lib/templates/JSS-article.lyx

   1 #LyX 2.1 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 474
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \textclass jss
   6 \begin_preamble
   7 %the following commands are used only for articles and codesnippets
   8
   9 \author{First Author\\Affiliation of the first author \And
  10         Second Author\\Affiliation of the second author \AND
  11         Third Author\\Affiliation of the third author}
  12 \title{Article About the Use of Package \pkg{foo} in \proglang{R}}
  13
  14 % the same as above, without any formatting
  15 \Plainauthor{First Author, Second Author, Third author}
  16 \Plaintitle{Article About the Use of Package foo in R}
  17 %if necessary, provide a short title
  18 \Shorttitle{Package foo in R}
  19
  20 \Abstract{This is the abstract of the article.}
  21 %at least one keyword is needed
  22 \Keywords{keyword 1, keyword 2, \pkg{foo}, \proglang{R}}
  23 %the same as above, without any formatting
  24 \Plainkeywords{keyword 1, keyword 2, foo, R}
  25
  26 %the following commands are used only for book or software reviews
  27
  28 %\Reviewer{Some Author\\University of Somewhere}
  29 %\Plainreviewer{Some Author}
  30
  31 %the following commands are used only for book reviews
  32 %\Booktitle{LyX and \proglang{R}: Secrets of the LyX Master}
  33 %\Bookauthor{Book Author}
  34 %\Pubyear{2008}
  35 %\ISBN{0-12345-678-9}
  36 %\Pages{500}
  37
  38 %the following command is used only for software reviews
  39 %\Softwaretitle{\proglang{gretl 1.7.4}}
  40
  41 %the following commands are used only for book or software reviews
  42 %\Publisher{LyX Publishing Inc.}
  43 %\Pubaddress{LyX City}
  44 %\Price{USD 59.95 (P), USD 99.95 (H)}
  45 %\URL{http://www.lyx.org/}
  46
  47 %without any formatting
  48 %\Plaintitle{LyX and R: Secrets of the LyX Master}
  49 %\Shorttitle{LyX and R}
  50
  51 %the following commands are used for articles, codesnippets, book reviews and software reviews
  52
  53 %publication information
  54 %do not use these commands before the article has been accepted
  55 %\Volume{00}
  56 %\Issue{0}
  57 %\Month{Month}
  58 %\Year{2000}
  59 %\Submitdate{2000-00-00}
  60 %\Acceptdate{2000-00-00}
  61
  62 %The address of at least one author should be given in the following format
  63 \Address{
  64   First Author\\
  65   Department of Statistics\\
  66   University of Somewhere\\
  67   Somewhere, Somecountry\\
  68   E-mail: \email{first.author@lyx.org}\\
  69   URL: \url{http://www.lyx.org}
  70 }
  71 %you can add a telephone and fax number before the e-mail in the format
  72 %Telephone: +12/3/4567-89
  73 %Fax: +12/3/4567-89
  74
  75 %if you use Sweave,  include the following line (with % symbols):
  76 %% need no \usepackage{Sweave.sty}
  77 \end_preamble
  78 \options article
  79 \use_default_options false
  80 \maintain_unincluded_children false
  81 \language english
  82 \language_package default
  83 \inputencoding auto
  84 \fontencoding global
  85 \font_roman default
  86 \font_sans default
  87 \font_typewriter default
  88 \font_math auto
  89 \font_default_family default
  90 \use_non_tex_fonts false
  91 \font_sc false
  92 \font_osf false
  93 \font_sf_scale 100
  94 \font_tt_scale 100
  95 \graphics default
  96 \default_output_format pdf2
  97 \output_sync 0
  98 \bibtex_command default
  99 \index_command default
 100 \paperfontsize default
 101 \spacing single
 102 \use_hyperref false
 103 \papersize default
 104 \use_geometry false
 105 \use_package amsmath 0
 106 \use_package amssymb 0
 107 \use_package cancel 0
 108 \use_package esint 0
 109 \use_package mathdots 1
 110 \use_package mathtools 0
 111 \use_package mhchem 1
 112 \use_package stackrel 0
 113 \use_package stmaryrd 0
 114 \use_package undertilde 0
 115 \cite_engine natbib
 116 \cite_engine_type authoryear
 117 \biblio_style plainnat
 118 \use_bibtopic false
 119 \use_indices false
 120 \paperorientation portrait
 121 \suppress_date false
 122 \justification true
 123 \use_refstyle 0
 124 \index Index
 125 \shortcut idx
 126 \color #008000
 127 \end_index
 128 \secnumdepth 3
 129 \tocdepth 3
 130 \paragraph_separation indent
 131 \paragraph_indentation default
 132 \quotes_language english
 133 \papercolumns 1
 134 \papersides 1
 135 \paperpagestyle default
 136 \tracking_changes false
 137 \output_changes false
 138 \html_math_output 0
 139 \html_css_as_file 0
 140 \html_be_strict false
 141 \end_header
 142
 143 \begin_body
 144
 145 \begin_layout Standard
 146 \begin_inset Note Note
 147 status open
 148
 149 \begin_layout Plain Layout
 150 This is a template LyX file for articles to be submitted to the Journal
 151  of Statistical Software (JSS).
