lib/examples/ja/sweave.lyx

   1 #LyX 2.2 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 503
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \origin /systemlyxdir/examples/ja/
   6 \textclass jarticle
   7 \begin_preamble
   8 %% maxwidth is the original width if it's less than linewidth
   9 %% otherwise use linewidth (to make sure the graphics do not exceed the margin)
  10 \def\maxwidth{%
  11 \ifdim\Gin@nat@width>\linewidth
  12 \linewidth
  13 \else
  14 \Gin@nat@width
  15 \fi
  16 }
  17 \end_preamble
  18 \options nogin
  19 \use_default_options true
  20 \begin_modules
  21 sweave
  22 \end_modules
  23 \maintain_unincluded_children false
  24 \language japanese
  25 \language_package none
  26 \inputencoding utf8-platex
  27 \fontencoding global
  28 \font_roman "palatino" "default"
  29 \font_sans "lmss" "default"
  30 \font_typewriter "lmtt" "default"
  31 \font_math "auto" "auto"
  32 \font_default_family default
  33 \use_non_tex_fonts false
  34 \font_sc false
  35 \font_osf false
  36 \font_sf_scale 100 100
  37 \font_tt_scale 100 100
  38 \graphics default
  39 \default_output_format pdf
  40 \output_sync 0
  41 \bibtex_command default
  42 \index_command default
  43 \paperfontsize default
  44 \spacing single
  45 \use_hyperref false
  46 \papersize default
  47 \use_geometry true
  48 \use_package amsmath 1
  49 \use_package amssymb 1
  50 \use_package cancel 0
  51 \use_package esint 1
  52 \use_package mathdots 1
  53 \use_package mathtools 0
  54 \use_package mhchem 1
  55 \use_package stackrel 0
  56 \use_package stmaryrd 0
  57 \use_package undertilde 0
  58 \cite_engine basic
  59 \cite_engine_type default
  60 \biblio_style plain
  61 \use_bibtopic false
  62 \use_indices false
  63 \paperorientation portrait
  64 \suppress_date false
  65 \justification true
  66 \use_refstyle 0
  67 \index Index
  68 \shortcut idx
  69 \color #008000
  70 \end_index
  71 \leftmargin 3cm
  72 \topmargin 3cm
  73 \rightmargin 3cm
  74 \bottommargin 3cm
  75 \secnumdepth 3
  76 \tocdepth 3
  77 \paragraph_separation indent
  78 \paragraph_indentation default
  79 \quotes_language english
  80 \papercolumns 1
  81 \papersides 1
  82 \paperpagestyle default
  83 \tracking_changes false
  84 \output_changes false
  85 \html_math_output 0
  86 \html_css_as_file 0
  87 \html_be_strict false
  88 \end_header
  89
  90 \begin_body
  91
  92 \begin_layout Standard
  93 \begin_inset ERT
  94 status open
  95
  96 \begin_layout Plain Layout
  97
  98 %
  99 \backslash
 100 SweaveOpts{prefix=TRUE,prefix.string=sweave-prefix,keep.source=FALSE}
 101 \end_layout
 102
 103 \end_inset
 104
 105
 106 \end_layout
 107
 108 \begin_layout Standard
 109 \begin_inset ERT
 110 status open
 111
 112 \begin_layout Plain Layout
 113
 114 %%
 115 \backslash
 116 maxwidth はプリアンブル中で定義されています。文書設定をご覧ください。
 117 \end_layout
 118
 119 \begin_layout Plain Layout
 120
 121
 122 \backslash
 123 setkeys{Gin}{width=
 124 \backslash
 125 maxwidth}
 126 \end_layout
 127
 128 \end_inset
 129
 130
 131 \end_layout
 132
 133 \begin_layout Title
 134 \SpecialCharNoPassThru LyX
 135 でSweaveを使うには
 136 \end_layout
 137
 138 \begin_layout Author
 139 Yihui Xie
 140 \begin_inset Foot
 141 status collapsed
 142
 143 \begin_layout Plain Layout
 144 アイオワ州立大学統計学部、電子メール:
 145 \begin_inset CommandInset href
 146 LatexCommand href
 147 name "xie@yihui.name"
 148 target "xie@yihui.name"
 149 type "mailto:"
 150
 151 \end_inset
 152
 153
 154 \end_layout
 155
 156 \end_inset
 157
 158
 159 \begin_inset ERT
 160 status collapsed
 161
 162 \begin_layout Plain Layout
 163
 164
 165 \backslash
 166 and
 167 \end_layout
 168
 169 \end_inset
 170
 171  Gregor Gorjanc
 172 \begin_inset ERT
 173 status collapsed
 174
 175 \begin_layout Plain Layout
 176
 177
 178 \backslash
 179 and
