lib/templates/JSS-article.lyx

   1 #LyX 2.1.0svn created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 413
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \use_default_options false
   6 \textclass jss
   7 \begin_preamble
   8 %the following commands are used only for articles and codesnippets
   9
  10 \author{First Author\\Affiliation of the first author \And
  11         Second Author\\Affiliation of the second author \AND
  12         Third Author\\Affiliation of the third author}
  13 \title{Article About the Use of Package \pkg{foo} in \proglang{R}}
  14
  15 % the same as above, without any formatting
  16 \Plainauthor{First Author, Second Author, Third author}
  17 \Plaintitle{Article About the Use of Package foo in R}
  18 %if necessary, provide a short title
  19 \Shorttitle{Package foo in R}
  20
  21 \Abstract{This is the abstract of the article.}
  22 %at least one keyword is needed
  23 \Keywords{keyword 1, keyword 2, \pkg{foo}, \proglang{R}}
  24 %the same as above, without any formatting
  25 \Plainkeywords{keyword 1, keyword 2, foo, R}
  26
  27 %the following commands are used only for book or software reviews
  28
  29 %\Reviewer{Some Author\\University of Somewhere}
  30 %\Plainreviewer{Some Author}
  31
  32 %the following commands are used only for book reviews
  33 %\Booktitle{LyX and \proglang{R}: Secrets of the LyX Master}
  34 %\Bookauthor{Book Author}
  35 %\Pubyear{2008}
  36 %\ISBN{0-12345-678-9}
  37 %\Pages{500}
  38
  39 %the following command is used only for software reviews
  40 %\Softwaretitle{\proglang{gretl 1.7.4}}
  41
  42 %the following commands are used only for book or software reviews
  43 %\Publisher{LyX Publishing Inc.}
  44 %\Pubaddress{LyX City}
  45 %\Price{USD 59.95 (P), USD 99.95 (H)}
  46 %\URL{http://www.lyx.org/}
  47
  48 %without any formatting
  49 %\Plaintitle{LyX and R: Secrets of the LyX Master}
  50 %\Shorttitle{LyX and R}
  51
  52 %the following commands are used for articles, codesnippets, book reviews and software reviews
  53
  54 %publication information
  55 %do not use these commands before the article has been accepted
  56 %\Volume{00}
  57 %\Issue{0}
  58 %\Month{Month}
  59 %\Year{2000}
  60 %\Submitdate{2000-00-00}
  61 %\Acceptdate{2000-00-00}
  62
  63 %The address of at least one author should be given in the following format
  64 \Address{
  65   First Author\\
  66   Department of Statistics\\
  67   University of Somewhere\\
  68   Somewhere, Somecountry\\
  69   E-mail: \email{first.author@lyx.org}\\
  70   URL: \url{http://www.lyx.org}
  71 }
  72 %you can add a telephone and fax number before the e-mail in the format
  73 %Telephone: +12/3/4567-89
  74 %Fax: +12/3/4567-89
  75
  76 %if you use Sweave,  include the following line (with % symbols):
  77 %% need no \usepackage{Sweave.sty}
  78 \end_preamble
  79 \options article
  80 \language english
  81 \language_package default
  82 \inputencoding auto
  83 \font_roman default
  84 \font_sans default
  85 \font_typewriter default
  86 \font_default_family default
  87 \font_sc false
  88 \font_osf false
  89 \font_sf_scale 100
  90 \font_tt_scale 100
  91 \graphics default
  92 \paperfontsize default
  93 \spacing single
  94 \use_hyperref false
  95 \papersize default
  96 \use_geometry false
  97 \use_amsmath 0
  98 \use_esint 0
  99 \use_mhchem 1
 100 \use_mathdots 1
 101 \cite_engine natbib_authoryear
 102 \use_bibtopic false
 103 \paperorientation portrait
 104 \secnumdepth 3
 105 \tocdepth 3
 106 \paragraph_separation indent
 107 \defskip medskip
 108 \quotes_language english
 109 \papercolumns 1
 110 \papersides 1
 111 \paperpagestyle default
 112 \tracking_changes false
 113 \output_changes false
 114 \author 1 ""
 115 \author 2 ""
 116 \use_refstyle 0
 117 \end_header
 118
 119 \begin_body
 120
 121 \begin_layout Standard
 122 \begin_inset Note Note
 123 status open
 124
 125 \begin_layout Plain Layout
 126 This is a template LyX file for an article written using the Journal of
 127  Statistical Software (JSS) LaTeX style file, which can be downloaded from
 128  http://www.jstatsoft.org/downloads/JSSstyle.zip.
