lib/examples/ja/sweave.lyx

   1 #LyX 2.2 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 505
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \save_transient_properties true
   6 \origin /systemlyxdir/examples/ja/
   7 \textclass jarticle
   8 \begin_preamble
   9 %% maxwidth is the original width if it's less than linewidth
  10 %% otherwise use linewidth (to make sure the graphics do not exceed the margin)
  11 \def\maxwidth{%
  12 \ifdim\Gin@nat@width>\linewidth
  13 \linewidth
  14 \else
  15 \Gin@nat@width
  16 \fi
  17 }
  18 \end_preamble
  19 \options nogin
  20 \use_default_options true
  21 \begin_modules
  22 sweave
  23 \end_modules
  24 \maintain_unincluded_children false
  25 \language japanese
  26 \language_package none
  27 \inputencoding utf8-platex
  28 \fontencoding global
  29 \font_roman "palatino" "default"
  30 \font_sans "lmss" "default"
  31 \font_typewriter "lmtt" "default"
  32 \font_math "auto" "auto"
  33 \font_default_family default
  34 \use_non_tex_fonts false
  35 \font_sc false
  36 \font_osf false
  37 \font_sf_scale 100 100
  38 \font_tt_scale 100 100
  39 \graphics default
  40 \default_output_format pdf
  41 \output_sync 0
  42 \bibtex_command default
  43 \index_command default
  44 \paperfontsize default
  45 \spacing single
  46 \use_hyperref false
  47 \papersize default
  48 \use_geometry true
  49 \use_package amsmath 1
  50 \use_package amssymb 1
  51 \use_package cancel 0
  52 \use_package esint 1
  53 \use_package mathdots 1
  54 \use_package mathtools 0
  55 \use_package mhchem 1
  56 \use_package stackrel 0
  57 \use_package stmaryrd 0
  58 \use_package undertilde 0
  59 \cite_engine basic
  60 \cite_engine_type default
  61 \biblio_style plain
  62 \use_bibtopic false
  63 \use_indices false
  64 \paperorientation portrait
  65 \suppress_date false
  66 \justification true
  67 \use_refstyle 0
  68 \index Index
  69 \shortcut idx
  70 \color #008000
  71 \end_index
  72 \leftmargin 3cm
  73 \topmargin 3cm
  74 \rightmargin 3cm
  75 \bottommargin 3cm
  76 \secnumdepth 3
  77 \tocdepth 3
  78 \paragraph_separation indent
  79 \paragraph_indentation default
  80 \quotes_language english
  81 \papercolumns 1
  82 \papersides 1
  83 \paperpagestyle default
  84 \tracking_changes false
  85 \output_changes false
  86 \html_math_output 0
  87 \html_css_as_file 0
  88 \html_be_strict false
  89 \end_header
  90
  91 \begin_body
  92
  93 \begin_layout Standard
  94 \begin_inset ERT
  95 status open
  96
  97 \begin_layout Plain Layout
  98
  99 %
 100 \backslash
 101 SweaveOpts{prefix=TRUE,prefix.string=sweave-prefix,keep.source=FALSE}
 102 \end_layout
 103
 104 \end_inset
 105
 106
 107 \end_layout
 108
 109 \begin_layout Standard
 110 \begin_inset ERT
 111 status open
 112
 113 \begin_layout Plain Layout
 114
 115 %%
 116 \backslash
 117 maxwidth はプリアンブル中で定義されています。文書設定をご覧ください。
 118 \end_layout
 119
 120 \begin_layout Plain Layout
 121
 122
 123 \backslash
 124 setkeys{Gin}{width=
 125 \backslash
 126 maxwidth}
 127 \end_layout
 128
 129 \end_inset
 130
 131
 132 \end_layout
 133
 134 \begin_layout Title
 135 \SpecialChar LyX
 136 でSweaveを使うには
 137 \end_layout
 138
 139 \begin_layout Author
 140 Yihui Xie
 141 \begin_inset Foot
 142 status collapsed
 143
 144 \begin_layout Plain Layout
 145 アイオワ州立大学統計学部、電子メール:
 146 \begin_inset CommandInset href
 147 LatexCommand href
 148 name "xie@yihui.name"
 149 target "xie@yihui.name"
 150 type "mailto:"
 151
 152 \end_inset
 153
 154
 155 \end_layout
 156
 157 \end_inset
 158
 159
 160 \begin_inset ERT
 161 status collapsed
 162
 163 \begin_layout Plain Layout
 164
 165
 166 \backslash
 167 and
 168 \end_layout
 169
 170 \end_inset
 171
 172  Gregor Gorjanc
 173 \begin_inset ERT
 174 status collapsed
