lib/examples/ja/sweave.lyx

   1 #LyX 2.1 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 474
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \textclass jarticle
   6 \begin_preamble
   7 %% maxwidth is the original width if it's less than linewidth
   8 %% otherwise use linewidth (to make sure the graphics do not exceed the margin)
   9 \def\maxwidth{%
  10 \ifdim\Gin@nat@width>\linewidth
  11 \linewidth
  12 \else
  13 \Gin@nat@width
  14 \fi
  15 }
  16 \end_preamble
  17 \options nogin
  18 \use_default_options true
  19 \begin_modules
  20 sweave
  21 \end_modules
  22 \maintain_unincluded_children false
  23 \language japanese
  24 \language_package none
  25 \inputencoding utf8-platex
  26 \fontencoding global
  27 \font_roman palatino
  28 \font_sans lmss
  29 \font_typewriter lmtt
  30 \font_math auto
  31 \font_default_family default
  32 \use_non_tex_fonts false
  33 \font_sc false
  34 \font_osf false
  35 \font_sf_scale 100
  36 \font_tt_scale 100
  37 \graphics default
  38 \default_output_format pdf
  39 \output_sync 0
  40 \bibtex_command default
  41 \index_command default
  42 \paperfontsize default
  43 \spacing single
  44 \use_hyperref false
  45 \papersize default
  46 \use_geometry true
  47 \use_package amsmath 1
  48 \use_package amssymb 1
  49 \use_package cancel 0
  50 \use_package esint 1
  51 \use_package mathdots 1
  52 \use_package mathtools 0
  53 \use_package mhchem 1
  54 \use_package stackrel 0
  55 \use_package stmaryrd 0
  56 \use_package undertilde 0
  57 \cite_engine basic
  58 \cite_engine_type default
  59 \biblio_style plain
  60 \use_bibtopic false
  61 \use_indices false
  62 \paperorientation portrait
  63 \suppress_date false
  64 \justification true
  65 \use_refstyle 0
  66 \index Index
  67 \shortcut idx
  68 \color #008000
  69 \end_index
  70 \leftmargin 3cm
  71 \topmargin 3cm
  72 \rightmargin 3cm
  73 \bottommargin 3cm
  74 \secnumdepth 3
  75 \tocdepth 3
  76 \paragraph_separation indent
  77 \paragraph_indentation default
  78 \quotes_language english
  79 \papercolumns 1
  80 \papersides 1
  81 \paperpagestyle default
  82 \tracking_changes false
  83 \output_changes false
  84 \html_math_output 0
  85 \html_css_as_file 0
  86 \html_be_strict false
  87 \end_header
  88
  89 \begin_body
  90
  91 \begin_layout Standard
  92 \begin_inset ERT
  93 status open
  94
  95 \begin_layout Plain Layout
  96
  97 %
  98 \backslash
  99 SweaveOpts{prefix=TRUE,prefix.string=sweave-prefix,keep.source=FALSE}
 100 \end_layout
 101
 102 \end_inset
 103
 104
 105 \end_layout
 106
 107 \begin_layout Standard
 108 \begin_inset ERT
 109 status open
 110
 111 \begin_layout Plain Layout
 112
 113 %%
 114 \backslash
 115 maxwidth はプリアンブル中で定義されています。文書設定をご覧ください。
 116 \end_layout
 117
 118 \begin_layout Plain Layout
 119
 120
 121 \backslash
 122 setkeys{Gin}{width=
 123 \backslash
 124 maxwidth}
 125 \end_layout
 126
 127 \end_inset
 128
 129
 130 \end_layout
 131
 132 \begin_layout Title
 133 LyXでSweaveを使うには
 134 \end_layout
 135
 136 \begin_layout Author
 137 Yihui Xie
 138 \begin_inset Foot
 139 status collapsed
 140
 141 \begin_layout Plain Layout
 142 アイオワ州立大学統計学部、電子メール:
 143 \begin_inset CommandInset href
 144 LatexCommand href
 145 name "xie@yihui.name"
 146 target "xie@yihui.name"
 147 type "mailto:"
 148
 149 \end_inset
 150
 151
 152 \end_layout
 153
 154 \end_inset
 155
 156
 157 \begin_inset ERT
 158 status collapsed
 159
 160 \begin_layout Plain Layout
 161
 162
 163 \backslash
 164 and
 165 \end_layout
 166
 167 \end_inset
 168
 169  Gregor Gorjanc
 170 \begin_inset ERT
 171 status collapsed
 172