 152  How to install the JSS LaTeX class to your LaTeX system is explained in
 153
 154 \begin_inset Flex URL
 155 status open
 156
 157 \begin_layout Plain Layout
 158
 159 http://wiki.lyx.org/Layouts/JSS
 160 \end_layout
 161
 162 \end_inset
 163
 164 .
 165 \end_layout
 166
 167 \end_inset
 168
 169
 170 \begin_inset Note Note
 171 status open
 172
 173 \begin_layout Plain Layout
 174 Note that title, author, address, abstract, keywords etc for this article
 175  style are written in the LaTeX preamble (accessed from Document\SpecialChar \menuseparator
 176 Settings...\SpecialChar \menuseparator
 177 LaTeX
 178  Preamble).
 179
 180 \end_layout
 181
 182 \begin_layout Plain Layout
 183 To use the JSS codesnippet, bookreview or softwarereview styles, replace
 184  the option
 185 \begin_inset Quotes eld
 186 \end_inset
 187
 188 article
 189 \begin_inset Quotes erd
 190 \end_inset
 191
 192  in Document\SpecialChar \menuseparator
 193 Settings...\SpecialChar \menuseparator
 194 Document Class\SpecialChar \menuseparator
 195 Options with
 196 \begin_inset Quotes eld
 197 \end_inset
 198
 199 codesnippet
 200 \begin_inset Quotes erd
 201 \end_inset
 202
 203 ,
 204 \begin_inset Quotes eld
 205 \end_inset
 206
 207 bookreview
 208 \begin_inset Quotes erd
 209 \end_inset
 210
 211  or
 212 \begin_inset Quotes eld
 213 \end_inset
 214
 215 softwarereview
 216 \begin_inset Quotes erd
 217 \end_inset
 218
 219  and remove/uncomment the relevant parts in the LaTeX Preamble.
 220
 221 \end_layout
 222
 223 \begin_layout Plain Layout
 224 If you want to use this JSS article style for a non-JSS article, replace
 225  the option
 226 \begin_inset Quotes eld
 227 \end_inset
 228
 229 article
 230 \begin_inset Quotes erd
 231 \end_inset
 232
 233  with
 234 \begin_inset Quotes eld
 235 \end_inset
 236
 237 nojss
 238 \begin_inset Quotes erd
 239 \end_inset
 240
 241 .
 242  This will suppress the JSS-specic parts of the layout.
 243 \end_layout
 244
 245 \begin_layout Plain Layout
 246 To include the JSS-specific parts of the layout, the article has to be processed
 247  with PDF, i.e.
 248  you cannot process it with DVI or PS.
 249  However, if the option
 250 \begin_inset Quotes eld
 251 \end_inset
 252
 253 nojss
 254 \begin_inset Quotes erd
 255 \end_inset
 256
 257  is used, it can be processed with DVI or PS.
