset
 
@@ -14582,7 +14627,8 @@ lyx-devel@lists.lyx.org
 
 \end_inset
 
-, lots will probably never, due to the limitations of LyX's framework.
+, lots will probably never be supported, due to the limitations of LyX's
+ framework.
  Of course you can still use all features with the help of some native LaTeX
  commands (TeX code
 \begin_inset Foot
@@ -14619,7 +14665,7 @@ reference "sec:Inserting-TeX-Code"
 \end_inset
 
 ).
- In this section, we can only list those features which are natively supported
+ In this section, we can only list those features that are natively supported
  by LyX.
  For detailed descriptions (and for the rest of features) we recommend you
  have a look at the detailed manual of the Memoir class
@@ -14763,15 +14809,7 @@ empty
 \begin_inset Quotes erd
 \end_inset
 
-, i.
-\begin_inset space \thinspace{}
-\end_inset
-
-g.
-\begin_inset space \space{}
-\end_inset
-
-without pagina).
+).
  If you want an empty title page, type 
 \family typewriter
 
@@ -14956,7 +14994,7 @@ Poemtitle*: Same as poemtitle, but it adds no entry to the table of contents.
 
 \begin_layout Section
 Article (mwart), book (mwbk) and report (mwrep)
-\begin_inset Argument
+\begin_inset Argument status
 status collapsed
 
 \begin_layout Plain Layout
@@ -15211,7 +15249,7 @@ http://publish.aps.org/revtex4/
 \begin_inset space \thinspace{}
 \end_inset
 
-g.
+e.
 \begin_inset space \space{}
 \end_inset
 
@@ -17802,7 +17840,7 @@ TeX
 \family typewriter
 chktex
 \family default
it from CTAN, 
+ from CTAN, 
 \begin_inset CommandInset href
 LatexCommand href
 target "http://www.ctan.org/tex-archive/help/Catalogue/entries/chktex.html"
@@ -17947,8 +17985,8 @@ Space in front of references, instead of hard spaces:
 \begin_inset Newline newline
 \end_inset
 
-In you are in bad luck, the text will break right between the referenced
text and reference number, and that's a pity.
+If you have bad luck, the text will break right between the referenced text
+ and reference number, and that's a pity.
  See section 
 \begin_inset CommandInset ref
 LatexCommand ref
@@ -18070,8 +18108,7 @@ emacs
 \family sans
 ChkTeX
 \family default
-, and this gap can make some warnings seem arcane or just right down plain
- silly.
+, and this gap can make some warnings seem arcane or just plain silly.
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -18150,8 +18187,8 @@ chktex
 
 \end_inset
 
- to the internal document structure, some of the warnings will not seen
to appear correctly.
+ to the internal document structure, some of the warnings will not appear
+ correctly.
  There are two things you can do about this:
 \end_layout
 
@@ -18161,18 +18198,20 @@ Fine tune the
 ChkTeX
 \family default
  invocation command line in 
-\family sans
-Preferences
-\family default
- (tabs 
-\family sans
-Outputs
-\family default
-, 
-\family sans
-Misc
-\family default
-), or the global 
+\begin_inset Flex MenuItem
+status collapsed
+
+\begin_layout Plain Layout
+Tools\SpecialChar \menuseparator
+Preferences\SpecialChar \menuseparator
+Output\SpecialChar \menuseparator
+LaTeX\SpecialChar \menuseparator
+CheckTeX command
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+, or the global 
 \family sans
 ChkTeX
 \family default
@@ -18183,7 +18222,6 @@ chktexrc
 ).
  See below to learn what warnings can be enabled and disabled on the command
  line.
 \end_layout
 
 \begin_layout Itemize
@@ -18875,21 +18913,15 @@ Introduction
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-A friend of mine wanted to try LyX for a group project.
- When he didn't find support for version control or file locking, he dropped
- it.
- This angered me a bit, so I thought that I should at least make support
- for RCS (with the possibility of CVS and/or SCCS as a future improvement.)
- This has been done.
- LyX now supports some of the most basic RCS/CVS/SVN commands.
+LyX supports some of the most basic RCS/CVS/SVN commands.
  If you need something a bit more sophisticated you will have to do that
  manually in a terminal.
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-Also note that CVS support is not as good as subversion support so we advice
+Also note that CVS support is not as good as subversion support so we advise
  using SVN instead.
Good place to start with Subversion is SVN Book
A good place to start learning Subversion is SVN Book
 \begin_inset Foot
 status open
 