 173 \begin_layout Plain Layout
 174
 175
 176 \backslash
 177 and
 178 \end_layout
 179
 180 \end_inset
 181
 182  Jean-Marc Lasgouttes
 183 \end_layout
 184
 185 \begin_layout Standard
 186 Sweaveは、文芸的プログラミングの考えに従った、動的なレポート生成するための、R言語(
 187 \begin_inset Flex URL
 188 status collapsed
 189
 190 \begin_layout Plain Layout
 191
 192 http://www.r-project.org
 193 \end_layout
 194
 195 \end_inset
 196
 197 )ツールです。Rコードは、LaTeX文書の中で混用することができ、文書がコンパイルされるときにRで実行されます。結果は、TeX出力内に書きこまれます。
 198 \end_layout
 199
 200 \begin_layout Standard
 201 LyX 2.0以降では、
 202 \family sans
 203 Sweave
 204 \family default
 205 モジュールを使えば、どの文書クラスでもSweaveをそのまま使うことができます。
 206 \family sans
 207 Sweave
 208 \family default
 209 モジュールを文書に加えるには、
 210 \family sans
 211 文書\SpecialChar \menuseparator
 212 設定\SpecialChar \menuseparator
 213 モジュール
 214 \family default
 215 を使用します。この説明書では、Sweaveでよく使われる機能をいくつか紹介し、本モジュールがどう動作するかを説明します。この説明書のPDF版は、
 216 \begin_inset Flex URL
 217 status collapsed
 218
 219 \begin_layout Plain Layout
 220
 221 https://github.com/downloads/yihui/lyx/sweave.pdf
 222 \end_layout
 223
 224 \end_inset
 225
 226 にあります。
 227 \end_layout
 228
 229 \begin_layout Section
 230 システム要件
 231 \end_layout
 232
 233 \begin_layout Standard
 234
 235 \family sans
 236 Sweave
 237 \family default
 238 モジュールは、実行ファイル
 239 \family typewriter
 240 Rscript
 241 \family default
 242 に依存しますので、このファイルが、システムの
 243 \family sans
 244 PATH
 245 \family default
 246 変数に含まれるパスになくてはなりません。これは、LinuxやMac OSユーザーには大した問題とならないでしょうが、Windowsユーザーには混乱を招くかもしれ
 247 ません。Windowsにおける
 248 \family sans
 249 PATH
 250 \family default
 251 が何かわからない場合には、R言語のリポジトリ
 252 \begin_inset Flex URL
 253 status collapsed
 254
 255 \begin_layout Plain Layout
 256
 257 https://github.com/yihui/lyx
 258 \end_layout
 259
 260 \end_inset
 261
 262 にあるRスクリプト
 263 \family sans
 264 add-R-path-win.R
 265 \family default
 266 を使って、パスを自動的に変更するか(推奨はできません。何にせよ
 267 \family sans
 268 PATH
 269 \family default
 270 が何かくらいは勉強すべきです)、あるいは
 271 \family sans
 272 ツール\SpecialChar \menuseparator
 273 設定\SpecialChar \menuseparator
 274 パス\SpecialChar \menuseparator
 275 パス接頭辞
 276 \family default
 277 からRのバイナリパスを追加することができます(推奨)。後者の場合、大抵
 278 \family sans
 279 C:
 280 \backslash
 281 Program Files
 282 \backslash
 283 R
 284 \backslash
 285 R-x.x.x
 286 \backslash
 287 bin
 288 \family default
 289 のような形をしており、R内で下記のようにして確認することができます。
 290 \end_layout
 291
 292 \begin_layout Standard
 293 \begin_inset ERT
 294 status open
 295
 296 \begin_layout Plain Layout
 297
 298 <<where-is-R-bin,eval=FALSE>>=
 299 \end_layout
 300
 301 \begin_layout Plain Layout
 302
 303 R.home('bin')
 304 \end_layout
 305
 306 \begin_layout Plain Layout
 307
 308 @
 309 \end_layout
 310
 311 \end_inset
 312
 313
 314 \end_layout
 315
 316 \begin_layout Standard
 317 これらの変更を加えた後、
 318 \family sans
 319 ツール\SpecialChar \menuseparator
 320 再初期設定
 321 \family default
 322 を使って、LyXの再設定を行う必要があります。
 323 \family typewriter
 324 Rscript
 325 \family default
 326 が
 327 \family sans
 328 PATH
 329 \family default
 330 にない場合、
 331 \family sans
 332 Sweave
 333 \family default
 334 モジュールを使うことはできません。Sweaveの更新は続いていますので、最新版のRを使用することをお勧めします。Rに同梱され、このパス下にある(CTANにはあり
 335 ません)LaTeXスタイルファイル
 336 \family sans
 337 Sweave.sty
 338 \family default
 339 によって、下記のように依存関係が追加されます。
 340 \end_layout
 341
 342 \begin_layout Standard
 343 \begin_inset ERT
 344 status open
 345
 346 \begin_layout Plain Layout
 347
 348 <<sweave-sty,eval=FALSE>>=
 349 \end_layout
 350
 351 \begin_layout Plain Layout
 352
 353 file.path(R.home('share'), 'texmf', 'tex', 'latex')
 354 \end_layout
 355
 356 \begin_layout Plain Layout
 357
 358 @