 180 \end_layout
 181
 182 \end_inset
 183
 184  Jean-Marc Lasgouttes
 185 \end_layout
 186
 187 \begin_layout Standard
 188 Sweaveは、文芸的プログラミングの考えに従った、動的なレポート生成するための、R言語(
 189 \begin_inset Flex URL
 190 status collapsed
 191
 192 \begin_layout Plain Layout
 193
 194 http://www.r-project.org
 195 \end_layout
 196
 197 \end_inset
 198
 199 )ツールです。Rコードは、\SpecialCharNoPassThru LaTeX
 200 文書の中で混用することができ、文書がコンパイルされるときにRで実行されます。結果は、\SpecialCharNoPassThru TeX
 201 出力内に書きこまれます。
 202 \end_layout
 203
 204 \begin_layout Standard
 205 \SpecialCharNoPassThru LyX
 206  2.0以降では、
 207 \family sans
 208 Sweave
 209 \family default
 210 モジュールを使えば、どの文書クラスでもSweaveをそのまま使うことができます。
 211 \family sans
 212 Sweave
 213 \family default
 214 モジュールを文書に加えるには、
 215 \family sans
 216 文書\SpecialChar menuseparator
 217 設定\SpecialChar menuseparator
 218 モジュール
 219 \family default
 220 を使用します。この説明書では、Sweaveでよく使われる機能をいくつか紹介し、本モジュールがどう動作するかを説明します。この説明書のPDF版は、
 221 \begin_inset Flex URL
 222 status collapsed
 223
 224 \begin_layout Plain Layout
 225
 226 https://github.com/downloads/yihui/lyx/sweave.pdf
 227 \end_layout
 228
 229 \end_inset
 230
 231 にあります。
 232 \end_layout
 233
 234 \begin_layout Section
 235 システム要件
 236 \end_layout
 237
 238 \begin_layout Standard
 239
 240 \family sans
 241 Sweave
 242 \family default
 243 モジュールは、実行ファイル
 244 \family typewriter
 245 Rscript
 246 \family default
 247 に依存しますので、このファイルが、システムの
 248 \family sans
 249 PATH
 250 \family default
 251 変数に含まれるパスになくてはなりません。これは、LinuxやMac OSユーザーには大した問題とならないでしょうが、Windowsユーザーには混乱を招くかもしれ
 252 ません。Windowsにおける
 253 \family sans
 254 PATH
 255 \family default
 256 が何かわからない場合には、R言語のリポジトリ
 257 \begin_inset Flex URL
 258 status collapsed
 259
 260 \begin_layout Plain Layout
 261
 262 https://github.com/yihui/lyx
 263 \end_layout
 264
 265 \end_inset
 266
 267 にあるRスクリプト
 268 \family sans
 269 add-R-path-win.R
 270 \family default
 271 を使って、パスを自動的に変更するか(推奨はできません。何にせよ
 272 \family sans
 273 PATH
 274 \family default
 275 が何かくらいは勉強すべきです)、あるいは
 276 \family sans
 277 ツール\SpecialChar menuseparator
 278 設定\SpecialChar menuseparator
 279 パス\SpecialChar menuseparator
 280 パス接頭辞
 281 \family default
 282 からRのバイナリパスを追加することができます(推奨)。後者の場合、大抵
 283 \family sans
 284 C:
 285 \backslash
 286 Program Files
 287 \backslash
 288 R
 289 \backslash
 290 R-x.x.x
 291 \backslash
 292 bin
 293 \family default
 294 のような形をしており、R内で下記のようにして確認することができます。
 295 \end_layout
 296
 297 \begin_layout Standard
 298 \begin_inset ERT
 299 status open
 300
 301 \begin_layout Plain Layout
 302
 303 <<where-is-R-bin,eval=FALSE>>=
 304 \end_layout
 305
 306 \begin_layout Plain Layout
 307
 308 R.home('bin')
 309 \end_layout
 310
 311 \begin_layout Plain Layout
 312
 313 @
 314 \end_layout
 315
 316 \end_inset
 317
 318
 319 \end_layout
 320
 321 \begin_layout Standard
 322 これらの変更を加えた後、
 323 \family sans
 324 ツール\SpecialChar menuseparator
 325 再初期設定
 326 \family default
 327 を使って、\SpecialCharNoPassThru LyX
 328 の再設定を行う必要があります。
 329 \family typewriter
 330 Rscript
 331 \family default
 332 が
 333 \family sans
 334 PATH
 335 \family default
 336 にない場合、
 337 \family sans
 338 Sweave
 339 \family default
 340 モジュールを使うことはできません。Sweaveの更新は続いていますので、最新版のRを使用することをお勧めします。Rに同梱され、このパス下にある(CTANにはあり
 341 ません)\SpecialCharNoPassThru LaTeX
 342 スタイルファイル
 343 \family sans
 344 Sweave.sty
 345 \family default
 346 によって、下記のように依存関係が追加されます。
 347 \end_layout
 348
 349 \begin_layout Standard
 350 \begin_inset ERT
 351 status open
 352
 353 \begin_layout Plain Layout
 354
 355 <<sweave-sty,eval=FALSE>>=
 356 \end_layout
 357
 358 \begin_layout Plain Layout
 359
 360 file.path(R.home('share'), 'texmf', 'tex', 'latex')
 361 \end_layout
 362
 363 \begin_layout Plain Layout
 364
 365 @
 366 \end_layout
 367
 368 \end_inset
 369
 370
 371 \end_layout
 372
 373 \begin_layout Standard
