lib/examples/ja/sweave.lyx

   1 #LyX 2.3 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 544
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \save_transient_properties true
   6 \origin /systemlyxdir/examples/ja/
   7 \textclass jarticle
   8 \begin_preamble
   9 %% maxwidth is the original width if it's less than linewidth
  10 %% otherwise use linewidth (to make sure the graphics do not exceed the margin)
  11 \def\maxwidth{%
  12 \ifdim\Gin@nat@width>\linewidth
  13 \linewidth
  14 \else
  15 \Gin@nat@width
  16 \fi
  17 }
  18 \end_preamble
  19 \options nogin
  20 \use_default_options true
  21 \begin_modules
  22 sweave
  23 \end_modules
  24 \maintain_unincluded_children false
  25 \language japanese
  26 \language_package none
  27 \inputencoding utf8-platex
  28 \fontencoding global
  29 \font_roman "palatino" "default"
  30 \font_sans "lmss" "default"
  31 \font_typewriter "lmtt" "default"
  32 \font_math "auto" "auto"
  33 \font_default_family default
  34 \use_non_tex_fonts false
  35 \font_sc false
  36 \font_osf false
  37 \font_sf_scale 100 100
  38 \font_tt_scale 100 100
  39 \use_microtype false
  40 \use_dash_ligatures false
  41 \graphics default
  42 \default_output_format pdf
  43 \output_sync 0
  44 \bibtex_command default
  45 \index_command default
  46 \paperfontsize default
  47 \spacing single
  48 \use_hyperref false
  49 \papersize default
  50 \use_geometry true
  51 \use_package amsmath 1
  52 \use_package amssymb 1
  53 \use_package cancel 0
  54 \use_package esint 1
  55 \use_package mathdots 1
  56 \use_package mathtools 0
  57 \use_package mhchem 1
  58 \use_package stackrel 0
  59 \use_package stmaryrd 0
  60 \use_package undertilde 0
  61 \cite_engine basic
  62 \cite_engine_type default
  63 \biblio_style plain
  64 \use_bibtopic false
  65 \use_indices false
  66 \paperorientation portrait
  67 \suppress_date false
  68 \justification true
  69 \use_refstyle 0
  70 \index Index
  71 \shortcut idx
  72 \color #008000
  73 \end_index
  74 \leftmargin 3cm
  75 \topmargin 3cm
  76 \rightmargin 3cm
  77 \bottommargin 3cm
  78 \secnumdepth 3
  79 \tocdepth 3
  80 \paragraph_separation indent
  81 \paragraph_indentation default
  82 \is_math_indent 0
  83 \math_numbering_side default
  84 \quotes_style english
  85 \papercolumns 1
  86 \papersides 1
  87 \paperpagestyle default
  88 \tracking_changes false
  89 \output_changes false
  90 \html_math_output 0
  91 \html_css_as_file 0
  92 \html_be_strict false
  93 \use_minted 0
  94 \end_header
  95
  96 \begin_body
  97
  98 \begin_layout Standard
  99 \begin_inset ERT
 100 status open
 101
 102 \begin_layout Plain Layout
 103
 104 %
 105 \backslash
 106 SweaveOpts{prefix=TRUE,prefix.string=sweave-prefix,keep.source=FALSE}
 107 \end_layout
 108
 109 \end_inset
 110
 111
 112 \end_layout
 113
 114 \begin_layout Standard
 115 \begin_inset ERT
 116 status open
 117
 118 \begin_layout Plain Layout
 119
 120 %%
 121 \backslash
 122 maxwidth はプリアンブル中で定義されています。文書設定をご覧ください。
 123 \end_layout
 124
 125 \begin_layout Plain Layout
 126
 127
 128 \backslash
 129 setkeys{Gin}{width=
 130 \backslash
 131 maxwidth}
 132 \end_layout
 133
 134 \end_inset
 135
 136
 137 \end_layout
 138
 139 \begin_layout Title
 140 \SpecialChar LyX
 141 でSweaveを使うには
 142 \end_layout
 143
 144 \begin_layout Author
 145 Yihui Xie
 146 \begin_inset Foot
 147 status collapsed
 148
 149 \begin_layout Plain Layout
 150 アイオワ州立大学統計学部、電子メール:
 151 \begin_inset CommandInset href
 152 LatexCommand href
 153 name "xie@yihui.name"
 154 target "xie@yihui.name"
 155 type "mailto:"
 156 literal "false"
 157
 158 \end_inset
 159
 160
 161 \end_layout
 162
 163 \end_inset
 164
 165
 166 \begin_inset ERT
 167 status collapsed
 168
 169 \begin_layout Plain Layout
 170