 359 \end_layout
 360
 361 \end_inset
 362
 363
 364 \end_layout
 365
 366 \begin_layout Standard
 367 MikTeXユーザーは、MikTeXの設定で、MikTeXのルートディレクトリ一覧にtexmfディレクトリも追加したほうが良いかもしれません。また、
 368 \family sans
 369 Sweave.sty
 370 \family default
 371 は
 372 \series bold
 373 fancyvrb
 374 \series default
 375 パッケージに依存しており、
 376 \series bold
 377 ae
 378 \series default
 379 に依存する
 380 \emph on
 381 ことも
 382 \emph default
 383 あります。LyXが
 384 \family sans
 385 Sweave.sty
 386 \family default
 387 を検出できないときは、直接Rからコピーしますので、このスタイルファイルがどこにあるかわからない場合でも、Sweaveモジュールは動作します。
 388 \end_layout
 389
 390 \begin_layout Section
 391 Sweaveの用例
 392 \end_layout
 393
 394 \begin_layout Standard
 395 Sweave文書を書く前に、Sweaveオプションを設定しましょう。Sweaveの設定コマンドは
 396 \family typewriter
 397
 398 \backslash
 399 SweaveOpts{}
 400 \family default
 401 ですが、これは、LyX文書中で、
 402 \family sans
 403 挿入\SpecialChar \menuseparator
 404 任意設定差込枠\SpecialChar \menuseparator
 405 Sweaveオプション
 406 \family default
 407 か、TeXコードで書く(
 408 \family sans
 409 挿入\SpecialChar \menuseparator
 410 TeXコード
 411 \family default
 412 )ことで挿入することができます。例えば、文頭で大域オプション
 413 \family typewriter
 414 echo=FALSE
 415 \family default
 416 を設定して、すべてのRコードを抑制することもできます(既定では、Rコードとその出力は、両方ともLaTeX文書中に表示されます)。
 417 \end_layout
 418
 419 \begin_layout Standard
 420 LyXでRコードを書くには、まずレイアウト様式一覧(ツールバーの左上端のドロップリスト)から、
 421 \family sans
 422 コード組
 423 \family default
 424 環境に変更するか、あるいは、単にTeXコード環境を開いて、Sweaveのコード組を書き込んでください。後者の方法の方が安定していますので、そちらをお勧めします。
 425 \end_layout
 426
 427 \begin_layout Standard
 428 例えば
 429 \family typewriter
 430 width
 431 \family default
 432 や
 433 \family typewriter
 434 useFancyQuotes
 435 \family default
 436 のようなRオプションもSweaveの出力に便利です。前者のオプションは、出力の幅を調整するものであり、後者は引用符に関してよく起こる問題を回避することができます
 437 。詳細については、Rに添付のSweave取扱説明書をお読みください。
 438 \end_layout
 439
 440 \begin_layout Standard
 441 \begin_inset ERT
 442 status open
 443
 444 \begin_layout Plain Layout
 445
 446 <<setup, keep.source=TRUE>>=
 447 \end_layout
 448
 449 \begin_layout Plain Layout
 450
 451 ## オプション「digits」は桁数(の概数)を設定できます
 452 \end_layout
 453
 454 \begin_layout Plain Layout
 455
 456 options(width = 70, useFancyQuotes = FALSE, digits = 4)
 457 \end_layout
 458
 459 \begin_layout Plain Layout
 460
 461 @
 462 \end_layout
 463
 464 \begin_layout Plain Layout
 465
 466 <<sweave-manual, eval=FALSE, keep.source=TRUE>>=
 467 \end_layout
 468
 469 \begin_layout Plain Layout
 470
 471 ## Sweaveのvignetteを見る (要 R >= 2.13.0)
 472 \end_layout
 473
 474 \begin_layout Plain Layout
 475
 476 vignette("Sweave", package = "utils")
 477 \end_layout
 478
 479 \begin_layout Plain Layout
 480
 481 @
 482 \end_layout
 483
 484 \end_inset
 485
 486
 487 \end_layout
 488
 489 \begin_layout Standard
 490 下記は、どのSエンジンでも動作する単純な例です。
 491 \end_layout
 492
 493 \begin_layout Standard
 494 \begin_inset ERT
 495 status open
 496
 497 \begin_layout Plain Layout
 498
 499 <<print-integers, keep.source=TRUE>>=
 500 \end_layout
 501
 502 \begin_layout Plain Layout
 503
 504 ## 1から10までの整数は
 505 \end_layout
 506
 507 \begin_layout Plain Layout
 508
 509 1:10
 510 \end_layout
 511
 512 \begin_layout Plain Layout
 513
 514 @
 515 \end_layout
 516
 517 \begin_layout Plain Layout
 518
 519 <<hide-results, results=hide>>=
 520 \end_layout
 521
 522 \begin_layout Plain Layout
 523
 524 ## results=hide を設定して意図的に出力を隠す
 525 \end_layout
 526
 527 \begin_layout Plain Layout
 528
 529 print(1:20)
 530 \end_layout
 531
 532 \begin_layout Plain Layout
 533
 534 @
 535 \end_layout
 536
 537 \end_inset
 538
 539
 540 \end_layout
 541
 542 \begin_layout Standard
 543 単純な計算機をエミュレートすることもできます。
 544 \end_layout
 545
 546 \begin_layout Standard