 374 Mik\SpecialCharNoPassThru TeX
 375 ユーザーは、Mik\SpecialCharNoPassThru TeX
 376 の設定で、Mik\SpecialCharNoPassThru TeX
 377 のルートディレクトリ一覧にtexmfディレクトリも追加したほうが良いかもしれません。また、
 378 \family sans
 379 Sweave.sty
 380 \family default
 381 は
 382 \series bold
 383 fancyvrb
 384 \series default
 385 パッケージに依存しており、
 386 \series bold
 387 ae
 388 \series default
 389 に依存する
 390 \emph on
 391 ことも
 392 \emph default
 393 あります。\SpecialCharNoPassThru LyX
 394 が
 395 \family sans
 396 Sweave.sty
 397 \family default
 398 を検出できないときは、直接Rからコピーしますので、このスタイルファイルがどこにあるかわからない場合でも、Sweaveモジュールは動作します。
 399 \end_layout
 400
 401 \begin_layout Section
 402 Sweaveの用例
 403 \end_layout
 404
 405 \begin_layout Standard
 406 Sweave文書を書く前に、Sweaveオプションを設定しましょう。Sweaveの設定コマンドは
 407 \family typewriter
 408
 409 \backslash
 410 SweaveOpts{}
 411 \family default
 412 ですが、これは、\SpecialCharNoPassThru LyX
 413 文書中で、
 414 \family sans
 415 挿入\SpecialChar menuseparator
 416 任意設定差込枠\SpecialChar menuseparator
 417 Sweaveオプション
 418 \family default
 419 か、\SpecialCharNoPassThru TeX
 420 コードで書く(
 421 \family sans
 422 挿入\SpecialChar menuseparator
 423 \SpecialCharNoPassThru TeX
 424 コード
 425 \family default
 426 )ことで挿入することができます。例えば、文頭で大域オプション
 427 \family typewriter
 428 echo=FALSE
 429 \family default
 430 を設定して、すべてのRコードを抑制することもできます(既定では、Rコードとその出力は、両方とも\SpecialCharNoPassThru LaTeX
 431 文書中に表示されます)。
 432 \end_layout
 433
 434 \begin_layout Standard
 435 \SpecialCharNoPassThru LyX
 436 でRコードを書くには、まずレイアウト様式一覧(ツールバーの左上端のドロップリスト)から、
 437 \family sans
 438 コード組
 439 \family default
 440 環境に変更するか、あるいは、単に\SpecialCharNoPassThru TeX
 441 コード環境を開いて、Sweaveのコード組を書き込んでください。後者の方法の方が安定していますので、そちらをお勧めします。
 442 \end_layout
 443
 444 \begin_layout Standard
 445 例えば
 446 \family typewriter
 447 width
 448 \family default
 449 や
 450 \family typewriter
 451 useFancyQuotes
 452 \family default
 453 のようなRオプションもSweaveの出力に便利です。前者のオプションは、出力の幅を調整するものであり、後者は引用符に関してよく起こる問題を回避することができます
 454 。詳細については、Rに添付のSweave取扱説明書をお読みください。
 455 \end_layout
 456
 457 \begin_layout Standard
 458 \begin_inset ERT
 459 status open
 460
 461 \begin_layout Plain Layout
 462
 463 <<setup, keep.source=TRUE>>=
 464 \end_layout
 465
 466 \begin_layout Plain Layout
 467
 468 ## オプション「digits」は桁数(の概数)を設定できます
 469 \end_layout
 470
 471 \begin_layout Plain Layout
 472
 473 options(width = 70, useFancyQuotes = FALSE, digits = 4)
 474 \end_layout
 475
 476 \begin_layout Plain Layout
 477
 478 @
 479 \end_layout
 480
 481 \begin_layout Plain Layout
 482
 483 <<sweave-manual, eval=FALSE, keep.source=TRUE>>=
 484 \end_layout
 485
 486 \begin_layout Plain Layout
 487
 488 ## Sweaveのvignetteを見る (要 R >= 2.13.0)
 489 \end_layout
 490
 491 \begin_layout Plain Layout
 492
 493 vignette("Sweave", package = "utils")
 494 \end_layout
 495
 496 \begin_layout Plain Layout
 497
 498 @
 499 \end_layout
 500
 501 \end_inset
 502
 503
 504 \end_layout
 505
 506 \begin_layout Standard
 507 下記は、どのSエンジンでも動作する単純な例です。
 508 \end_layout
 509
 510 \begin_layout Standard
 511 \begin_inset ERT
 512 status open
 513
 514 \begin_layout Plain Layout
 515
 516 <<print-integers, keep.source=TRUE>>=
 517 \end_layout
 518
 519 \begin_layout Plain Layout
 520
 521 ## 1から10までの整数は
 522 \end_layout
 523
 524 \begin_layout Plain Layout
 525
 526 1:10
 527 \end_layout
 528
 529 \begin_layout Plain Layout
 530
 531 @
 532 \end_layout
 533
 534 \begin_layout Plain Layout
 535
 536 <<hide-results, results=hide>>=
 537 \end_layout
 538
 539 \begin_layout Plain Layout
 540
 541 ## results=hide を設定して意図的に出力を隠す
 542 \end_layout
 543
 544 \begin_layout Plain Layout
 545
 546 print(1:20)
 547 \end_layout
 548
 549 \begin_layout Plain Layout
 550
 551 @
 552 \end_layout
 553
 554 \end_inset
 555
 556
 557 \end_layout
 558
 559 \begin_layout Standard
 560 単純な計算機をエミュレートすることもできます。
 561 \end_layout
 562
