lib/templates/JSS-article.lyx

   1 #LyX 2.0 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 413
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \textclass jss
   6 \begin_preamble
   7 %the following commands are used only for articles and codesnippets
   8
   9 \author{First Author\\Affiliation of the first author \And
  10         Second Author\\Affiliation of the second author \AND
  11         Third Author\\Affiliation of the third author}
  12 \title{Article About the Use of Package \pkg{foo} in \proglang{R}}
  13
  14 % the same as above, without any formatting
  15 \Plainauthor{First Author, Second Author, Third author}
  16 \Plaintitle{Article About the Use of Package foo in R}
  17 %if necessary, provide a short title
  18 \Shorttitle{Package foo in R}
  19
  20 \Abstract{This is the abstract of the article.}
  21 %at least one keyword is needed
  22 \Keywords{keyword 1, keyword 2, \pkg{foo}, \proglang{R}}
  23 %the same as above, without any formatting
  24 \Plainkeywords{keyword 1, keyword 2, foo, R}
  25
  26 %the following commands are used only for book or software reviews
  27
  28 %\Reviewer{Some Author\\University of Somewhere}
  29 %\Plainreviewer{Some Author}
  30
  31 %the following commands are used only for book reviews
  32 %\Booktitle{LyX and \proglang{R}: Secrets of the LyX Master}
  33 %\Bookauthor{Book Author}
  34 %\Pubyear{2008}
  35 %\ISBN{0-12345-678-9}
  36 %\Pages{500}
  37
  38 %the following command is used only for software reviews
  39 %\Softwaretitle{\proglang{gretl 1.7.4}}
  40
  41 %the following commands are used only for book or software reviews
  42 %\Publisher{LyX Publishing Inc.}
  43 %\Pubaddress{LyX City}
  44 %\Price{USD 59.95 (P), USD 99.95 (H)}
  45 %\URL{http://www.lyx.org/}
  46
  47 %without any formatting
  48 %\Plaintitle{LyX and R: Secrets of the LyX Master}
  49 %\Shorttitle{LyX and R}
  50
  51 %the following commands are used for articles, codesnippets, book reviews and software reviews
  52
  53 %publication information
  54 %do not use these commands before the article has been accepted
  55 %\Volume{00}
  56 %\Issue{0}
  57 %\Month{Month}
  58 %\Year{2000}
  59 %\Submitdate{2000-00-00}
  60 %\Acceptdate{2000-00-00}
  61
  62 %The address of at least one author should be given in the following format
  63 \Address{
  64   First Author\\
  65   Department of Statistics\\
  66   University of Somewhere\\
  67   Somewhere, Somecountry\\
  68   E-mail: \email{first.author@lyx.org}\\
  69   URL: \url{http://www.lyx.org}
  70 }
  71 %you can add a telephone and fax number before the e-mail in the format
  72 %Telephone: +12/3/4567-89
  73 %Fax: +12/3/4567-89
  74
  75 %if you use Sweave,  include the following line (with % symbols):
  76 %% need no \usepackage{Sweave.sty}
  77 \end_preamble
  78 \options article
  79 \use_default_options false
  80 \maintain_unincluded_children false
  81 \language english
  82 \language_package default
  83 \inputencoding auto
  84 \fontencoding global
  85 \font_roman default
  86 \font_sans default
  87 \font_typewriter default
  88 \font_default_family default
  89 \use_non_tex_fonts false
  90 \font_sc false
  91 \font_osf false
  92 \font_sf_scale 100
  93 \font_tt_scale 100
  94
  95 \graphics default
  96 \default_output_format pdf2
  97 \output_sync 0
  98 \bibtex_command default
  99 \index_command default
 100 \paperfontsize default
 101 \spacing single
 102 \use_hyperref false
 103 \papersize default
 104 \use_geometry false
 105 \use_amsmath 0
 106 \use_esint 0
 107 \use_mhchem 1
 108 \use_mathdots 1
 109 \cite_engine natbib_authoryear
 110 \use_bibtopic false
 111 \use_indices false
 112 \paperorientation portrait
 113 \suppress_date false
 114 \use_refstyle 0
 115 \index Index
 116 \shortcut idx
 117 \color #008000
 118 \end_index
 119 \secnumdepth 3
 120 \tocdepth 3
 121 \paragraph_separation indent
 122 \paragraph_indentation default
 123 \quotes_language english
 124 \papercolumns 1
 125 \papersides 1
 126 \paperpagestyle default
 127 \tracking_changes false
 128 \output_changes false
 129 \html_math_output 0
 130 \html_css_as_file 0
 131 \html_be_strict false
 132 \end_header
 133
 134 \begin_body
 135
 136 \begin_layout Standard
 137 \begin_inset Note Note
 138 status open
 139
 140 \begin_layout Plain Layout
 141 This is a template LyX file for articles to be submitted to the Journal
 142  of Statistical Software (JSS).