 171
 172 \backslash
 173 and
 174 \end_layout
 175
 176 \end_inset
 177
 178  Gregor Gorjanc
 179 \begin_inset ERT
 180 status collapsed
 181
 182 \begin_layout Plain Layout
 183
 184
 185 \backslash
 186 and
 187 \end_layout
 188
 189 \end_inset
 190
 191  Jean-Marc Lasgouttes
 192 \end_layout
 193
 194 \begin_layout Standard
 195 Sweaveは、文芸的プログラミングの考えに従った、動的なレポート生成するための、R言語(
 196 \begin_inset Flex URL
 197 status collapsed
 198
 199 \begin_layout Plain Layout
 200
 201 http://www.r-project.org
 202 \end_layout
 203
 204 \end_inset
 205
 206 )ツールです。Rコードは、\SpecialChar LaTeX
 207 文書の中で混用することができ、文書がコンパイルされるときにRで実行されます。結果は、\SpecialChar TeX
 208 出力内に書きこまれます。
 209 \end_layout
 210
 211 \begin_layout Standard
 212 \SpecialChar LyX
 213  2.0以降では、
 214 \family sans
 215 Sweave
 216 \family default
 217 モジュールを使えば、どの文書クラスでもSweaveをそのまま使うことができます。
 218 \family sans
 219 Sweave
 220 \family default
 221 モジュールを文書に加えるには、
 222 \family sans
 223 文書\SpecialChar menuseparator
 224 設定\SpecialChar menuseparator
 225 モジュール
 226 \family default
 227 を使用します。この説明書では、Sweaveでよく使われる機能をいくつか紹介し、本モジュールがどう動作するかを説明します。この説明書のPDF版は、
 228 \begin_inset Flex URL
 229 status collapsed
 230
 231 \begin_layout Plain Layout
 232
 233 https://github.com/downloads/yihui/lyx/sweave.pdf
 234 \end_layout
 235
 236 \end_inset
 237
 238 にあります。
 239 \end_layout
 240
 241 \begin_layout Section
 242 システム要件
 243 \end_layout
 244
 245 \begin_layout Standard
 246
 247 \family sans
 248 Sweave
 249 \family default
 250 モジュールは、実行ファイル
 251 \family typewriter
 252 Rscript
 253 \family default
 254 に依存しますので、このファイルが、システムの
 255 \family sans
 256 PATH
 257 \family default
 258 変数に含まれるパスになくてはなりません。これは、LinuxやMac OSユーザーには大した問題とならないでしょうが、Windowsユーザーには混乱を招くかもしれ
 259 ません。Windowsにおける
 260 \family sans
 261 PATH
 262 \family default
 263 が何かわからない場合には、R言語のリポジトリ
 264 \begin_inset Flex URL
 265 status collapsed
 266
 267 \begin_layout Plain Layout
 268
 269 https://github.com/yihui/lyx
 270 \end_layout
 271
 272 \end_inset
 273
 274 にあるRスクリプト
 275 \family sans
 276 add-R-path-win.R
 277 \family default
 278 を使って、パスを自動的に変更するか(推奨はできません。何にせよ
 279 \family sans
 280 PATH
 281 \family default
 282 が何かくらいは勉強すべきです)、あるいは
 283 \family sans
 284 ツール\SpecialChar menuseparator
 285 設定\SpecialChar menuseparator
 286 パス\SpecialChar menuseparator
 287 パス接頭辞
 288 \family default
 289 からRのバイナリパスを追加することができます(推奨)。後者の場合、大抵
 290 \family sans
 291 C:
 292 \backslash
 293 Program Files
 294 \backslash
 295 R
 296 \backslash
 297 R-x.x.x
 298 \backslash
 299 bin
 300 \family default
 301 のような形をしており、R内で下記のようにして確認することができます。
 302 \end_layout
 303
 304 \begin_layout Standard
 305 \begin_inset ERT
 306 status open
 307
 308 \begin_layout Plain Layout
 309
 310 <<where-is-R-bin,eval=FALSE>>=
 311 \end_layout
 312
 313 \begin_layout Plain Layout
 314
 315 R.home('bin')
 316 \end_layout
 317
 318 \begin_layout Plain Layout
 319
 320 @
 321 \end_layout
 322
 323 \end_inset
 324
 325
 326 \end_layout
 327
 328 \begin_layout Standard
 329 これらの変更を加えた後、
 330 \family sans
 331 ツール\SpecialChar menuseparator
 332 再初期設定
 333 \family default
 334 を使って、\SpecialChar LyX
 335 の再設定を行う必要があります。
 336 \family typewriter
 337 Rscript
 338 \family default
 339 が
 340 \family sans
 341 PATH
 342 \family default
 343 にない場合、
 344 \family sans
 345 Sweave
 346 \family default
 347 モジュールを使うことはできません。Sweaveの更新は続いていますので、最新版のRを使用することをお勧めします。Rに同梱され、このパス下にある(CTANにはあり
 348 ません)\SpecialChar LaTeX
 349 スタイルファイル
 350 \family sans
 351 Sweave.sty
 352 \family default
 353 によって、下記のように依存関係が追加されます。
 354 \end_layout
 355
 356 \begin_layout Standard
 357 \begin_inset ERT
 358 status open
 359
 360 \begin_layout Plain Layout
 361
 362 <<sweave-sty,eval=FALSE>>=
 363 \end_layout
 364
 365 \begin_layout Plain Layout
 366
 367 file.path(R.home('share'), 'texmf', 'tex', 'latex')