 175
 176 \begin_layout Plain Layout
 177
 178
 179 \backslash
 180 and
 181 \end_layout
 182
 183 \end_inset
 184
 185  Jean-Marc Lasgouttes
 186 \end_layout
 187
 188 \begin_layout Standard
 189 Sweaveは、文芸的プログラミングの考えに従った、動的なレポート生成するための、R言語(
 190 \begin_inset Flex URL
 191 status collapsed
 192
 193 \begin_layout Plain Layout
 194
 195 http://www.r-project.org
 196 \end_layout
 197
 198 \end_inset
 199
 200 )ツールです。Rコードは、\SpecialChar LaTeX
 201 文書の中で混用することができ、文書がコンパイルされるときにRで実行されます。結果は、\SpecialChar TeX
 202 出力内に書きこまれます。
 203 \end_layout
 204
 205 \begin_layout Standard
 206 \SpecialChar LyX
 207  2.0以降では、
 208 \family sans
 209 Sweave
 210 \family default
 211 モジュールを使えば、どの文書クラスでもSweaveをそのまま使うことができます。
 212 \family sans
 213 Sweave
 214 \family default
 215 モジュールを文書に加えるには、
 216 \family sans
 217 文書\SpecialChar menuseparator
 218 設定\SpecialChar menuseparator
 219 モジュール
 220 \family default
 221 を使用します。この説明書では、Sweaveでよく使われる機能をいくつか紹介し、本モジュールがどう動作するかを説明します。この説明書のPDF版は、
 222 \begin_inset Flex URL
 223 status collapsed
 224
 225 \begin_layout Plain Layout
 226
 227 https://github.com/downloads/yihui/lyx/sweave.pdf
 228 \end_layout
 229
 230 \end_inset
 231
 232 にあります。
 233 \end_layout
 234
 235 \begin_layout Section
 236 システム要件
 237 \end_layout
 238
 239 \begin_layout Standard
 240
 241 \family sans
 242 Sweave
 243 \family default
 244 モジュールは、実行ファイル
 245 \family typewriter
 246 Rscript
 247 \family default
 248 に依存しますので、このファイルが、システムの
 249 \family sans
 250 PATH
 251 \family default
 252 変数に含まれるパスになくてはなりません。これは、LinuxやMac OSユーザーには大した問題とならないでしょうが、Windowsユーザーには混乱を招くかもしれ
 253 ません。Windowsにおける
 254 \family sans
 255 PATH
 256 \family default
 257 が何かわからない場合には、R言語のリポジトリ
 258 \begin_inset Flex URL
 259 status collapsed
 260
 261 \begin_layout Plain Layout
 262
 263 https://github.com/yihui/lyx
 264 \end_layout
 265
 266 \end_inset
 267
 268 にあるRスクリプト
 269 \family sans
 270 add-R-path-win.R
 271 \family default
 272 を使って、パスを自動的に変更するか(推奨はできません。何にせよ
 273 \family sans
 274 PATH
 275 \family default
 276 が何かくらいは勉強すべきです)、あるいは
 277 \family sans
 278 ツール\SpecialChar menuseparator
 279 設定\SpecialChar menuseparator
 280 パス\SpecialChar menuseparator
 281 パス接頭辞
 282 \family default
 283 からRのバイナリパスを追加することができます(推奨)。後者の場合、大抵
 284 \family sans
 285 C:
 286 \backslash
 287 Program Files
 288 \backslash
 289 R
 290 \backslash
 291 R-x.x.x
 292 \backslash
 293 bin
 294 \family default
 295 のような形をしており、R内で下記のようにして確認することができます。
 296 \end_layout
 297
 298 \begin_layout Standard
 299 \begin_inset ERT
 300 status open
 301
 302 \begin_layout Plain Layout
 303
 304 <<where-is-R-bin,eval=FALSE>>=
 305 \end_layout
 306
 307 \begin_layout Plain Layout
 308
 309 R.home('bin')
 310 \end_layout
 311
 312 \begin_layout Plain Layout
 313
 314 @
 315 \end_layout
 316
 317 \end_inset
 318
 319
 320 \end_layout
 321
 322 \begin_layout Standard
 323 これらの変更を加えた後、
 324 \family sans
 325 ツール\SpecialChar menuseparator
 326 再初期設定
 327 \family default
 328 を使って、\SpecialChar LyX
 329 の再設定を行う必要があります。
 330 \family typewriter
 331 Rscript
 332 \family default
 333 が
 334 \family sans
 335 PATH
 336 \family default
 337 にない場合、
 338 \family sans
 339 Sweave
 340 \family default
 341 モジュールを使うことはできません。Sweaveの更新は続いていますので、最新版のRを使用することをお勧めします。Rに同梱され、このパス下にある(CTANにはあり
 342 ません)\SpecialChar LaTeX
 343 スタイルファイル
 344 \family sans
 345 Sweave.sty
 346 \family default
 347 によって、下記のように依存関係が追加されます。
 348 \end_layout
 349
 350 \begin_layout Standard
 351 \begin_inset ERT
 352 status open
 353
 354 \begin_layout Plain Layout
 355
 356 <<sweave-sty,eval=FALSE>>=
 357 \end_layout
 358
 359 \begin_layout Plain Layout
 360
 361 file.path(R.home('share'), 'texmf', 'tex', 'latex')
 362 \end_layout
 363
 364 \begin_layout Plain Layout
 365
 366 @
 367 \end_layout