@@ -18906,7 +18938,7 @@ target "http://svnbook.red-bean.com/"
 \end_inset
 
 .
- In case of RCS you should read 
+ In the case of RCS you should read 
 \begin_inset Quotes eld
 \end_inset
 
@@ -18934,7 +18966,19 @@ Before you begin to use the version control features in LyX, you should
  The implementation in LyX assumes a recent version of the GNU RCS or CVS/SVN
  package—no guarantees are made for older versions.
  Most of the log messages are not currently displayed after operations â€”
- you can check them in Messages pane if unsure.
+ you can check them in the Messages pane if unsure.
+ Regular users of version control will appreciate VC toolbar, which can
+ be enabled via 
+\family sans
+View\SpecialChar \menuseparator
+Toolbars\SpecialChar \menuseparator
+Version
+\begin_inset space ~
+\end_inset
+
+Control
+\family default
+.
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -18958,7 +19002,22 @@ Version
 Control
 \family default
  submenu.
- LyX was tested against RCS 5.7/5.8.
+ LyX was tested against RCS 5.7/5.8
+\begin_inset Foot
+status open
+
+\begin_layout Plain Layout
+Note that old DOS / MS Windows builds (5.7) need to setup environment variables
+ in order to work properly with LyX.
+ In particular time zone (TZ) should be set and more importantly RCSINIT
+ in order to change default archive location ("SET RCSINIT=-x,v/") --- LyX
+ expects archive to be found in file.lyx,v within the original document directory.
+ See also README shipped with Windows RCS binaries.
+\end_layout
+
+\end_inset
+
+.
 \end_layout
 
 \begin_layout Subsubsection
@@ -19325,8 +19384,8 @@ only
 
 \end_inset
 
- in case you have already the documents directory under CVS control (in
- particular 
+ in the case you have already the documents directory under CVS control
(in particular 
 \family typewriter
 CVS/Entries
 \family default
@@ -20235,7 +20294,7 @@ svnversion
 \align center
 \begin_inset Tabular
 <lyxtabular version="3" rows="6" columns="2">
-<features tabularvalignment="middle">
+<features rotate="0" tabularvalignment="middle">
 <column alignment="center" valignment="top" width="0">
 <column alignment="center" valignment="top" width="0">
 <row>
@@ -20744,7 +20803,7 @@ SSH tunnel used with SVN under Windows
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-Compared with Linux setting up svn client to communicate over ssh under
+Compared with Linux setting up an svn client to communicate over ssh under
  Windows is a rather troublesome task.
  We will at least offer some hints how to setup the client side but prior
  knowledge about ssh and the Windows command line is needed, also be prepared
@@ -20753,7 +20812,7 @@ Compared with Linux setting up svn client to communicate over ssh under
 \end_layout
 
 \begin_layout Enumerate
-Get a svn client for windows, as described in the previous sections.
+Get an svn client for windows, as described in the previous sections.
  When it is a fresh install run some svn command (e.g.
  
 \begin_inset Flex Code
@@ -20769,7 +20828,7 @@ svn --version
 \end_layout
 
 \begin_layout Enumerate
-Choose a ssh client for Windows.
+Choose an ssh client for Windows.
  There are several possibilities, we will use the one from Putty tools
 \begin_inset Foot
 status open
@@ -20827,7 +20886,7 @@ status collapsed
 
 \end_inset
 
-/ 
+ 
 \begin_inset Flex Code
 status collapsed
 
@@ -21062,9 +21121,9 @@ diff
 
  dumps.
  While this is useful for plain text files, it is much less useful in the
- case of LyX files, which have more complicated structure.
+ case of LyX files, which have more complicated structure.
  Hence we provide binding to the Document comparison feature.
- They are two ways of calling this feature - either by direct call of 
+ There are two ways of calling this feature - either by direct call of 
 \begin_inset Flex Code
 status collapsed
 
@@ -21277,7 +21336,7 @@ It has a open architecture, i.
 \begin_inset space \thinspace{}
 \end_inset
 