 547 \begin_inset ERT
 548 status open
 549
 550 \begin_layout Plain Layout
 551
 552 <<calculator>>=
 553 \end_layout
 554
 555 \begin_layout Plain Layout
 556
 557 1 + pi
 558 \end_layout
 559
 560 \begin_layout Plain Layout
 561
 562 sin(pi/6)
 563 \end_layout
 564
 565 \begin_layout Plain Layout
 566
 567 @
 568 \end_layout
 569
 570 \end_inset
 571
 572
 573 \end_layout
 574
 575 \begin_layout Standard
 576 今度は、ガウシアンデータを見てみましょう。
 577 \end_layout
 578
 579 \begin_layout Standard
 580 \begin_inset ERT
 581 status open
 582
 583 \begin_layout Plain Layout
 584
 585 <<rnorm>>=
 586 \end_layout
 587
 588 \begin_layout Plain Layout
 589
 590 set.seed(123)  # 再現可能性のため
 591 \end_layout
 592
 593 \begin_layout Plain Layout
 594
 595 x <- rnorm(20)
 596 \end_layout
 597
 598 \begin_layout Plain Layout
 599
 600 print(x)
 601 \end_layout
 602
 603 \begin_layout Plain Layout
 604
 605 t1 <- t.test(x)
 606 \end_layout
 607
 608 \begin_layout Plain Layout
 609
 610 @
 611 \end_layout
 612
 613 \end_inset
 614
 615
 616 \end_layout
 617
 618 \begin_layout Standard
 619 数値を標準テキストに簡単に統合させることができます。これは、
 620 \family typewriter
 621
 622 \backslash
 623 Sexpr{}
 624 \family default
 625 コマンドによって行われ、LyX中の対応するメニューは
 626 \family sans
 627 挿入\SpecialChar \menuseparator
 628 任意設定差込枠\SpecialChar \menuseparator
 629 S/R表現
 630 \family default
 631 ですが、TeXコードを使うこともできます。例えば、ベクトル
 632 \family typewriter
 633 x
 634 \family default
 635 の第3要素は、
 636 \begin_inset Flex S/R expression
 637 status collapsed
 638
 639 \begin_layout Plain Layout
 640
 641 x[3]
 642 \end_layout
 643
 644 \end_inset
 645
 646  (すなわち
 647 \family typewriter
 648 x[3]
 649 \family default
 650 )であり、検定の
 651 \begin_inset Formula $p$
 652 \end_inset
 653
 654 値は
 655 \begin_inset Flex S/R expression
 656 status collapsed
 657
 658 \begin_layout Plain Layout
 659
 660 format.pval(t1$p.value)
 661 \end_layout
 662
 663 \end_inset
 664
 665 です。これらの数値は、R中で
 666 \emph on
 667 round()
 668 \emph default
 669 のようなコマンドを使うことによって丸めることもできます。
 670 \end_layout
 671
 672 \begin_layout Standard
 673
 674 \family roman
 675 \series medium
 676 \shape up
 677 \size normal
 678 \emph off
 679 \bar no
 680 \noun off
 681 \color none
 682 今度は、
 683 \family typewriter
 684 \series default
 685 \shape default
 686 \size default
 687 \emph default
 688 \bar default
 689 \noun default
 690 \color inherit
 691 iris
 692 \family roman
 693 \series medium
 694 \shape up
 695 \size normal
 696 \emph off
 697 \bar no
 698 \noun off
 699 \color none
 700 データセットの要約を見てみましょう。
 701 \end_layout
 702
 703 \begin_layout Standard
 704 \begin_inset ERT
 705 status open
 706
 707 \begin_layout Plain Layout
 708
 709 <<iris-summary>>=
 710 \end_layout
 711
 712 \begin_layout Plain Layout
 713
 714 summary(iris[,-5])
 715 \end_layout
 716
 717 \begin_layout Plain Layout
 718
 719 @
 720 \end_layout
 721
 722 \end_inset
 723
 724
 725 \end_layout
 726
 727 \begin_layout Standard
 728 \begin_inset Float table
 729 wide false
 730 sideways false
 731 status open
 732
 733 \begin_layout Plain Layout
 734 \begin_inset Caption Standard
 735
 736 \begin_layout Plain Layout
 737
 738 \family typewriter
 739 iris
 740 \family default
 741 データの最初の4変数の分位数
 742 \begin_inset CommandInset label
 743 LatexCommand label
 744 name "tab:xtable-demo"
 745
 746 \end_inset
 747
 748
 749 \end_layout
 750
 751 \end_inset
 752
 753
 754 \end_layout
 755
 756 \begin_layout Plain Layout
 757 \align center
 758 \begin_inset ERT
 759 status open
 760
 761 \begin_layout Plain Layout
 762
 763 \end_layout
 764
 765 \begin_layout Plain Layout
 766
 767 <<xtable-demo,results=tex,echo=FALSE>>=