 368
 369 \end_inset
 370
 371
 372 \end_layout
 373
 374 \begin_layout Standard
 375 Mik\SpecialChar TeX
 376 ユーザーは、Mik\SpecialChar TeX
 377 の設定で、Mik\SpecialChar TeX
 378 のルートディレクトリ一覧にtexmfディレクトリも追加したほうが良いかもしれません。また、
 379 \family sans
 380 Sweave.sty
 381 \family default
 382 は
 383 \series bold
 384 fancyvrb
 385 \series default
 386 パッケージに依存しており、
 387 \series bold
 388 ae
 389 \series default
 390 に依存する
 391 \emph on
 392 ことも
 393 \emph default
 394 あります。\SpecialChar LyX
 395 が
 396 \family sans
 397 Sweave.sty
 398 \family default
 399 を検出できないときは、直接Rからコピーしますので、このスタイルファイルがどこにあるかわからない場合でも、Sweaveモジュールは動作します。
 400 \end_layout
 401
 402 \begin_layout Section
 403 Sweaveの用例
 404 \end_layout
 405
 406 \begin_layout Standard
 407 Sweave文書を書く前に、Sweaveオプションを設定しましょう。Sweaveの設定コマンドは
 408 \family typewriter
 409
 410 \backslash
 411 SweaveOpts{}
 412 \family default
 413 ですが、これは、\SpecialChar LyX
 414 文書中で、
 415 \family sans
 416 挿入\SpecialChar menuseparator
 417 任意設定差込枠\SpecialChar menuseparator
 418 Sweaveオプション
 419 \family default
 420 か、\SpecialChar TeX
 421 コードで書く(
 422 \family sans
 423 挿入\SpecialChar menuseparator
 424 \SpecialChar TeX
 425 コード
 426 \family default
 427 )ことで挿入することができます。例えば、文頭で大域オプション
 428 \family typewriter
 429 echo=FALSE
 430 \family default
 431 を設定して、すべてのRコードを抑制することもできます(既定では、Rコードとその出力は、両方とも\SpecialChar LaTeX
 432 文書中に表示されます)。
 433 \end_layout
 434
 435 \begin_layout Standard
 436 \SpecialChar LyX
 437 でRコードを書くには、まずレイアウト様式一覧(ツールバーの左上端のドロップリスト)から、
 438 \family sans
 439 コード組
 440 \family default
 441 環境に変更するか、あるいは、単に\SpecialChar TeX
 442 コード環境を開いて、Sweaveのコード組を書き込んでください。後者の方法の方が安定していますので、そちらをお勧めします。
 443 \end_layout
 444
 445 \begin_layout Standard
 446 例えば
 447 \family typewriter
 448 width
 449 \family default
 450 や
 451 \family typewriter
 452 useFancyQuotes
 453 \family default
 454 のようなRオプションもSweaveの出力に便利です。前者のオプションは、出力の幅を調整するものであり、後者は引用符に関してよく起こる問題を回避することができます
 455 。詳細については、Rに添付のSweave取扱説明書をお読みください。
 456 \end_layout
 457
 458 \begin_layout Standard
 459 \begin_inset ERT
 460 status open
 461
 462 \begin_layout Plain Layout
 463
 464 <<setup, keep.source=TRUE>>=
 465 \end_layout
 466
 467 \begin_layout Plain Layout
 468
 469 ## オプション「digits」は桁数(の概数)を設定できます
 470 \end_layout
 471
 472 \begin_layout Plain Layout
 473
 474 options(width = 70, useFancyQuotes = FALSE, digits = 4)
 475 \end_layout
 476
 477 \begin_layout Plain Layout
 478
 479 @
 480 \end_layout
 481
 482 \begin_layout Plain Layout
 483
 484 <<sweave-manual, eval=FALSE, keep.source=TRUE>>=
 485 \end_layout
 486
 487 \begin_layout Plain Layout
 488
 489 ## Sweaveのvignetteを見る (要 R >= 2.13.0)
 490 \end_layout
 491
 492 \begin_layout Plain Layout
 493
 494 vignette("Sweave", package = "utils")
 495 \end_layout
 496
 497 \begin_layout Plain Layout
 498
 499 @
 500 \end_layout
 501
 502 \end_inset
 503
 504
 505 \end_layout
 506
 507 \begin_layout Standard
 508 下記は、どのSエンジンでも動作する単純な例です。
 509 \end_layout
 510
 511 \begin_layout Standard
 512 \begin_inset ERT
 513 status open
 514
 515 \begin_layout Plain Layout
 516
 517 <<print-integers, keep.source=TRUE>>=
 518 \end_layout
 519
 520 \begin_layout Plain Layout
 521
 522 ## 1から10までの整数は
 523 \end_layout
 524
 525 \begin_layout Plain Layout
 526
 527 1:10
 528 \end_layout
 529
 530 \begin_layout Plain Layout
 531
 532 @
 533 \end_layout
 534
 535 \begin_layout Plain Layout
 536
 537 <<hide-results, results=hide>>=
 538 \end_layout
 539
 540 \begin_layout Plain Layout
 541
 542 ## results=hide を設定して意図的に出力を隠す
 543 \end_layout
 544
 545 \begin_layout Plain Layout
 546
 547 print(1:20)
 548 \end_layout
 549
 550 \begin_layout Plain Layout
 551
 552 @
 553 \end_layout
 554
 555 \end_inset
 556
 557
 558 \end_layout
 559
 560 \begin_layout Standard
 561 単純な計算機をエミュレートすることもできます。
