lib/scripts/lyxsweave.R

   1 # file lyxsweave.R
   2 # This file is part of LyX, the document processor.
   3 # Licence details can be found in the file COPYING.
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   5 # author Jean-Marc Lasgouttes
   6 # author Yihui Xie
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   8 # Full author contact details are available in file CREDITS
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  10 # Wrapper around Sweave that sets up some things for LyX
  11 # argument 1 is the absolute name of the input file
  12 # argument 2 is the absolute name of the output file
  13 # argument 3 is the iconv name for the encoding of the file
  14 # argument 4 is the original document directory
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  16 ls.args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
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  18 # check whether Sweave.sty is seen by LaTeX. if it is not, we will
  19 # copy it alongside the .tex file (in general in the temporary
  20 # directory). This means that an exported LaTeX file will not work,
  21 # but this is a problem of installation of R on the user's machine.
  22 # The advantage compared to the use of stylepath, is that the exported
  23 # .tex file will be portable to another machine. (JMarc)
  24 ls.sweavesty <- system("kpsewhich Sweave.sty", intern=TRUE, ignore.stderr=TRUE)
  25 if (!length(ls.sweavesty)) {
  26    stypath <- file.path(R.home("share"), "texmf", "tex", "latex", "Sweave.sty")
  27    file.copy(stypath, dirname(ls.args[2]), overwrite=TRUE)
  28 }
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  30 # set default encoding for input and output files; ls.enc is used in
  31 # the sweave module preamble to reset the encoding to what it was.
  32 ls.enc <- getOption("encoding")
  33 options(encoding=ls.args[3])
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  35 # Change current directory to the document directory, so that R can find
  36 # data files.
  37 setwd(ls.args[4])
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  39 # this is passed as a prefix.string to tell where temporary files should go
  40 # the output file without extension and without '.'
  41 tmpout <- gsub(".", "-", sub("\\.tex$", "", basename(ls.args[2])), fixed = TRUE)
  42 # replace
  43 ls.pr <- paste(dirname(ls.args[2]), tmpout, sep="/")
  44
  45 # finally run sweave
  46 Sweave(file=ls.args[1], output=ls.args[2], syntax="SweaveSyntaxNoweb", prefix.string=ls.pr)
  47
  48 # remove absolute path from \includegraphics
  49 ls.doc = readLines(ls.args[2])
  50 ls.cmd = paste('\\includegraphics{', dirname(ls.args[2]), "/", sep = "")
  51 ls.idx = grep(ls.cmd, ls.doc, fixed = TRUE)
  52 if (length(ls.idx)) {
  53    ls.doc[ls.idx] = sub(ls.cmd, "\\includegraphics{", ls.doc[ls.idx], fixed = TRUE)
  54    writeLines(ls.doc, ls.args[2])
  55 }