 768 \end_layout
 769
 770 \begin_layout Plain Layout
 771
 772 if (require('xtable')) {
 773 \end_layout
 774
 775 \begin_layout Plain Layout
 776
 777 print(xtable(sapply(iris[,-5], quantile)), floating=FALSE)
 778 \end_layout
 779
 780 \begin_layout Plain Layout
 781
 782 } else cat('the xtable package is not available! please install.packages("xtable"
 783 )')
 784 \end_layout
 785
 786 \begin_layout Plain Layout
 787
 788 @
 789 \end_layout
 790
 791 \end_inset
 792
 793
 794 \end_layout
 795
 796 \end_inset
 797
 798
 799 \end_layout
 800
 801 \begin_layout Standard
 802 通常、人々はこのような「生の」出力を好みませんので、これらのごちゃごちゃした数字を、
 803 \series bold
 804 xtable
 805 \series default
 806 パッケージを使って綺麗にしてやるといいでしょう。表
 807 \begin_inset CommandInset ref
 808 LatexCommand ref
 809 reference "tab:xtable-demo"
 810
 811 \end_inset
 812
 813 は、Sweaveでの
 814 \series bold
 815 xtable
 816 \series default
 817 パッケージの使い方を示すための例です。コード組のオプション
 818 \family typewriter
 819 results=tex
 820 \family default
 821 は、R出力が、特別な環境(
 822 \family typewriter
 823 Soutput
 824 \family default
 825 )で包まれるのではなく、生のLaTeXコードとして書き出されるように保証するためのものです。
 826 \end_layout
 827
 828 \begin_layout Standard
 829 図
 830 \begin_inset CommandInset ref
 831 LatexCommand ref
 832 reference "fig:iris-pairs"
 833
 834 \end_inset
 835
 836 と図
 837 \begin_inset CommandInset ref
 838 LatexCommand ref
 839 reference "fig:iris-boxplots"
 840
 841 \end_inset
 842
 843 は、Sweaveを使って画像を生成する簡単な例です。
 844 \end_layout
 845
 846 \begin_layout Standard
 847 \begin_inset Float figure
 848 wide false
 849 sideways false
 850 status open
 851
 852 \begin_layout Plain Layout
 853 \align center
 854 \begin_inset Note Note
 855 status open
 856
 857 \begin_layout Plain Layout
 858 epsとpdfの両方をtrueにして、latexとpdflatexの両方を動作するようにすることができます。実際には、おそらく一つを選ぶだけでよいでしょう。
 859 \end_layout
 860
 861 \end_inset
 862
 863
 864 \begin_inset ERT
 865 status open
 866
 867 \begin_layout Plain Layout
 868
 869 <<iris-pairs,fig=TRUE,width=4.5,height=4.5,eps=TRUE,pdf=TRUE>>=
 870 \end_layout
 871
 872 \begin_layout Plain Layout
 873
 874 pairs(iris, col = iris$Species)
 875 \end_layout
 876
 877 \begin_layout Plain Layout
 878
 879 @
 880 \end_layout
 881
 882 \end_inset
 883
 884
 885 \end_layout
 886
 887 \begin_layout Plain Layout
 888 \begin_inset Caption Standard
 889
 890 \begin_layout Plain Layout
 891
 892 \family typewriter
 893 iris
 894 \family default
 895 データの散布図マトリックス
 896 \begin_inset CommandInset label
 897 LatexCommand label
 898 name "fig:iris-pairs"
 899
 900 \end_inset
 901
 902
 903 \end_layout
 904
 905 \end_inset
 906
 907
 908 \end_layout
 909
 910 \end_inset
 911
 912
 913 \end_layout
 914
 915 \begin_layout Standard
 916 \begin_inset Float figure
 917 wide false
 918 sideways false
 919 status open
 920
 921 \begin_layout Plain Layout
 922 \align center
 923 \begin_inset ERT
 924 status open
 925
 926 \begin_layout Plain Layout
 927
 928 <<iris-boxplots,fig=TRUE,width=7,height=2,keep.source=F,eps=T,pdf=T>>=
 929 \end_layout
 930
 931 \begin_layout Plain Layout
 932
 933 par(mar=c(4,5,.1,.3), las=1)
 934 \end_layout
 935
 936 \begin_layout Plain Layout
 937
 938 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris,horizontal=TRUE,xlab='Sepal.Length')
 939 \end_layout
 940
 941 \begin_layout Plain Layout
 942
 943 @
 944 \end_layout
 945
 946 \end_inset
 947
 948
 949 \end_layout
 950
 951 \begin_layout Plain Layout
 952 \begin_inset Caption Standard
 953
 954 \begin_layout Plain Layout
 955 種でグループ化された萼片の長さのボックスプロット
 956 \begin_inset CommandInset label
 957 LatexCommand label
 958 name "fig:iris-boxplots"
 959
 960 \end_inset