 129  These files have to be installed before this template can be used.
 130  Consult chapter 5.1 in the LyX Customization manual.
 131  See also the documentation included with the JSS LaTeX style file.
 132 \end_layout
 133
 134 \begin_layout Plain Layout
 135 Note that title, author, address, abstract, keywords etc for this article
 136  style are written in the LaTeX preamble (accessed from Document\SpecialChar \menuseparator
 137 Settings...\SpecialChar \menuseparator
 138 LaTeX
 139  Preamble).
 140
 141 \end_layout
 142
 143 \begin_layout Plain Layout
 144 To use the JSS codesnippet, bookreview or softwarereview styles, replace
 145  the option
 146 \begin_inset Quotes eld
 147 \end_inset
 148
 149 article
 150 \begin_inset Quotes erd
 151 \end_inset
 152
 153  in Document\SpecialChar \menuseparator
 154 Settings...\SpecialChar \menuseparator
 155 Document Class\SpecialChar \menuseparator
 156 Options with
 157 \begin_inset Quotes eld
 158 \end_inset
 159
 160 codesnippet
 161 \begin_inset Quotes erd
 162 \end_inset
 163
 164 ,
 165 \begin_inset Quotes eld
 166 \end_inset
 167
 168 bookreview
 169 \begin_inset Quotes erd
 170 \end_inset
 171
 172  or
 173 \begin_inset Quotes eld
 174 \end_inset
 175
 176 softwarereview
 177 \begin_inset Quotes erd
 178 \end_inset
 179
 180  and remove/uncomment the relevant parts in the LaTeX Preamble.
 181
 182 \end_layout
 183
 184 \begin_layout Plain Layout
 185 If you want to use this JSS article style for a non-JSS article, replace
 186  the option
 187 \begin_inset Quotes eld
 188 \end_inset
 189
 190 article
 191 \begin_inset Quotes erd
 192 \end_inset
 193
 194  with
 195 \begin_inset Quotes eld
 196 \end_inset
 197
 198 nojss
 199 \begin_inset Quotes erd
 200 \end_inset
 201
 202 .
 203  This will suppress the JSS-specic parts of the layout.
 204 \end_layout
 205
 206 \begin_layout Plain Layout
 207 To include the JSS-specific parts of the layout, the article has to be processed
 208  with PDF, i.e.
 209  you cannot process it with DVI or PS.
 210  However, if the option
 211 \begin_inset Quotes eld
 212 \end_inset
 213
 214 nojss
 215 \begin_inset Quotes erd
 216 \end_inset
 217
 218  is used, it can be processed with DVI or PS.
 219 \end_layout
 220
 221 \end_inset
 222
 223
 224 \end_layout
 225
 226 \begin_layout Section
 227 \begin_inset Note Note
 228 status collapsed
 229
 230 \begin_layout Plain Layout
 231 The opt field provides bookmarks for PDF files
 232 \end_layout
 233
 234 \end_inset
 235
 236
 237 \begin_inset Argument
 238 status collapsed
 239
 240 \begin_layout Plain Layout
 241 About package foo in R
 242 \end_layout
 243
 244 \end_inset
 245
 246 About package
 247 \begin_inset ERT
 248 status collapsed
 249
 250 \begin_layout Plain Layout
 251
 252
 253 \backslash
 254 pkg
 255 \end_layout
 256
 257 \end_inset
 258
 259
 260 \begin_inset ERT
 261 status collapsed
 262
 263 \begin_layout Plain Layout
 264
 265 {
 266 \end_layout
 267
 268 \end_inset
 269
 270 foo
 271 \begin_inset ERT
 272 status collapsed
 273
 274 \begin_layout Plain Layout
 275
 276 }
 277 \end_layout
 278
 279 \end_inset
 280
 281  in
 282 \begin_inset ERT
 283 status collapsed
 284
 285 \begin_layout Plain Layout
 286
 287
 288 \backslash
 289 proglang
 290 \end_layout
 291
 292 \end_inset
 293
 294
 295 \begin_inset ERT
 296 status collapsed
 297
 298 \begin_layout Plain Layout
 299
 300 {
 301 \end_layout
 302
 303 \end_inset
 304
 305 R
 306 \begin_inset ERT
 307 status collapsed
 308
 309 \begin_layout Plain Layout
 310
 311 }
 312 \end_layout
 313
 314 \end_inset
 315
 316
 317 \end_layout
 318
 319 \begin_layout Standard
 320 The special JSS style commands related to software and mathematical formulas
 321  are written as follows in LyX:
 322 \begin_inset ERT
 323 status open
 324
 325 \begin_layout Plain Layout
 326
 327
 328 \backslash
 329 proglang{R}
 330 \end_layout
 331
 332 \end_inset
 333
 334  or
 335 \begin_inset ERT
 336 status collapsed
 337
 338 \begin_layout Plain Layout
 339
 340
 341 \backslash
 342 proglang{
 343 \end_layout
 344
 345 \end_inset
 346
 347 R
 348 \begin_inset ERT
 349 status collapsed
 350
 351 \begin_layout Plain Layout
 352
 353 }
 354 \end_layout
 355
 356 \end_inset
 357
 358  for the names of programming languages,
 359 \begin_inset ERT
 360 status open
 361