 562 \end_layout
 563
 564 \begin_layout Standard
 565 \begin_inset ERT
 566 status open
 567
 568 \begin_layout Plain Layout
 569
 570 <<calculator>>=
 571 \end_layout
 572
 573 \begin_layout Plain Layout
 574
 575 1 + pi
 576 \end_layout
 577
 578 \begin_layout Plain Layout
 579
 580 sin(pi/6)
 581 \end_layout
 582
 583 \begin_layout Plain Layout
 584
 585 @
 586 \end_layout
 587
 588 \end_inset
 589
 590
 591 \end_layout
 592
 593 \begin_layout Standard
 594 今度は、ガウシアンデータを見てみましょう。
 595 \end_layout
 596
 597 \begin_layout Standard
 598 \begin_inset ERT
 599 status open
 600
 601 \begin_layout Plain Layout
 602
 603 <<rnorm>>=
 604 \end_layout
 605
 606 \begin_layout Plain Layout
 607
 608 set.seed(123)  # 再現可能性のため
 609 \end_layout
 610
 611 \begin_layout Plain Layout
 612
 613 x <- rnorm(20)
 614 \end_layout
 615
 616 \begin_layout Plain Layout
 617
 618 print(x)
 619 \end_layout
 620
 621 \begin_layout Plain Layout
 622
 623 t1 <- t.test(x)
 624 \end_layout
 625
 626 \begin_layout Plain Layout
 627
 628 @
 629 \end_layout
 630
 631 \end_inset
 632
 633
 634 \end_layout
 635
 636 \begin_layout Standard
 637 数値を標準テキストに簡単に統合させることができます。これは、
 638 \family typewriter
 639
 640 \backslash
 641 Sexpr{}
 642 \family default
 643 コマンドによって行われ、\SpecialChar LyX
 644 中の対応するメニューは
 645 \family sans
 646 挿入\SpecialChar menuseparator
 647 任意設定差込枠\SpecialChar menuseparator
 648 S/R表現
 649 \family default
 650 ですが、\SpecialChar TeX
 651 コードを使うこともできます。例えば、ベクトル
 652 \family typewriter
 653 x
 654 \family default
 655 の第3要素は、
 656 \begin_inset Flex S/R expression
 657 status collapsed
 658
 659 \begin_layout Plain Layout
 660
 661 x[3]
 662 \end_layout
 663
 664 \end_inset
 665
 666  (すなわち
 667 \family typewriter
 668 x[3]
 669 \family default
 670 )であり、検定の
 671 \begin_inset Formula $p$
 672 \end_inset
 673
 674 値は
 675 \begin_inset Flex S/R expression
 676 status collapsed
 677
 678 \begin_layout Plain Layout
 679
 680 format.pval(t1$p.value)
 681 \end_layout
 682
 683 \end_inset
 684
 685 です。これらの数値は、R中で
 686 \emph on
 687 round()
 688 \emph default
 689 のようなコマンドを使うことによって丸めることもできます。
 690 \end_layout
 691
 692 \begin_layout Standard
 693
 694 \family roman
 695 \series medium
 696 \shape up
 697 \size normal
 698 \emph off
 699 \bar no
 700 \noun off
 701 \color none
 702 今度は、
 703 \family typewriter
 704 \series default
 705 \shape default
 706 \size default
 707 \emph default
 708 \bar default
 709 \noun default
 710 \color inherit
 711 iris
 712 \family roman
 713 \series medium
 714 \shape up
 715 \size normal
 716 \emph off
 717 \bar no
 718 \noun off
 719 \color none
 720 データセットの要約を見てみましょう。
 721 \end_layout
 722
 723 \begin_layout Standard
 724 \begin_inset ERT
 725 status open
 726
 727 \begin_layout Plain Layout
 728
 729 <<iris-summary>>=
 730 \end_layout
 731
 732 \begin_layout Plain Layout
 733
 734 summary(iris[,-5])
 735 \end_layout
 736
 737 \begin_layout Plain Layout
 738
 739 @
 740 \end_layout
 741
 742 \end_inset
 743
 744
 745 \end_layout
 746
 747 \begin_layout Standard
 748 \begin_inset Float table
 749 wide false
 750 sideways false
 751 status open
 752
 753 \begin_layout Plain Layout
 754 \begin_inset Caption Standard
 755
 756 \begin_layout Plain Layout
 757
 758 \family typewriter
 759 iris
 760 \family default
 761 データの最初の4変数の分位数
 762 \begin_inset CommandInset label
 763 LatexCommand label
 764 name "tab:xtable-demo"
 765
 766 \end_inset
 767
 768
 769 \end_layout
 770
 771 \end_inset
 772
 773
 774 \end_layout
 775
 776 \begin_layout Plain Layout
 777 \align center
 778 \begin_inset ERT
 779 status open
 780
 781 \begin_layout Plain Layout
 782
 783 \end_layout
 784
 785 \begin_layout Plain Layout
 786
 787 <<xtable-demo,results=tex,echo=FALSE>>=
 788 \end_layout
 789