 368 \end_layout
 369
 370 \begin_layout Plain Layout
 371
 372 @
 373 \end_layout
 374
 375 \end_inset
 376
 377
 378 \end_layout
 379
 380 \begin_layout Standard
 381 Mik\SpecialChar TeX
 382 ユーザーは、Mik\SpecialChar TeX
 383 の設定で、Mik\SpecialChar TeX
 384 のルートディレクトリ一覧にtexmfディレクトリも追加したほうが良いかもしれません。また、
 385 \family sans
 386 Sweave.sty
 387 \family default
 388 は
 389 \series bold
 390 fancyvrb
 391 \series default
 392 パッケージに依存しており、
 393 \series bold
 394 ae
 395 \series default
 396 に依存する
 397 \emph on
 398 ことも
 399 \emph default
 400 あります。\SpecialChar LyX
 401 が
 402 \family sans
 403 Sweave.sty
 404 \family default
 405 を検出できないときは、直接Rからコピーしますので、このスタイルファイルがどこにあるかわからない場合でも、Sweaveモジュールは動作します。
 406 \end_layout
 407
 408 \begin_layout Section
 409 Sweaveの用例
 410 \end_layout
 411
 412 \begin_layout Standard
 413 Sweave文書を書く前に、Sweaveオプションを設定しましょう。Sweaveの設定コマンドは
 414 \family typewriter
 415
 416 \backslash
 417 SweaveOpts{}
 418 \family default
 419 ですが、これは、\SpecialChar LyX
 420 文書中で、
 421 \family sans
 422 挿入\SpecialChar menuseparator
 423 任意設定差込枠\SpecialChar menuseparator
 424 Sweaveオプション
 425 \family default
 426 か、\SpecialChar TeX
 427 コードで書く(
 428 \family sans
 429 挿入\SpecialChar menuseparator
 430 \SpecialChar TeX
 431 コード
 432 \family default
 433 )ことで挿入することができます。例えば、文頭で大域オプション
 434 \family typewriter
 435 echo=FALSE
 436 \family default
 437 を設定して、すべてのRコードを抑制することもできます(既定では、Rコードとその出力は、両方とも\SpecialChar LaTeX
 438 文書中に表示されます)。
 439 \end_layout
 440
 441 \begin_layout Standard
 442 \SpecialChar LyX
 443 でRコードを書くには、まずレイアウト様式一覧(ツールバーの左上端のドロップリスト)から、
 444 \family sans
 445 コード組
 446 \family default
 447 環境に変更するか、あるいは、単に\SpecialChar TeX
 448 コード環境を開いて、Sweaveのコード組を書き込んでください。後者の方法の方が安定していますので、そちらをお勧めします。
 449 \end_layout
 450
 451 \begin_layout Standard
 452 例えば
 453 \family typewriter
 454 width
 455 \family default
 456 や
 457 \family typewriter
 458 useFancyQuotes
 459 \family default
 460 のようなRオプションもSweaveの出力に便利です。前者のオプションは、出力の幅を調整するものであり、後者は引用符に関してよく起こる問題を回避することができます
 461 。詳細については、Rに添付のSweave取扱説明書をお読みください。
 462 \end_layout
 463
 464 \begin_layout Standard
 465 \begin_inset ERT
 466 status open
 467
 468 \begin_layout Plain Layout
 469
 470 <<setup, keep.source=TRUE>>=
 471 \end_layout
 472
 473 \begin_layout Plain Layout
 474
 475 ## オプション「digits」は桁数(の概数)を設定できます
 476 \end_layout
 477
 478 \begin_layout Plain Layout
 479
 480 options(width = 70, useFancyQuotes = FALSE, digits = 4)
 481 \end_layout
 482
 483 \begin_layout Plain Layout
 484
 485 @
 486 \end_layout
 487
 488 \begin_layout Plain Layout
 489
 490 <<sweave-manual, eval=FALSE, keep.source=TRUE>>=
 491 \end_layout
 492
 493 \begin_layout Plain Layout
 494
 495 ## Sweaveのvignetteを見る (要 R >= 2.13.0)
 496 \end_layout
 497
 498 \begin_layout Plain Layout
 499
 500 vignette("Sweave", package = "utils")
 501 \end_layout
 502
 503 \begin_layout Plain Layout
 504
 505 @
 506 \end_layout
 507
 508 \end_inset
 509
 510
 511 \end_layout
 512
 513 \begin_layout Standard
 514 下記は、どのSエンジンでも動作する単純な例です。
 515 \end_layout
 516
 517 \begin_layout Standard
 518 \begin_inset ERT
 519 status open
 520
 521 \begin_layout Plain Layout
 522
 523 <<print-integers, keep.source=TRUE>>=
 524 \end_layout
 525
 526 \begin_layout Plain Layout
 527
 528 ## 1から10までの整数は
 529 \end_layout
 530
 531 \begin_layout Plain Layout
 532
 533 1:10
 534 \end_layout
 535
 536 \begin_layout Plain Layout
 537
 538 @
 539 \end_layout
 540
 541 \begin_layout Plain Layout
 542
 543 <<hide-results, results=hide>>=
 544 \end_layout
 545
 546 \begin_layout Plain Layout
 547
 548 ## results=hide を設定して意図的に出力を隠す
 549 \end_layout
 550
 551 \begin_layout Plain Layout
 552
 553 print(1:20)
 554 \end_layout
 555
 556 \begin_layout Plain Layout
 557
 558 @
 559 \end_layout
 560
 561 \end_inset
