lib/templates/Articles/R_Journal.lyx

   1 #LyX 2.3 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 544
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \save_transient_properties true
   6 \origin /systemlyxdir/templates/
   7 \textclass RJournal
   8 \use_default_options true
   9 \begin_modules
  10 knitr
  11 \end_modules
  12 \maintain_unincluded_children false
  13 \language english
  14 \language_package default
  15 \inputencoding auto
  16 \fontencoding global
  17 \font_roman "default" "default"
  18 \font_sans "default" "default"
  19 \font_typewriter "default" "default"
  20 \font_math "auto" "auto"
  21 \font_default_family default
  22 \use_non_tex_fonts false
  23 \font_sc false
  24 \font_osf false
  25 \font_sf_scale 100 100
  26 \font_tt_scale 100 100
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  29 \graphics default
  30 \default_output_format default
  31 \output_sync 0
  32 \bibtex_command bibtex
  33 \index_command default
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  39 \use_package amsmath 1
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  50 \cite_engine_type authoryear
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  59 \index Index
  60 \shortcut idx
  61 \color #008000
  62 \end_index
  63 \secnumdepth 3
  64 \tocdepth 3
  65 \paragraph_separation indent
  66 \paragraph_indentation default
  67 \is_math_indent 0
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  69 \quotes_style english
  70 \dynamic_quotes 0
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  76 \html_math_output 0
  77 \html_css_as_file 0
  78 \html_be_strict false
  79 \end_header
  80
  81 \begin_body
  82
  83 \begin_layout Standard
  84 \begin_inset ERT
  85 status open
  86
  87 \begin_layout Plain Layout
  88
  89 <<setup, include=FALSE>>=
  90 \end_layout
  91
  92 \begin_layout Plain Layout
  93
  94 render_sweave() # use Schunk, Sinput and Soutput environments defined by
  95  RJournal
  96 \end_layout
  97
  98 \begin_layout Plain Layout
  99
 100 set_header(highlight = '') # no need for
 101 \backslash
 102 usepackage{Sweave}
 103 \end_layout
 104
 105 \begin_layout Plain Layout
 106
 107 @
 108 \end_layout
 109
 110 \end_inset
 111
 112
 113 \end_layout
 114
 115 \begin_layout Title
 116 Capitalized Title Here
 117 \end_layout
 118
 119 \begin_layout Author
 120 by Author A and Author B
 121 \end_layout
 122
 123 \begin_layout Abstract
 124 An abstract of less than 150 words.
 125 \end_layout
 126
 127 \begin_layout Section
 128 Section title in sentence case
 129 \end_layout
 130
 131 \begin_layout Standard
 132 Write something here.
 133  A sample citation is
 134 \begin_inset CommandInset citation
 135 LatexCommand citet
 136 key "article-minimal"
 137 literal "true"
 138
 139 \end_inset
 140
 141 .
 142 \end_layout
 143
 144 \begin_layout Section
 145 R code chunks
 146 \end_layout
 147
 148 \begin_layout Standard
 149 Press
 150 \begin_inset Info
 151 type  "shortcut"
 152 arg   "ert-insert"
 153 \end_inset
 154
 155  and input R code chunks which will be compiled with the
 156 \series bold
 157 knitr
 158 \series default
 159  package (
 160 \begin_inset Flex URL
 161 status collapsed
 162
 163 \begin_layout Plain Layout
 164
 165 http://yihui.name/knitr/
 166 \end_layout
 167
 168 \end_inset
 169
 170 ).
 171 \end_layout
 172
 173 \begin_layout Standard
 174 \begin_inset ERT
 175 status open
 176
 177 \begin_layout Plain Layout
 178
 179 <<sample-chunk, echo=TRUE>>=
 180 \end_layout
 181
 182 \begin_layout Plain Layout
 183
 184 x=1:10
 185 \end_layout
 186
 187 \begin_layout Plain Layout
 188
 189 rev(x)
 190 \end_layout
 191
 192 \begin_layout Plain Layout
 193
 194 summary(x)
 195 \end_layout
 196
 197 \begin_layout Plain Layout
 198
 199 @
 200 \end_layout
 201
 202 \end_inset
 203
 204
 205 \end_layout
 206
 207 \begin_layout Standard
 208 You can also plot your data; see Figure
 209 \begin_inset CommandInset ref
 210 LatexCommand ref
 211 reference "fig:sample-figure"
 212
 213 \end_inset
 214
 215  for example.
 216 \end_layout
 217
 218 \begin_layout Standard
 219 \begin_inset Float figure
 220 placement tbph
 221 wide false
 222 sideways false
 223 status open
 224
 225 \begin_layout Plain Layout
 226 \begin_inset ERT
 227 status open
 228
 229 \begin_layout Plain Layout
 230
 231 <<sample-figure, fig.width=5, fig.height=3, out.width='.4
 232 \backslash
 233
 234 \backslash
 235 linewidth', fig.align='center', dev=c('pdf','postscript')>>=
 236 \end_layout
 237
 238 \begin_layout Plain Layout
 239
 240 par(mar = c(4,4,.1,.1))
 241 \end_layout
 242
 243 \begin_layout Plain Layout
 244
 245 plot(x, pch=19, col=1:10)
 246 \end_layout
 247
 248 \begin_layout Plain Layout
 249
 250 @
 251 \end_layout
 252
 253 \end_inset
 254
 255
 256 \end_layout
 257
 258 \begin_layout Plain Layout
 259 \begin_inset Caption Standard
 260
 261 \begin_layout Plain Layout
 262 A sample figure.
 263 \begin_inset CommandInset label
 264 LatexCommand label
 265 name "fig:sample-figure"
 266
 267 \end_inset
 268
 269
 270 \end_layout
 271
 272 \end_inset
 273
 274
 275 \end_layout
 276
 277 \end_inset
 278
 279
 280 \end_layout
 281
 282 \begin_layout Standard
 283 \begin_inset Note Note
 284 status open
 285
 286 \begin_layout Plain Layout
 287 When you insert a Bib\SpecialChar TeX
 288  bibliography here, do not use any bib styles.
 289  The R Journal has declared the style to be
 290 \begin_inset Quotes eld
 291 \end_inset
 292
 293 abbrvnat
 294 \begin_inset Quotes erd
 295 \end_inset
 296
 297 .
 298 \end_layout
 299
 300 \end_inset
 301
 302
 303 \end_layout
 304
 305 \begin_layout Standard
 306 \begin_inset CommandInset bibtex
 307 LatexCommand bibtex
 308 bibfiles "xampl"
 309
 310 \end_inset
 311
 312
 313 \end_layout
 314
 315 \begin_layout Address
 316 Author A
 317 \begin_inset Newline newline
 318 \end_inset
 319
 320 Press
 321 \begin_inset Info
 322 type  "shortcut"
 323 arg   "newline-insert newline"
 324 \end_inset
 325
 326  to input
 327 \begin_inset Newline newline
 328 \end_inset
 329
 330 address here
 331 \begin_inset Newline newline
 332 \end_inset
 333
 334
 335 \begin_inset Flex Email
 336 status open
 337
 338 \begin_layout Plain Layout
 339 author.a@email
 340 \end_layout
 341
 342 \end_inset
 343
 344
 345 \end_layout
 346
 347 \begin_layout Address
 348 Author B
 349 \begin_inset Newline newline
 350 \end_inset
 351
 352
 353 \begin_inset Flex Email
 354 status open
 355
 356 \begin_layout Plain Layout
 357 author.b@email
 358 \end_layout
 359
 360 \end_inset
 361
 362
 363 \end_layout
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 365 \end_body
 366 \end_document