lib/templates/RJournal.lyx

   1 #LyX 2.0 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 413
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \textclass RJournal
   6 \use_default_options true
   7 \begin_modules
   8 knitr
   9 \end_modules
  10 \maintain_unincluded_children false
  11 \language english
  12 \language_package none
  13 \inputencoding auto
  14 \fontencoding global
  15 \font_roman default
  16 \font_sans default
  17 \font_typewriter default
  18 \font_default_family default
  19 \use_non_tex_fonts false
  20 \font_sc false
  21 \font_osf false
  22 \font_sf_scale 100
  23 \font_tt_scale 100
  24
  25 \graphics default
  26 \default_output_format default
  27 \output_sync 0
  28 \bibtex_command default
  29 \index_command default
  30 \paperfontsize default
  31 \spacing single
  32 \use_hyperref false
  33 \papersize default
  34 \use_geometry false
  35 \use_amsmath 1
  36 \use_esint 1
  37 \use_mhchem 1
  38 \use_mathdots 1
  39 \cite_engine natbib_authoryear
  40 \use_bibtopic false
  41 \use_indices false
  42 \paperorientation portrait
  43 \suppress_date false
  44 \use_refstyle 1
  45 \index Index
  46 \shortcut idx
  47 \color #008000
  48 \end_index
  49 \secnumdepth 3
  50 \tocdepth 3
  51 \paragraph_separation indent
  52 \paragraph_indentation default
  53 \quotes_language english
  54 \papercolumns 1
  55 \papersides 1
  56 \paperpagestyle default
  57 \tracking_changes false
  58 \output_changes false
  59 \html_math_output 0
  60 \html_css_as_file 0
  61 \html_be_strict false
  62 \end_header
  63
  64 \begin_body
  65
  66 \begin_layout Standard
  67 \begin_inset Note Note
  68 status open
  69
  70 \begin_layout Plain Layout
  71 You have to put the body of your article inside the
  72 \begin_inset Quotes eld
  73 \end_inset
  74
  75 article
  76 \begin_inset Quotes erd
  77 \end_inset
  78
  79  enviroment defined by RJournal.sty.
  80 \end_layout
  81
  82 \end_inset
  83
  84
  85 \end_layout
  86
  87 \begin_layout Standard
  88 \begin_inset ERT
  89 status collapsed
  90
  91 \begin_layout Plain Layout
  92
  93
  94 \backslash
  95 begin{article}
  96 \end_layout
  97
  98 \end_inset
  99
 100
 101 \end_layout
 102
 103 \begin_layout Standard
 104 \begin_inset ERT
 105 status open
 106
 107 \begin_layout Plain Layout
 108
 109 <<setup, include=FALSE>>=
 110 \end_layout
 111
 112 \begin_layout Plain Layout
 113
 114 render_sweave() # use Schunk, Sinput and Soutput environments defined by
 115  RJournal
 116 \end_layout
 117
 118 \begin_layout Plain Layout
 119
 120 set_header(highlight = '') # no need for
 121 \backslash
 122 usepackage{Sweave}
 123 \end_layout
 124
 125 \begin_layout Plain Layout
 126
 127 @
 128 \end_layout
 129
 130 \end_inset
 131
 132
 133 \end_layout
 134
 135 \begin_layout Title
 136 Capitalized Title Here
 137 \end_layout
 138
 139 \begin_layout Author
 140 by Author A and Author B
 141 \end_layout
 142
 143 \begin_layout Standard
 144 \begin_inset Flex Abstract
 145 status open
 146
 147 \begin_layout Plain Layout
 148 An abstract of less than 150 words.
 149 \end_layout
 150
 151 \end_inset
 152
 153
 154 \end_layout
 155
 156 \begin_layout Section
 157 Section title in sentence case
 158 \end_layout
 159
 160 \begin_layout Standard
 161 Write something here.
 162  A sample citation is
 163 \begin_inset CommandInset citation
 164 LatexCommand citet
 165 key "Lam94"
 166
 167 \end_inset
 168
 169 .
 170 \end_layout
 171
 172 \begin_layout Section
 173 R code chunks
 174 \end_layout
 175
 176 \begin_layout Standard
 177 Press
 178 \family sans
 179 Ctrl+L
 180 \family default
 181  and input R code chunks which will be compiled with the
 182 \series bold
 183 knitr
 184 \series default
 185  package (
 186 \begin_inset Flex URL
 187 status collapsed
 188
 189 \begin_layout Plain Layout
 190
 191 http://yihui.name/knitr/
 192 \end_layout
 193
 194 \end_inset
 195
 196 ).