 563 \begin_layout Standard
 564 \begin_inset ERT
 565 status open
 566
 567 \begin_layout Plain Layout
 568
 569 <<calculator>>=
 570 \end_layout
 571
 572 \begin_layout Plain Layout
 573
 574 1 + pi
 575 \end_layout
 576
 577 \begin_layout Plain Layout
 578
 579 sin(pi/6)
 580 \end_layout
 581
 582 \begin_layout Plain Layout
 583
 584 @
 585 \end_layout
 586
 587 \end_inset
 588
 589
 590 \end_layout
 591
 592 \begin_layout Standard
 593 今度は、ガウシアンデータを見てみましょう。
 594 \end_layout
 595
 596 \begin_layout Standard
 597 \begin_inset ERT
 598 status open
 599
 600 \begin_layout Plain Layout
 601
 602 <<rnorm>>=
 603 \end_layout
 604
 605 \begin_layout Plain Layout
 606
 607 set.seed(123)  # 再現可能性のため
 608 \end_layout
 609
 610 \begin_layout Plain Layout
 611
 612 x <- rnorm(20)
 613 \end_layout
 614
 615 \begin_layout Plain Layout
 616
 617 print(x)
 618 \end_layout
 619
 620 \begin_layout Plain Layout
 621
 622 t1 <- t.test(x)
 623 \end_layout
 624
 625 \begin_layout Plain Layout
 626
 627 @
 628 \end_layout
 629
 630 \end_inset
 631
 632
 633 \end_layout
 634
 635 \begin_layout Standard
 636 数値を標準テキストに簡単に統合させることができます。これは、
 637 \family typewriter
 638
 639 \backslash
 640 Sexpr{}
 641 \family default
 642 コマンドによって行われ、\SpecialCharNoPassThru LyX
 643 中の対応するメニューは
 644 \family sans
 645 挿入\SpecialChar menuseparator
 646 任意設定差込枠\SpecialChar menuseparator
 647 S/R表現
 648 \family default
 649 ですが、\SpecialCharNoPassThru TeX
 650 コードを使うこともできます。例えば、ベクトル
 651 \family typewriter
 652 x
 653 \family default
 654 の第3要素は、
 655 \begin_inset Flex S/R expression
 656 status collapsed
 657
 658 \begin_layout Plain Layout
 659
 660 x[3]
 661 \end_layout
 662
 663 \end_inset
 664
 665  (すなわち
 666 \family typewriter
 667 x[3]
 668 \family default
 669 )であり、検定の
 670 \begin_inset Formula $p$
 671 \end_inset
 672
 673 値は
 674 \begin_inset Flex S/R expression
 675 status collapsed
 676
 677 \begin_layout Plain Layout
 678
 679 format.pval(t1$p.value)
 680 \end_layout
 681
 682 \end_inset
 683
 684 です。これらの数値は、R中で
 685 \emph on
 686 round()
 687 \emph default
 688 のようなコマンドを使うことによって丸めることもできます。
 689 \end_layout
 690
 691 \begin_layout Standard
 692
 693 \family roman
 694 \series medium
 695 \shape up
 696 \size normal
 697 \emph off
 698 \bar no
 699 \noun off
 700 \color none
 701 今度は、
 702 \family typewriter
 703 \series default
 704 \shape default
 705 \size default
 706 \emph default
 707 \bar default
 708 \noun default
 709 \color inherit
 710 iris
 711 \family roman
 712 \series medium
 713 \shape up
 714 \size normal
 715 \emph off
 716 \bar no
 717 \noun off
 718 \color none
 719 データセットの要約を見てみましょう。
 720 \end_layout
 721
 722 \begin_layout Standard
 723 \begin_inset ERT
 724 status open
 725
 726 \begin_layout Plain Layout
 727
 728 <<iris-summary>>=
 729 \end_layout
 730
 731 \begin_layout Plain Layout
 732
 733 summary(iris[,-5])
 734 \end_layout
 735
 736 \begin_layout Plain Layout
 737
 738 @
 739 \end_layout
 740
 741 \end_inset
 742
 743
 744 \end_layout
 745
 746 \begin_layout Standard
 747 \begin_inset Float table
 748 wide false
 749 sideways false
 750 status open
 751
 752 \begin_layout Plain Layout
 753 \begin_inset Caption Standard
 754
 755 \begin_layout Plain Layout
 756
 757 \family typewriter
 758 iris
 759 \family default
 760 データの最初の4変数の分位数
 761 \begin_inset CommandInset label
 762 LatexCommand label
 763 name "tab:xtable-demo"
 764
 765 \end_inset
 766
 767
 768 \end_layout
 769
 770 \end_inset
 771
 772
 773 \end_layout
 774
 775 \begin_layout Plain Layout
 776 \align center
 777 \begin_inset ERT
 778 status open
 779
 780 \begin_layout Plain Layout
 781
 782 \end_layout
 783
 784 \begin_layout Plain Layout
 785
 786 <<xtable-demo,results=tex,echo=FALSE>>=
 787 \end_layout
 788
 789 \begin_layout Plain Layout
 790
 791 if (require('xtable')) {
 792 \end_layout
