]> git.lyx.org Git - lyx.git/blobdiff - lib/examples/sweave.lyx
projects / lyx.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Hebrew docs: No need to mark logos as English
[lyx.git] / lib / examples / sweave.lyx
diff --git a/lib/examples/sweave.lyx b/lib/examples/sweave.lyx
index 78ab805ab3752c9465ca6bf9e9d27d2991f7323c..e11bcf9fef2771b9ad40ee4f70bd7358c508032e 100644 (file)
--- a/lib/examples/sweave.lyx
+++ b/lib/examples/sweave.lyx
@@ -1,5 +1,5 @@
 #LyX 2.3 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
 #LyX 2.3 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
-\lyxformat 541
+\lyxformat 544
 \begin_document
 \begin_header
 \save_transient_properties true
 \begin_document
 \begin_header
 \save_transient_properties true
@@ -50,23 +50,24 @@ sweave
 \use_geometry true
 \use_package amsmath 1
 \use_package amssymb 1
 \use_geometry true
 \use_package amsmath 1
 \use_package amssymb 1
-\use_package cancel 0
+\use_package cancel 1
 \use_package esint 1
 \use_package mathdots 1
 \use_package esint 1
 \use_package mathdots 1
-\use_package mathtools 0
+\use_package mathtools 1
 \use_package mhchem 1
 \use_package mhchem 1
-\use_package stackrel 0
-\use_package stmaryrd 0
-\use_package undertilde 0
+\use_package stackrel 1
+\use_package stmaryrd 1
+\use_package undertilde 1
 \cite_engine basic
 \cite_engine_type default
 \biblio_style plain
 \use_bibtopic false
 \use_indices false
 \paperorientation portrait
 \cite_engine basic
 \cite_engine_type default
 \biblio_style plain
 \use_bibtopic false
 \use_indices false
 \paperorientation portrait
-\suppress_date false
+\suppress_date true
 \justification true
 \use_refstyle 0
 \justification true
 \use_refstyle 0
+\use_minted 0
 \index Index
 \shortcut idx
 \color #008000
 \index Index
 \shortcut idx
 \color #008000
@@ -80,36 +81,31 @@ sweave
 \paragraph_separation indent
 \paragraph_indentation default
 \is_math_indent 0
 \paragraph_separation indent
 \paragraph_indentation default
 \is_math_indent 0
+\math_numbering_side default
 \quotes_style english
 \quotes_style english
+\dynamic_quotes 0
 \papercolumns 1
 \papersides 1
 \paperpagestyle default
 \papercolumns 1
 \papersides 1
 \paperpagestyle default
-\tracking_changes true
+\tracking_changes false
 \output_changes false
 \html_math_output 0
 \html_css_as_file 0
 \html_be_strict false
 \output_changes false
 \html_math_output 0
 \html_css_as_file 0
 \html_be_strict false
-\author 2047637253 "Guillaume Munch"
 \end_header
 
 \begin_body
 
 \begin_layout Standard
 \end_header
 
 \begin_body
 
 \begin_layout Standard
-
-\change_inserted 2047637253 1483897614
 \begin_inset Note Note
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 \begin_inset Note Note
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
-
-\change_inserted 2047637253 1483897614
 \begin_inset Flex Sweave Options
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex Sweave Options
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897614
-
 prefix=TRUE,prefix.string=sweave-prefix,keep.source=FALSE
 \end_layout
 
 prefix=TRUE,prefix.string=sweave-prefix,keep.source=FALSE
 \end_layout
 
@@ -121,8 +117,6 @@ prefix=TRUE,prefix.string=sweave-prefix,keep.source=FALSE
 \end_inset
 
 
 \end_inset
 
 
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -259,13 +253,9 @@ https://github.com/downloads/yihui/lyx/sweave.pdf
 \end_inset
 
 .
 \end_inset
 
 .
-\change_inserted 2047637253 1483898587
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-
-\change_inserted 2047637253 1483899123
 Since \SpecialChar LyX
  2.3, it is necessary to enable the use of 
 \emph on
 Since \SpecialChar LyX
  2.3, it is necessary to enable the use of 
 \emph on
@@ -278,8 +268,6 @@ File Handling\SpecialChar menuseparator
 Converters
 \family default
  in order to compile with Sweave.
 Converters
 \family default
  in order to compile with Sweave.
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Section
 \end_layout
 