 961
 962
 963 \end_layout
 964
 965 \end_inset
 966
 967
 968 \end_layout
 969
 970 \end_inset
 971
 972
 973 \end_layout
 974
 975 \begin_layout Standard
 976 Sweave文書中のRコードは、単一のRスクリプトとして書きだすことができますが、これは
 977 \family typewriter
 978 R CMD Stangle
 979 \family default
 980 を使って行われます。
 981 \end_layout
 982
 983 \begin_layout Section
 984
 985 \family sans
 986 Sweave
 987 \family default
 988 モジュール
 989 \end_layout
 990
 991 \begin_layout Standard
 992
 993 \family sans
 994 Sweave
 995 \family default
 996 モジュールは、LyX文書が、Rを使った文芸的プログラミングのコンポーネントを含んでいることを宣言しますので、LyXは、そのような文書を取り扱う特定の変換子を使っ
 997 て処理します(取扱説明書カスタマイズ篇参照)。
 998 \family sans
 999 Sweave
1000 \family default
1001 モジュールは、
1002 \family sans
1003 sweave
1004 \family default
1005 変換子を使用しますが、これは、LyXの
1006 \family sans
1007 scripts
1008 \family default
1009 ディレクトリ下にあるRスクリプト
1010 \family sans
1011 lyxsweave.R
1012 \family default
1013 が本体になっています。このスクリプトは、LyXから
1014 \family sans
1015 Rnw
1016 \family default
1017 文書を受け取り、これをTeX文書に変換するためにSweaveを呼び出します。その後の作業は、LyXが面倒を見ます。
1018 \end_layout
1019
1020 \begin_layout Standard
1021
1022 \family sans
1023 sweave
1024 \family default
1025 形式からLaTeXへの変換子は、下記のコマンド行でRを呼び出します。
1026 \end_layout
1027
1028 \begin_layout Standard
1029 \begin_inset ERT
1030 status open
1031
1032 \begin_layout Plain Layout
1033
1034
1035 \backslash
1036 begin{verbatim}
1037 \end_layout
1038
1039 \begin_layout Plain Layout
1040
1041 Rscript --no-save --no-restore $$s/scripts/lyxsweave.R $$p$$i $$p$$o $$e
1042  $$r
1043 \end_layout
1044
1045 \begin_layout Plain Layout
1046
1047
1048 \backslash
1049 end{verbatim}
1050 \end_layout
1051
1052 \end_inset
1053
1054
1055 \end_layout
1056
1057 \begin_layout Standard
1058 LyXライブラリディレクトリ
1059 \family typewriter
1060 $$s
1061 \family default
1062 は、
1063 \family sans
1064 ヘルプ\SpecialChar \menuseparator
1065 LyXについて
1066 \family default
1067 メニューに記載があります。他にRに渡すことのできるオプションは、Rスクリプト中で説明されており、また、LyX取扱説明書カスタマイズ篇には、
1068 \family typewriter
1069 $$i
1070 \family default
1071 ・
1072 \family typewriter
1073 $$o
1074 \family default
1075 ・
1076 \family typewriter
1077 $$e
1078 \family default
1079 ・
1080 \family typewriter
1081 $$r
1082 \family default
1083 についての詳しい説明があります。一般ユーザーは、これらの意味について詳しく知る必要はありませんが、ここでは、Rコードにまつわる若干の問題について説明しておく必要
1084 があります。
1085 \end_layout
1086
1087 \begin_layout Enumerate
1088 LyX文書のエンコーディングを表す文字列は、Rにコマンドラインオプションとして渡されます。取り得る値は、
1089 \family typewriter
1090 ISO-8859-15
1091 \family default
1092 や
1093 \family typewriter
1094 UTF-8
1095 \family default
1096 などです。エンコーディングは、Rが
1097 \family sans
1098 Rnw
1099 \family default
1100 文書を正しく読むのに使用されます。
1101 \end_layout
1102
1103 \begin_layout Enumerate
1104 Sweave文書内のRコード組は、LyX文書のあるディレクトリで実行されます(自信のない場合は、現在の作業ディレクトリがどこかを見るために、コード組に
1105 \family typewriter
1106 getwd()
1107 \family default
1108 を置いてください)。この場合、データファイルは同じディレクトリ下に置くことができ、再現可能性を保証するために、R内部では相対パスを使用してください。すなわち、他
1109 のシステムでは存在しないかもしれない、ハードコードのパスを書く必要はありません。
1110 \end_layout
1111
1112 \begin_layout Enumerate
1113 LaTeXが
1114 \family sans
1115 Sweave.sty
1116 \family default
1117 を検出できないと、このRスクリプトが自動的に
1118 \family sans
1119 Sweave.sty
1120 \family default
1121 を一時ディレクトリにコピーし、そこでLaTeXコンパイルを実行します。
1122 \end_layout
1123
1124 \begin_layout Enumerate
1125 Sweaveは、既定でRnwファイルのファイル名を、画像出力の接頭辞文字列として使用します。既知の問題の1つ(
1126 \begin_inset CommandInset href
1127 LatexCommand href
1128 name "#7551"
1129 target "http://www.lyx.org/trac/ticket/7551"
1130
1131 \end_inset
1132
1133 )として、ファイル名(拡張子を除く)にピリオドが含まれている場合、LaTeXがそのファイルを
1134 \family typewriter
1135
1136 \backslash
1137 includegraphics{}
1138 \family default
1139 で処理する際に失敗しうるということが知られています。したがって、接頭辞の既定値は、すべてのピリオドを「-」で置換したファイル名にしてあります。この問題は、Swe