 793
 794 \begin_layout Plain Layout
 795
 796 print(xtable(sapply(iris[,-5], quantile)), floating=FALSE)
 797 \end_layout
 798
 799 \begin_layout Plain Layout
 800
 801 } else cat('the xtable package is not available! please install.packages("xtable"
 802 )')
 803 \end_layout
 804
 805 \begin_layout Plain Layout
 806
 807 @
 808 \end_layout
 809
 810 \end_inset
 811
 812
 813 \end_layout
 814
 815 \end_inset
 816
 817
 818 \end_layout
 819
 820 \begin_layout Standard
 821 通常、人々はこのような「生の」出力を好みませんので、これらのごちゃごちゃした数字を、
 822 \series bold
 823 xtable
 824 \series default
 825 パッケージを使って綺麗にしてやるといいでしょう。表
 826 \begin_inset CommandInset ref
 827 LatexCommand ref
 828 reference "tab:xtable-demo"
 829
 830 \end_inset
 831
 832 は、Sweaveでの
 833 \series bold
 834 xtable
 835 \series default
 836 パッケージの使い方を示すための例です。コード組のオプション
 837 \family typewriter
 838 results=tex
 839 \family default
 840 は、R出力が、特別な環境(
 841 \family typewriter
 842 Soutput
 843 \family default
 844 )で包まれるのではなく、生の\SpecialCharNoPassThru LaTeX
 845 コードとして書き出されるように保証するためのものです。
 846 \end_layout
 847
 848 \begin_layout Standard
 849 図
 850 \begin_inset CommandInset ref
 851 LatexCommand ref
 852 reference "fig:iris-pairs"
 853
 854 \end_inset
 855
 856 と図
 857 \begin_inset CommandInset ref
 858 LatexCommand ref
 859 reference "fig:iris-boxplots"
 860
 861 \end_inset
 862
 863 は、Sweaveを使って画像を生成する簡単な例です。
 864 \end_layout
 865
 866 \begin_layout Standard
 867 \begin_inset Float figure
 868 wide false
 869 sideways false
 870 status open
 871
 872 \begin_layout Plain Layout
 873 \align center
 874 \begin_inset Note Note
 875 status open
 876
 877 \begin_layout Plain Layout
 878 epsとpdfの両方をtrueにして、latexとpdflatexの両方を動作するようにすることができます。実際には、おそらく一つを選ぶだけでよいでしょう。
 879 \end_layout
 880
 881 \end_inset
 882
 883
 884 \begin_inset ERT
 885 status open
 886
 887 \begin_layout Plain Layout
 888
 889 <<iris-pairs,fig=TRUE,width=4.5,height=4.5,eps=TRUE,pdf=TRUE>>=
 890 \end_layout
 891
 892 \begin_layout Plain Layout
 893
 894 pairs(iris, col = iris$Species)
 895 \end_layout
 896
 897 \begin_layout Plain Layout
 898
 899 @
 900 \end_layout
 901
 902 \end_inset
 903
 904
 905 \end_layout
 906
 907 \begin_layout Plain Layout
 908 \begin_inset Caption Standard
 909
 910 \begin_layout Plain Layout
 911
 912 \family typewriter
 913 iris
 914 \family default
 915 データの散布図マトリックス
 916 \begin_inset CommandInset label
 917 LatexCommand label
 918 name "fig:iris-pairs"
 919
 920 \end_inset
 921
 922
 923 \end_layout
 924
 925 \end_inset
 926
 927
 928 \end_layout
 929
 930 \end_inset
 931
 932
 933 \end_layout
 934
 935 \begin_layout Standard
 936 \begin_inset Float figure
 937 wide false
 938 sideways false
 939 status open
 940
 941 \begin_layout Plain Layout
 942 \align center
 943 \begin_inset ERT
 944 status open
 945
 946 \begin_layout Plain Layout
 947
 948 <<iris-boxplots,fig=TRUE,width=7,height=2,keep.source=F,eps=T,pdf=T>>=
 949 \end_layout
 950
 951 \begin_layout Plain Layout
 952
 953 par(mar=c(4,5,.1,.3), las=1)
 954 \end_layout
 955
 956 \begin_layout Plain Layout
 957
 958 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris,horizontal=TRUE,xlab='Sepal.Length')
 959 \end_layout
 960
 961 \begin_layout Plain Layout
 962
 963 @
 964 \end_layout
 965
 966 \end_inset
 967
 968
 969 \end_layout
 970
 971 \begin_layout Plain Layout
 972 \begin_inset Caption Standard
 973
 974 \begin_layout Plain Layout
 975 種でグループ化された萼片の長さのボックスプロット
 976 \begin_inset CommandInset label
 977 LatexCommand label
 978 name "fig:iris-boxplots"
 979
 980 \end_inset
 981
 982
 983 \end_layout
 984
 985 \end_inset
 986
 987
 988 \end_layout
 989
 990 \end_inset
 991
 992
 993 \end_layout
 994
 995 \begin_layout Standard
 996 Sweave文書中のRコードは、単一のRスクリプトとして書きだすことができますが、これは
 997 \family typewriter
 998 R CMD Stangle
 999 \family default