 562
 563
 564 \end_layout
 565
 566 \begin_layout Standard
 567 単純な計算機をエミュレートすることもできます。
 568 \end_layout
 569
 570 \begin_layout Standard
 571 \begin_inset ERT
 572 status open
 573
 574 \begin_layout Plain Layout
 575
 576 <<calculator>>=
 577 \end_layout
 578
 579 \begin_layout Plain Layout
 580
 581 1 + pi
 582 \end_layout
 583
 584 \begin_layout Plain Layout
 585
 586 sin(pi/6)
 587 \end_layout
 588
 589 \begin_layout Plain Layout
 590
 591 @
 592 \end_layout
 593
 594 \end_inset
 595
 596
 597 \end_layout
 598
 599 \begin_layout Standard
 600 今度は、ガウシアンデータを見てみましょう。
 601 \end_layout
 602
 603 \begin_layout Standard
 604 \begin_inset ERT
 605 status open
 606
 607 \begin_layout Plain Layout
 608
 609 <<rnorm>>=
 610 \end_layout
 611
 612 \begin_layout Plain Layout
 613
 614 set.seed(123)  # 再現可能性のため
 615 \end_layout
 616
 617 \begin_layout Plain Layout
 618
 619 x <- rnorm(20)
 620 \end_layout
 621
 622 \begin_layout Plain Layout
 623
 624 print(x)
 625 \end_layout
 626
 627 \begin_layout Plain Layout
 628
 629 t1 <- t.test(x)
 630 \end_layout
 631
 632 \begin_layout Plain Layout
 633
 634 @
 635 \end_layout
 636
 637 \end_inset
 638
 639
 640 \end_layout
 641
 642 \begin_layout Standard
 643 数値を標準テキストに簡単に統合させることができます。これは、
 644 \family typewriter
 645
 646 \backslash
 647 Sexpr{}
 648 \family default
 649 コマンドによって行われ、\SpecialChar LyX
 650 中の対応するメニューは
 651 \family sans
 652 挿入\SpecialChar menuseparator
 653 任意設定差込枠\SpecialChar menuseparator
 654 S/R表現
 655 \family default
 656 ですが、\SpecialChar TeX
 657 コードを使うこともできます。例えば、ベクトル
 658 \family typewriter
 659 x
 660 \family default
 661 の第3要素は、
 662 \begin_inset Flex S/R expression
 663 status collapsed
 664
 665 \begin_layout Plain Layout
 666
 667 x[3]
 668 \end_layout
 669
 670 \end_inset
 671
 672  (すなわち
 673 \family typewriter
 674 x[3]
 675 \family default
 676 )であり、検定の
 677 \begin_inset Formula $p$
 678 \end_inset
 679
 680 値は
 681 \begin_inset Flex S/R expression
 682 status collapsed
 683
 684 \begin_layout Plain Layout
 685
 686 format.pval(t1$p.value)
 687 \end_layout
 688
 689 \end_inset
 690
 691 です。これらの数値は、R中で
 692 \emph on
 693 round()
 694 \emph default
 695 のようなコマンドを使うことによって丸めることもできます。
 696 \end_layout
 697
 698 \begin_layout Standard
 699
 700 \family roman
 701 \series medium
 702 \shape up
 703 \size normal
 704 \emph off
 705 \bar no
 706 \noun off
 707 \color none
 708 今度は、
 709 \family typewriter
 710 \series default
 711 \shape default
 712 \size default
 713 \emph default
 714 \bar default
 715 \noun default
 716 \color inherit
 717 iris
 718 \family roman
 719 \series medium
 720 \shape up
 721 \size normal
 722 \emph off
 723 \bar no
 724 \noun off
 725 \color none
 726 データセットの要約を見てみましょう。
 727 \end_layout
 728
 729 \begin_layout Standard
 730 \begin_inset ERT
 731 status open
 732
 733 \begin_layout Plain Layout
 734
 735 <<iris-summary>>=
 736 \end_layout
 737
 738 \begin_layout Plain Layout
 739
 740 summary(iris[,-5])
 741 \end_layout
 742
 743 \begin_layout Plain Layout
 744
 745 @
 746 \end_layout
 747
 748 \end_inset
 749
 750
 751 \end_layout
 752
 753 \begin_layout Standard
 754 \begin_inset Float table
 755 wide false
 756 sideways false
 757 status open
 758
 759 \begin_layout Plain Layout
 760 \begin_inset Caption Standard
 761
 762 \begin_layout Plain Layout
 763
 764 \family typewriter
 765 iris
 766 \family default
 767 データの最初の4変数の分位数
 768 \begin_inset CommandInset label
 769 LatexCommand label
 770 name "tab:xtable-demo"
 771
 772 \end_inset
 773
 774
 775 \end_layout
 776
 777 \end_inset
 778
 779
 780 \end_layout
 781
 782 \begin_layout Plain Layout
 783 \align center
 784 \begin_inset ERT
 785 status open
 786
 787 \begin_layout Plain Layout
 788
 789 \end_layout
 790
 791 \begin_layout Plain Layout
 792
