lib/templates/RJournal.lyx

   1 #LyX 2.0 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 413
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \textclass RJournal
   6 \use_default_options true
   7 \begin_modules
   8 knitr
   9 \end_modules
  10 \maintain_unincluded_children false
  11 \language english
  12 \language_package none
  13 \inputencoding auto
  14 \fontencoding global
  15 \font_roman default
  16 \font_sans default
  17 \font_typewriter default
  18 \font_default_family default
  19 \use_non_tex_fonts false
  20 \font_sc false
  21 \font_osf false
  22 \font_sf_scale 100
  23 \font_tt_scale 100
  24
  25 \graphics default
  26 \default_output_format default
  27 \output_sync 0
  28 \bibtex_command default
  29 \index_command default
  30 \paperfontsize default
  31 \spacing single
  32 \use_hyperref false
  33 \papersize default
  34 \use_geometry false
  35 \use_amsmath 1
  36 \use_esint 1
  37 \use_mhchem 1
  38 \use_mathdots 1
  39 \cite_engine natbib_authoryear
  40 \use_bibtopic false
  41 \use_indices false
  42 \paperorientation portrait
  43 \suppress_date false
  44 \use_refstyle 1
  45 \index Index
  46 \shortcut idx
  47 \color #008000
  48 \end_index
  49 \secnumdepth 3
  50 \tocdepth 3
  51 \paragraph_separation indent
  52 \paragraph_indentation default
  53 \quotes_language english
  54 \papercolumns 1
  55 \papersides 1
  56 \paperpagestyle default
  57 \tracking_changes false
  58 \output_changes false
  59 \html_math_output 0
  60 \html_css_as_file 0
  61 \html_be_strict false
  62 \end_header
  63
  64 \begin_body
  65
  66 \begin_layout Standard
  67 \begin_inset Note Note
  68 status open
  69
  70 \begin_layout Plain Layout
  71 You have to put the body of your article inside the
  72 \begin_inset Quotes eld
  73 \end_inset
  74
  75 article
  76 \begin_inset Quotes erd
  77 \end_inset
  78
  79  enviroment defined by RJournal.sty.
  80 \end_layout
  81
  82 \end_inset
  83
  84
  85 \end_layout
  86
  87 \begin_layout Standard
  88 \begin_inset ERT
  89 status collapsed
  90
  91 \begin_layout Plain Layout
  92
  93
  94 \backslash
  95 begin{article}
  96 \end_layout
  97
  98 \end_inset
  99
 100
 101 \end_layout
 102
 103 \begin_layout Standard
 104 \begin_inset ERT
 105 status open
 106
 107 \begin_layout Plain Layout
 108
 109 <<setup, include=FALSE>>=
 110 \end_layout
 111
 112 \begin_layout Plain Layout
 113
 114 render_sweave() # use Schunk, Sinput and Soutput environments defined by
 115  RJournal
 116 \end_layout
 117
 118 \begin_layout Plain Layout
 119
 120 set_header(highlight = '') # no need for
 121 \backslash
 122 usepackage{Sweave}
 123 \end_layout
 124
 125 \begin_layout Plain Layout
 126
 127 @
 128 \end_layout
 129
 130 \end_inset
 131
 132
 133 \end_layout
 134
 135 \begin_layout Title
 136 Capitalized Title Here
 137 \end_layout
 138
 139 \begin_layout Author
 140 by Author A and Author B
 141 \end_layout
 142
 143 \begin_layout Standard
 144 \begin_inset Flex Abstract
 145 status open
 146
 147 \begin_layout Plain Layout
 148 An abstract of less than 150 words.
 149 \end_layout
 150
 151 \end_inset
 152
 153
 154 \end_layout
 155
 156 \begin_layout Section
 157 Section title in sentence case
 158 \end_layout
 159
 160 \begin_layout Standard
 161 Write something here.
 162  A sample citation is
 163 \begin_inset CommandInset citation
 164 LatexCommand citet
 165 key "Lam94"
 166
 167 \end_inset
 168
 169 .
 170 \end_layout
 171
 172 \begin_layout Section
 173 R code chunks
 174 \end_layout
 175
 176 \begin_layout Standard
 177 Press
 178 \begin_inset Info
 179 type  "shortcut"
 180 arg   "ert-insert"
 181 \end_inset
 182
 183  and input R code chunks which will be compiled with the
 184 \series bold
 185 knitr
 186 \series default
 187  package (
 188 \begin_inset Flex URL
 189 status collapsed
 190
 191 \begin_layout Plain Layout
 192
 193 http://yihui.name/knitr/
 194 \end_layout
 195
 196 \end_inset
 197
 198 ).