-g.
+e.
 \begin_inset space \space{}
 \end_inset
 
@@ -21320,7 +21379,7 @@ Starting from there you can reach many other interesting links and even
 \end_layout
 
 \begin_layout Subsection
-LyX and Literate Programming
+LyX and Literate Programming with Noweb
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -21338,7 +21397,7 @@ Noweb independent
 \begin_inset space \thinspace{}
 \end_inset
 
-g.
+e.
 \begin_inset space \space{}
 \end_inset
 
@@ -21351,63 +21410,72 @@ Generating documents and code (weaving and tangling)
 \end_layout
 
 \begin_layout Paragraph
-Selecting the document class
+Using the noweb module
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 If you have installed Noweb and LyX successfully, whenever you open a new
- document or try to change the document class of an existing one, you will
- find that there are three new document classes available:
-\end_layout
+ document, after you have chosen its document class, use the Document->Settings
+ menu to add the 
+\begin_inset Quotes eld
+\end_inset
 
-\begin_layout Itemize
-Article (Noweb)
-\end_layout
+noweb
+\begin_inset Quotes erd
+\end_inset
 
-\begin_layout Itemize
-Book (Noweb)
-\end_layout
+ module.
+ If Noweb is correctly installed, when you click on the 
+\begin_inset Quotes eld
+\end_inset
 
-\begin_layout Itemize
-Report (Noweb)
+Modules
+\begin_inset Quotes erd
+\end_inset
+
+ link, you will see the 
+\begin_inset Quotes eld
+\end_inset
+
+noweb
+\begin_inset Quotes erd
+\end_inset
+
+ module in the available list and you can add it to your document.
 \end_layout
 
-\begin_layout Standard
-You must select one of them to create your literate documents from.
+\begin_layout Paragraph
+Typing code in
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-Note that literate documents are not limited to these three classes.
- New classes can be generated from other styles like letter or in combination
- with other class variations like Article (AMS).
- If you have special needs that cannot be covered by one of the existing
- classes, let the LyX developers list (lyx-devel@lists.lyx.org) know and we
- will arrange to insert a new entry, or teach you how to do it.
-\begin_inset Foot
+LyX enables you to write code with a layout named 
+\change_inserted 819523532 1353904450
+
+\begin_inset Flex Noun
 status collapsed
 
 \begin_layout Plain Layout
-It is very simple, it involves the creation of a file with four lines, and
- re-running of the auto configuration.
+
+\change_inserted 819523532 1353904450
+Chunk
+\change_unchanged
+
 \end_layout
 
 \end_inset
 
- Moreover, if you use a literate tool other than Noweb you may need to create
- a new set of document classes for it.
-\end_layout
 
-\begin_layout Paragraph
-Typing code in
-\end_layout
+\change_deleted 819523532 1353904406
 
-\begin_layout Standard
-LyX enables you to write code with a layout named 
 \noun on
 Scrap
+\change_unchanged
+
 \noun default
 .
+\change_deleted 819523532 1353904396
+
 \begin_inset Foot
 status collapsed
 
@@ -21435,11 +21503,25 @@ scrap
 
 \end_inset
 
- Noweb delimits scraps like this:
+
+\change_unchanged
+ Noweb delimits 
+\change_deleted 819523532 1353904459
+scraps
+\change_inserted 819523532 1353904461
+chunks
+\change_unchanged
+ like this:
 \end_layout
 
 \begin_layout LyX-Code
-<<My scrap>>=
+<<My 
+\change_deleted 819523532 1353904469
+scrap
+\change_inserted 819523532 1353904470
+code
+\change_unchanged
+>>=
 \end_layout
 
 \begin_layout LyX-Code
@@ -21467,107 +21549,77 @@ The problem is that whatever is written in between the << and the
 \begin_inset space \thinspace{}
 \end_inset
 