 793 <<xtable-demo,results=tex,echo=FALSE>>=
 794 \end_layout
 795
 796 \begin_layout Plain Layout
 797
 798 if (require('xtable')) {
 799 \end_layout
 800
 801 \begin_layout Plain Layout
 802
 803 print(xtable(sapply(iris[,-5], quantile)), floating=FALSE)
 804 \end_layout
 805
 806 \begin_layout Plain Layout
 807
 808 } else cat('the xtable package is not available! please install.packages("xtable"
 809 )')
 810 \end_layout
 811
 812 \begin_layout Plain Layout
 813
 814 @
 815 \end_layout
 816
 817 \end_inset
 818
 819
 820 \end_layout
 821
 822 \end_inset
 823
 824
 825 \end_layout
 826
 827 \begin_layout Standard
 828 通常、人々はこのような「生の」出力を好みませんので、これらのごちゃごちゃした数字を、
 829 \series bold
 830 xtable
 831 \series default
 832 パッケージを使って綺麗にしてやるといいでしょう。表
 833 \begin_inset CommandInset ref
 834 LatexCommand ref
 835 reference "tab:xtable-demo"
 836
 837 \end_inset
 838
 839 は、Sweaveでの
 840 \series bold
 841 xtable
 842 \series default
 843 パッケージの使い方を示すための例です。コード組のオプション
 844 \family typewriter
 845 results=tex
 846 \family default
 847 は、R出力が、特別な環境(
 848 \family typewriter
 849 Soutput
 850 \family default
 851 )で包まれるのではなく、生の\SpecialChar LaTeX
 852 コードとして書き出されるように保証するためのものです。
 853 \end_layout
 854
 855 \begin_layout Standard
 856 図
 857 \begin_inset CommandInset ref
 858 LatexCommand ref
 859 reference "fig:iris-pairs"
 860
 861 \end_inset
 862
 863 と図
 864 \begin_inset CommandInset ref
 865 LatexCommand ref
 866 reference "fig:iris-boxplots"
 867
 868 \end_inset
 869
 870 は、Sweaveを使って画像を生成する簡単な例です。
 871 \end_layout
 872
 873 \begin_layout Standard
 874 \begin_inset Float figure
 875 wide false
 876 sideways false
 877 status open
 878
 879 \begin_layout Plain Layout
 880 \align center
 881 \begin_inset Note Note
 882 status open
 883
 884 \begin_layout Plain Layout
 885 epsとpdfの両方をtrueにして、latexとpdflatexの両方を動作するようにすることができます。実際には、おそらく一つを選ぶだけでよいでしょう。
 886 \end_layout
 887
 888 \end_inset
 889
 890
 891 \begin_inset ERT
 892 status open
 893
 894 \begin_layout Plain Layout
 895
 896 <<iris-pairs,fig=TRUE,width=4.5,height=4.5,eps=TRUE,pdf=TRUE>>=
 897 \end_layout
 898
 899 \begin_layout Plain Layout
 900
 901 pairs(iris, col = iris$Species)
 902 \end_layout
 903
 904 \begin_layout Plain Layout
 905
 906 @
 907 \end_layout
 908
 909 \end_inset
 910
 911
 912 \end_layout
 913
 914 \begin_layout Plain Layout
 915 \begin_inset Caption Standard
 916
 917 \begin_layout Plain Layout
 918
 919 \family typewriter
 920 iris
 921 \family default
 922 データの散布図マトリックス
 923 \begin_inset CommandInset label
 924 LatexCommand label
 925 name "fig:iris-pairs"
 926
 927 \end_inset
 928
 929
 930 \end_layout
 931
 932 \end_inset
 933
 934
 935 \end_layout
 936
 937 \end_inset
 938
 939
 940 \end_layout
 941
 942 \begin_layout Standard
 943 \begin_inset Float figure
 944 wide false
 945 sideways false
 946 status open
 947
 948 \begin_layout Plain Layout
 949 \align center
 950 \begin_inset ERT
 951 status open
 952
 953 \begin_layout Plain Layout
 954
 955 <<iris-boxplots,fig=TRUE,width=7,height=2,keep.source=F,eps=T,pdf=T>>=
 956 \end_layout
 957
 958 \begin_layout Plain Layout
 959
 960 par(mar=c(4,5,.1,.3), las=1)
 961 \end_layout
 962
 963 \begin_layout Plain Layout
 964
 965 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris,horizontal=TRUE,xlab='Sepal.Length')
 966 \end_layout
 967
 968 \begin_layout Plain Layout
 969
 970 @
 971 \end_layout
 972
 973 \end_inset
 974
 975
 976 \end_layout
 977
 978 \begin_layout Plain Layout
 979 \begin_inset Caption Standard
 980
 981 \begin_layout Plain Layout
 982 種でグループ化された萼片の長さのボックスプロット
 983 \begin_inset CommandInset label
 984 LatexCommand label
 985 name "fig:iris-boxplots"
 986
 987 \end_inset
 988
 989
 990 \end_layout
 991
 992 \end_inset
 993
 994
 995 \end_layout
 996
 997 \end_inset
 998
 999
