lib/examples/sweave.lyx

   1 #LyX 2.0 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 413
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \textclass article
   6 \use_default_options true
   7 \begin_modules
   8 sweave
   9 \end_modules
  10 \maintain_unincluded_children false
  11 \language english
  12 \language_package default
  13 \inputencoding auto
  14 \fontencoding global
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  16 \font_sans default
  17 \font_typewriter default
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  23 \font_tt_scale 100
  24
  25 \graphics default
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  42 \paperorientation portrait
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  44 \use_refstyle 0
  45 \index Index
  46 \shortcut idx
  47 \color #008000
  48 \end_index
  49 \secnumdepth 3
  50 \tocdepth 3
  51 \paragraph_separation skip
  52 \defskip medskip
  53 \quotes_language english
  54 \papercolumns 1
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  62 \end_header
  63
  64 \begin_body
  65
  66 \begin_layout Title
  67 A Test File
  68 \end_layout
  69
  70 \begin_layout Author
  71 Friedrich Leisch
  72 \begin_inset Foot
  73 status collapsed
  74
  75 \begin_layout Plain Layout
  76 LyX
  77 \begin_inset Quotes eld
  78 \end_inset
  79
  80 port
  81 \begin_inset Quotes erd
  82 \end_inset
  83
  84  by Gregor Gorjanc
  85 \end_layout
  86
  87 \end_inset
  88
  89
  90 \end_layout
  91
  92 \begin_layout Standard
  93 A simple example that will run in any S engine: The integers from 1 to 10
  94  are
  95 \end_layout
  96
  97 \begin_layout Chunk
  98 <<print=TRUE>>=
  99 \end_layout
 100
 101 \begin_layout Chunk
 102 1:10
 103 \end_layout
 104
 105 \begin_layout Chunk
 106 <<results=hide>>=
 107 \end_layout
 108
 109 \begin_layout Chunk
 110 print(1:20)
 111 \end_layout
 112
 113 \begin_layout Chunk
 114 @ % the above is just to ensure that 2 code chunks can follow each other
 115 \end_layout
 116
 117 \begin_layout Standard
 118 We can also emulate a simple calculator:
 119 \end_layout
 120
 121 \begin_layout Chunk
 122
 123 \end_layout
 124
 125 \begin_layout Chunk
 126 <<echo=TRUE,print=TRUE>>=
 127 \end_layout
 128
 129 \begin_layout Chunk
 130 1 + 1
 131 \end_layout
 132
 133 \begin_layout Chunk
 134 1 + pi
 135 \end_layout
 136
 137 \begin_layout Chunk
 138 sin(pi/2)
 139 \end_layout
 140
 141 \begin_layout Chunk
 142 @
 143 \end_layout
 144
 145 \begin_layout Standard
 146 Now we look at Gaussian data:
 147 \end_layout
 148
 149 \begin_layout Chunk
 150
 151 \end_layout
 152
 153 \begin_layout Chunk
 154 <<>>=
 155 \end_layout
 156
 157 \begin_layout Chunk
 158 library(stats)
 159 \end_layout
 160
 161 \begin_layout Chunk
 162 x <- rnorm(20)
 163 \end_layout
 164
 165 \begin_layout Chunk
 166 print(x)
 167 \end_layout
 168
 169 \begin_layout Chunk
 170 print(t1 <- t.test(x))
 171 \end_layout
 172
 173 \begin_layout Chunk
 174 @
 175 \end_layout
 176
 177 \begin_layout Standard
 178 Note that we can easily integrate some numbers into standard text: The third
 179  element of vector
 180 \family typewriter
 181 x
 182 \family default
 183  is
 184 \begin_inset Flex S/R expression
 185 status collapsed
 186
 187 \begin_layout Plain Layout
 188
 189 x[3]
 190 \end_layout
 191
 192 \end_inset
 193
 194 , the
 195 \begin_inset Formula $p$
 196 \end_inset
 197
 198 -value of the test is