 197 \end_layout
 198
 199 \begin_layout Standard
 200 \begin_inset ERT
 201 status open
 202
 203 \begin_layout Plain Layout
 204
 205 <<sample-chunk, echo=TRUE>>=
 206 \end_layout
 207
 208 \begin_layout Plain Layout
 209
 210 x=1:10
 211 \end_layout
 212
 213 \begin_layout Plain Layout
 214
 215 rev(x)
 216 \end_layout
 217
 218 \begin_layout Plain Layout
 219
 220 summary(x)
 221 \end_layout
 222
 223 \begin_layout Plain Layout
 224
 225 @
 226 \end_layout
 227
 228 \end_inset
 229
 230
 231 \end_layout
 232
 233 \begin_layout Standard
 234 You can also plot your data; see Figure
 235 \begin_inset CommandInset ref
 236 LatexCommand ref
 237 reference "fig:sample-figure"
 238
 239 \end_inset
 240
 241  for example.
 242 \end_layout
 243
 244 \begin_layout Standard
 245 \begin_inset Float figure
 246 placement tbph
 247 wide false
 248 sideways false
 249 status open
 250
 251 \begin_layout Plain Layout
 252 \begin_inset ERT
 253 status open
 254
 255 \begin_layout Plain Layout
 256
 257 <<sample-figure, fig.width=5, fig.height=3, out.width='.4
 258 \backslash
 259
 260 \backslash
 261 linewidth', fig.align='center'>>=
 262 \end_layout
 263
 264 \begin_layout Plain Layout
 265
 266 par(mar = c(4,4,.1,.1))
 267 \end_layout
 268
 269 \begin_layout Plain Layout
 270
 271 plot(x, pch=19, col=1:10)
 272 \end_layout
 273
 274 \begin_layout Plain Layout
 275
 276 @
 277 \end_layout
 278
 279 \end_inset
 280
 281
 282 \end_layout
 283
 284 \begin_layout Plain Layout
 285 \begin_inset Caption
 286
 287 \begin_layout Plain Layout
 288 A sample figure.
 289 \begin_inset CommandInset label
 290 LatexCommand label
 291 name "fig:sample-figure"
 292
 293 \end_inset
 294
 295
 296 \end_layout
 297
 298 \end_inset
 299
 300
 301 \end_layout
 302
 303 \end_inset
 304
 305
 306 \end_layout
 307
 308 \begin_layout Standard
 309 \begin_inset Note Note
 310 status open
 311
 312 \begin_layout Plain Layout
 313 When you insert a BibTeX bibliography here, do not use any bib styles.
 314  The R Journal has declared the style to be
 315 \begin_inset Quotes eld
 316 \end_inset
 317
 318 abbrvnat
 319 \begin_inset Quotes erd
 320 \end_inset
 321
 322 .
 323 \end_layout
 324
 325 \end_inset
 326
 327
 328 \end_layout
 329
 330 \begin_layout Standard
 331 \begin_inset CommandInset bibtex
 332 LatexCommand bibtex
 333 bibfiles "biblio"
 334
 335 \end_inset
 336
 337
 338 \end_layout
 339
 340 \begin_layout Standard
 341 \begin_inset Flex Address
 342 status collapsed
 343
 344 \begin_layout Plain Layout
 345 Author A
 346 \begin_inset Newline newline
 347 \end_inset
 348
 349 Press Ctrl+Enter to input
 350 \begin_inset Newline newline
 351 \end_inset
 352
 353 address here
 354 \end_layout
 355
 356 \end_inset
 357
 358
 359 \begin_inset Newline newline
 360 \end_inset
 361
 362
 363 \begin_inset Flex Email
 364 status collapsed
 365
 366 \begin_layout Plain Layout
 367 author.a@email
 368 \end_layout
 369
 370 \end_inset
 371
 372
 373 \end_layout
 374
 375 \begin_layout Standard
 376 \begin_inset Flex Address
 377 status collapsed
 378
 379 \begin_layout Plain Layout
 380 Author B
 381 \end_layout
 382
 383 \end_inset
 384
 385
 386 \begin_inset Newline newline
 387 \end_inset
 388
 389
 390 \begin_inset Flex Email
 391 status collapsed
 392
 393 \begin_layout Plain Layout
 394 author.b@email
 395 \end_layout
 396
 397 \end_inset
 398
 399
 400 \end_layout
 401
 402 \begin_layout Standard
 403 \begin_inset ERT
 404 status collapsed
 405
 406 \begin_layout Plain Layout
 407
 408
 409 \backslash
 410 end{article}
 411 \end_layout
 412
 413 \end_inset
 414
 415
 416 \begin_inset Note Note
 417 status open
 418
 419 \begin_layout Plain Layout
 420 Note
 421 \backslash
 422 begin{article} in the beginning of this article; now we close the
 423 \begin_inset Quotes eld
 424 \end_inset
 425
 426 article
 427 \begin_inset Quotes erd
 428 \end_inset
 429
 430  environment.
 431 \end_layout
 432
 433 \end_inset
 434
 435
 436 \end_layout
 437
 438 \end_body
 439 \end_document