 790 \begin_layout Plain Layout
 791
 792 if (require('xtable')) {
 793 \end_layout
 794
 795 \begin_layout Plain Layout
 796
 797 print(xtable(sapply(iris[,-5], quantile)), floating=FALSE)
 798 \end_layout
 799
 800 \begin_layout Plain Layout
 801
 802 } else cat('the xtable package is not available! please install.packages("xtable"
 803 )')
 804 \end_layout
 805
 806 \begin_layout Plain Layout
 807
 808 @
 809 \end_layout
 810
 811 \end_inset
 812
 813
 814 \end_layout
 815
 816 \end_inset
 817
 818
 819 \end_layout
 820
 821 \begin_layout Standard
 822 通常、人々はこのような「生の」出力を好みませんので、これらのごちゃごちゃした数字を、
 823 \series bold
 824 xtable
 825 \series default
 826 パッケージを使って綺麗にしてやるといいでしょう。表
 827 \begin_inset CommandInset ref
 828 LatexCommand ref
 829 reference "tab:xtable-demo"
 830
 831 \end_inset
 832
 833 は、Sweaveでの
 834 \series bold
 835 xtable
 836 \series default
 837 パッケージの使い方を示すための例です。コード組のオプション
 838 \family typewriter
 839 results=tex
 840 \family default
 841 は、R出力が、特別な環境(
 842 \family typewriter
 843 Soutput
 844 \family default
 845 )で包まれるのではなく、生の\SpecialChar LaTeX
 846 コードとして書き出されるように保証するためのものです。
 847 \end_layout
 848
 849 \begin_layout Standard
 850 図
 851 \begin_inset CommandInset ref
 852 LatexCommand ref
 853 reference "fig:iris-pairs"
 854
 855 \end_inset
 856
 857 と図
 858 \begin_inset CommandInset ref
 859 LatexCommand ref
 860 reference "fig:iris-boxplots"
 861
 862 \end_inset
 863
 864 は、Sweaveを使って画像を生成する簡単な例です。
 865 \end_layout
 866
 867 \begin_layout Standard
 868 \begin_inset Float figure
 869 wide false
 870 sideways false
 871 status open
 872
 873 \begin_layout Plain Layout
 874 \align center
 875 \begin_inset Note Note
 876 status open
 877
 878 \begin_layout Plain Layout
 879 epsとpdfの両方をtrueにして、latexとpdflatexの両方を動作するようにすることができます。実際には、おそらく一つを選ぶだけでよいでしょう。
 880 \end_layout
 881
 882 \end_inset
 883
 884
 885 \begin_inset ERT
 886 status open
 887
 888 \begin_layout Plain Layout
 889
 890 <<iris-pairs,fig=TRUE,width=4.5,height=4.5,eps=TRUE,pdf=TRUE>>=
 891 \end_layout
 892
 893 \begin_layout Plain Layout
 894
 895 pairs(iris, col = iris$Species)
 896 \end_layout
 897
 898 \begin_layout Plain Layout
 899
 900 @
 901 \end_layout
 902
 903 \end_inset
 904
 905
 906 \end_layout
 907
 908 \begin_layout Plain Layout
 909 \begin_inset Caption Standard
 910
 911 \begin_layout Plain Layout
 912
 913 \family typewriter
 914 iris
 915 \family default
 916 データの散布図マトリックス
 917 \begin_inset CommandInset label
 918 LatexCommand label
 919 name "fig:iris-pairs"
 920
 921 \end_inset
 922
 923
 924 \end_layout
 925
 926 \end_inset
 927
 928
 929 \end_layout
 930
 931 \end_inset
 932
 933
 934 \end_layout
 935
 936 \begin_layout Standard
 937 \begin_inset Float figure
 938 wide false
 939 sideways false
 940 status open
 941
 942 \begin_layout Plain Layout
 943 \align center
 944 \begin_inset ERT
 945 status open
 946
 947 \begin_layout Plain Layout
 948
 949 <<iris-boxplots,fig=TRUE,width=7,height=2,keep.source=F,eps=T,pdf=T>>=
 950 \end_layout
 951
 952 \begin_layout Plain Layout
 953
 954 par(mar=c(4,5,.1,.3), las=1)
 955 \end_layout
 956
 957 \begin_layout Plain Layout
 958
 959 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris,horizontal=TRUE,xlab='Sepal.Length')
 960 \end_layout
 961
 962 \begin_layout Plain Layout
 963
 964 @
 965 \end_layout
 966
 967 \end_inset
 968
 969
 970 \end_layout
 971
 972 \begin_layout Plain Layout
 973 \begin_inset Caption Standard
 974
 975 \begin_layout Plain Layout
 976 種でグループ化された萼片の長さのボックスプロット
 977 \begin_inset CommandInset label
 978 LatexCommand label
 979 name "fig:iris-boxplots"
 980
 981 \end_inset
 982
 983
 984 \end_layout
 985
 986 \end_inset
 987
 988
 989 \end_layout
 990
 991 \end_inset
 992
 993
 994 \end_layout
 995
 996 \begin_layout Standard