1000 を使って行われます。
1001 \end_layout
1002
1003 \begin_layout Section
1004
1005 \family sans
1006 Sweave
1007 \family default
1008 モジュール
1009 \end_layout
1010
1011 \begin_layout Standard
1012
1013 \family sans
1014 Sweave
1015 \family default
1016 モジュールは、\SpecialCharNoPassThru LyX
1017 文書が、Rを使った文芸的プログラミングのコンポーネントを含んでいることを宣言しますので、\SpecialCharNoPassThru LyX
1018 は、そのような文書を取り扱う特定の変換子を使っ
1019 て処理します(取扱説明書カスタマイズ篇参照)。
1020 \family sans
1021 Sweave
1022 \family default
1023 モジュールは、
1024 \family sans
1025 sweave
1026 \family default
1027 変換子を使用しますが、これは、\SpecialCharNoPassThru LyX
1028 の
1029 \family sans
1030 scripts
1031 \family default
1032 ディレクトリ下にあるRスクリプト
1033 \family sans
1034 lyxsweave.R
1035 \family default
1036 が本体になっています。このスクリプトは、\SpecialCharNoPassThru LyX
1037 から
1038 \family sans
1039 Rnw
1040 \family default
1041 文書を受け取り、これを\SpecialCharNoPassThru TeX
1042 文書に変換するためにSweaveを呼び出します。その後の作業は、\SpecialCharNoPassThru LyX
1043 が面倒を見ます。
1044 \end_layout
1045
1046 \begin_layout Standard
1047
1048 \family sans
1049 sweave
1050 \family default
1051 形式から\SpecialCharNoPassThru LaTeX
1052 への変換子は、下記のコマンド行でRを呼び出します。
1053 \end_layout
1054
1055 \begin_layout Standard
1056 \begin_inset ERT
1057 status open
1058
1059 \begin_layout Plain Layout
1060
1061
1062 \backslash
1063 begin{verbatim}
1064 \end_layout
1065
1066 \begin_layout Plain Layout
1067
1068 Rscript --no-save --no-restore $$s/scripts/lyxsweave.R $$p$$i $$p$$o $$e
1069  $$r
1070 \end_layout
1071
1072 \begin_layout Plain Layout
1073
1074
1075 \backslash
1076 end{verbatim}
1077 \end_layout
1078
1079 \end_inset
1080
1081
1082 \end_layout
1083
1084 \begin_layout Standard
1085 \SpecialCharNoPassThru LyX
1086 ライブラリディレクトリ
1087 \family typewriter
1088 $$s
1089 \family default
1090 は、
1091 \family sans
1092 ヘルプ\SpecialChar menuseparator
1093 \SpecialCharNoPassThru LyX
1094 について
1095 \family default
1096 メニューに記載があります。他にRに渡すことのできるオプションは、Rスクリプト中で説明されており、また、\SpecialCharNoPassThru LyX
1097 取扱説明書カスタマイズ篇には、
1098 \family typewriter
1099 $$i
1100 \family default
1101 ・
1102 \family typewriter
1103 $$o
1104 \family default
1105 ・
1106 \family typewriter
1107 $$e
1108 \family default
1109 ・
1110 \family typewriter
1111 $$r
1112 \family default
1113 についての詳しい説明があります。一般ユーザーは、これらの意味について詳しく知る必要はありませんが、ここでは、Rコードにまつわる若干の問題について説明しておく必要
1114 があります。
1115 \end_layout
1116
1117 \begin_layout Enumerate
1118 \SpecialCharNoPassThru LyX
1119 文書のエンコーディングを表す文字列は、Rにコマンドラインオプションとして渡されます。取り得る値は、
1120 \family typewriter
1121 ISO-8859-15
1122 \family default
1123 や
1124 \family typewriter
1125 UTF-8
1126 \family default
1127 などです。エンコーディングは、Rが
1128 \family sans
1129 Rnw
1130 \family default
1131 文書を正しく読むのに使用されます。
1132 \end_layout
1133
1134 \begin_layout Enumerate
1135 Sweave文書内のRコード組は、\SpecialCharNoPassThru LyX
1136 文書のあるディレクトリで実行されます(自信のない場合は、現在の作業ディレクトリがどこかを見るために、コード組に
1137 \family typewriter
1138 getwd()
1139 \family default
1140 を置いてください)。この場合、データファイルは同じディレクトリ下に置くことができ、再現可能性を保証するために、R内部では相対パスを使用してください。すなわち、他
1141 のシステムでは存在しないかもしれない、ハードコードのパスを書く必要はありません。
1142 \end_layout
1143
1144 \begin_layout Enumerate
1145 \SpecialCharNoPassThru LaTeX
1146 が
1147 \family sans
1148 Sweave.sty
1149 \family default
1150 を検出できないと、このRスクリプトが自動的に
1151 \family sans
1152 Sweave.sty
1153 \family default
1154 を一時ディレクトリにコピーし、そこで\SpecialCharNoPassThru LaTeX
1155 コンパイルを実行します。
1156 \end_layout
1157
1158 \begin_layout Enumerate
1159 Sweaveは、既定でRnwファイルのファイル名を、画像出力の接頭辞文字列として使用します。既知の問題の1つ(
1160 \begin_inset CommandInset href
1161 LatexCommand href
1162 name "#7551"
1163 target "http://www.lyx.org/trac/ticket/7551"
1164
1165 \end_inset
1166
1167 )として、ファイル名(拡張子を除く)にピリオドが含まれている場合、\SpecialCharNoPassThru LaTeX
1168 がそのファイルを
1169 \family typewriter
1170
1171 \backslash
1172 includegraphics{}
1173 \family default
1174 で処理する際に失敗しうるということが知られています。したがって、接頭辞の既定値は、すべてのピリオドを「-」で置換したファイル名にしてあります。この問題は、Swe