 143  How to install the JSS LaTeX class to your LaTeX system is explained in
 144
 145 \begin_inset Flex URL
 146 status open
 147
 148 \begin_layout Plain Layout
 149
 150 http://wiki.lyx.org/Layouts/JSS
 151 \end_layout
 152
 153 \end_inset
 154
 155 .
 156 \end_layout
 157
 158 \end_inset
 159
 160
 161 \begin_inset Note Note
 162 status open
 163
 164 \begin_layout Plain Layout
 165 Note that title, author, address, abstract, keywords etc for this article
 166  style are written in the LaTeX preamble (accessed from Document\SpecialChar \menuseparator
 167 Settings...\SpecialChar \menuseparator
 168 LaTeX
 169  Preamble).
 170
 171 \end_layout
 172
 173 \begin_layout Plain Layout
 174 To use the JSS codesnippet, bookreview or softwarereview styles, replace
 175  the option
 176 \begin_inset Quotes eld
 177 \end_inset
 178
 179 article
 180 \begin_inset Quotes erd
 181 \end_inset
 182
 183  in Document\SpecialChar \menuseparator
 184 Settings...\SpecialChar \menuseparator
 185 Document Class\SpecialChar \menuseparator
 186 Options with
 187 \begin_inset Quotes eld
 188 \end_inset
 189
 190 codesnippet
 191 \begin_inset Quotes erd
 192 \end_inset
 193
 194 ,
 195 \begin_inset Quotes eld
 196 \end_inset
 197
 198 bookreview
 199 \begin_inset Quotes erd
 200 \end_inset
 201
 202  or
 203 \begin_inset Quotes eld
 204 \end_inset
 205
 206 softwarereview
 207 \begin_inset Quotes erd
 208 \end_inset
 209
 210  and remove/uncomment the relevant parts in the LaTeX Preamble.
 211
 212 \end_layout
 213
 214 \begin_layout Plain Layout
 215 If you want to use this JSS article style for a non-JSS article, replace
 216  the option
 217 \begin_inset Quotes eld
 218 \end_inset
 219
 220 article
 221 \begin_inset Quotes erd
 222 \end_inset
 223
 224  with
 225 \begin_inset Quotes eld
 226 \end_inset
 227
 228 nojss
 229 \begin_inset Quotes erd
 230 \end_inset
 231
 232 .
 233  This will suppress the JSS-specic parts of the layout.
 234 \end_layout
 235
 236 \begin_layout Plain Layout
 237 To include the JSS-specific parts of the layout, the article has to be processed
 238  with PDF, i.e.
 239  you cannot process it with DVI or PS.
 240  However, if the option
 241 \begin_inset Quotes eld
 242 \end_inset
 243
 244 nojss
 245 \begin_inset Quotes erd
 246 \end_inset
 247
 248  is used, it can be processed with DVI or PS.