 362 \begin_layout Plain Layout
 363
 364
 365 \backslash
 366 pkg{foo}
 367 \end_layout
 368
 369 \end_inset
 370
 371  or
 372 \begin_inset ERT
 373 status collapsed
 374
 375 \begin_layout Plain Layout
 376
 377
 378 \backslash
 379 pkg{
 380 \end_layout
 381
 382 \end_inset
 383
 384 foo
 385 \begin_inset ERT
 386 status collapsed
 387
 388 \begin_layout Plain Layout
 389
 390 }
 391 \end_layout
 392
 393 \end_inset
 394
 395  for software packages, and
 396 \begin_inset ERT
 397 status open
 398
 399 \begin_layout Plain Layout
 400
 401
 402 \backslash
 403 code{some code}
 404 \end_layout
 405
 406 \end_inset
 407
 408  or
 409 \begin_inset ERT
 410 status collapsed
 411
 412 \begin_layout Plain Layout
 413
 414
 415 \backslash
 416 pkg{
 417 \end_layout
 418
 419 \end_inset
 420
 421 some code
 422 \begin_inset ERT
 423 status collapsed
 424
 425 \begin_layout Plain Layout
 426
 427 }
 428 \end_layout
 429
 430 \end_inset
 431
 432  for code;
 433 \begin_inset Formula $\E$
 434 \end_inset
 435
 436
 437 \begin_inset Note Note
 438 status open
 439
 440 \begin_layout Plain Layout
 441 written as
 442 \backslash
 443 E
 444 \end_layout
 445
 446 \end_inset
 447
 448  for expectations,
 449 \begin_inset Formula $\VAR$
 450 \end_inset
 451
 452
 453 \begin_inset Note Note
 454 status open
 455
 456 \begin_layout Plain Layout
 457 written as
 458 \backslash
 459 VAR
 460 \end_layout
 461
 462 \end_inset
 463
 464  for variances,
 465 \begin_inset Formula $\COV$
 466 \end_inset
 467
 468
 469 \begin_inset Note Note
 470 status open
 471
 472 \begin_layout Plain Layout
 473 written as
 474 \backslash
 475 COV
 476 \end_layout
 477
 478 \end_inset
 479
 480  for covariances, and
 481 \begin_inset Formula $\Prob$
 482 \end_inset
 483
 484
 485 \begin_inset Note Note
 486 status open
 487
 488 \begin_layout Plain Layout
 489 written as
 490 \backslash
 491 Prob
 492 \end_layout
 493
 494 \end_inset
 495
 496  for probabilities.
 497 \end_layout
 498
 499 \begin_layout Standard
 500 Writing several lines of code:
 501 \end_layout
 502
 503 \begin_layout Standard
 504 \begin_inset ERT
 505 status open
 506
 507 \begin_layout Plain Layout
 508
 509
 510 \backslash
 511 begin{CodeChunk}
 512 \end_layout
 513
 514 \begin_layout Plain Layout
 515
 516
 517 \backslash
 518 begin{Code}
 519 \end_layout
 520
 521 \begin_layout Plain Layout
 522
 523 first line of code
 524 \end_layout
 525
 526 \begin_layout Plain Layout
 527
 528 second line of code
 529 \end_layout
 530
 531 \begin_layout Plain Layout
 532
 533 third line of code
 534 \end_layout
 535
 536 \begin_layout Plain Layout
 537
 538
 539 \backslash
 540 end{Code}
 541 \end_layout
 542
 543 \begin_layout Plain Layout
 544
 545
 546 \backslash
 547 end{CodeChunk}
 548 \end_layout
 549
 550 \end_inset
 551
 552
 553 \end_layout
 554
 555 \begin_layout Standard
 556 Alternatively, you can distinguish between input and output code:
 557 \end_layout
 558
 559 \begin_layout Standard
 560 \begin_inset ERT
 561 status open
 562
 563 \begin_layout Plain Layout
 564
 565
 566 \backslash
 567 begin{CodeChunk}
 568 \end_layout
 569
 570 \begin_layout Plain Layout
 571
 572
 573 \backslash
 574 begin{CodeInput}
 575 \end_layout
 576
 577 \begin_layout Plain Layout
 578
 579 first line of input code
 580 \end_layout
 581
 582 \begin_layout Plain Layout
 583
 584 second line of input code
 585 \end_layout
 586
 587 \begin_layout Plain Layout
 588
 589
 590 \backslash
 591 end{CodeInput}
 592 \end_layout
 593
 594 \begin_layout Plain Layout
 595
 596
 597 \backslash
 598 begin{CodeOutput}
 599 \end_layout
 600
 601 \begin_layout Plain Layout
 602
 603 first line of output code
 604 \end_layout
 605
 606 \begin_layout Plain Layout
 607
 608 second line of output code
 609 \end_layout
 610
 611 \begin_layout Plain Layout
 612
 613 third line of output code
 614 \end_layout
 615
 616 \begin_layout Plain Layout
 617
 618
 619 \backslash
 620 end{CodeOutput}
 621 \end_layout
 622
 623 \begin_layout Plain Layout
 624
 625
 626 \backslash
 627 end{CodeChunk}
 628 \end_layout
 629
 630 \end_inset
 631
 632
 633 \end_layout
 634
 635 \begin_layout Section*
 636 Acknowledgments
 637 \end_layout
 638
 639 \begin_layout Standard
 640 Here you can write some acknowledgments.
 641 \end_layout
 642
 643 \end_body
 644 \end_document