 \begin_layout Section
@@ -347,21 +335,16 @@ bin
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-
-\change_inserted 2047637253 1483897627
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897627
-
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897627
 where-is-R-bin,eval=FALSE
 \end_layout
 
 where-is-R-bin,eval=FALSE
 \end_layout
 
@@ -372,16 +355,12 @@ where-is-R-bin,eval=FALSE
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897627
-
 R.home('bin')
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
 R.home('bin')
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -416,21 +395,16 @@ Sweave.sty
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-
-\change_inserted 2047637253 1483897639
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897639
-
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897639
 sweave-sty,eval=FALSE
 \end_layout
 
 sweave-sty,eval=FALSE
 \end_layout
 
@@ -441,16 +415,12 @@ sweave-sty,eval=FALSE
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897639
-
 file.path(R.home('share'), 'texmf', 'tex', 'latex')
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
 file.path(R.home('share'), 'texmf', 'tex', 'latex')
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -524,37 +494,20 @@ echo=FALSE
 
 \begin_layout Standard
 To write R code in \SpecialChar LyX
 
 \begin_layout Standard
 To write R code in \SpecialChar LyX
-, you can first 
-\change_inserted 2047637253 1483898412
-insert 
-\change_deleted 2047637253 1483898419
-switch to the 
-\change_unchanged
-
+, you can first insert 
 \family typewriter
 Chunk
 \family default
 \family typewriter
 Chunk
 \family default
- 
-\change_inserted 2047637253 1483898437
-insets from 
+ insets from 
 \family sans
 Insert\SpecialChar menuseparator
 Custom Insets\SpecialChar menuseparator
 Chunk
 \family sans
 Insert\SpecialChar menuseparator
 Custom Insets\SpecialChar menuseparator
 Chunk
-\change_deleted 2047637253 1483898459
-
 \family default
 \family default
-environment in the layout styles list (droplist in the top-left corner in
- the toolbar)
-\change_unchanged
 , or you can simply open a \SpecialChar TeX
  code environment and write Sweave code chunks
  in it.
 , or you can simply open a \SpecialChar TeX
  code environment and write Sweave code chunks
  in it.
- 
-\change_deleted 2047637253 1483898024
-The latter approach is recommended since it is more stable.
-\change_inserted 2047637253 1483961753
-However, \SpecialChar LyX
+ However, \SpecialChar LyX
  provides a summary of all the 
 \family typewriter
 Chunk
  provides a summary of all the 
 \family typewriter
 Chunk
@@ -570,8 +523,6 @@ View\SpecialChar menuseparator
 Outline Pane
 \family default
  menus.
 Outline Pane
 \family default
  menus.
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -591,21 +542,16 @@ useFancyQuotes
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-
-\change_inserted 2047637253 1483897653
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897653
-
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897653
 setup, keep.source=TRUE
 \end_layout
 
 setup, keep.source=TRUE
 \end_layout
 
@@ -616,15 +562,11 @@ setup, keep.source=TRUE
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897653
-
 ## the option 'digits' can set the (approximate) number of digits
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 ## the option 'digits' can set the (approximate) number of digits
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897653
-
 options(width = 70, useFancyQuotes = FALSE, digits = 4)
 \end_layout
 
 options(width = 70, useFancyQuotes = FALSE, digits = 4)
 \end_layout
 
@@ -634,21 +576,16 @@ options(width = 70, useFancyQuotes = FALSE, digits = 4)
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-
-\change_inserted 2047637253 1483897653
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897653
-
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897653
 sweave-manual, eval=FALSE, keep.source=TRUE
 \end_layout
 
 sweave-manual, eval=FALSE, keep.source=TRUE
 \end_layout
 
@@ -659,23 +596,17 @@ sweave-manual, eval=FALSE, keep.source=TRUE
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897653
-
 ## view the Sweave vignette (requires R >= 2.13.0)
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 ## view the Sweave vignette (requires R >= 2.13.0)
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897653
-
 vignette("Sweave", package = "utils")
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
 vignette("Sweave", package = "utils")
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -683,21 +614,16 @@ A simple example that will run in any S engine:
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-
-\change_inserted 2047637253 1483897659
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897659
-
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897659
 print-integers, keep.source=TRUE
 \end_layout
 
 print-integers, keep.source=TRUE
 \end_layout
 
@@ -708,15 +634,11 @@ print-integers, keep.source=TRUE
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897659
-
 ## the integers from 1 to 10 are
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 ## the integers from 1 to 10 are
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897659
-
 1:10
 \end_layout
 
