lib/examples/sweave.lyx

   1 #LyX 1.6.1 created this file. For more info see http://www.lyx.org/\r
   2 \lyxformat 345\r
   3 \begin_document\r
   4 \begin_header\r
   5 \textclass article\r
   6 \use_default_options true\r
   7 \begin_modules\r
   8 sweave\r
   9 \end_modules\r
  10 \language english\r
  11 \inputencoding auto\r
  12 \font_roman default\r
  13 \font_sans default\r
  14 \font_typewriter default\r
  15 \font_default_family default\r
  16 \font_sc false\r
  17 \font_osf false\r
  18 \font_sf_scale 100\r
  19 \font_tt_scale 100\r
  20 \r
  21 \graphics default\r
  22 \paperfontsize default\r
  23 \spacing single\r
  24 \use_hyperref false\r
  25 \papersize default\r
  26 \use_geometry false\r
  27 \use_amsmath 1\r
  28 \use_esint 1\r
  29 \cite_engine basic\r
  30 \use_bibtopic false\r
  31 \paperorientation portrait\r
  32 \secnumdepth 3\r
  33 \tocdepth 3\r
  34 \paragraph_separation skip\r
  35 \defskip medskip\r
  36 \quotes_language english\r
  37 \papercolumns 1\r
  38 \papersides 1\r
  39 \paperpagestyle default\r
  40 \tracking_changes false\r
  41 \output_changes false\r
  42 \author "" \r
  43 \author "" \r
  44 \end_header\r
  45 \r
  46 \begin_body\r
  47 \r
  48 \begin_layout Title\r
  49 A Test File\r
  50 \end_layout\r
  51 \r
  52 \begin_layout Author\r
  53 Friedrich Leisch\r
  54 \begin_inset Foot\r
  55 status collapsed\r
  56 \r
  57 \begin_layout Plain Layout\r
  58 LyX \r
  59 \begin_inset Quotes eld\r
  60 \end_inset\r
  61 \r
  62 port\r
  63 \begin_inset Quotes erd\r
  64 \end_inset\r
  65 \r
  66  by Gregor Gorjanc\r
  67 \end_layout\r
  68 \r
  69 \end_inset\r
  70 \r
  71 \r
  72 \end_layout\r
  73 \r
  74 \begin_layout Standard\r
  75 A simple example that will run in any S engine: The integers from 1 to 10\r
  76  are\r
  77 \end_layout\r
  78 \r
  79 \begin_layout Chunk\r
  80 <<print=TRUE>>=\r
  81 \begin_inset Newline newline\r
  82 \end_inset\r
  83 \r
  84 1:10 \r
  85 \begin_inset Newline newline\r
  86 \end_inset\r
  87 \r
  88 <<results=hide>>=\r
  89 \begin_inset Newline newline\r
  90 \end_inset\r
  91 \r
  92 print(1:20)\r
  93 \begin_inset Newline newline\r
  94 \end_inset\r
  95 \r
  96 @ % the above is just to ensure that 2 code chunks can follow each other\r
  97 \end_layout\r
  98 \r
  99 \begin_layout Standard\r
 100 We can also emulate a simple calculator: \r
 101 \end_layout\r
 102 \r
 103 \begin_layout Chunk\r
 104 <<echo=TRUE,print=TRUE>>=\r
 105 \begin_inset Newline newline\r
 106 \end_inset\r
 107 \r
 108 1 + 1 \r
 109 \begin_inset Newline newline\r
 110 \end_inset\r
 111 \r
 112 1 + pi\r
 113 \begin_inset Newline newline\r
 114 \end_inset\r
 115 \r
 116 sin(pi/2)\r
 117 \begin_inset Newline newline\r
 118 \end_inset\r
 119 \r
 120 @\r
 121 \end_layout\r
 122 \r
 123 \begin_layout Standard\r
 124 Now we look at Gaussian data:\r
 125 \end_layout\r
 126 \r
 127 \begin_layout Chunk\r
 128 <<>>=\r
 129 \begin_inset Newline newline\r
 130 \end_inset\r
 131 \r
 132 library(stats)\r
 133 \begin_inset Newline newline\r
 134 \end_inset\r
 135 \r
 136 x <- rnorm(20)\r
 137 \begin_inset Newline newline\r
 138 \end_inset\r
 139 \r
 140 print(x)\r
 141 \begin_inset Newline newline\r
 142 \end_inset\r
 143 \r
 144 print(t1 <- t.test(x))\r
 145 \begin_inset Newline newline\r
 146 \end_inset\r
 147 \r
 148 @\r
 149 \end_layout\r
 150 \r
 151 \begin_layout Standard\r
 152 Note that we can easily integrate some numbers into standard text: The third\r
 153  element of vector \r
 154 \family typewriter\r
 155 x\r
 156 \family default\r
 157  is \r
 158 \begin_inset Flex S/R expression\r
 159 status collapsed\r
 160 \r
 161 \begin_layout Plain Layout\r
 162 \r
 163 x[3]\r
 164 \end_layout\r
 165 \r
 166 \end_inset\r
 167 \r
 168 , the \r
 169 \begin_inset Formula $p$\r
 170 \end_inset\r
 171 \r
