lib/examples/sweave.lyx

   1 #LyX 1.6.1 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 345
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \textclass article
   6 \use_default_options true
   7 \begin_modules
   8 sweave
   9 \end_modules
  10 \language english
  11 \inputencoding auto
  12 \font_roman default
  13 \font_sans default
  14 \font_typewriter default
  15 \font_default_family default
  16 \font_sc false
  17 \font_osf false
  18 \font_sf_scale 100
  19 \font_tt_scale 100
  20
  21 \graphics default
  22 \paperfontsize default
  23 \spacing single
  24 \use_hyperref false
  25 \papersize default
  26 \use_geometry false
  27 \use_amsmath 1
  28 \use_esint 1
  29 \cite_engine basic
  30 \use_bibtopic false
  31 \paperorientation portrait
  32 \secnumdepth 3
  33 \tocdepth 3
  34 \paragraph_separation skip
  35 \defskip medskip
  36 \quotes_language english
  37 \papercolumns 1
  38 \papersides 1
  39 \paperpagestyle default
  40 \tracking_changes false
  41 \output_changes false
  42 \author ""
  43 \author ""
  44 \end_header
  45
  46 \begin_body
  47
  48 \begin_layout Title
  49 A Test File
  50 \end_layout
  51
  52 \begin_layout Author
  53 Friedrich Leisch
  54 \begin_inset Foot
  55 status collapsed
  56
  57 \begin_layout Plain Layout
  58 LyX
  59 \begin_inset Quotes eld
  60 \end_inset
  61
  62 port
  63 \begin_inset Quotes erd
  64 \end_inset
  65
  66  by Gregor Gorjanc
  67 \end_layout
  68
  69 \end_inset
  70
  71
  72 \end_layout
  73
  74 \begin_layout Standard
  75 A simple example that will run in any S engine: The integers from 1 to 10
  76  are
  77 \end_layout
  78
  79 \begin_layout Chunk
  80 <<print=TRUE>>=
  81 \begin_inset Newline newline
  82 \end_inset
  83
  84 1:10
  85 \begin_inset Newline newline
  86 \end_inset
  87
  88 <<results=hide>>=
  89 \begin_inset Newline newline
  90 \end_inset
  91
  92 print(1:20)
  93 \begin_inset Newline newline
  94 \end_inset
  95
  96 @ % the above is just to ensure that 2 code chunks can follow each other
  97 \end_layout
  98
  99 \begin_layout Standard
 100 We can also emulate a simple calculator:
 101 \end_layout
 102
 103 \begin_layout Chunk
 104 <<echo=TRUE,print=TRUE>>=
 105 \begin_inset Newline newline
 106 \end_inset
 107
 108 1 + 1
 109 \begin_inset Newline newline
 110 \end_inset
 111
 112 1 + pi
 113 \begin_inset Newline newline
 114 \end_inset
 115
 116 sin(pi/2)
 117 \begin_inset Newline newline
 118 \end_inset
 119
 120 @
 121 \end_layout
 122
 123 \begin_layout Standard
 124 Now we look at Gaussian data:
 125 \end_layout
 126
 127 \begin_layout Chunk
 128 <<>>=
 129 \begin_inset Newline newline
 130 \end_inset
 131
 132 library(stats)
 133 \begin_inset Newline newline
 134 \end_inset
 135
 136 x <- rnorm(20)
 137 \begin_inset Newline newline
 138 \end_inset
 139
 140 print(x)
 141 \begin_inset Newline newline
 142 \end_inset
 143
 144 print(t1 <- t.test(x))
 145 \begin_inset Newline newline
 146 \end_inset
 147
 148 @
 149 \end_layout
 150
 151 \begin_layout Standard
 152 Note that we can easily integrate some numbers into standard text: The third
 153  element of vector
 154 \family typewriter
 155 x
 156 \family default
 157  is
 158 \begin_inset Flex S/R expression
 159 status collapsed
 160
 161 \begin_layout Plain Layout
 162
 163 x[3]
 164 \end_layout
 165
 166 \end_inset
 167
 168 , the
 169 \begin_inset Formula $p$