 997 Sweave文書中のRコードは、単一のRスクリプトとして書きだすことができますが、これは
 998 \family typewriter
 999 R CMD Stangle
1000 \family default
1001 を使って行われます。
1002 \end_layout
1003
1004 \begin_layout Section
1005
1006 \family sans
1007 Sweave
1008 \family default
1009 モジュール
1010 \end_layout
1011
1012 \begin_layout Standard
1013
1014 \family sans
1015 Sweave
1016 \family default
1017 モジュールは、\SpecialChar LyX
1018 文書が、Rを使った文芸的プログラミングのコンポーネントを含んでいることを宣言しますので、\SpecialChar LyX
1019 は、そのような文書を取り扱う特定の変換子を使って処理します
1020 (取扱説明書カスタマイズ篇参照)。
1021 \family sans
1022 Sweave
1023 \family default
1024 モジュールは、
1025 \family sans
1026 sweave
1027 \family default
1028 変換子を使用しますが、これは、\SpecialChar LyX
1029 の
1030 \family sans
1031 scripts
1032 \family default
1033 ディレクトリ下にあるRスクリプト
1034 \family sans
1035 lyxsweave.R
1036 \family default
1037 が本体になっています。このスクリプトは、\SpecialChar LyX
1038 から
1039 \family sans
1040 Rnw
1041 \family default
1042 文書を受け取り、これを\SpecialChar TeX
1043 文書に変換するためにSweaveを呼び出します。その後の作業は、\SpecialChar LyX
1044 が面倒を見ます。
1045 \end_layout
1046
1047 \begin_layout Standard
1048
1049 \family sans
1050 sweave
1051 \family default
1052 形式から\SpecialChar LaTeX
1053 への変換子は、下記のコマンド行でRを呼び出します。
1054 \end_layout
1055
1056 \begin_layout Standard
1057 \begin_inset ERT
1058 status open
1059
1060 \begin_layout Plain Layout
1061
1062
1063 \backslash
1064 begin{verbatim}
1065 \end_layout
1066
1067 \begin_layout Plain Layout
1068
1069 Rscript --no-save --no-restore $$s/scripts/lyxsweave.R $$p$$i $$p$$o $$e
1070  $$r
1071 \end_layout
1072
1073 \begin_layout Plain Layout
1074
1075
1076 \backslash
1077 end{verbatim}
1078 \end_layout
1079
1080 \end_inset
1081
1082
1083 \end_layout
1084
1085 \begin_layout Standard
1086 \SpecialChar LyX
1087 ライブラリディレクトリ
1088 \family typewriter
1089 $$s
1090 \family default
1091 は、
1092 \family sans
1093 ヘルプ\SpecialChar menuseparator
1094 \SpecialChar LyX
1095 について
1096 \family default
1097 メニューに記載があります。他にRに渡すことのできるオプションは、Rスクリプト中で説明されており、また、\SpecialChar LyX
1098 取扱説明書カスタマイズ篇には、
1099 \family typewriter
1100 $$i
1101 \family default
1102 ・
1103 \family typewriter
1104 $$o
1105 \family default
1106 ・
1107 \family typewriter
1108 $$e
1109 \family default
1110 ・
1111 \family typewriter
1112 $$r
1113 \family default
1114 についての詳しい説明があります。一般ユーザーは、これらの意味について詳しく知る必要はありませんが、ここでは、Rコードにまつわる若干の問題について説明しておく必要
1115 があります。
1116 \end_layout
1117
1118 \begin_layout Enumerate
1119 \SpecialChar LyX
1120 文書のエンコーディングを表す文字列は、Rにコマンドラインオプションとして渡されます。取り得る値は、
1121 \family typewriter
1122 ISO-8859-15
1123 \family default
1124 や
1125 \family typewriter
1126 UTF-8
1127 \family default
1128 などです。エンコーディングは、Rが
1129 \family sans
1130 Rnw
1131 \family default
1132 文書を正しく読むのに使用されます。
1133 \end_layout
1134
1135 \begin_layout Enumerate
1136 Sweave文書内のRコード組は、\SpecialChar LyX
1137 文書のあるディレクトリで実行されます(自信のない場合は、現在の作業ディレクトリがどこかを見るために、コード組に
1138 \family typewriter
1139 getwd()
1140 \family default
1141 を置いてください)。この場合、データファイルは同じディレクトリ下に置くことができ、再現可能性を保証するために、R内部では相対パスを使用してください。すなわち、他
1142 のシステムでは存在しないかもしれない、ハードコードのパスを書く必要はありません。
1143 \end_layout
1144
1145 \begin_layout Enumerate
1146 \SpecialChar LaTeX
1147 が
1148 \family sans
1149 Sweave.sty
1150 \family default
1151 を検出できないと、このRスクリプトが自動的に
1152 \family sans
1153 Sweave.sty
1154 \family default
1155 を一時ディレクトリにコピーし、そこで\SpecialChar LaTeX
1156 コンパイルを実行します。
1157 \end_layout
1158
1159 \begin_layout Enumerate
1160 Sweaveは、既定でRnwファイルのファイル名を、画像出力の接頭辞文字列として使用します。既知の問題の1つ(
1161 \begin_inset CommandInset href
1162 LatexCommand href
1163 name "#7551"
1164 target "http://www.lyx.org/trac/ticket/7551"
1165
1166 \end_inset
1167
1168 )として、ファイル名(拡張子を除く)にピリオドが含まれている場合、\SpecialChar LaTeX
1169 がそのファイルを
1170 \family typewriter
1171
1172 \backslash
1173 includegraphics{}
1174 \family default