-g.
+e.
 \begin_inset space \space{}
 \end_inset
 
 LyX should be prevented from making any special interpretation of what has
  been written.
- This is handled by a special layout named Scrap, that works like a normal
- paragraph but has a free spacing capability.
-\end_layout
-
-\begin_layout Standard
-The down side of the Scrap paragraph layout is that consecutive paragraphs
- of code will be spaced with one empty line in the source code and also
- in the printed documentation.
- The work around is to enter each line of code within a single Scrap, with
- a newline (ctrl-return).
- The example above will look like this:
-\begin_inset Foot
-status collapsed
-
-\begin_layout Plain Layout
-If you have a printed version of this document you will not see any difference
- between the previous example and this one.
-\end_layout
-
-\end_inset
-
-
-\end_layout
-
-\begin_layout LyX-Code
-<<My scrap>>=
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
-
-  code
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
-
-  more code
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
-
-  even more code
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
-
-  @
+ This is handled by a special layout named 
+\change_deleted 819523532 1353904493
+Scrap
+\change_inserted 819523532 1353904494
+Chunk
+\change_unchanged
+, that works like a normal paragraph but has a free spacing capability.
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-This layout works fine.
- The only real inconvenience is that you have to type ctrl-return instead
- of a plain return.
-\begin_inset Foot
-status collapsed
-
-\begin_layout Plain Layout
-It is in my list of 
+As a special note, you can also use the 
 \begin_inset Quotes eld
 \end_inset
 
-improvements
+%def
 \begin_inset Quotes erd
 \end_inset
 
- to fix that.
+ construct of Noweb in your 
+\change_deleted 819523532 1353904503
+scraps
+\change_inserted 819523532 1353904504
+chunks
+\change_unchanged
+ to add items to Noweb's identifier cross-reference:
 \end_layout
 
-\end_inset
-
+\begin_layout LyX-Code
+<<My 
+\change_deleted 819523532 1353904516
+scrap
+\change_inserted 819523532 1353904517
+chunk
+\change_unchanged
+>>=
+\change_inserted 819523532 1353904523
 
 \end_layout
 
-\begin_layout Standard
-As a special note, you can also use the 
-\begin_inset Quotes eld
-\end_inset
+\begin_layout LyX-Code
 
-%def
-\begin_inset Quotes erd
-\end_inset
+\change_deleted 819523532 1353904528
+  
+\change_unchanged
+def some_function(args):
+\change_inserted 819523532 1353904543
 
- construct of Noweb in your scraps to add items to Noweb's identifier cross-refe
-rence:
 \end_layout
 
 \begin_layout LyX-Code
-<<My scrap>>=
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
 
-  def some_function(args):
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
+\change_deleted 819523532 1353904543
+\change_unchanged
+   "This is the doc string for this function."
+\change_inserted 819523532 1353904550
 
-    "This is the doc string for this function."
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
+\end_layout
 
-    print "My args: ", args
+\begin_layout LyX-Code
+
+\change_deleted 819523532 1353904550
+\change_unchanged
+   print "My args: ", args
 \end_layout
 
 \begin_layout LyX-Code
@@ -21637,8 +21689,13 @@ literate
 \begin_layout Enumerate
 Note that the only difference so far is in the name of the file, no special
  processing is required by LyX.
- Given that you formatted the code using the Scrap layout that, by itself,
- takes care of the business.
+ Given that you formatted the code using the 
+\change_deleted 819523532 1353904586
+Scrap
+\change_inserted 819523532 1353904587
+Chunk
+\change_unchanged
+ layout that, by itself, takes care of the business.
 \end_layout
 
 \begin_layout Enumerate
@@ -21750,7 +21807,7 @@ Converter
 \family typewriter
 build-script $$i
 \family default
-
+ $$r
 \begin_inset Quotes erd
 \end_inset
 
@@ -21764,7 +21821,7 @@ build-script
 \end_inset
 
  (a program or script) with the name of the Noweb file (normally a file
- in the LyX temp directory).
+ in the LyX temp directory) and the directory path of the original LyX file.
  
 \end_layout
 
@@ -21789,7 +21846,7 @@ build-script
 \end_layout
 
 \begin_layout LyX-Code
-notangle -Rbuild-script $1 | env NOWEB_SOURCE=$1 sh
+notangle -Rbuild-script $1 | env NOWEB_SOURCE=$1 NOWEB_OUTPUT_DIR=$2 sh
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -21807,7 +21864,7 @@ Flags
 
 
 \family typewriter
-parselog=listerrors
+parselog=$$s/scripts/listerrors
 \family default
 
 \begin_inset Quotes erd
@@ -21833,26 +21890,6 @@ listerrors
  program.
 \end_layout
 
