lib/examples/sweave.lyx

   1 #LyX 2.0.0svn created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 410
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \textclass article
   6 \use_default_options true
   7 \begin_modules
   8 sweave
   9 \end_modules
  10 \maintain_unincluded_children false
  11 \language english
  12 \inputencoding auto
  13 \fontencoding global
  14 \font_roman lmodern
  15 \font_sans lmss
  16 \font_typewriter lmtt
  17 \font_default_family default
  18 \use_non_tex_fonts false
  19 \font_sc false
  20 \font_osf false
  21 \font_sf_scale 100
  22 \font_tt_scale 100
  23
  24 \graphics default
  25 \default_output_format default
  26 \output_sync 0
  27 \bibtex_command default
  28 \index_command default
  29 \paperfontsize default
  30 \spacing single
  31 \use_hyperref false
  32 \papersize default
  33 \use_geometry false
  34 \use_amsmath 1
  35 \use_esint 1
  36 \use_mhchem 1
  37 \use_mathdots 1
  38 \cite_engine basic
  39 \use_bibtopic false
  40 \use_indices false
  41 \paperorientation portrait
  42 \suppress_date false
  43 \use_refstyle 0
  44 \index Index
  45 \shortcut idx
  46 \color #008000
  47 \end_index
  48 \secnumdepth 3
  49 \tocdepth 3
  50 \paragraph_separation skip
  51 \defskip medskip
  52 \quotes_language english
  53 \papercolumns 1
  54 \papersides 1
  55 \paperpagestyle default
  56 \tracking_changes false
  57 \output_changes false
  58 \html_math_output 0
  59 \html_be_strict false
  60 \end_header
  61
  62 \begin_body
  63
  64 \begin_layout Title
  65 A Test File
  66 \end_layout
  67
  68 \begin_layout Author
  69 Friedrich Leisch
  70 \begin_inset Foot
  71 status collapsed
  72
  73 \begin_layout Plain Layout
  74 LyX
  75 \begin_inset Quotes eld
  76 \end_inset
  77
  78 port
  79 \begin_inset Quotes erd
  80 \end_inset
  81
  82  by Gregor Gorjanc
  83 \end_layout
  84
  85 \end_inset
  86
  87
  88 \end_layout
  89
  90 \begin_layout Standard
  91 A simple example that will run in any S engine: The integers from 1 to 10
  92  are
  93 \end_layout
  94
  95 \begin_layout Chunk
  96 <<print=TRUE>>=
  97 \end_layout
  98
  99 \begin_layout Chunk
 100 1:10
 101 \end_layout
 102
 103 \begin_layout Chunk
 104 <<results=hide>>=
 105 \end_layout
 106
 107 \begin_layout Chunk
 108 print(1:20)
 109 \end_layout
 110
 111 \begin_layout Chunk
 112 @ % the above is just to ensure that 2 code chunks can follow each other
 113 \end_layout
 114
 115 \begin_layout Standard
 116 We can also emulate a simple calculator:
 117 \end_layout
 118
 119 \begin_layout Chunk
 120 <<echo=TRUE,print=TRUE>>=
 121 \end_layout
 122
 123 \begin_layout Chunk
 124 1 + 1
 125 \end_layout
 126
 127 \begin_layout Chunk
 128 1 + pi
 129 \end_layout
 130
 131 \begin_layout Chunk
 132 sin(pi/2)
 133 \end_layout
 134
 135 \begin_layout Chunk
 136 @
 137 \end_layout
 138
 139 \begin_layout Standard
 140 Now we look at Gaussian data:
 141 \end_layout
 142
 143 \begin_layout Chunk
 144 <<>>=
 145 \end_layout
 146
 147 \begin_layout Chunk
 148 library(stats)
 149 \end_layout
 150
 151 \begin_layout Chunk
 152 x <- rnorm(20)
 153 \end_layout
 154
 155 \begin_layout Chunk
 156 print(x)
 157 \end_layout
 158
 159 \begin_layout Chunk
 160 print(t1 <- t.test(x))
 161 \end_layout
 162
 163 \begin_layout Chunk
 164 @
 165 \end_layout
 166
 167 \begin_layout Standard
 168 Note that we can easily integrate some numbers into standard text: The third
 169  element of vector
 170 \family typewriter
 171 x
 172 \family default
 173  is
 174 \begin_inset Flex S/R expression
 175 status collapsed
 176
 177 \begin_layout Plain Layout
 178
 179 x[3]
 180 \end_layout
 181
 182 \end_inset
 183
 184 , the
 185 \begin_inset Formula $p$
 186 \end_inset
 187
 188 -value of the test is
