lib/templates/JSS-article.lyx

   1 #LyX 1.6.0svn created this file. For more info see http://www.lyx.org/\r
   2 \lyxformat 341\r
   3 \begin_document\r
   4 \begin_header\r
   5 \textclass jss\r
   6 \begin_preamble\r
   7 %the following commands are used only for articles and codesnippets\r
   8 \r
   9 \author{First Author\\Affiliation of the first author \And \r
  10         Second Author\\Affiliation of the second author \AND\r
  11         Third Author\\Affiliation of the third author}\r
  12 \title{Article About the Use of Package \pkg{foo} in \proglang{R}}\r
  13 \r
  14 % the same as above, without any formatting\r
  15 \Plainauthor{First Author, Second Author, Third author}\r
  16 \Plaintitle{Article About the Use of Package foo in R} \r
  17 %if necessary, provide a short title\r
  18 \Shorttitle{Package foo in R} \r
  19 \r
  20 \Abstract{This is the abstract of the article.}\r
  21 %at least one keyword is needed\r
  22 \Keywords{keyword 1, keyword 2, \pkg{foo}, \proglang{R}}\r
  23 %the same as above, without any formatting\r
  24 \Plainkeywords{keyword 1, keyword 2, foo, R} \r
  25 \r
  26 %the following commands are used only for book or software reviews\r
  27 \r
  28 %\Reviewer{Some Author\\University of Somewhere}\r
  29 %\Plainreviewer{Some Author}\r
  30 \r
  31 %the following commands are used only for book reviews\r
  32 %\Booktitle{LyX and \proglang{R}: Secrets of the LyX Master}\r
  33 %\Bookauthor{Book Author}\r
  34 %\Pubyear{2008}\r
  35 %\ISBN{0-12345-678-9}\r
  36 %\Pages{500}\r
  37 \r
  38 %the following command is used only for software reviews\r
  39 %\Softwaretitle{\proglang{gretl 1.7.4}}\r
  40 \r
  41 %the following commands are used only for book or software reviews\r
  42 %\Publisher{LyX Publishing Inc.}\r
  43 %\Pubaddress{LyX City}\r
  44 %\Price{USD 59.95 (P), USD 99.95 (H)}\r
  45 %\URL{http://www.lyx.org/}\r
  46 \r
  47 %without any formatting\r
  48 %\Plaintitle{LyX and R: Secrets of the LyX Master}\r
  49 %\Shorttitle{LyX and R}\r
  50 \r
  51 %the following commands are used for articles, codesnippets, book reviews and software reviews\r
  52 \r
  53 %publication information\r
  54 %do not use these commands before the article has been accepted\r
  55 %\Volume{00}\r
  56 %\Issue{0}\r
  57 %\Month{Month}\r
  58 %\Year{2000}\r
  59 %\Submitdate{2000-00-00}\r
  60 %\Acceptdate{2000-00-00}\r
  61 \r
  62 %The address of at least one author should be given in the following format\r
  63 \Address{\r
  64   First Author\\\r
  65   Department of Statistics\\\r
  66   University of Somewhere\\\r
  67   Somewhere, Somecountry\\\r
  68   E-mail: \email{first.author@lyx.org}\\\r
  69   URL: \url{http://www.lyx.org}\r
  70 }\r
  71 %you can add a telephone and fax number before the e-mail in the format\r
  72 %Telephone: +12/3/4567-89\r
  73 %Fax: +12/3/4567-89\r
  74 \r
  75 %if you use Sweave,  include the following line (with % symbols):\r
  76 %% need no \usepackage{Sweave.sty}\r
  77 \end_preamble\r
  78 \options article\r
  79 \language english\r
  80 \inputencoding auto\r
  81 \font_roman default\r
  82 \font_sans default\r
  83 \font_typewriter default\r
  84 \font_default_family default\r
  85 \font_sc false\r
  86 \font_osf false\r
  87 \font_sf_scale 100\r
  88 \font_tt_scale 100\r
  89 \r
  90 \graphics default\r
  91 \paperfontsize default\r
  92 \spacing single\r
  93 \use_hyperref false\r
  94 \papersize default\r
  95 \use_geometry false\r
  96 \use_amsmath 0\r
  97 \use_esint 0\r
  98 \cite_engine natbib_authoryear\r