1000 \end_layout
1001
1002 \begin_layout Standard
1003 Sweave文書中のRコードは、単一のRスクリプトとして書きだすことができますが、これは
1004 \family typewriter
1005 R CMD Stangle
1006 \family default
1007 を使って行われます。
1008 \end_layout
1009
1010 \begin_layout Section
1011
1012 \family sans
1013 Sweave
1014 \family default
1015 モジュール
1016 \end_layout
1017
1018 \begin_layout Standard
1019
1020 \family sans
1021 Sweave
1022 \family default
1023 モジュールは、\SpecialChar LyX
1024 文書が、Rを使った文芸的プログラミングのコンポーネントを含んでいることを宣言しますので、\SpecialChar LyX
1025 は、そのような文書を取り扱う特定の変換子を使って処理します
1026 (取扱説明書カスタマイズ篇参照)。
1027 \family sans
1028 Sweave
1029 \family default
1030 モジュールは、
1031 \family sans
1032 sweave
1033 \family default
1034 変換子を使用しますが、これは、\SpecialChar LyX
1035 の
1036 \family sans
1037 scripts
1038 \family default
1039 ディレクトリ下にあるRスクリプト
1040 \family sans
1041 lyxsweave.R
1042 \family default
1043 が本体になっています。このスクリプトは、\SpecialChar LyX
1044 から
1045 \family sans
1046 Rnw
1047 \family default
1048 文書を受け取り、これを\SpecialChar TeX
1049 文書に変換するためにSweaveを呼び出します。その後の作業は、\SpecialChar LyX
1050 が面倒を見ます。
1051 \end_layout
1052
1053 \begin_layout Standard
1054
1055 \family sans
1056 sweave
1057 \family default
1058 形式から\SpecialChar LaTeX
1059 への変換子は、下記のコマンド行でRを呼び出します。
1060 \end_layout
1061
1062 \begin_layout Standard
1063 \begin_inset ERT
1064 status open
1065
1066 \begin_layout Plain Layout
1067
1068
1069 \backslash
1070 begin{verbatim}
1071 \end_layout
1072
1073 \begin_layout Plain Layout
1074
1075 Rscript --no-save --no-restore $$s/scripts/lyxsweave.R $$p$$i $$p$$o $$e
1076  $$r
1077 \end_layout
1078
1079 \begin_layout Plain Layout
1080
1081
1082 \backslash
1083 end{verbatim}
1084 \end_layout
1085
1086 \end_inset
1087
1088
1089 \end_layout
1090
1091 \begin_layout Standard
1092 \SpecialChar LyX
1093 ライブラリディレクトリ
1094 \family typewriter
1095 $$s
1096 \family default
1097 は、
1098 \family sans
1099 ヘルプ\SpecialChar menuseparator
1100 \SpecialChar LyX
1101 について
1102 \family default
1103 メニューに記載があります。他にRに渡すことのできるオプションは、Rスクリプト中で説明されており、また、\SpecialChar LyX
1104 取扱説明書カスタマイズ篇には、
1105 \family typewriter
1106 $$i
1107 \family default
1108 ・
1109 \family typewriter
1110 $$o
1111 \family default
1112 ・
1113 \family typewriter
1114 $$e
1115 \family default
1116 ・
1117 \family typewriter
1118 $$r
1119 \family default
1120 についての詳しい説明があります。一般ユーザーは、これらの意味について詳しく知る必要はありませんが、ここでは、Rコードにまつわる若干の問題について説明しておく必要
1121 があります。
1122 \end_layout
1123
1124 \begin_layout Enumerate
1125 \SpecialChar LyX
1126 文書のエンコーディングを表す文字列は、Rにコマンドラインオプションとして渡されます。取り得る値は、
1127 \family typewriter
1128 ISO-8859-15
1129 \family default
1130 や
1131 \family typewriter
1132 UTF-8
1133 \family default
1134 などです。エンコーディングは、Rが
1135 \family sans
1136 Rnw
1137 \family default
1138 文書を正しく読むのに使用されます。
1139 \end_layout
1140
1141 \begin_layout Enumerate
1142 Sweave文書内のRコード組は、\SpecialChar LyX
1143 文書のあるディレクトリで実行されます(自信のない場合は、現在の作業ディレクトリがどこかを見るために、コード組に
1144 \family typewriter
1145 getwd()
1146 \family default
1147 を置いてください)。この場合、データファイルは同じディレクトリ下に置くことができ、再現可能性を保証するために、R内部では相対パスを使用してください。すなわち、他
1148 のシステムでは存在しないかもしれない、ハードコードのパスを書く必要はありません。
1149 \end_layout
1150
1151 \begin_layout Enumerate
1152 \SpecialChar LaTeX
1153 が
1154 \family sans
1155 Sweave.sty
1156 \family default
1157 を検出できないと、このRスクリプトが自動的に
1158 \family sans
1159 Sweave.sty
1160 \family default
1161 を一時ディレクトリにコピーし、そこで\SpecialChar LaTeX
1162 コンパイルを実行します。
1163 \end_layout
1164
1165 \begin_layout Enumerate
1166 Sweaveは、既定でRnwファイルのファイル名を、画像出力の接頭辞文字列として使用します。既知の問題の1つ(
1167 \begin_inset CommandInset href
1168 LatexCommand href
1169 name "#7551"
1170 target "http://www.lyx.org/trac/ticket/7551"
1171 literal "false"
1172
1173 \end_inset
1174
1175 )として、ファイル名(拡張子を除く)にピリオドが含まれている場合、\SpecialChar LaTeX
1176 がそのファイルを
1177 \family typewriter
1178
1179 \backslash
1180 includegraphics{}
1181 \family default