1140 aveで直接的に解決することもができます。Sweaveオプションの
1141 \family typewriter
1142 prefix.string
1143 \family default
1144 を、ピリオドを含まない文字列に設定すると、このオプションが既定値を上書きします。
1145 \end_layout
1146
1147 \begin_layout Standard
1148 Sweaveパッケージには、事前に
1149 \family typewriter
1150 noae
1151 \family default
1152 オプションが設定されています。このオプションは、Sweaveが下記の2つのパッケージを読み込んでしまうのを防ぎます。
1153 \end_layout
1154
1155 \begin_layout Standard
1156 \begin_inset ERT
1157 status open
1158
1159 \begin_layout Plain Layout
1160
1161
1162 \backslash
1163 begin{verbatim}
1164 \end_layout
1165
1166 \begin_layout Plain Layout
1167
1168
1169 \backslash
1170 RequirePackage[T1]{fontenc}
1171 \end_layout
1172
1173 \begin_layout Plain Layout
1174
1175
1176 \backslash
1177 RequirePackage{ae}
1178 \end_layout
1179
1180 \begin_layout Plain Layout
1181
1182
1183 \backslash
1184 end{verbatim}
1185 \end_layout
1186
1187 \end_inset
1188
1189
1190 \end_layout
1191
1192 \begin_layout Standard
1193 LyXは、既定でフォントエンコーディングを取り扱うことができるので、Sweaveにこれをやってもらう必要はないのです(その上、これはパッケージオプションの衝突を
1194 もたらす可能性があります)。一方、ユーザーは、必要ならばプリアンブルで
1195 \series bold
1196 ae
1197 \series default
1198 パッケージを手動で読み込ませることができます。
1199 \end_layout
1200
1201 \begin_layout Section
1202 問題の解決法
1203 \end_layout
1204
1205 \begin_layout Standard
1206 LyX 2.0以降、コンパイル中の詳細な情報を、
1207 \family sans
1208 表示\SpecialChar \menuseparator
1209 メッセージを表示
1210 \family default
1211 で見ることができるようになりました。これは、問題の解決に非常に役に立ちます。Rの処理は、メッセージパネルに表示され、エラーが発生した場合には、どのコード組がおか
1212 しいのか知ることができます。例えば、この文書をコンパイルする時、以下のようなメッセージを見ることができるでしょう。
1213 \end_layout
1214
1215 \begin_layout Standard
1216 \begin_inset ERT
1217 status open
1218
1219 \begin_layout Plain Layout
1220
1221
1222 \backslash
1223 begin{verbatim}
1224 \end_layout
1225
1226 \begin_layout Plain Layout
1227
1228 17:58:47.868: Processing code chunks with options ...
1229 \end_layout
1230
1231 \begin_layout Plain Layout
1232
1233 17:58:47.885:  1 : echo keep.source term verbatim (label=setup)
1234 \end_layout
1235
1236 \begin_layout Plain Layout
1237
1238 17:58:47.889:  2 : echo keep.source (label=sweave-manual)
1239 \end_layout
1240
1241 \begin_layout Plain Layout
1242
1243 17:58:47.908:  3 : echo keep.source term verbatim (label=print-integers)
1244 \end_layout
1245
1246 \begin_layout Plain Layout
1247
1248 ....
1249 \end_layout
1250
1251 \begin_layout Plain Layout
1252
1253 17:58:47.941: Loading required package: xtable
1254 \end_layout
1255
1256 \begin_layout Plain Layout
1257
1258 17:58:47.976:  9 : echo term verbatim pdf (label=iris-pairs)
1259 \end_layout
1260
1261 \begin_layout Plain Layout
1262
1263 ....
1264 \end_layout
1265
1266 \begin_layout Plain Layout
1267
1268 17:58:48.116: You can now run (pdf)latex on 'sweave.tex'
1269 \end_layout
1270
1271 \begin_layout Plain Layout
1272
1273
1274 \backslash
1275 end{verbatim}
1276 \end_layout
1277
1278 \end_inset
1279
1280
1281 \end_layout
1282
1283 \begin_layout Standard
1284
1285 \family typewriter
1286 label=
1287 \family default
1288 の後の文字列が、コード組のラベルを示します。コード組のどれかがRでエラーを起こせば、即座にここにエラーメッセージを見ることができます。
1289 \end_layout
1290
1291 \begin_layout Standard
1292 もうひとつ知られている問題点は、LyX中でコード組段落の配置に(
1293 \family sans
1294 段落設定
1295 \family default
1296 を使用して)手を加えた場合、LyXは、改行しないでコード組の前に
1297 \family typewriter
1298
1299 \backslash
1300 centering{}
1301 \family default
1302 のようなマクロを書き加えてしまうことがあるので、Sweaveコード組がエラーを起こす場合があるという事です。この場合のコード組は、下記のようになってしまいます。
1303 \end_layout
1304
1305 \begin_layout Standard
1306 \begin_inset ERT
1307 status open
1308
1309 \begin_layout Plain Layout
1310
1311
1312 \backslash
1313 begin{verbatim}
1314 \end_layout
1315
1316 \begin_layout Plain Layout
1317