 249 \end_layout
 250
 251 \end_inset
 252
 253
 254 \end_layout
 255
 256 \begin_layout Section
 257 \begin_inset Note Note
 258 status collapsed
 259
 260 \begin_layout Plain Layout
 261 The opt field provides bookmarks for PDF files
 262 \end_layout
 263
 264 \end_inset
 265
 266
 267 \begin_inset Argument
 268 status collapsed
 269
 270 \begin_layout Plain Layout
 271 About package foo in R
 272 \end_layout
 273
 274 \end_inset
 275
 276 About package
 277 \begin_inset ERT
 278 status collapsed
 279
 280 \begin_layout Plain Layout
 281
 282
 283 \backslash
 284 pkg
 285 \end_layout
 286
 287 \end_inset
 288
 289
 290 \begin_inset ERT
 291 status collapsed
 292
 293 \begin_layout Plain Layout
 294
 295 {
 296 \end_layout
 297
 298 \end_inset
 299
 300 foo
 301 \begin_inset ERT
 302 status collapsed
 303
 304 \begin_layout Plain Layout
 305
 306 }
 307 \end_layout
 308
 309 \end_inset
 310
 311  in
 312 \begin_inset ERT
 313 status collapsed
 314
 315 \begin_layout Plain Layout
 316
 317
 318 \backslash
 319 proglang
 320 \end_layout
 321
 322 \end_inset
 323
 324
 325 \begin_inset ERT
 326 status collapsed
 327
 328 \begin_layout Plain Layout
 329
 330 {
 331 \end_layout
 332
 333 \end_inset
 334
 335 R
 336 \begin_inset ERT
 337 status collapsed
 338
 339 \begin_layout Plain Layout
 340
 341 }
 342 \end_layout
 343
 344 \end_inset
 345
 346
 347 \end_layout
 348
 349 \begin_layout Standard
 350 The special JSS style commands related to software and mathematical formulas
 351  are written as follows in LyX:
 352 \begin_inset ERT
 353 status open
 354
 355 \begin_layout Plain Layout
 356
 357
 358 \backslash
 359 proglang{R}
 360 \end_layout
 361
 362 \end_inset
 363
 364  or
 365 \begin_inset ERT
 366 status collapsed
 367
 368 \begin_layout Plain Layout
 369
 370
 371 \backslash
 372 proglang{
 373 \end_layout
 374
 375 \end_inset
 376
 377 R
 378 \begin_inset ERT
 379 status collapsed
 380
 381 \begin_layout Plain Layout
 382
 383 }
 384 \end_layout
 385
 386 \end_inset
 387
 388  for the names of programming languages,
 389 \begin_inset ERT
 390 status open
 391
 392 \begin_layout Plain Layout
 393
 394
 395 \backslash
 396 pkg{foo}
 397 \end_layout
 398
 399 \end_inset
 400
 401  or
 402 \begin_inset ERT
 403 status collapsed
 404
 405 \begin_layout Plain Layout
 406
 407
 408 \backslash
 409 pkg{
 410 \end_layout
 411
 412 \end_inset
 413
 414 foo
 415 \begin_inset ERT
 416 status collapsed
 417
 418 \begin_layout Plain Layout
 419
 420 }
 421 \end_layout
 422
 423 \end_inset
 424
 425  for software packages, and
 426 \begin_inset ERT
 427 status open
 428
 429 \begin_layout Plain Layout
 430
 431
 432 \backslash
 433 code{some code}
 434 \end_layout
 435
 436 \end_inset
 437
 438  or
 439 \begin_inset ERT
 440 status collapsed
 441
 442 \begin_layout Plain Layout
 443
 444
 445 \backslash
 446 pkg{
 447 \end_layout
 448
 449 \end_inset
 450
 451 some code
 452 \begin_inset ERT
 453 status collapsed
 454
 455 \begin_layout Plain Layout
 456
 457 }
 458 \end_layout
 459
 460 \end_inset
 461
 462  for code;
 463 \begin_inset Formula $\E$
 464 \end_inset
 465
 466
 467 \begin_inset Note Note
 468 status open
 469
 470 \begin_layout Plain Layout
 471 written as
 472 \backslash
 473 E
 474 \end_layout
 475
 476 \end_inset
 477
 478  for expectations,
 479 \begin_inset Formula $\VAR$
 480 \end_inset
 481
 482
 483 \begin_inset Note Note
 484 status open
 485
 486 \begin_layout Plain Layout
 487 written as
 488 \backslash
 489 VAR
 490 \end_layout
 491
 492 \end_inset
 493
 494  for variances,
 495 \begin_inset Formula $\COV$
 496 \end_inset
 497
 498
 499 \begin_inset Note Note
 500 status open
 501
 502 \begin_layout Plain Layout
 503 written as
 504 \backslash
 505 COV
 506 \end_layout
 507
 508 \end_inset
 509
 510  for covariances, and
 511 \begin_inset Formula $\Prob$
 512 \end_inset
 513
 514
 515 \begin_inset Note Note
 516 status open
 517
 518 \begin_layout Plain Layout
 519 written as
 520 \backslash
 521 Prob
 522 \end_layout
 523
 524 \end_inset
 525
 526  for probabilities.