 258 \end_layout
 259
 260 \end_inset
 261
 262
 263 \end_layout
 264
 265 \begin_layout Section
 266 \begin_inset Note Note
 267 status collapsed
 268
 269 \begin_layout Plain Layout
 270 The opt field provides bookmarks for PDF files
 271 \end_layout
 272
 273 \end_inset
 274
 275
 276 \begin_inset Argument 1
 277 status collapsed
 278
 279 \begin_layout Plain Layout
 280 About package foo in R
 281 \end_layout
 282
 283 \end_inset
 284
 285 About package
 286 \begin_inset ERT
 287 status collapsed
 288
 289 \begin_layout Plain Layout
 290
 291
 292 \backslash
 293 pkg
 294 \end_layout
 295
 296 \end_inset
 297
 298
 299 \begin_inset ERT
 300 status collapsed
 301
 302 \begin_layout Plain Layout
 303
 304 {
 305 \end_layout
 306
 307 \end_inset
 308
 309 foo
 310 \begin_inset ERT
 311 status collapsed
 312
 313 \begin_layout Plain Layout
 314
 315 }
 316 \end_layout
 317
 318 \end_inset
 319
 320  in
 321 \begin_inset ERT
 322 status collapsed
 323
 324 \begin_layout Plain Layout
 325
 326
 327 \backslash
 328 proglang
 329 \end_layout
 330
 331 \end_inset
 332
 333
 334 \begin_inset ERT
 335 status collapsed
 336
 337 \begin_layout Plain Layout
 338
 339 {
 340 \end_layout
 341
 342 \end_inset
 343
 344 R
 345 \begin_inset ERT
 346 status collapsed
 347
 348 \begin_layout Plain Layout
 349
 350 }
 351 \end_layout
 352
 353 \end_inset
 354
 355
 356 \end_layout
 357
 358 \begin_layout Standard
 359 The special JSS style commands related to software and mathematical formulas
 360  are written as follows in LyX:
 361 \begin_inset ERT
 362 status open
 363
 364 \begin_layout Plain Layout
 365
 366
 367 \backslash
 368 proglang{R}
 369 \end_layout
 370
 371 \end_inset
 372
 373  or
 374 \begin_inset ERT
 375 status collapsed
 376
 377 \begin_layout Plain Layout
 378
 379
 380 \backslash
 381 proglang{
 382 \end_layout
 383
 384 \end_inset
 385
 386 R
 387 \begin_inset ERT
 388 status collapsed
 389
 390 \begin_layout Plain Layout
 391
 392 }
 393 \end_layout
 394
 395 \end_inset
 396
 397  for the names of programming languages,
 398 \begin_inset ERT
 399 status open
 400
 401 \begin_layout Plain Layout
 402
 403
 404 \backslash
 405 pkg{foo}
 406 \end_layout
 407
 408 \end_inset
 409
 410  or
 411 \begin_inset ERT
 412 status collapsed
 413
 414 \begin_layout Plain Layout
 415
 416
 417 \backslash
 418 pkg{
 419 \end_layout
 420
 421 \end_inset
 422
 423 foo
 424 \begin_inset ERT
 425 status collapsed
 426
 427 \begin_layout Plain Layout
 428
 429 }
 430 \end_layout
 431
 432 \end_inset
 433
 434  for software packages, and
 435 \begin_inset ERT
 436 status open
 437
 438 \begin_layout Plain Layout
 439
 440
 441 \backslash
 442 code{some code}
 443 \end_layout
 444
 445 \end_inset
 446
 447  or
 448 \begin_inset ERT
 449 status collapsed
 450
 451 \begin_layout Plain Layout
 452
 453
 454 \backslash
 455 pkg{
 456 \end_layout
 457
 458 \end_inset
 459
 460 some code
 461 \begin_inset ERT
 462 status collapsed
 463
 464 \begin_layout Plain Layout
 465
 466 }
 467 \end_layout
 468
 469 \end_inset
 470
 471  for code;
 472 \begin_inset Formula $\E$
 473 \end_inset
 474
 475
 476 \begin_inset Note Note
 477 status open
 478
 479 \begin_layout Plain Layout
 480 written as
 481 \backslash
 482 E
 483 \end_layout
 484
 485 \end_inset
 486
 487  for expectations,
 488 \begin_inset Formula $\VAR$
 489 \end_inset
 490
 491
 492 \begin_inset Note Note
 493 status open
 494
 495 \begin_layout Plain Layout
 496 written as
 497 \backslash
 498 VAR
 499 \end_layout
 500
 501 \end_inset
 502
 503  for variances,
 504 \begin_inset Formula $\COV$
 505 \end_inset
 506
 507
 508 \begin_inset Note Note
 509 status open
 510
 511 \begin_layout Plain Layout
 512 written as
 513 \backslash
 514 COV
 515 \end_layout
 516
 517 \end_inset
 518
 519  for covariances, and
 520 \begin_inset Formula $\Prob$
 521 \end_inset
 522
 523
 524 \begin_inset Note Note
 525 status open
 526
 527 \begin_layout Plain Layout
 528 written as
 529 \backslash
 530 Prob
 531 \end_layout
 532
 533 \end_inset
 534
 535  for probabilities.