-\begin_layout Standard
-The converter code looks in 
-\emph on
-MYLYXDIR/scripts
-\emph default
- first, then in 
-\emph on
-LIBDIR/scripts
-\emph default
- then on the path for the 
-\begin_inset Quotes eld
-\end_inset
-
-listerrors
-\begin_inset Quotes erd
-\end_inset
-
- program.
-\end_layout
-
 \begin_layout Standard
 The build will normally take place in LyX's temporary directory, so the
  files produced by the conversion will be in that directory.
@@ -21862,61 +21899,14 @@ Noweb->Program
 \family default
  conversion may produce several files, and so most of these would then be
  deleted when LyX was closed.
- The present solution is to use a `copier',
-\begin_inset Foot
-status collapsed
-
-\begin_layout Plain Layout
-See section 
-\emph on
-Copiers
-\emph default
- of the 
-\emph on
-Customization
-\emph default
- manual for information on these.
-\end_layout
-
-\end_inset
-
- in this case, the 
-\family typewriter
-ext_copy.py
-\family default
- script in its default mode, so that the entire contents of the temporary
- directory is copied.
- More will get copied than is needed, to be sure, but nothing will be lost.
- If, however, you know what extensions the generated files will have, this
- can be improved by using the 
-\family typewriter
--e
-\family default
- option to 
-\family typewriter
-ext_copy
-\family default
-.
- This option takes a comma-separated list of extensions to copy.
- So, for example, if the conversion will generate only files with the extensions
-\family typewriter
-.c
-\family default
- and 
-\family typewriter
-.h
-\family default
-, then the correct definition would be:
-\end_layout
-
-\begin_layout LyX-Code
-python -tt $$s/scripts/ext_copy.py -e c,h $$i $$o
-\end_layout
-
-\begin_layout Standard
-The result will be that only files with these two extensions will be copied
- out.
+ This is why we pass in the NOWEB_OUTPUT_DIR environment variable so that
+ the build-script 
+\change_deleted 819523532 1353904613
+scrap
+\change_inserted 819523532 1353904614
+chunk
+\change_unchanged
+ can place the generated files in that location.
 \end_layout
 
 \begin_layout Paragraph
@@ -21932,9 +21922,21 @@ build-script
 \begin_inset Quotes erd
 \end_inset
 
- scrap.
+\change_deleted 819523532 1353904625
+scrap
+\change_inserted 819523532 1353904625
+chunk
+\change_unchanged
+.
  Generally, the instructions for building your program should be embedded
- in a scrap of its own.
+ in a 
+\change_deleted 819523532 1353904630
+scrap
+\change_inserted 819523532 1353904630
+chunk
+\change_unchanged
+ of its own.
  The noweb-specific 
 \begin_inset Quotes eld
 \end_inset
@@ -21943,7 +21945,13 @@ build-script
 \begin_inset Quotes erd
 \end_inset
 
- above uses the notangle command to look for this scrap (called 
+ above uses the notangle command to look for this 
+\change_deleted 819523532 1353904632
+scrap
+\change_inserted 819523532 1353904632
+chunk
+\change_unchanged
+ (called 
 \begin_inset Quotes eld
 \end_inset
 
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-Typically, such a scrap would look something like this:
+Typically, such a 
+\change_deleted 819523532 1353904634
+scrap
+\change_inserted 819523532 1353904634
+chunk
+\change_unchanged
+ would look something like this:
 \end_layout
 
 \begin_layout LyX-Code
-<<build-script>>=
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
-
-#!/bin/sh
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
-
-
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
-
-if [ -z "${NOWEB_SOURCE}" ]
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
-
-then
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
-
-  NOWEB_SOURCE=myfile.nw
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
-
-fi
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
-
-[...
- code to extract files ...]
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
-
-[...
- code to compile files ...]
-\begin_inset Newline newline
-\end_inset
-
-@
+<<build-script>>=#!/bin/shif [ -z "${NOWEB_SOURCE}" ]then  NOWEB_SOURCE=myfile.nw
+fi[...
+ code to extract files ...
+ use NOWEB_OUTPUT_DIR here ...][...
+ code to compile files ...]@
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -22050,7 +22030,7 @@ Preferences
 \begin_inset Quotes eld
 \end_inset
 