1175 aveで直接的に解決することもができます。Sweaveオプションの
1176 \family typewriter
1177 prefix.string
1178 \family default
1179 を、ピリオドを含まない文字列に設定すると、このオプションが既定値を上書きします。
1180 \end_layout
1181
1182 \begin_layout Standard
1183 Sweaveパッケージには、事前に
1184 \family typewriter
1185 noae
1186 \family default
1187 オプションが設定されています。このオプションは、Sweaveが下記の2つのパッケージを読み込んでしまうのを防ぎます。
1188 \end_layout
1189
1190 \begin_layout Standard
1191 \begin_inset ERT
1192 status open
1193
1194 \begin_layout Plain Layout
1195
1196
1197 \backslash
1198 begin{verbatim}
1199 \end_layout
1200
1201 \begin_layout Plain Layout
1202
1203
1204 \backslash
1205 RequirePackage[T1]{fontenc}
1206 \end_layout
1207
1208 \begin_layout Plain Layout
1209
1210
1211 \backslash
1212 RequirePackage{ae}
1213 \end_layout
1214
1215 \begin_layout Plain Layout
1216
1217
1218 \backslash
1219 end{verbatim}
1220 \end_layout
1221
1222 \end_inset
1223
1224
1225 \end_layout
1226
1227 \begin_layout Standard
1228 \SpecialCharNoPassThru LyX
1229 は、既定でフォントエンコーディングを取り扱うことができるので、Sweaveにこれをやってもらう必要はないのです(その上、これはパッケージオプションの衝突を
1230 もたらす可能性があります)。一方、ユーザーは、必要ならばプリアンブルで
1231 \series bold
1232 ae
1233 \series default
1234 パッケージを手動で読み込ませることができます。
1235 \end_layout
1236
1237 \begin_layout Section
1238 問題の解決法
1239 \end_layout
1240
1241 \begin_layout Standard
1242 \SpecialCharNoPassThru LyX
1243  2.0以降、コンパイル中の詳細な情報を、
1244 \family sans
1245 表示\SpecialChar menuseparator
1246 メッセージを表示
1247 \family default
1248 で見ることができるようになりました。これは、問題の解決に非常に役に立ちます。Rの処理は、メッセージパネルに表示され、エラーが発生した場合には、どのコード組がおか
1249 しいのか知ることができます。例えば、この文書をコンパイルする時、以下のようなメッセージを見ることができるでしょう。
1250 \end_layout
1251
1252 \begin_layout Standard
1253 \begin_inset ERT
1254 status open
1255
1256 \begin_layout Plain Layout
1257
1258
1259 \backslash
1260 begin{verbatim}
1261 \end_layout
1262
1263 \begin_layout Plain Layout
1264
1265 17:58:47.868: Processing code chunks with options ...
1266 \end_layout
1267
1268 \begin_layout Plain Layout
1269
1270 17:58:47.885:  1 : echo keep.source term verbatim (label=setup)
1271 \end_layout
1272
1273 \begin_layout Plain Layout
1274
1275 17:58:47.889:  2 : echo keep.source (label=sweave-manual)
1276 \end_layout
1277
1278 \begin_layout Plain Layout
1279
1280 17:58:47.908:  3 : echo keep.source term verbatim (label=print-integers)
1281 \end_layout
1282
1283 \begin_layout Plain Layout
1284
1285 ....
1286 \end_layout
1287
1288 \begin_layout Plain Layout
1289
1290 17:58:47.941: Loading required package: xtable
1291 \end_layout
1292
1293 \begin_layout Plain Layout
1294
1295 17:58:47.976:  9 : echo term verbatim pdf (label=iris-pairs)
1296 \end_layout
1297
1298 \begin_layout Plain Layout
1299
1300 ....
1301 \end_layout
1302
1303 \begin_layout Plain Layout
1304
1305 17:58:48.116: You can now run (pdf)latex on 'sweave.tex'
1306 \end_layout
1307
1308 \begin_layout Plain Layout
1309
1310
1311 \backslash
1312 end{verbatim}
1313 \end_layout
1314
1315 \end_inset
1316
1317
1318 \end_layout
1319
1320 \begin_layout Standard
1321
1322 \family typewriter
1323 label=
1324 \family default
1325 の後の文字列が、コード組のラベルを示します。コード組のどれかがRでエラーを起こせば、即座にここにエラーメッセージを見ることができます。
1326 \end_layout
1327
1328 \begin_layout Standard
1329 もうひとつ知られている問題点は、\SpecialCharNoPassThru LyX
1330 中でコード組段落の配置に(
1331 \family sans
1332 段落設定
1333 \family default
1334 を使用して)手を加えた場合、\SpecialCharNoPassThru LyX
1335 は、改行しないでコード組の前に
1336 \family typewriter
1337
1338 \backslash
1339 centering{}
1340 \family default
1341 のようなマクロを書き加えてしまうことがあるので、Sweaveコード組がエラーを起こす場合があるという事です。この場合のコード組は、下記のようになってしまいます。
1342 \end_layout
1343
1344 \begin_layout Standard
1345 \begin_inset ERT
1346 status open
1347
1348 \begin_layout Plain Layout
1349
1350
1351 \backslash
1352 begin{verbatim}
1353 \end_layout
1354
1355 \begin_layout Plain Layout
1356
1357
1358 \backslash
1359 centering{}<<xtable-demo,results=tex,echo=FALSE>>=