  99 \use_bibtopic false\r
 100 \paperorientation portrait\r
 101 \secnumdepth 3\r
 102 \tocdepth 3\r
 103 \paragraph_separation indent\r
 104 \defskip medskip\r
 105 \quotes_language english\r
 106 \papercolumns 1\r
 107 \papersides 1\r
 108 \paperpagestyle default\r
 109 \tracking_changes false\r
 110 \output_changes false\r
 111 \author "" \r
 112 \author "" \r
 113 \end_header\r
 114 \r
 115 \begin_body\r
 116 \r
 117 \begin_layout Standard\r
 118 \begin_inset Note Note\r
 119 status open\r
 120 \r
 121 \begin_layout Plain Layout\r
 122 This is a template LyX file for an article written using the Journal of\r
 123  Statistical Software (JSS) LaTeX style file, which can be downloaded from\r
 124  http://www.jstatsoft.org/downloads/JSSstyle.zip.\r
 125  These files have to be installed before this template can be used.\r
 126  Consult chapter 5.1 in the LyX Customization manual.\r
 127  See also the documentation included with the JSS LaTeX style file.\r
 128 \end_layout\r
 129 \r
 130 \begin_layout Plain Layout\r
 131 Note that title, author, address, abstract, keywords etc for this article\r
 132  style are written in the LaTeX preamble (accessed from Document\SpecialChar \menuseparator\r
 133 Settings...\SpecialChar \menuseparator\r
 134 LaTeX\r
 135  Preamble).\r
 136  \r
 137 \end_layout\r
 138 \r
 139 \begin_layout Plain Layout\r
 140 To use the JSS codesnippet, bookreview or softwarereview styles, replace\r
 141  the option \r
 142 \begin_inset Quotes eld\r
 143 \end_inset\r
 144 \r
 145 article\r
 146 \begin_inset Quotes erd\r
 147 \end_inset\r
 148 \r
 149  in Document\SpecialChar \menuseparator\r
 150 Settings...\SpecialChar \menuseparator\r
 151 Document Class\SpecialChar \menuseparator\r
 152 Options with \r
 153 \begin_inset Quotes eld\r
 154 \end_inset\r
 155 \r
 156 codesnippet\r
 157 \begin_inset Quotes erd\r
 158 \end_inset\r
 159 \r
 160 , \r
 161 \begin_inset Quotes eld\r
 162 \end_inset\r
 163 \r
 164 bookreview\r
 165 \begin_inset Quotes erd\r
 166 \end_inset\r
 167 \r
 168  or \r
 169 \begin_inset Quotes eld\r
 170 \end_inset\r
 171 \r
 172 softwarereview\r
 173 \begin_inset Quotes erd\r
 174 \end_inset\r
 175 \r
 176  and remove/uncomment the relevant parts in the LaTeX Preamble.\r
 177  \r
 178 \end_layout\r
 179 \r
 180 \begin_layout Plain Layout\r
 181 If you want to use this JSS article style for a non-JSS article, replace\r
 182  the option \r
 183 \begin_inset Quotes eld\r
 184 \end_inset\r
 185 \r
 186 article\r
 187 \begin_inset Quotes erd\r
 188 \end_inset\r
 189 \r
 190  with \r
 191 \begin_inset Quotes eld\r
 192 \end_inset\r
 193 \r
 194 nojss\r
 195 \begin_inset Quotes erd\r
 196 \end_inset\r
 197 \r
 198 .\r
 199  This will suppress the JSS-specic parts of the layout.\r
 200 \end_layout\r
 201 \r
 202 \begin_layout Plain Layout\r
 203 To include the JSS-specific parts of the layout, the article has to be processed\r
 204  with PDF, i.e.\r
 205  you cannot process it with DVI or PS.\r
 206  However, if the option \r
 207 \begin_inset Quotes eld\r
 208 \end_inset\r
 209 \r
 210 nojss\r
 211 \begin_inset Quotes erd\r
 212 \end_inset\r
 213 \r
 214  is used, it can be processed with DVI or PS.\r
 215 \end_layout\r
 216 \r
 217 \end_inset\r
 218 \r
 219 \r
 220 \end_layout\r
 221 \r
 222 \begin_layout Section\r
 223 \begin_inset Note Note\r
 224 status collapsed\r
 225 \r
 226 \begin_layout Plain Layout\r
 227 The opt field provides bookmarks for PDF files\r
 228 \end_layout\r
 229 \r
 230 \end_inset\r
 231 \r
 232 \r
 233 \begin_inset OptArg\r
 234 status collapsed\r