-Conversion
+File Handling
 \begin_inset Quotes erd
 \end_inset
 
@@ -22067,7 +22047,7 @@ the
 \begin_inset Quotes eld
 \end_inset
 
-literate
+NoWeb
 \begin_inset Quotes erd
 \end_inset
 
@@ -22075,8 +22055,8 @@ literate
 \begin_inset space ~
 \end_inset
 
-format Set up via the Formats tab, this is where the Noweb-specific pieces
- are set up.
+format Set up via the File Formats tab, this is where the Noweb-specific
pieces are set up.
  The 
 \family sans
 GUI Name
@@ -22173,7 +22153,7 @@ tangling step
 \family typewriter
 build-script $$i
 \family default
-
+ $$r
 \begin_inset Quotes erd
 \end_inset
 
@@ -22183,7 +22163,7 @@ build-script $$i
 
 
 \family typewriter
-originaldir,parselog=listerrors
+parselog=$$s/scripts/listerrors
 \family default
 
 \begin_inset Quotes erd
@@ -22220,7 +22200,7 @@ Helpers
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-I take advantage of the new created LyX server function and this ddd feature,
+I take advantage of the newly created LyX server function and this ddd feature,
  and set 
 \begin_inset Quotes eld
 \end_inset
@@ -22239,7 +22219,7 @@ echo "LYXCMD:monitor:server-goto-file-row:@FILE@ @LINE@" >~/.lyxpipe.in
 \begin_layout Standard
 With this, whenever you are using ddd and find a point in the program that
  you want to edit, you just press shift-ctrl-V (in the ddd window), and
- ddd you forward this information to LyX through the LyX server and then
+ ddd will forward this information to LyX through the LyX server and then
  the LyX window will show the same file with the cursor at the same position
  ddd was pointing to.
  No more guessing or long scrolling to locate a point in the program back
@@ -22311,8 +22291,14 @@ LaTeX
 LyX-Code
 \family default
 , and 
+\change_deleted 819523532 1353904643
+
 \family sans
 Scrap
+\change_inserted 819523532 1353904651
+Chunk
+\change_unchanged
+
 \family default
 .
  The last one is a short cut to the 
@@ -22378,7 +22364,13 @@ Toolbar
 \end_layout
 
 \begin_layout LyX-Code
-  Icon "layout Scrap"
+  Icon "layout 
+\change_deleted 819523532 1353904661
+Scrap
+\change_inserted 819523532 1353904668
+Chunk
+\change_unchanged
+"
 \end_layout
 
 \begin_layout LyX-Code
@@ -22428,9 +22420,19 @@ Preferences
 \family default
 .
  One of the things that bothers people is the LaTeX font color.
- The default color is red, since the scraps uses LaTeX font, and there is
- a lot of scraps in literate documents, you may get tired of seeing everything
- in red.
+ The default color is red, since the 
+\change_deleted 819523532 1353904675
+scrap
+\change_inserted 819523532 1353904675
+chunk
+\change_unchanged
+s uses LaTeX font, and there is a lot of 
+\change_deleted 819523532 1353904682
+scrap
+\change_inserted 819523532 1353904682
+chunk
+\change_unchanged
+s in literate documents, you may get tired of seeing everything in red.
  You can change it by going to the tabs 
 \family sans
 Look&Feel
@@ -22447,7 +22449,15 @@ The next thing is the visible presence of the newline character in the screen.
  I recommend you choosing a color that is close to the background but not
  equal, that way you still can see it is there, but it is not bothering
  you anymore.
+\end_layout
+
+\begin_layout Subsection
+LyX and knitr/Sweave
+\end_layout
+
+\begin_layout Standard
+Support for knitr and Sweave is documented in the knitr.lyx example file
+ and in the Sweave manual (in the Help > Specific Manuals submenu).
 \end_layout
 
 \begin_layout Chapter
@@ -22462,7 +22472,11 @@ You can do everything with LyX that you can do with LaTeX.
  For other special things you can do with figures, tables, floats, boxes
  and notes, have a look at the 
 \emph on
-EmbeddedObjects
+Embedded
+\begin_inset space ~
+\end_inset
+
+Objects
 \emph default
  manual.
 \end_layout
@@ -23223,7 +23237,7 @@ Note:
 \backslash
 setlength
 \series default
- will be used for all following multiple columns until to change them again.
+ will be used for all following multiple columns until you change them again.
 \end_layout
 
 \end_inset