 1:10
 \end_layout
 
@@ -726,21 +648,16 @@ print-integers, keep.source=TRUE
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-
-\change_inserted 2047637253 1483897659
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897659
-
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897659
 hide-results, results=hide
 \end_layout
 
 hide-results, results=hide
 \end_layout
 
@@ -751,23 +668,17 @@ hide-results, results=hide
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897659
-
 ## intentionally hide the output by setting results=hide
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 ## intentionally hide the output by setting results=hide
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897659
-
 print(1:20)
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
 print(1:20)
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -775,21 +686,16 @@ We can also emulate a simple calculator:
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-
-\change_inserted 2047637253 1483897665
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897665
-
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897665
 calculator
 \end_layout
 
 calculator
 \end_layout
 
@@ -800,23 +706,17 @@ calculator
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897665
-
 1 + pi
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 1 + pi
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897665
-
 sin(pi/6)
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
 sin(pi/6)
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -824,21 +724,16 @@ Now we look at some Gaussian data:
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-
-\change_inserted 2047637253 1483897670
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897670
-
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897670
 rnorm
 \end_layout
 
 rnorm
 \end_layout
 
@@ -849,37 +744,27 @@ rnorm
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897670
-
 set.seed(123)  # for reproducibility
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 set.seed(123)  # for reproducibility
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897670
-
 x <- rnorm(20)
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 x <- rnorm(20)
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897670
-
 print(x)
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 print(x)
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897670
-
 t1 <- t.test(x)
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
 t1 <- t.test(x)
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -975,21 +860,16 @@ iris
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-
-\change_inserted 2047637253 1483897677
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897677
-
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897677
 iris-summary
 \end_layout
 
 iris-summary
 \end_layout
 
@@ -1000,16 +880,12 @@ iris-summary
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897677
-
 summary(iris[,-5])
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
 summary(iris[,-5])
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
@@ -1039,24 +915,17 @@ name "tab:xtable-demo"
 \end_inset
 
 
 \end_inset
 
 
-\change_inserted 2047637253 1483897685
-
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897698
-
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897692
 xtable-demo,results=tex,echo=FALSE
 xtable-demo,results=tex,echo=FALSE
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \end_inset
 \end_layout
 
 \end_inset
@@ -1066,33 +935,23 @@ xtable-demo,results=tex,echo=FALSE
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897699
-
 if (require('xtable')) {
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 if (require('xtable')) {
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897699
-
 print(xtable(sapply(iris[,-5], quantile)), floating=FALSE)
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 print(xtable(sapply(iris[,-5], quantile)), floating=FALSE)
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897699
-
 } else cat('the xtable package is not available! please install.packages("xtable"
 )')
 } else cat('the xtable package is not available! please install.packages("xtable"
 )')
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \end_inset
 \end_layout
 
 \end_inset
@@ -1179,24 +1038,17 @@ Both eps and pdf are set to true so that both latex and pdflatex work.
 
 \begin_layout Plain Layout
 \align center
 
 \begin_layout Plain Layout
 \align center
-
-\change_inserted 2047637253 1483897765
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897772
-
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897770
 iris-pairs,fig=TRUE,width=4.5,height=4.5,eps=TRUE,pdf=TRUE
 iris-pairs,fig=TRUE,width=4.5,height=4.5,eps=TRUE,pdf=TRUE
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \end_inset
 \end_layout
 
 \end_inset
@@ -1206,18 +1058,12 @@ iris-pairs,fig=TRUE,width=4.5,height=4.5,eps=TRUE,pdf=TRUE
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897776
-
 pairs(iris, col = iris$Species)
 pairs(iris, col = iris$Species)
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
@@ -1256,21 +1102,16 @@ status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 \align center
 