 527 \end_layout
 528
 529 \begin_layout Standard
 530 Writing several lines of code:
 531 \end_layout
 532
 533 \begin_layout Standard
 534 \begin_inset ERT
 535 status open
 536
 537 \begin_layout Plain Layout
 538
 539
 540 \backslash
 541 begin{CodeChunk}
 542 \end_layout
 543
 544 \begin_layout Plain Layout
 545
 546
 547 \backslash
 548 begin{Code}
 549 \end_layout
 550
 551 \begin_layout Plain Layout
 552
 553 first line of code
 554 \end_layout
 555
 556 \begin_layout Plain Layout
 557
 558 second line of code
 559 \end_layout
 560
 561 \begin_layout Plain Layout
 562
 563 third line of code
 564 \end_layout
 565
 566 \begin_layout Plain Layout
 567
 568
 569 \backslash
 570 end{Code}
 571 \end_layout
 572
 573 \begin_layout Plain Layout
 574
 575
 576 \backslash
 577 end{CodeChunk}
 578 \end_layout
 579
 580 \end_inset
 581
 582
 583 \end_layout
 584
 585 \begin_layout Standard
 586 Alternatively, you can distinguish between input and output code:
 587 \end_layout
 588
 589 \begin_layout Standard
 590 \begin_inset ERT
 591 status open
 592
 593 \begin_layout Plain Layout
 594
 595
 596 \backslash
 597 begin{CodeChunk}
 598 \end_layout
 599
 600 \begin_layout Plain Layout
 601
 602
 603 \backslash
 604 begin{CodeInput}
 605 \end_layout
 606
 607 \begin_layout Plain Layout
 608
 609 first line of input code
 610 \end_layout
 611
 612 \begin_layout Plain Layout
 613
 614 second line of input code
 615 \end_layout
 616
 617 \begin_layout Plain Layout
 618
 619
 620 \backslash
 621 end{CodeInput}
 622 \end_layout
 623
 624 \begin_layout Plain Layout
 625
 626
 627 \backslash
 628 begin{CodeOutput}
 629 \end_layout
 630
 631 \begin_layout Plain Layout
 632
 633 first line of output code
 634 \end_layout
 635
 636 \begin_layout Plain Layout
 637
 638 second line of output code
 639 \end_layout
 640
 641 \begin_layout Plain Layout
 642
 643 third line of output code
 644 \end_layout
 645
 646 \begin_layout Plain Layout
 647
 648
 649 \backslash
 650 end{CodeOutput}
 651 \end_layout
 652
 653 \begin_layout Plain Layout
 654
 655
 656 \backslash
 657 end{CodeChunk}
 658 \end_layout
 659
 660 \end_inset
 661
 662
 663 \end_layout
 664
 665 \begin_layout Section*
 666 Acknowledgments
 667 \end_layout
 668
 669 \begin_layout Standard
 670 Here you can write some acknowledgments.
 671 \end_layout
 672
 673 \end_body
 674 \end_document