 170 \end_inset
 171
 172 -value of the test is
 173 \begin_inset Flex S/R expression
 174 status collapsed
 175
 176 \begin_layout Plain Layout
 177
 178 format.pval(t1$p.value)
 179 \end_layout
 180
 181 \end_inset
 182
 183
 184 \end_layout
 185
 186 \begin_layout Standard
 187
 188 \family roman
 189 \series medium
 190 \shape up
 191 \size normal
 192 \emph off
 193 \bar no
 194 \noun off
 195 \color none
 196 Now we look at a summary of the famous iris dataset, and we want to see
 197  the commands in the code chunks:
 198 \end_layout
 199
 200 \begin_layout Standard
 201 \begin_inset Flex Sweave Options
 202 status open
 203
 204 \begin_layout Plain Layout
 205
 206 echo=true,keep.source=true
 207 \end_layout
 208
 209 \end_inset
 210
 211
 212 \end_layout
 213
 214 \begin_layout Chunk
 215 <<engine=R>>=
 216 \begin_inset Newline newline
 217 \end_inset
 218
 219 # A comment
 220 \begin_inset Newline newline
 221 \end_inset
 222
 223 data(iris)
 224 \begin_inset Newline newline
 225 \end_inset
 226
 227 summary(iris)
 228 \begin_inset Newline newline
 229 \end_inset
 230
 231 @ % def
 232 \end_layout
 233
 234 \begin_layout Standard
 235 \begin_inset Float figure
 236 placement tbph
 237 wide false
 238 sideways false
 239 status collapsed
 240
 241 \begin_layout Chunk
 242 \align center
 243 <<fig=TRUE>>=
 244 \begin_inset Newline newline
 245 \end_inset
 246
 247 library(graphics)
 248 \begin_inset Newline newline
 249 \end_inset
 250
 251 pairs(iris)
 252 \begin_inset Newline newline
 253 \end_inset
 254
 255 @
 256 \end_layout
 257
 258 \begin_layout Plain Layout
 259 \begin_inset Caption
 260
 261 \begin_layout Plain Layout
 262 Pairs plot of the iris data.
 263 \end_layout
 264
 265 \end_inset
 266
 267
 268 \end_layout
 269
 270 \end_inset
 271
 272
 273 \end_layout
 274
 275 \begin_layout Standard
 276 \begin_inset Float figure
 277 placement tbph
 278 wide false
 279 sideways false
 280 status collapsed
 281
 282 \begin_layout Chunk
 283 \align center
 284 <<fig=true>>=
 285 \begin_inset Newline newline
 286 \end_inset
 287
 288 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris)
 289 \begin_inset Newline newline
 290 \end_inset
 291
 292 @
 293 \end_layout
 294
 295 \begin_layout Plain Layout
 296 \begin_inset Caption
 297
 298 \begin_layout Plain Layout
 299 Boxplot of sepal length grouped by species.
 300 \end_layout
 301
 302 \end_inset
 303
 304
 305 \end_layout
 306
 307 \end_inset
 308
 309
 310 \end_layout
 311
 312 \begin_layout Chunk
 313 <<engine=S4>>=
 314 \begin_inset Newline newline
 315 \end_inset
 316
 317 function.that.comes.only.with.Splus(x)
 318 \begin_inset Newline newline
 319 \end_inset
 320
 321 @
 322 \end_layout
 323
 324 \begin_layout Standard
 325 \begin_inset Float figure
 326 wide false
 327 sideways false
 328 status open
 329
 330 \begin_layout Chunk
 331 \align center
 332 <<fig=true>>=
 333 \begin_inset Newline newline
 334 \end_inset
 335
 336 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris)
 337 \begin_inset Newline newline
 338 \end_inset
 339
 340 @
 341 \end_layout
 342
 343 \begin_layout Plain Layout
 344 \begin_inset Caption
 345
 346 \begin_layout Plain Layout
 347 Boxplot of sepal length grouped by species
 348 \end_layout
 349
 350 \end_inset
 351
 352
 353 \end_layout
 354
 355 \end_inset
 356
 357
 358 \end_layout
 359
 360 \end_body
 361 \end_document