1182 で処理する際に失敗しうるということが知られています。したがって、接頭辞の既定値は、すべてのピリオドを「-」で置換したファイル名にしてあります。この問題は、Swe
1183 aveで直接的に解決することもができます。Sweaveオプションの
1184 \family typewriter
1185 prefix.string
1186 \family default
1187 を、ピリオドを含まない文字列に設定すると、このオプションが既定値を上書きします。
1188 \end_layout
1189
1190 \begin_layout Standard
1191 Sweaveパッケージには、事前に
1192 \family typewriter
1193 noae
1194 \family default
1195 オプションが設定されています。このオプションは、Sweaveが下記の2つのパッケージを読み込んでしまうのを防ぎます。
1196 \end_layout
1197
1198 \begin_layout Standard
1199 \begin_inset ERT
1200 status open
1201
1202 \begin_layout Plain Layout
1203
1204
1205 \backslash
1206 begin{verbatim}
1207 \end_layout
1208
1209 \begin_layout Plain Layout
1210
1211
1212 \backslash
1213 RequirePackage[T1]{fontenc}
1214 \end_layout
1215
1216 \begin_layout Plain Layout
1217
1218
1219 \backslash
1220 RequirePackage{ae}
1221 \end_layout
1222
1223 \begin_layout Plain Layout
1224
1225
1226 \backslash
1227 end{verbatim}
1228 \end_layout
1229
1230 \end_inset
1231
1232
1233 \end_layout
1234
1235 \begin_layout Standard
1236 \SpecialChar LyX
1237 は、既定でフォントエンコーディングを取り扱うことができるので、Sweaveにこれをやってもらう必要はないのです(その上、これはパッケージオプションの衝突をもたら
1238 す可能性があります)。一方、ユーザーは、必要ならばプリアンブルで
1239 \series bold
1240 ae
1241 \series default
1242 パッケージを手動で読み込ませることができます。
1243 \end_layout
1244
1245 \begin_layout Section
1246 問題の解決法
1247 \end_layout
1248
1249 \begin_layout Standard
1250 \SpecialChar LyX
1251  2.0以降、コンパイル中の詳細な情報を、
1252 \family sans
1253 表示\SpecialChar menuseparator
1254 メッセージを表示
1255 \family default
1256 で見ることができるようになりました。これは、問題の解決に非常に役に立ちます。Rの処理は、メッセージパネルに表示され、エラーが発生した場合には、どのコード組がおか
1257 しいのか知ることができます。例えば、この文書をコンパイルする時、以下のようなメッセージを見ることができるでしょう。
1258 \end_layout
1259
1260 \begin_layout Standard
1261 \begin_inset ERT
1262 status open
1263
1264 \begin_layout Plain Layout
1265
1266
1267 \backslash
1268 begin{verbatim}
1269 \end_layout
1270
1271 \begin_layout Plain Layout
1272
1273 17:58:47.868: Processing code chunks with options ...
1274 \end_layout
1275
1276 \begin_layout Plain Layout
1277
1278 17:58:47.885:  1 : echo keep.source term verbatim (label=setup)
1279 \end_layout
1280
1281 \begin_layout Plain Layout
1282
1283 17:58:47.889:  2 : echo keep.source (label=sweave-manual)
1284 \end_layout
1285
1286 \begin_layout Plain Layout
1287
1288 17:58:47.908:  3 : echo keep.source term verbatim (label=print-integers)
1289 \end_layout
1290
1291 \begin_layout Plain Layout
1292
1293 ....
1294 \end_layout
1295
1296 \begin_layout Plain Layout
1297
1298 17:58:47.941: Loading required package: xtable
1299 \end_layout
1300
1301 \begin_layout Plain Layout
1302
1303 17:58:47.976:  9 : echo term verbatim pdf (label=iris-pairs)
1304 \end_layout
1305
1306 \begin_layout Plain Layout
1307
1308 ....
1309 \end_layout
1310
1311 \begin_layout Plain Layout
1312
1313 17:58:48.116: You can now run (pdf)latex on 'sweave.tex'
1314 \end_layout
1315
1316 \begin_layout Plain Layout
1317
1318
1319 \backslash
1320 end{verbatim}
1321 \end_layout
1322
1323 \end_inset
1324
1325
1326 \end_layout
1327
1328 \begin_layout Standard
1329
1330 \family typewriter
1331 label=
1332 \family default
1333 の後の文字列が、コード組のラベルを示します。コード組のどれかがRでエラーを起こせば、即座にここにエラーメッセージを見ることができます。
1334 \end_layout
1335
1336 \begin_layout Standard
1337 もうひとつ知られている問題点は、\SpecialChar LyX
1338 中でコード組段落の配置に(
1339 \family sans
1340 段落設定
1341 \family default
1342 を使用して)手を加えた場合、\SpecialChar LyX
1343 は、改行しないでコード組の前に
1344 \family typewriter
1345
1346 \backslash
1347 centering{}
1348 \family default
1349 のようなマクロを書き加えてしまうことがあるので、Sweaveコード組がエラーを起こす場合があるという事です。この場合のコード組は、下記のようになってしまいます。
1350 \end_layout
1351
1352 \begin_layout Standard
1353 \begin_inset ERT
1354 status open
1355
1356 \begin_layout Plain Layout
1357
1358
1359 \backslash
1360 begin{verbatim}
1361 \end_layout
1362
1363 \begin_layout Plain Layout
1364
1365
1366 \backslash
