lib/scripts/lyxsweave.R

   1 # file lyxsweave.R
   2 # This file is part of LyX, the document processor.
   3 # Licence details can be found in the file COPYING.
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   5 # author Jean-Marc Lasgouttes
   6 # author Yihui Xie
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   8 # Full author contact details are available in file CREDITS
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  10 # Wrapper around Sweave that sets up some things for LyX
  11 # argument 1 is the absolute name of the input file
  12 # argument 2 is the absolute name of the output file
  13 # argument 3 is the iconv name for the encoding of the file
  14 # argument 4 is the original document directory
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  16 .cmdargs <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
  17 .doc.enc <- .cmdargs[3]
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  19 # check whether Sweave.sty is seen by LaTeX. if it is not, we will
  20 # copy it alongside the .tex file (in general in the temporary
  21 # directory). This means that an exported LaTeX file will not work,
  22 # but this is a problem of installation of R on the user's machine.
  23 # The advantage compared to the use of stylepath, is that the exported
  24 # .tex file will be portable to another machine. (JMarc)
  25 if (!length(system("kpsewhich Sweave.sty", intern=TRUE, ignore.stderr=TRUE))) {
  26   file.copy(file.path(R.home("share"), "texmf", "tex", "latex", "Sweave.sty"),
  27     dirname(.cmdargs[2]), overwrite=TRUE)
  28 }
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  31 # Change current directory to the document directory, so that R can find
  32 # data files.
  33 setwd(.cmdargs[4])
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  35 # this is passed as a prefix.string to tell where temporary files should go
  36 # the output file without extension and without '.'
  37 tmpout <- gsub(".", "-", sub("\\.tex$", "", basename(.cmdargs[2])), fixed = TRUE)
  38 # replace
  39 .prefix.str <- paste(dirname(.cmdargs[2]), tmpout, sep="/")
  40 rm(tmpout)
  41
  42 # finally run sweave
  43
  44 # The Sweave version provided with R >= 0.13.1 has proper handling for
  45 # encodings and our workaround for previous versions does not work
  46 # anymore. Therefore, the invocation has to be different.
  47 if (is.null(formals(Sweave)$encoding)) {
  48   # set default encoding for input and output files; .orig.enc is used in
  49   # the sweave module preamble to reset the encoding to what it was.
  50   .orig.enc <- getOption("encoding")
  51   options(encoding=.doc.enc)
  52   Sweave(file=.cmdargs[1], output=.cmdargs[2], syntax="SweaveSyntaxNoweb",
  53          prefix.string=.prefix.str)
  54 } else {
  55   Sweave(file=.cmdargs[1], output=.cmdargs[2], syntax="SweaveSyntaxNoweb",
  56          prefix.string=.prefix.str, encoding=.doc.enc)
  57 }
  58
  59 # remove absolute path from \includegraphics
  60 options(encoding=.doc.enc) # encoding may have been changed in the preamble chunk
  61 ls.doc <- readLines(.cmdargs[2])
  62 ls.cmd <- paste('\\includegraphics{', dirname(.cmdargs[2]), "/", sep = "")
  63 ls.idx <- grep(ls.cmd, ls.doc, fixed = TRUE)
  64 if (length(ls.idx)) {
  65    ls.doc[ls.idx] <- sub(ls.cmd, "\\includegraphics{", ls.doc[ls.idx], fixed = TRUE)
  66    writeLines(ls.doc, .cmdargs[2])
  67 }