1175 で処理する際に失敗しうるということが知られています。したがって、接頭辞の既定値は、すべてのピリオドを「-」で置換したファイル名にしてあります。この問題は、Swe
1176 aveで直接的に解決することもができます。Sweaveオプションの
1177 \family typewriter
1178 prefix.string
1179 \family default
1180 を、ピリオドを含まない文字列に設定すると、このオプションが既定値を上書きします。
1181 \end_layout
1182
1183 \begin_layout Standard
1184 Sweaveパッケージには、事前に
1185 \family typewriter
1186 noae
1187 \family default
1188 オプションが設定されています。このオプションは、Sweaveが下記の2つのパッケージを読み込んでしまうのを防ぎます。
1189 \end_layout
1190
1191 \begin_layout Standard
1192 \begin_inset ERT
1193 status open
1194
1195 \begin_layout Plain Layout
1196
1197
1198 \backslash
1199 begin{verbatim}
1200 \end_layout
1201
1202 \begin_layout Plain Layout
1203
1204
1205 \backslash
1206 RequirePackage[T1]{fontenc}
1207 \end_layout
1208
1209 \begin_layout Plain Layout
1210
1211
1212 \backslash
1213 RequirePackage{ae}
1214 \end_layout
1215
1216 \begin_layout Plain Layout
1217
1218
1219 \backslash
1220 end{verbatim}
1221 \end_layout
1222
1223 \end_inset
1224
1225
1226 \end_layout
1227
1228 \begin_layout Standard
1229 \SpecialChar LyX
1230 は、既定でフォントエンコーディングを取り扱うことができるので、Sweaveにこれをやってもらう必要はないのです(その上、これはパッケージオプションの衝突をもたら
1231 す可能性があります)。一方、ユーザーは、必要ならばプリアンブルで
1232 \series bold
1233 ae
1234 \series default
1235 パッケージを手動で読み込ませることができます。
1236 \end_layout
1237
1238 \begin_layout Section
1239 問題の解決法
1240 \end_layout
1241
1242 \begin_layout Standard
1243 \SpecialChar LyX
1244  2.0以降、コンパイル中の詳細な情報を、
1245 \family sans
1246 表示\SpecialChar menuseparator
1247 メッセージを表示
1248 \family default
1249 で見ることができるようになりました。これは、問題の解決に非常に役に立ちます。Rの処理は、メッセージパネルに表示され、エラーが発生した場合には、どのコード組がおか
1250 しいのか知ることができます。例えば、この文書をコンパイルする時、以下のようなメッセージを見ることができるでしょう。
1251 \end_layout
1252
1253 \begin_layout Standard
1254 \begin_inset ERT
1255 status open
1256
1257 \begin_layout Plain Layout
1258
1259
1260 \backslash
1261 begin{verbatim}
1262 \end_layout
1263
1264 \begin_layout Plain Layout
1265
1266 17:58:47.868: Processing code chunks with options ...
1267 \end_layout
1268
1269 \begin_layout Plain Layout
1270
1271 17:58:47.885:  1 : echo keep.source term verbatim (label=setup)
1272 \end_layout
1273
1274 \begin_layout Plain Layout
1275
1276 17:58:47.889:  2 : echo keep.source (label=sweave-manual)
1277 \end_layout
1278
1279 \begin_layout Plain Layout
1280
1281 17:58:47.908:  3 : echo keep.source term verbatim (label=print-integers)
1282 \end_layout
1283
1284 \begin_layout Plain Layout
1285
1286 ....
1287 \end_layout
1288
1289 \begin_layout Plain Layout
1290
1291 17:58:47.941: Loading required package: xtable
1292 \end_layout
1293
1294 \begin_layout Plain Layout
1295
1296 17:58:47.976:  9 : echo term verbatim pdf (label=iris-pairs)
1297 \end_layout
1298
1299 \begin_layout Plain Layout
1300
1301 ....
1302 \end_layout
1303
1304 \begin_layout Plain Layout
1305
1306 17:58:48.116: You can now run (pdf)latex on 'sweave.tex'
1307 \end_layout
1308
1309 \begin_layout Plain Layout
1310
1311
1312 \backslash
1313 end{verbatim}
1314 \end_layout
1315
1316 \end_inset
1317
1318
1319 \end_layout
1320
1321 \begin_layout Standard
1322
1323 \family typewriter
1324 label=
1325 \family default
1326 の後の文字列が、コード組のラベルを示します。コード組のどれかがRでエラーを起こせば、即座にここにエラーメッセージを見ることができます。
1327 \end_layout
1328
1329 \begin_layout Standard
1330 もうひとつ知られている問題点は、\SpecialChar LyX
1331 中でコード組段落の配置に(
1332 \family sans
1333 段落設定
1334 \family default
1335 を使用して)手を加えた場合、\SpecialChar LyX
1336 は、改行しないでコード組の前に
1337 \family typewriter
1338
1339 \backslash
1340 centering{}
1341 \family default
1342 のようなマクロを書き加えてしまうことがあるので、Sweaveコード組がエラーを起こす場合があるという事です。この場合のコード組は、下記のようになってしまいます。
1343 \end_layout
1344
1345 \begin_layout Standard
1346 \begin_inset ERT
1347 status open
1348
1349 \begin_layout Plain Layout
1350
1351
1352 \backslash
1353 begin{verbatim}
1354 \end_layout
1355
1356 \begin_layout Plain Layout
1357
1358
1359 \backslash