1367 centering{}<<xtable-demo,results=tex,echo=FALSE>>=
1368 \end_layout
1369
1370 \begin_layout Plain Layout
1371
1372
1373 \backslash
1374 end{verbatim}
1375 \end_layout
1376
1377 \end_inset
1378
1379
1380 \end_layout
1381
1382 \begin_layout Standard
1383
1384 \family typewriter
1385 <<>>=
1386 \family default
1387 は行頭すぐに置かれなくてはならないため、これは正しいSweaveコードではありません。したがって、コード組段落の配置に手を加える場合には、
1388 \family sans
1389 表示\SpecialChar menuseparator
1390 ソースを表示
1391 \family default
1392 で、実際のソースコードを再確認し、
1393 \family typewriter
1394 <<>>=
1395 \family default
1396 が改行後に現れるようにすることをお勧めします。表
1397 \begin_inset CommandInset ref
1398 LatexCommand ref
1399 reference "tab:xtable-demo"
1400
1401 \end_inset
1402
1403 のコード組に手動で空行が追加されているのは、このためです。
1404 \end_layout
1405
1406 \begin_layout Section
1407 リソース
1408 \end_layout
1409
1410 \begin_layout Standard
1411 Sweaveのホームページは、
1412 \begin_inset Flex URL
1413 status collapsed
1414
1415 \begin_layout Plain Layout
1416
1417 http://www.stat.uni-muenchen.de/~leisch/Sweave/
1418 \end_layout
1419
1420 \end_inset
1421
1422 にあります。 The CRAN task view on 「Reproducible Research」にあるCRANタスクビューには、便利と思われるSweav
1423 e関連パッケージの一覧があります。
1424 \begin_inset Flex URL
1425 status collapsed
1426
1427 \begin_layout Plain Layout
1428
1429 http://cran.r-project.org/web/views/ReproducibleResearch.html
1430 \end_layout
1431
1432 \end_inset
1433
1434 をご覧ください。\SpecialChar LyX
1435 とSweaveに関する質問は、\SpecialChar LyX
1436 メーリングリスト(
1437 \begin_inset Flex URL
1438 status collapsed
1439
1440 \begin_layout Plain Layout
1441
1442 http://www.lyx.org/MailingLists
1443 \end_layout
1444
1445 \end_inset
1446
1447 )に投稿してください。さらに多くの\SpecialChar LyX
1448 の用例は、
1449 \begin_inset Flex URL
1450 status collapsed
1451
1452 \begin_layout Plain Layout
1453
1454 https://github.com/yihui/lyx
1455 \end_layout
1456
1457 \end_inset
1458
1459 にあります。
1460 \end_layout
1461
1462 \begin_layout Section
1463 FAQ
1464 \end_layout
1465
1466 \begin_layout Subsection
1467 Sweaveをbeamerで使うにはどうすればよいでしょうか
1468 \end_layout
1469
1470 \begin_layout Standard
1471 beamerのスライドでSweaveを使うと、\SpecialChar LyX
1472 では\SpecialChar LaTeX
1473 エラーが発生します。その原因は、生のRコードを含むbeamerフレームのせいです。これを解決するには、通常のフ
1474 レームの代わりに脆弱フレームを使うか、フレーム表題に
1475 \family sans
1476 挿入\SpecialChar menuseparator
1477 フレームオプション
1478 \family default
1479 を使って、
1480 \family typewriter
1481 fragile
1482 \family default
1483 オプションを渡します。
1484 \end_layout
1485
1486 \begin_layout Subsection
1487 Rnw文書をコンパイルするためのRスクリプトを書いてもいいですか
1488 \end_layout
1489
1490 \begin_layout Standard
1491 もちろんです。まず、前述のRスクリプト
1492 \family typewriter
1493 $$s
1494 \family sans
1495 /scripts/lyxsweave.R
1496 \family default
1497 がどのように動作するかを理解する必要がありますので、できればそのRソースコードを読むことをお勧めします(特に、Rがパスをどのように取得し、Rnw文書を取り扱うの
1498 に
1499 \emph on
1500 Sweave()
1501 \emph default
1502 をどのように使っているかを見てください)。その後、カスタマイズした
1503 \family sans
1504 lyxsweave.R
1505 \family default
1506 をあなたの
1507 \emph on
1508 ユーザーディレクトリ
1509 \emph default
1510 (ヘルプ\SpecialChar menuseparator
1511 \SpecialChar LyX
1512 についてでチェックできます)の
1513 \family sans
1514 scripts
1515 \family default
1516 ディレクトリ下に置いてください。\SpecialChar LyX
1517 は自身の
1518 \emph on
1519 ライブラリディレクトリ
1520 \emph default
1521 を見に行く前に
1522 \emph on
1523 ユーザーディレクトリ
1524 \emph default
1525 をチェックしますので、Rスクリプト
1526 \family sans
1527 lyxsweave.R
1528 \family default
1529 がユーザーディレクトリで検出されれば、それが使用されます。\SpecialChar LyX
1530 ライブラリディレクトリ下にあるスクリプトを直接ハックしてしまうと、\SpecialChar LyX
1531 更新時に修正したスクリプトが上書きさ
1532 れてしまいます(ユーザーディレクトリは影響を受けません)ので、お勧めしません。
1533 \end_layout
1534
1535 \begin_layout Standard
1536 なお、Rの公式Sweaveの他に、Sweaveの代替ツールである
1537 \series bold
1538 knitr
1539 \series default
1540 パッケージもサポートされており、対応するモジュール名は
1541 \family sans
1542 Rnw (knitr)
1543 \family default
1544 となっています。
1545 \end_layout
1546
1547 \end_body
1548 \end_document