 199 \end_layout
 200
 201 \begin_layout Standard
 202 \begin_inset ERT
 203 status open
 204
 205 \begin_layout Plain Layout
 206
 207 <<sample-chunk, echo=TRUE>>=
 208 \end_layout
 209
 210 \begin_layout Plain Layout
 211
 212 x=1:10
 213 \end_layout
 214
 215 \begin_layout Plain Layout
 216
 217 rev(x)
 218 \end_layout
 219
 220 \begin_layout Plain Layout
 221
 222 summary(x)
 223 \end_layout
 224
 225 \begin_layout Plain Layout
 226
 227 @
 228 \end_layout
 229
 230 \end_inset
 231
 232
 233 \end_layout
 234
 235 \begin_layout Standard
 236 You can also plot your data; see Figure
 237 \begin_inset CommandInset ref
 238 LatexCommand ref
 239 reference "fig:sample-figure"
 240
 241 \end_inset
 242
 243  for example.
 244 \end_layout
 245
 246 \begin_layout Standard
 247 \begin_inset Float figure
 248 placement tbph
 249 wide false
 250 sideways false
 251 status open
 252
 253 \begin_layout Plain Layout
 254 \begin_inset ERT
 255 status open
 256
 257 \begin_layout Plain Layout
 258
 259 <<sample-figure, fig.width=5, fig.height=3, out.width='.4
 260 \backslash
 261
 262 \backslash
 263 linewidth', fig.align='center'>>=
 264 \end_layout
 265
 266 \begin_layout Plain Layout
 267
 268 par(mar = c(4,4,.1,.1))
 269 \end_layout
 270
 271 \begin_layout Plain Layout
 272
 273 plot(x, pch=19, col=1:10)
 274 \end_layout
 275
 276 \begin_layout Plain Layout
 277
 278 @
 279 \end_layout
 280
 281 \end_inset
 282
 283
 284 \end_layout
 285
 286 \begin_layout Plain Layout
 287 \begin_inset Caption
 288
 289 \begin_layout Plain Layout
 290 A sample figure.
 291 \begin_inset CommandInset label
 292 LatexCommand label
 293 name "fig:sample-figure"
 294
 295 \end_inset
 296
 297
 298 \end_layout
 299
 300 \end_inset
 301
 302
 303 \end_layout
 304
 305 \end_inset
 306
 307
 308 \end_layout
 309
 310 \begin_layout Standard
 311 \begin_inset Note Note
 312 status open
 313
 314 \begin_layout Plain Layout
 315 When you insert a BibTeX bibliography here, do not use any bib styles.
 316  The R Journal has declared the style to be
 317 \begin_inset Quotes eld
 318 \end_inset
 319
 320 abbrvnat
 321 \begin_inset Quotes erd
 322 \end_inset
 323
 324 .
 325 \end_layout
 326
 327 \end_inset
 328
 329
 330 \end_layout
 331
 332 \begin_layout Standard
 333 \begin_inset CommandInset bibtex
 334 LatexCommand bibtex
 335 bibfiles "biblio"
 336
 337 \end_inset
 338
 339
 340 \end_layout
 341
 342 \begin_layout Standard
 343 \begin_inset Flex Address
 344 status collapsed
 345
 346 \begin_layout Plain Layout
 347 Author A
 348 \begin_inset Newline newline
 349 \end_inset
 350
 351 Press
 352 \begin_inset Info
 353 type  "shortcut"
 354 arg   "newline-insert newline"
 355 \end_inset
 356
 357  to input
 358 \begin_inset Newline newline
 359 \end_inset
 360
 361 address here
 362 \end_layout
 363
 364 \end_inset
 365
 366
 367 \begin_inset Newline newline
 368 \end_inset
 369
 370
 371 \begin_inset Flex Email
 372 status collapsed
 373
 374 \begin_layout Plain Layout
 375 author.a@email
 376 \end_layout
 377
 378 \end_inset
 379
 380
 381 \end_layout
 382
 383 \begin_layout Standard
 384 \begin_inset Flex Address
 385 status collapsed
 386
 387 \begin_layout Plain Layout
 388 Author B
 389 \end_layout
 390
 391 \end_inset
 392
 393
 394 \begin_inset Newline newline
 395 \end_inset
 396
 397
 398 \begin_inset Flex Email
 399 status collapsed
 400
 401 \begin_layout Plain Layout
 402 author.b@email
 403 \end_layout
 404
 405 \end_inset
 406
 407
 408 \end_layout
 409
 410 \begin_layout Standard
 411 \begin_inset ERT
 412 status collapsed
 413
 414 \begin_layout Plain Layout
 415
 416
 417 \backslash
 418 end{article}
 419 \end_layout
 420
 421 \end_inset
 422
 423
 424 \begin_inset Note Note
 425 status open
 426
 427 \begin_layout Plain Layout
 428 Note
 429 \backslash
 430 begin{article} in the beginning of this article; now we close the
 431 \begin_inset Quotes eld
 432 \end_inset
 433
 434 article
 435 \begin_inset Quotes erd
 436 \end_inset
 437
 438  environment.
 439 \end_layout
 440
 441 \end_inset
 442
 443
 444 \end_layout
 445
 446 \end_body
 447 \end_document