1360 centering{}<<xtable-demo,results=tex,echo=FALSE>>=
1361 \end_layout
1362
1363 \begin_layout Plain Layout
1364
1365
1366 \backslash
1367 end{verbatim}
1368 \end_layout
1369
1370 \end_inset
1371
1372
1373 \end_layout
1374
1375 \begin_layout Standard
1376
1377 \family typewriter
1378 <<>>=
1379 \family default
1380 は行頭すぐに置かれなくてはならないため、これは正しいSweaveコードではありません。したがって、コード組段落の配置に手を加える場合には、
1381 \family sans
1382 表示\SpecialChar menuseparator
1383 ソースを表示
1384 \family default
1385 で、実際のソースコードを再確認し、
1386 \family typewriter
1387 <<>>=
1388 \family default
1389 が改行後に現れるようにすることをお勧めします。表
1390 \begin_inset CommandInset ref
1391 LatexCommand ref
1392 reference "tab:xtable-demo"
1393
1394 \end_inset
1395
1396 のコード組に手動で空行が追加されているのは、このためです。
1397 \end_layout
1398
1399 \begin_layout Section
1400 リソース
1401 \end_layout
1402
1403 \begin_layout Standard
1404 Sweaveのホームページは、
1405 \begin_inset Flex URL
1406 status collapsed
1407
1408 \begin_layout Plain Layout
1409
1410 http://www.stat.uni-muenchen.de/~leisch/Sweave/
1411 \end_layout
1412
1413 \end_inset
1414
1415 にあります。 The CRAN task view on 「Reproducible Research」にあるCRANタスクビューには、便利と思われるSweav
1416 e関連パッケージの一覧があります。
1417 \begin_inset Flex URL
1418 status collapsed
1419
1420 \begin_layout Plain Layout
1421
1422 http://cran.r-project.org/web/views/ReproducibleResearch.html
1423 \end_layout
1424
1425 \end_inset
1426
1427 をご覧ください。\SpecialChar LyX
1428 とSweaveに関する質問は、\SpecialChar LyX
1429 メーリングリスト(
1430 \begin_inset Flex URL
1431 status collapsed
1432
1433 \begin_layout Plain Layout
1434
1435 http://www.lyx.org/MailingLists
1436 \end_layout
1437
1438 \end_inset
1439
1440 )に投稿してください。さらに多くの\SpecialChar LyX
1441 の用例は、
1442 \begin_inset Flex URL
1443 status collapsed
1444
1445 \begin_layout Plain Layout
1446
1447 https://github.com/yihui/lyx
1448 \end_layout
1449
1450 \end_inset
1451
1452 にあります。
1453 \end_layout
1454
1455 \begin_layout Section
1456 FAQ
1457 \end_layout
1458
1459 \begin_layout Subsection
1460 Sweaveをbeamerで使うにはどうすればよいでしょうか
1461 \end_layout
1462
1463 \begin_layout Standard
1464 beamerのスライドでSweaveを使うと、\SpecialChar LyX
1465 では\SpecialChar LaTeX
1466 エラーが発生します。その原因は、生のRコードを含むbeamerフレームのせいです。これを解決するには、通常のフ
1467 レームの代わりに脆弱フレームを使うか、フレーム表題に
1468 \family sans
1469 挿入\SpecialChar menuseparator
1470 フレームオプション
1471 \family default
1472 を使って、
1473 \family typewriter
1474 fragile
1475 \family default
1476 オプションを渡します。
1477 \end_layout
1478
1479 \begin_layout Subsection
1480 Rnw文書をコンパイルするためのRスクリプトを書いてもいいですか
1481 \end_layout
1482
1483 \begin_layout Standard
1484 もちろんです。まず、前述のRスクリプト
1485 \family typewriter
1486 $$s
1487 \family sans
1488 /scripts/lyxsweave.R
1489 \family default
1490 がどのように動作するかを理解する必要がありますので、できればそのRソースコードを読むことをお勧めします(特に、Rがパスをどのように取得し、Rnw文書を取り扱うの
1491 に
1492 \emph on
1493 Sweave()
1494 \emph default
1495 をどのように使っているかを見てください)。その後、カスタマイズした
1496 \family sans
1497 lyxsweave.R
1498 \family default
1499 をあなたの
1500 \emph on
1501 ユーザーディレクトリ
1502 \emph default
1503 (ヘルプ\SpecialChar menuseparator
1504 \SpecialChar LyX
1505 についてでチェックできます)の
1506 \family sans
1507 scripts
1508 \family default
1509 ディレクトリ下に置いてください。\SpecialChar LyX
1510 は自身の
1511 \emph on
1512 ライブラリディレクトリ
1513 \emph default
1514 を見に行く前に
1515 \emph on
1516 ユーザーディレクトリ
1517 \emph default
1518 をチェックしますので、Rスクリプト
1519 \family sans
1520 lyxsweave.R
1521 \family default
1522 がユーザーディレクトリで検出されれば、それが使用されます。\SpecialChar LyX
1523 ライブラリディレクトリ下にあるスクリプトを直接ハックしてしまうと、\SpecialChar LyX
1524 更新時に修正したスクリプトが上書きさ
1525 れてしまいます(ユーザーディレクトリは影響を受けません)ので、お勧めしません。
1526 \end_layout
1527
1528 \begin_layout Standard
1529 なお、Rの公式Sweaveの他に、Sweaveの代替ツールである
1530 \series bold
1531 knitr
1532 \series default
1533 パッケージもサポートされており、対応するモジュール名は
1534 \family sans
1535 Rnw (knitr)
1536 \family default
1537 となっています。
1538 \end_layout
1539
1540 \end_body
1541 \end_document