 536 \end_layout
 537
 538 \begin_layout Standard
 539 Writing several lines of code:
 540 \end_layout
 541
 542 \begin_layout Standard
 543 \begin_inset ERT
 544 status open
 545
 546 \begin_layout Plain Layout
 547
 548
 549 \backslash
 550 begin{CodeChunk}
 551 \end_layout
 552
 553 \begin_layout Plain Layout
 554
 555
 556 \backslash
 557 begin{Code}
 558 \end_layout
 559
 560 \begin_layout Plain Layout
 561
 562 first line of code
 563 \end_layout
 564
 565 \begin_layout Plain Layout
 566
 567 second line of code
 568 \end_layout
 569
 570 \begin_layout Plain Layout
 571
 572 third line of code
 573 \end_layout
 574
 575 \begin_layout Plain Layout
 576
 577
 578 \backslash
 579 end{Code}
 580 \end_layout
 581
 582 \begin_layout Plain Layout
 583
 584
 585 \backslash
 586 end{CodeChunk}
 587 \end_layout
 588
 589 \end_inset
 590
 591
 592 \end_layout
 593
 594 \begin_layout Standard
 595 Alternatively, you can distinguish between input and output code:
 596 \end_layout
 597
 598 \begin_layout Standard
 599 \begin_inset ERT
 600 status open
 601
 602 \begin_layout Plain Layout
 603
 604
 605 \backslash
 606 begin{CodeChunk}
 607 \end_layout
 608
 609 \begin_layout Plain Layout
 610
 611
 612 \backslash
 613 begin{CodeInput}
 614 \end_layout
 615
 616 \begin_layout Plain Layout
 617
 618 first line of input code
 619 \end_layout
 620
 621 \begin_layout Plain Layout
 622
 623 second line of input code
 624 \end_layout
 625
 626 \begin_layout Plain Layout
 627
 628
 629 \backslash
 630 end{CodeInput}
 631 \end_layout
 632
 633 \begin_layout Plain Layout
 634
 635
 636 \backslash
 637 begin{CodeOutput}
 638 \end_layout
 639
 640 \begin_layout Plain Layout
 641
 642 first line of output code
 643 \end_layout
 644
 645 \begin_layout Plain Layout
 646
 647 second line of output code
 648 \end_layout
 649
 650 \begin_layout Plain Layout
 651
 652 third line of output code
 653 \end_layout
 654
 655 \begin_layout Plain Layout
 656
 657
 658 \backslash
 659 end{CodeOutput}
 660 \end_layout
 661
 662 \begin_layout Plain Layout
 663
 664
 665 \backslash
 666 end{CodeChunk}
 667 \end_layout
 668
 669 \end_inset
 670
 671
 672 \end_layout
 673
 674 \begin_layout Section*
 675 Acknowledgments
 676 \end_layout
 677
 678 \begin_layout Standard
 679 Here you can write some acknowledgments.
 680 \end_layout
 681
 682 \end_body
 683 \end_document