 172 -value of the test is \r
 173 \begin_inset Flex S/R expression\r
 174 status collapsed\r
 175 \r
 176 \begin_layout Plain Layout\r
 177 \r
 178 format.pval(t1$p.value)\r
 179 \end_layout\r
 180 \r
 181 \end_inset\r
 182 \r
 183 \r
 184 \end_layout\r
 185 \r
 186 \begin_layout Standard\r
 187 \r
 188 \family roman\r
 189 \series medium\r
 190 \shape up\r
 191 \size normal\r
 192 \emph off\r
 193 \bar no\r
 194 \noun off\r
 195 \color none\r
 196 Now we look at a summary of the famous iris dataset, and we want to see\r
 197  the commands in the code chunks:\r
 198 \end_layout\r
 199 \r
 200 \begin_layout Standard\r
 201 \begin_inset Flex Sweave Options\r
 202 status open\r
 203 \r
 204 \begin_layout Plain Layout\r
 205 \r
 206 echo=true,keep.source=true\r
 207 \end_layout\r
 208 \r
 209 \end_inset\r
 210 \r
 211 \r
 212 \end_layout\r
 213 \r
 214 \begin_layout Chunk\r
 215 <<engine=R>>=\r
 216 \begin_inset Newline newline\r
 217 \end_inset\r
 218 \r
 219 # A comment\r
 220 \begin_inset Newline newline\r
 221 \end_inset\r
 222 \r
 223 data(iris)\r
 224 \begin_inset Newline newline\r
 225 \end_inset\r
 226 \r
 227 summary(iris)\r
 228 \begin_inset Newline newline\r
 229 \end_inset\r
 230 \r
 231 @ % def\r
 232 \end_layout\r
 233 \r
 234 \begin_layout Standard\r
 235 \begin_inset Float figure\r
 236 placement tbph\r
 237 wide false\r
 238 sideways false\r
 239 status collapsed\r
 240 \r
 241 \begin_layout Chunk\r
 242 \align center\r
 243 <<fig=TRUE>>=\r
 244 \begin_inset Newline newline\r
 245 \end_inset\r
 246 \r
 247 library(graphics)\r
 248 \begin_inset Newline newline\r
 249 \end_inset\r
 250 \r
 251 pairs(iris)\r
 252 \begin_inset Newline newline\r
 253 \end_inset\r
 254 \r
 255 @\r
 256 \end_layout\r
 257 \r
 258 \begin_layout Plain Layout\r
 259 \begin_inset Caption\r
 260 \r
 261 \begin_layout Plain Layout\r
 262 Pairs plot of the iris data.\r
 263 \end_layout\r
 264 \r
 265 \end_inset\r
 266 \r
 267 \r
 268 \end_layout\r
 269 \r
 270 \end_inset\r
 271 \r
 272 \r
 273 \end_layout\r
 274 \r
 275 \begin_layout Standard\r
 276 \begin_inset Float figure\r
 277 placement tbph\r
 278 wide false\r
 279 sideways false\r
 280 status collapsed\r
 281 \r
 282 \begin_layout Chunk\r
 283 \align center\r
 284 <<fig=true>>=\r
 285 \begin_inset Newline newline\r
 286 \end_inset\r
 287 \r
 288 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris)\r
 289 \begin_inset Newline newline\r
 290 \end_inset\r
 291 \r
 292 @\r
 293 \end_layout\r
 294 \r
 295 \begin_layout Plain Layout\r
 296 \begin_inset Caption\r
 297 \r
 298 \begin_layout Plain Layout\r
 299 Boxplot of sepal length grouped by species.\r
 300 \end_layout\r
 301 \r
 302 \end_inset\r
 303 \r
 304 \r
 305 \end_layout\r
 306 \r
 307 \end_inset\r
 308 \r
 309 \r
 310 \end_layout\r
 311 \r
 312 \begin_layout Chunk\r
 313 <<engine=S4>>=\r
 314 \begin_inset Newline newline\r
 315 \end_inset\r
 316 \r
 317 function.that.comes.only.with.Splus(x)\r
 318 \begin_inset Newline newline\r
 319 \end_inset\r
 320 \r
 321 @\r
 322 \end_layout\r
 323 \r
 324 \begin_layout Standard\r
 325 \begin_inset Float figure\r
 326 wide false\r
 327 sideways false\r
 328 status open\r
 329 \r
 330 \begin_layout Chunk\r
 331 \align center\r
 332 <<fig=true>>=\r
 333 \begin_inset Newline newline\r
 334 \end_inset\r
 335 \r
 336 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris)\r
 337 \begin_inset Newline newline\r
 338 \end_inset\r
 339 \r
 340 @\r
 341 \end_layout\r
 342 \r
 343 \begin_layout Plain Layout\r
 344 \begin_inset Caption\r
 345 \r
 346 \begin_layout Plain Layout\r
 347 Boxplot of sepal length grouped by species\r
 348 \end_layout\r
 349 \r
 350 \end_inset\r
 351 \r
 352 \r
 353 \end_layout\r
 354 \r
 355 \end_inset\r
 356 \r
 357 \r
 358 \end_layout\r
 359 \r
 360 \end_body\r
 361 \end_document\r