 189 \begin_inset Flex S/R expression
 190 status collapsed
 191
 192 \begin_layout Plain Layout
 193
 194 format.pval(t1$p.value)
 195 \end_layout
 196
 197 \end_inset
 198
 199
 200 \end_layout
 201
 202 \begin_layout Standard
 203
 204 \family roman
 205 \series medium
 206 \shape up
 207 \size normal
 208 \emph off
 209 \bar no
 210 \noun off
 211 \color none
 212 Now we look at a summary of the famous iris dataset, and we want to see
 213  the commands in the code chunks:
 214 \end_layout
 215
 216 \begin_layout Standard
 217 \begin_inset Flex Sweave Options
 218 status open
 219
 220 \begin_layout Plain Layout
 221
 222 echo=true,keep.source=true
 223 \end_layout
 224
 225 \end_inset
 226
 227
 228 \end_layout
 229
 230 \begin_layout Chunk
 231 <<engine=R>>=
 232 \end_layout
 233
 234 \begin_layout Chunk
 235 # A comment
 236 \end_layout
 237
 238 \begin_layout Chunk
 239 data(iris)
 240 \end_layout
 241
 242 \begin_layout Chunk
 243 summary(iris)
 244 \end_layout
 245
 246 \begin_layout Chunk
 247 @ % def
 248 \end_layout
 249
 250 \begin_layout Standard
 251 \begin_inset Float figure
 252 placement tbph
 253 wide false
 254 sideways false
 255 status open
 256
 257 \begin_layout Plain Layout
 258 \noindent
 259 \align center
 260 \begin_inset ERT
 261 status open
 262
 263 \begin_layout Plain Layout
 264
 265 <<fig=TRUE>>=
 266 \end_layout
 267
 268 \begin_layout Plain Layout
 269
 270 library(graphics)
 271 \end_layout
 272
 273 \begin_layout Plain Layout
 274
 275 pairs(iris)
 276 \end_layout
 277
 278 \begin_layout Plain Layout
 279
 280 @
 281 \end_layout
 282
 283 \end_inset
 284
 285
 286 \end_layout
 287
 288 \begin_layout Plain Layout
 289 \begin_inset Caption
 290
 291 \begin_layout Plain Layout
 292 Pairs plot of the iris data.
 293 \end_layout
 294
 295 \end_inset
 296
 297
 298 \end_layout
 299
 300 \end_inset
 301
 302
 303 \end_layout
 304
 305 \begin_layout Standard
 306 \begin_inset Float figure
 307 placement tbph
 308 wide false
 309 sideways false
 310 status open
 311
 312 \begin_layout Plain Layout
 313 \noindent
 314 \align center
 315 \begin_inset ERT
 316 status open
 317
 318 \begin_layout Plain Layout
 319
 320 <<fig=true>>=
 321 \end_layout
 322
 323 \begin_layout Plain Layout
 324
 325 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris)
 326 \end_layout
 327
 328 \begin_layout Plain Layout
 329
 330 @
 331 \end_layout
 332
 333 \end_inset
 334
 335
 336 \end_layout
 337
 338 \begin_layout Plain Layout
 339 \begin_inset Caption
 340
 341 \begin_layout Plain Layout
 342 Boxplot of sepal length grouped by species.
 343 \end_layout
 344
 345 \end_inset
 346
 347
 348 \end_layout
 349
 350 \end_inset
 351
 352
 353 \end_layout
 354
 355 \begin_layout Chunk
 356 <<engine=S4>>=
 357 \end_layout
 358
 359 \begin_layout Chunk
 360 function.that.comes.only.with.Splus(x)
 361 \end_layout
 362
 363 \begin_layout Chunk
 364 @
 365 \end_layout
 366
 367 \begin_layout Standard
 368 \begin_inset Float figure
 369 wide false
 370 sideways false
 371 status open
 372
 373 \begin_layout Plain Layout
 374 \noindent
 375 \align center
 376 \begin_inset ERT
 377 status open
 378
 379 \begin_layout Plain Layout
 380
 381 <<fig=true>>=
 382 \end_layout
 383
 384 \begin_layout Plain Layout
 385
 386 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris)
 387 \end_layout
 388
 389 \begin_layout Plain Layout
 390
 391 @
 392 \end_layout
 393
 394 \end_inset
 395
 396
 397 \end_layout
 398
 399 \begin_layout Plain Layout
 400 \begin_inset Caption
 401
 402 \begin_layout Plain Layout
 403 Boxplot of sepal length grouped by species
 404 \end_layout
 405
 406 \end_inset
 407
 408
 409 \end_layout
 410
 411 \end_inset
 412
 413
 414 \end_layout
 415
 416 \end_body
 417 \end_document