 235 \r
 236 \begin_layout Plain Layout\r
 237 About package foo in R\r
 238 \end_layout\r
 239 \r
 240 \end_inset\r
 241 \r
 242 About package \r
 243 \begin_inset ERT\r
 244 status collapsed\r
 245 \r
 246 \begin_layout Plain Layout\r
 247 \r
 248 \r
 249 \backslash\r
 250 pkg\r
 251 \end_layout\r
 252 \r
 253 \end_inset\r
 254 \r
 255 \r
 256 \begin_inset ERT\r
 257 status collapsed\r
 258 \r
 259 \begin_layout Plain Layout\r
 260 \r
 261 {\r
 262 \end_layout\r
 263 \r
 264 \end_inset\r
 265 \r
 266 foo\r
 267 \begin_inset ERT\r
 268 status collapsed\r
 269 \r
 270 \begin_layout Plain Layout\r
 271 \r
 272 }\r
 273 \end_layout\r
 274 \r
 275 \end_inset\r
 276 \r
 277  in \r
 278 \begin_inset ERT\r
 279 status collapsed\r
 280 \r
 281 \begin_layout Plain Layout\r
 282 \r
 283 \r
 284 \backslash\r
 285 proglang\r
 286 \end_layout\r
 287 \r
 288 \end_inset\r
 289 \r
 290 \r
 291 \begin_inset ERT\r
 292 status collapsed\r
 293 \r
 294 \begin_layout Plain Layout\r
 295 \r
 296 {\r
 297 \end_layout\r
 298 \r
 299 \end_inset\r
 300 \r
 301 R\r
 302 \begin_inset ERT\r
 303 status collapsed\r
 304 \r
 305 \begin_layout Plain Layout\r
 306 \r
 307 }\r
 308 \end_layout\r
 309 \r
 310 \end_inset\r
 311 \r
 312 \r
 313 \end_layout\r
 314 \r
 315 \begin_layout Standard\r
 316 The special JSS style commands related to software and mathematical formulas\r
 317  are written as follows in LyX: \r
 318 \begin_inset ERT\r
 319 status open\r
 320 \r
 321 \begin_layout Plain Layout\r
 322 \r
 323 \r
 324 \backslash\r
 325 proglang{R}\r
 326 \end_layout\r
 327 \r
 328 \end_inset\r
 329 \r
 330  or \r
 331 \begin_inset ERT\r
 332 status collapsed\r
 333 \r
 334 \begin_layout Plain Layout\r
 335 \r
 336 \r
 337 \backslash\r
 338 proglang{\r
 339 \end_layout\r
 340 \r
 341 \end_inset\r
 342 \r
 343 R\r
 344 \begin_inset ERT\r
 345 status collapsed\r
 346 \r
 347 \begin_layout Plain Layout\r
 348 \r
 349 }\r
 350 \end_layout\r
 351 \r
 352 \end_inset\r
 353 \r
 354  for the names of programming languages, \r
 355 \begin_inset ERT\r
 356 status open\r
 357 \r
 358 \begin_layout Plain Layout\r
 359 \r
 360 \r
 361 \backslash\r
 362 pkg{foo}\r
 363 \end_layout\r
 364 \r
 365 \end_inset\r
 366 \r
 367  or \r
 368 \begin_inset ERT\r
 369 status collapsed\r
 370 \r
 371 \begin_layout Plain Layout\r
 372 \r
 373 \r
 374 \backslash\r
 375 pkg{\r
 376 \end_layout\r
 377 \r
 378 \end_inset\r
 379 \r
 380 foo\r
 381 \begin_inset ERT\r
 382 status collapsed\r
 383 \r
 384 \begin_layout Plain Layout\r
 385 \r
 386 }\r
 387 \end_layout\r
 388 \r
 389 \end_inset\r
 390 \r
 391  for software packages, and \r
 392 \begin_inset ERT\r
 393 status open\r
 394 \r
 395 \begin_layout Plain Layout\r
 396 \r
 397 \r
 398 \backslash\r
 399 code{some code}\r
 400 \end_layout\r
 401 \r
 402 \end_inset\r
 403 \r
 404  or \r
 405 \begin_inset ERT\r
 406 status collapsed\r
 407 \r
 408 \begin_layout Plain Layout\r
 409 \r
 410 \r
 411 \backslash\r
 412 pkg{\r
 413 \end_layout\r
 414 \r
 415 \end_inset\r
 416 \r
 417 some code\r
 418 \begin_inset ERT\r
 419 status collapsed\r
 420 \r
 421 \begin_layout Plain Layout\r
 422 \r
 423 }\r
 424 \end_layout\r
 425 \r
 426 \end_inset\r
 427 \r
 428  for code; \r
 429 \begin_inset Formula $\E$\r
 430 \end_inset\r
 431 \r
 432  \r
 433 \begin_inset Note Note\r
 434 status open\r
 435 \r
 436 \begin_layout Plain Layout\r
 437 written as \r
 438 \backslash\r
 439 E\r
 440 \end_layout\r
 441 \r
 442 \end_inset\r
 443 \r
 444  for expectations, \r
 445 \begin_inset Formula $\VAR$\r
 446 \end_inset\r
