lib/scripts/lyxsweave.R

   1 # file lyxsweave.R
   2 # This file is part of LyX, the document processor.
   3 # Licence details can be found in the file COPYING.
   4
   5 # author Jean-Marc Lasgouttes
   6 # author Yihui Xie
   7
   8 # Full author contact details are available in file CREDITS
   9
  10 # Wrapper around Sweave that sets up some things for LyX
  11 # argument 1 is the absolute name of the input file
  12 # argument 2 is the absolute name of the output file
  13 # argument 3 is the iconv name for the encoding of the file
  14 # argument 4 is the original document directory
  15
  16 .cmdargs <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
  17 .doc.enc <- .cmdargs[3]
  18
  19 # check whether Sweave.sty is seen by LaTeX. if it is not, we will
  20 # copy it alongside the .tex file (in general in the temporary
  21 # directory). This means that an exported LaTeX file will not work,
  22 # but this is a problem of installation of R on the user's machine.
  23 # The advantage compared to the use of stylepath, is that the exported
  24 # .tex file will be portable to another machine. (JMarc)
  25 if (!length(system("kpsewhich Sweave.sty", intern=TRUE, ignore.stderr=TRUE))) {
  26   .texmf.path <- file.path(R.home("share"), "texmf")
  27   if (!file.exists(.sweave.sty <- file.path(.texmf.path, "Sweave.sty"))) {
  28     .sweave.sty <- file.path(.texmf.path, "tex", "latex", "Sweave.sty")
  29   }
  30   file.copy(.sweave.sty, dirname(.cmdargs[2]), overwrite=TRUE)
  31   rm(list = c('.sweave.sty', '.texmf.path'))
  32 }
  33
  34
  35 # Change current directory to the document directory, so that R can find
  36 # data files.
  37 setwd(.cmdargs[4])
  38
  39 # this is passed as a prefix.string to tell where temporary files should go
  40 # the output file without extension and without '.'
  41 tmpout <- gsub(".", "-", sub("\\.tex$", "", basename(.cmdargs[2])), fixed = TRUE)
  42 # replace
  43 .prefix.str <- paste(dirname(.cmdargs[2]), tmpout, sep="/")
  44 rm(tmpout)
  45
  46 # avoid the default Rplots.pdf
  47 options(device = function(...) {
  48   pdf(file = tempfile())
  49 })
  50
  51 # finally run sweave
  52
  53 # The Sweave version provided with R >= 0.13.1 has proper handling for
  54 # encodings and our workaround for previous versions does not work
  55 # anymore. Therefore, the invocation has to be different.
  56 if (is.null(formals(Sweave)$encoding)) {
  57   # set default encoding for input and output files; .orig.enc is used in
  58   # the sweave module preamble to reset the encoding to what it was.
  59   .orig.enc <- getOption("encoding")
  60   options(encoding=.doc.enc)
  61   Sweave(file=.cmdargs[1], output=.cmdargs[2], syntax="SweaveSyntaxNoweb",
  62          prefix.string=.prefix.str)
  63 } else {
  64   Sweave(file=.cmdargs[1], output=.cmdargs[2], syntax="SweaveSyntaxNoweb",
  65          prefix.string=.prefix.str, encoding=.doc.enc)
  66 }
  67
  68 # remove absolute path from \includegraphics
  69 options(encoding=.doc.enc) # encoding may have been changed in the preamble chunk
  70 ls.doc <- readLines(.cmdargs[2])
  71 ls.cmd <- paste('\\includegraphics{', dirname(.cmdargs[2]), "/", sep = "")
  72 ls.idx <- grep(ls.cmd, ls.doc, fixed = TRUE)
  73 if (length(ls.idx)) {
  74    ls.doc[ls.idx] <- sub(ls.cmd, "\\includegraphics{", ls.doc[ls.idx], fixed = TRUE)
  75    writeLines(ls.doc, .cmdargs[2])
  76 }