 199 \begin_inset Flex S/R expression
 200 status collapsed
 201
 202 \begin_layout Plain Layout
 203
 204 format.pval(t1$p.value)
 205 \end_layout
 206
 207 \end_inset
 208
 209
 210 \end_layout
 211
 212 \begin_layout Standard
 213
 214 \family roman
 215 \series medium
 216 \shape up
 217 \size normal
 218 \emph off
 219 \bar no
 220 \noun off
 221 \color none
 222 Now we look at a summary of the famous iris dataset, and we want to see
 223  the commands in the code chunks:
 224 \end_layout
 225
 226 \begin_layout Standard
 227 \begin_inset Flex Sweave Options
 228 status open
 229
 230 \begin_layout Plain Layout
 231
 232 echo=true,keep.source=true
 233 \end_layout
 234
 235 \end_inset
 236
 237
 238 \end_layout
 239
 240 \begin_layout Chunk
 241 <<engine=R>>=
 242 \end_layout
 243
 244 \begin_layout Chunk
 245 # A comment
 246 \end_layout
 247
 248 \begin_layout Chunk
 249 data(iris)
 250 \end_layout
 251
 252 \begin_layout Chunk
 253 summary(iris)
 254 \end_layout
 255
 256 \begin_layout Chunk
 257 @ % def
 258 \end_layout
 259
 260 \begin_layout Standard
 261 \begin_inset Float figure
 262 placement tbph
 263 wide false
 264 sideways false
 265 status collapsed
 266
 267 \begin_layout Chunk
 268
 269 \end_layout
 270
 271 \begin_layout Chunk
 272
 273 \end_layout
 274
 275 \begin_layout Chunk
 276 \align center
 277
 278 <<fig=TRUE>>=
 279 \begin_inset Newline newline
 280 \end_inset
 281
 282 library(graphics)
 283 \begin_inset Newline newline
 284 \end_inset
 285
 286 pairs(iris)
 287 \begin_inset Newline newline
 288 \end_inset
 289
 290 @
 291 \end_layout
 292
 293 \begin_layout Plain Layout
 294 \begin_inset Caption
 295
 296 \begin_layout Plain Layout
 297 Pairs plot of the iris data.
 298 \end_layout
 299
 300 \end_inset
 301
 302
 303 \end_layout
 304
 305 \end_inset
 306
 307
 308 \end_layout
 309
 310 \begin_layout Standard
 311 \begin_inset Float figure
 312 placement tbph
 313 wide false
 314 sideways false
 315 status collapsed
 316
 317 \begin_layout Chunk
 318 \align center
 319
 320 <<fig=true>>=
 321 \begin_inset Newline newline
 322 \end_inset
 323
 324 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris)
 325 \begin_inset Newline newline
 326 \end_inset
 327
 328 @
 329 \end_layout
 330
 331 \begin_layout Plain Layout
 332 \begin_inset Caption
 333
 334 \begin_layout Plain Layout
 335 Boxplot of sepal length grouped by species.
 336 \end_layout
 337
 338 \end_inset
 339
 340
 341 \end_layout
 342
 343 \end_inset
 344
 345
 346 \end_layout
 347
 348 \begin_layout Chunk
 349 <<engine=S4>>=
 350 \end_layout
 351
 352 \begin_layout Chunk
 353 function.that.comes.only.with.Splus(x)
 354 \end_layout
 355
 356 \begin_layout Chunk
 357 @
 358 \end_layout
 359
 360 \begin_layout Standard
 361 \begin_inset Float figure
 362 wide false
 363 sideways false
 364 status open
 365
 366 \begin_layout Chunk
 367 \align center
 368
 369 <<fig=true>>=
 370 \begin_inset Newline newline
 371 \end_inset
 372
 373 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris)
 374 \begin_inset Newline newline
 375 \end_inset
 376
 377 @
 378 \end_layout
 379
 380 \begin_layout Plain Layout
 381 \begin_inset Caption
 382
 383 \begin_layout Plain Layout
 384 Boxplot of sepal length grouped by species
 385 \end_layout
 386
 387 \end_inset
 388
 389
 390 \end_layout
 391
 392 \end_inset
 393
 394
 395 \end_layout
 396
 397 \end_body
 398 \end_document