1360 \end_layout
1361
1362 \begin_layout Plain Layout
1363
1364
1365 \backslash
1366 end{verbatim}
1367 \end_layout
1368
1369 \end_inset
1370
1371
1372 \end_layout
1373
1374 \begin_layout Standard
1375
1376 \family typewriter
1377 <<>>=
1378 \family default
1379 は行頭すぐに置かれなくてはならないため、これは正しいSweaveコードではありません。したがって、コード組段落の配置に手を加える場合には、
1380 \family sans
1381 表示\SpecialChar menuseparator
1382 ソースを表示
1383 \family default
1384 で、実際のソースコードを再確認し、
1385 \family typewriter
1386 <<>>=
1387 \family default
1388 が改行後に現れるようにすることをお勧めします。表
1389 \begin_inset CommandInset ref
1390 LatexCommand ref
1391 reference "tab:xtable-demo"
1392
1393 \end_inset
1394
1395 のコード組に手動で空行が追加されているのは、このためです。
1396 \end_layout
1397
1398 \begin_layout Section
1399 リソース
1400 \end_layout
1401
1402 \begin_layout Standard
1403 Sweaveのホームページは、
1404 \begin_inset Flex URL
1405 status collapsed
1406
1407 \begin_layout Plain Layout
1408
1409 http://www.stat.uni-muenchen.de/~leisch/Sweave/
1410 \end_layout
1411
1412 \end_inset
1413
1414 にあります。 The CRAN task view on 「Reproducible Research」にあるCRANタスクビューには、便利と思われるSweav
1415 e関連パッケージの一覧があります。
1416 \begin_inset Flex URL
1417 status collapsed
1418
1419 \begin_layout Plain Layout
1420
1421 http://cran.r-project.org/web/views/ReproducibleResearch.html
1422 \end_layout
1423
1424 \end_inset
1425
1426 をご覧ください。\SpecialCharNoPassThru LyX
1427 とSweaveに関する質問は、\SpecialCharNoPassThru LyX
1428 メーリングリスト(
1429 \begin_inset Flex URL
1430 status collapsed
1431
1432 \begin_layout Plain Layout
1433
1434 http://www.lyx.org/MailingLists
1435 \end_layout
1436
1437 \end_inset
1438
1439 )に投稿してください。さらに多くの\SpecialCharNoPassThru LyX
1440 の用例は、
1441 \begin_inset Flex URL
1442 status collapsed
1443
1444 \begin_layout Plain Layout
1445
1446 https://github.com/yihui/lyx
1447 \end_layout
1448
1449 \end_inset
1450
1451 にあります。
1452 \end_layout
1453
1454 \begin_layout Section
1455 FAQ
1456 \end_layout
1457
1458 \begin_layout Subsection
1459 Sweaveをbeamerで使うにはどうすればよいでしょうか
1460 \end_layout
1461
1462 \begin_layout Standard
1463 beamerのスライドでSweaveを使うと、\SpecialCharNoPassThru LyX
1464 では\SpecialCharNoPassThru LaTeX
1465 エラーが発生します。その原因は、生のRコードを含むbeamerフレームのせいです。これを解決す
1466 るには、通常のフレームの代わりに脆弱フレームを使うか、フレーム表題に
1467 \family sans
1468 挿入\SpecialChar menuseparator
1469 フレームオプション
1470 \family default
1471 を使って、
1472 \family typewriter
1473 fragile
1474 \family default
1475 オプションを渡します。
1476 \end_layout
1477
1478 \begin_layout Subsection
1479 Rnw文書をコンパイルするためのRスクリプトを書いてもいいですか
1480 \end_layout
1481
1482 \begin_layout Standard
1483 もちろんです。まず、前述のRスクリプト
1484 \family typewriter
1485 $$s
1486 \family sans
1487 /scripts/lyxsweave.R
1488 \family default
1489 がどのように動作するかを理解する必要がありますので、できればそのRソースコードを読むことをお勧めします(特に、Rがパスをどのように取得し、Rnw文書を取り扱うの
1490 に
1491 \emph on
1492 Sweave()
1493 \emph default
1494 をどのように使っているかを見てください)。その後、カスタマイズした
1495 \family sans
1496 lyxsweave.R
1497 \family default
1498 をあなたの
1499 \emph on
1500 ユーザーディレクトリ
1501 \emph default
1502 (ヘルプ\SpecialChar menuseparator
1503 \SpecialCharNoPassThru LyX
1504 についてでチェックできます)の
1505 \family sans
1506 scripts
1507 \family default
1508 ディレクトリ下に置いてください。\SpecialCharNoPassThru LyX
1509 は自身の
1510 \emph on
1511 ライブラリディレクトリ
1512 \emph default
1513 を見に行く前に
1514 \emph on
1515 ユーザーディレクトリ
1516 \emph default
1517 をチェックしますので、Rスクリプト
1518 \family sans
1519 lyxsweave.R
1520 \family default
1521 がユーザーディレクトリで検出されれば、それが使用されます。\SpecialCharNoPassThru LyX
1522 ライブラリディレクトリ下にあるスクリプトを直接ハックしてしまうと、\SpecialCharNoPassThru LyX
1523 更新時に修正したスクリプ
1524 トが上書きされてしまいます(ユーザーディレクトリは影響を受けません)ので、お勧めしません。
1525 \end_layout
1526
1527 \begin_layout Standard
1528 なお、Rの公式Sweaveの他に、Sweaveの代替ツールである
1529 \series bold
1530 knitr
1531 \series default
1532 パッケージもサポートされており、対応するモジュール名は
1533 \family sans
1534 Rnw (knitr)
1535 \family default
1536 となっています。
1537 \end_layout
1538
1539 \end_body
1540 \end_document