lib/scripts/lyxknitr.R

   1 ## This program is free software; you can redistribute it and/or
   2 ## modify it under the terms of the GNU General Public License as
   3 ## published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
   4 ## License, or (at your option) any later version.
   5 ##
   6 ## This program is distributed in the hope that it will be useful, but
   7 ## WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
   8 ## MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
   9 ## General Public License for more details.
  10
  11 ## author Yihui Xie
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  13 ## knitr is an alternative package to Sweave, and has more features
  14 ## and flexibility; see https://yihui.github.com/knitr
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  16 ## Rscript $$s/scripts/lyxknitr.R $$p$$i $$p$$o $$e $$r
  17 ## $$p the path of the output (temp dir)
  18 ## $$i the file name of the input Rnw
  19 ## $$o the tex output
  20 ## $$r path to the original input file (the lyx document)
  21 ## $$e encoding (e.g. 'UTF-8')
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  23 library(knitr)
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  25 .cmdargs = commandArgs(TRUE)
  26
  27 .orig.enc = getOption("encoding")
  28 options(encoding = .cmdargs[3])
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  30 ## the working directory is the same with the original .lyx file; you
  31 ## can put your data files there and functions like read.table() can
  32 ## work correctly without specifying the full path
  33 setwd(.cmdargs[4])
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  35 ## copy the Rnw file to the current working directory if it does not exist
  36 .tmp.file = tempfile(); .rnw.file = basename(.cmdargs[1])
  37 .rnw.exists = file.exists(.rnw.file)
  38 if (.rnw.exists) file.rename(.rnw.file, .tmp.file)
  39 file.copy(.cmdargs[1], '.')
  40 ## run knit() to get .tex or .R
  41 knit(.rnw.file, tangle = 'tangle' %in% .cmdargs)
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  43 setwd(.cmdargs[4])
  44 ## remove the copied .Rnw if it did not exist, otherwise move the original one back
  45 if (.rnw.exists) file.rename(.tmp.file, .rnw.file) else unlink(.rnw.file)
  46 file.rename(basename(.cmdargs[2]), .cmdargs[2])  # move .tex to the temp dir
  47 rm(.tmp.file, .rnw.file, .rnw.exists)  # clean up these variables
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