 447 \r
 448  \r
 449 \begin_inset Note Note\r
 450 status open\r
 451 \r
 452 \begin_layout Plain Layout\r
 453 written as \r
 454 \backslash\r
 455 VAR\r
 456 \end_layout\r
 457 \r
 458 \end_inset\r
 459 \r
 460  for variances, \r
 461 \begin_inset Formula $\COV$\r
 462 \end_inset\r
 463 \r
 464  \r
 465 \begin_inset Note Note\r
 466 status open\r
 467 \r
 468 \begin_layout Plain Layout\r
 469 written as \r
 470 \backslash\r
 471 COV\r
 472 \end_layout\r
 473 \r
 474 \end_inset\r
 475 \r
 476  for covariances, and \r
 477 \begin_inset Formula $\Prob$\r
 478 \end_inset\r
 479 \r
 480  \r
 481 \begin_inset Note Note\r
 482 status open\r
 483 \r
 484 \begin_layout Plain Layout\r
 485 written as \r
 486 \backslash\r
 487 Prob\r
 488 \end_layout\r
 489 \r
 490 \end_inset\r
 491 \r
 492  for probabilities.\r
 493 \end_layout\r
 494 \r
 495 \begin_layout Standard\r
 496 Writing several lines of code: \r
 497 \end_layout\r
 498 \r
 499 \begin_layout Standard\r
 500 \begin_inset ERT\r
 501 status open\r
 502 \r
 503 \begin_layout Plain Layout\r
 504 \r
 505 \r
 506 \backslash\r
 507 begin{CodeChunk}\r
 508 \end_layout\r
 509 \r
 510 \begin_layout Plain Layout\r
 511 \r
 512 \r
 513 \backslash\r
 514 begin{Code}\r
 515 \end_layout\r
 516 \r
 517 \begin_layout Plain Layout\r
 518 \r
 519 first line of code\r
 520 \end_layout\r
 521 \r
 522 \begin_layout Plain Layout\r
 523 \r
 524 second line of code\r
 525 \end_layout\r
 526 \r
 527 \begin_layout Plain Layout\r
 528 \r
 529 third line of code\r
 530 \end_layout\r
 531 \r
 532 \begin_layout Plain Layout\r
 533 \r
 534 \r
 535 \backslash\r
 536 end{Code}\r
 537 \end_layout\r
 538 \r
 539 \begin_layout Plain Layout\r
 540 \r
 541 \r
 542 \backslash\r
 543 end{CodeChunk}\r
 544 \end_layout\r
 545 \r
 546 \end_inset\r
 547 \r
 548 \r
 549 \end_layout\r
 550 \r
 551 \begin_layout Standard\r
 552 Alternatively, you can distinguish between input and output code:\r
 553 \end_layout\r
 554 \r
 555 \begin_layout Standard\r
 556 \begin_inset ERT\r
 557 status open\r
 558 \r
 559 \begin_layout Plain Layout\r
 560 \r
 561 \r
 562 \backslash\r
 563 begin{CodeChunk}\r
 564 \end_layout\r
 565 \r
 566 \begin_layout Plain Layout\r
 567 \r
 568 \r
 569 \backslash\r
 570 begin{CodeInput}\r
 571 \end_layout\r
 572 \r
 573 \begin_layout Plain Layout\r
 574 \r
 575 first line of input code\r
 576 \end_layout\r
 577 \r
 578 \begin_layout Plain Layout\r
 579 \r
 580 second line of input code\r
 581 \end_layout\r
 582 \r
 583 \begin_layout Plain Layout\r
 584 \r
 585 \r
 586 \backslash\r
 587 end{CodeInput}\r
 588 \end_layout\r
 589 \r
 590 \begin_layout Plain Layout\r
 591 \r
 592 \r
 593 \backslash\r
 594 begin{CodeOutput}\r
 595 \end_layout\r
 596 \r
 597 \begin_layout Plain Layout\r
 598 \r
 599 first line of output code\r
 600 \end_layout\r
 601 \r
 602 \begin_layout Plain Layout\r
 603 \r
 604 second line of output code\r
 605 \end_layout\r
 606 \r
 607 \begin_layout Plain Layout\r
 608 \r
 609 third line of output code\r
 610 \end_layout\r
 611 \r
 612 \begin_layout Plain Layout\r
 613 \r
 614 \r
 615 \backslash\r
 616 end{CodeOutput}\r
 617 \end_layout\r
 618 \r
 619 \begin_layout Plain Layout\r
 620 \r
 621 \r
 622 \backslash\r
 623 end{CodeChunk}\r
 624 \end_layout\r
 625 \r
 626 \end_inset\r
 627 \r
 628 \r
 629 \end_layout\r
 630 \r
 631 \begin_layout Section*\r
 632 Acknowledgments\r
 633 \end_layout\r
 634 \r
 635 \begin_layout Standard\r
 636 Here you can write some acknowledgments.\r
 637 \end_layout\r
 638 \r
 639 \end_body\r
 640 \end_document\r