 \begin_layout Plain Layout
 \align center
-
-\change_inserted 2047637253 1483897883
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex Chunk
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897883
-
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Argument 1
 status open
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897883
 iris-boxplots,fig=TRUE,width=7,height=2,keep.source=F,eps=T,pdf=T
 \end_layout
 
 iris-boxplots,fig=TRUE,width=7,height=2,keep.source=F,eps=T,pdf=T
 \end_layout
 
@@ -1281,23 +1122,17 @@ iris-boxplots,fig=TRUE,width=7,height=2,keep.source=F,eps=T,pdf=T
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897883
-
 par(mar=c(4,5,.1,.3), las=1)
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 par(mar=c(4,5,.1,.3), las=1)
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-\change_inserted 2047637253 1483897883
-
 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris,horizontal=TRUE,xlab='Sepal.Length')
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris,horizontal=TRUE,xlab='Sepal.Length')
 \end_layout
 
 \end_inset
 
 
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
 \end_layout
 
 \begin_layout Plain Layout
@@ -1337,8 +1172,6 @@ R/S code
 R CMD Stangle
 \family default
 .
 R CMD Stangle
 \family default
 .
-\change_inserted 2047637253 1483898877
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Section
 \end_layout
 
 \begin_layout Section
@@ -1511,7 +1344,7 @@ Sweave will use the filename of the Rnw file as the prefix string for the
 \begin_inset CommandInset href
 LatexCommand href
 name "#7551"
 \begin_inset CommandInset href
 LatexCommand href
 name "#7551"
-target "http://www.lyx.org/trac/ticket/7551"
+target "https://www.lyx.org/trac/ticket/7551"
 literal "false"
 
 \end_inset
 literal "false"
 
 \end_inset
@@ -1699,17 +1532,9 @@ label=
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-Another 
-\change_deleted 2047637253 1483899012
-known
-\change_unchanged
- issue 
-\change_inserted 2047637253 1483898966
-with the \SpecialChar TeX
- code environment 
-\change_unchanged
-is the Sweave code chunk may fail when we change the alignment of the chunk
- paragraph in \SpecialChar LyX
+Another issue with the \SpecialChar TeX
+ code environment is the Sweave code chunk may fail
+ when we change the alignment of the chunk paragraph in \SpecialChar LyX
  (using 
 \family sans
 Paragraph settings
  (using 
 \family sans
 Paragraph settings
@@ -1761,36 +1586,10 @@ This is not a legitimate Sweave code chunk, since
 <<>>=
 \family default
  must start in a new line with nothing before it.
 <<>>=
 \family default
  must start in a new line with nothing before it.
-
-\change_inserted 2047637253 1483899083
  This does not happen when using the Chunk inset instead of the \SpecialChar TeX
  code environmen
 t.
  This does not happen when using the Chunk inset instead of the \SpecialChar TeX
  code environmen
 t.
-
-\change_unchanged
  
  
-\change_deleted 2047637253 1483898988
-Therefore we recommend you to double check the real source code via 
-\family sans
-View\SpecialChar menuseparator
-View Source
-\family default
- when changing the alignment of a chunk paragraph, and make sure 
-\family typewriter
-<<>>=
-\family default
- appears in a new line.
- This explains why we manually added an empty line in the code chunk in
- Table 
-\begin_inset CommandInset ref
-LatexCommand ref
-reference "tab:xtable-demo"
-
-\end_inset
-
-.
-\change_unchanged
-
 \end_layout
 
 \begin_layout Section
 \end_layout
 
 \begin_layout Section
@@ -1798,13 +1597,13 @@ Resources
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
 \end_layout
 
 \begin_layout Standard
-The homepage of Sweave is at 
+The user manual of Sweave is at 
 \begin_inset Flex URL
 status collapsed
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 \begin_inset Flex URL
 status collapsed
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-http://www.stat.uni-muenchen.de/~leisch/Sweave/
+https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/doc/Sweave.pdf
 \end_layout
 
 \end_inset
 \end_layout
 
 \end_inset
@@ -1839,7 +1638,7 @@ status collapsed
 
 \begin_layout Plain Layout
 
 
 \begin_layout Plain Layout
 
-http://www.lyx.org/MailingLists
+https://www.lyx.org/MailingLists
 \end_layout
 
 \end_inset
 \end_layout
 
 \end_inset
The LyX Source Repository