1318
1319 \backslash
1320 centering{}<<xtable-demo,results=tex,echo=FALSE>>=
1321 \end_layout
1322
1323 \begin_layout Plain Layout
1324
1325
1326 \backslash
1327 end{verbatim}
1328 \end_layout
1329
1330 \end_inset
1331
1332
1333 \end_layout
1334
1335 \begin_layout Standard
1336
1337 \family typewriter
1338 <<>>=
1339 \family default
1340 は行頭すぐに置かれなくてはならないため、これは正しいSweaveコードではありません。したがって、コード組段落の配置に手を加える場合には、
1341 \family sans
1342 表示\SpecialChar \menuseparator
1343 ソースを表示
1344 \family default
1345 で、実際のソースコードを再確認し、
1346 \family typewriter
1347 <<>>=
1348 \family default
1349 が改行後に現れるようにすることをお勧めします。表
1350 \begin_inset CommandInset ref
1351 LatexCommand ref
1352 reference "tab:xtable-demo"
1353
1354 \end_inset
1355
1356 のコード組に手動で空行が追加されているのは、このためです。
1357 \end_layout
1358
1359 \begin_layout Section
1360 リソース
1361 \end_layout
1362
1363 \begin_layout Standard
1364 Sweaveのホームページは、
1365 \begin_inset Flex URL
1366 status collapsed
1367
1368 \begin_layout Plain Layout
1369
1370 http://www.stat.uni-muenchen.de/~leisch/Sweave/
1371 \end_layout
1372
1373 \end_inset
1374
1375 にあります。 The CRAN task view on 「Reproducible Research」にあるCRANタスクビューには、便利と思われるSweav
1376 e関連パッケージの一覧があります。
1377 \begin_inset Flex URL
1378 status collapsed
1379
1380 \begin_layout Plain Layout
1381
1382 http://cran.r-project.org/web/views/ReproducibleResearch.html
1383 \end_layout
1384
1385 \end_inset
1386
1387 をご覧ください。LyXとSweaveに関する質問は、LyXメーリングリスト(
1388 \begin_inset Flex URL
1389 status collapsed
1390
1391 \begin_layout Plain Layout
1392
1393 http://www.lyx.org/MailingLists
1394 \end_layout
1395
1396 \end_inset
1397
1398 )に投稿してください。さらに多くのLyXの用例は、
1399 \begin_inset Flex URL
1400 status collapsed
1401
1402 \begin_layout Plain Layout
1403
1404 https://github.com/yihui/lyx
1405 \end_layout
1406
1407 \end_inset
1408
1409 にあります。
1410 \end_layout
1411
1412 \begin_layout Section
1413 FAQ
1414 \end_layout
1415
1416 \begin_layout Subsection
1417 Sweaveをbeamerで使うにはどうすればよいでしょうか
1418 \end_layout
1419
1420 \begin_layout Standard
1421 beamerのスライドでSweaveを使うと、LyXではLaTeXエラーが発生します。その原因は、生のRコードを含むbeamerフレームのせいです。これを解決す
1422 るには、通常のフレームの代わりに脆弱フレームを使うか、フレーム表題に
1423 \family sans
1424 挿入\SpecialChar \menuseparator
1425 フレームオプション
1426 \family default
1427 を使って、
1428 \family typewriter
1429 fragile
1430 \family default
1431 オプションを渡します。
1432 \end_layout
1433
1434 \begin_layout Subsection
1435 Rnw文書をコンパイルするためのRスクリプトを書いてもいいですか
1436 \end_layout
1437
1438 \begin_layout Standard
1439 もちろんです。まず、前述のRスクリプト
1440 \family typewriter
1441 $$s
1442 \family sans
1443 /scripts/lyxsweave.R
1444 \family default
1445 がどのように動作するかを理解する必要がありますので、できればそのRソースコードを読むことをお勧めします(特に、Rがパスをどのように取得し、Rnw文書を取り扱うの
1446 に
1447 \emph on
1448 Sweave()
1449 \emph default
1450 をどのように使っているかを見てください)。その後、カスタマイズした
1451 \family sans
1452 lyxsweave.R
1453 \family default
1454 をあなたの
1455 \emph on
1456 ユーザーディレクトリ
1457 \emph default
1458 (ヘルプ\SpecialChar \menuseparator
1459 LyXについてでチェックできます)の
1460 \family sans
1461 scripts
1462 \family default
1463 ディレクトリ下に置いてください。LyXは自身の
1464 \emph on
1465 ライブラリディレクトリ
1466 \emph default
1467 を見に行く前に
1468 \emph on
1469 ユーザーディレクトリ
1470 \emph default
1471 をチェックしますので、Rスクリプト
1472 \family sans
1473 lyxsweave.R
1474 \family default
1475 がユーザーディレクトリで検出されれば、それが使用されます。LyXライブラリディレクトリ下にあるスクリプトを直接ハックしてしまうと、LyX更新時に修正したスクリプ
1476 トが上書きされてしまいます(ユーザーディレクトリは影響を受けません)ので、お勧めしません。
1477 \end_layout
1478
1479 \begin_layout Standard
1480 なお、Rの公式Sweaveの他に、Sweaveの代替ツールである
1481 \series bold
1482 knitr
1483 \series default
1484 パッケージもサポートされており、対応するモジュール名は
1485 \family sans
1486 Rnw (knitr)
1487 \family default
1488 となっています。
1489 \end_layout
1490
1491 \end_body
1492 \end_document