lib/examples/ja/sweave.lyx

   1 #LyX 2.3 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 544
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \save_transient_properties true
   6 \origin /systemlyxdir/examples/ja/
   7 \textclass jarticle
   8 \begin_preamble
   9 %% maxwidth is the original width if it's less than linewidth
  10 %% otherwise use linewidth (to make sure the graphics do not exceed the margin)
  11 \def\maxwidth{%
  12 \ifdim\Gin@nat@width>\linewidth
  13 \linewidth
  14 \else
  15 \Gin@nat@width
  16 \fi
  17 }
  18 \end_preamble
  19 \options nogin
  20 \use_default_options true
  21 \begin_modules
  22 sweave
  23 \end_modules
  24 \maintain_unincluded_children false
  25 \language japanese
  26 \language_package none
  27 \inputencoding utf8-platex
  28 \fontencoding global
  29 \font_roman "palatino" "default"
  30 \font_sans "lmss" "default"
  31 \font_typewriter "lmtt" "default"
  32 \font_math "auto" "auto"
  33 \font_default_family default
  34 \use_non_tex_fonts false
  35 \font_sc false
  36 \font_osf false
  37 \font_sf_scale 100 100
  38 \font_tt_scale 100 100
  39 \use_microtype false
  40 \use_dash_ligatures false
  41 \graphics default
  42 \default_output_format default
  43 \output_sync 0
  44 \bibtex_command default
  45 \index_command default
  46 \paperfontsize default
  47 \spacing single
  48 \use_hyperref false
  49 \papersize default
  50 \use_geometry true
  51 \use_package amsmath 1
  52 \use_package amssymb 1
  53 \use_package cancel 1
  54 \use_package esint 1
  55 \use_package mathdots 1
  56 \use_package mathtools 1
  57 \use_package mhchem 1
  58 \use_package stackrel 1
  59 \use_package stmaryrd 1
  60 \use_package undertilde 1
  61 \cite_engine basic
  62 \cite_engine_type default
  63 \biblio_style plain
  64 \use_bibtopic false
  65 \use_indices false
  66 \paperorientation portrait
  67 \suppress_date false
  68 \justification true
  69 \use_refstyle 0
  70 \use_minted 0
  71 \index Index
  72 \shortcut idx
  73 \color #008000
  74 \end_index
  75 \leftmargin 3cm
  76 \topmargin 3cm
  77 \rightmargin 3cm
  78 \bottommargin 3cm
  79 \secnumdepth 3
  80 \tocdepth 3
  81 \paragraph_separation indent
  82 \paragraph_indentation default
  83 \is_math_indent 0
  84 \math_numbering_side default
  85 \quotes_style english
  86 \dynamic_quotes 0
  87 \papercolumns 1
  88 \papersides 1
  89 \paperpagestyle default
  90 \tracking_changes false
  91 \output_changes false
  92 \html_math_output 0
  93 \html_css_as_file 0
  94 \html_be_strict false
  95 \end_header
  96
  97 \begin_body
  98
  99 \begin_layout Standard
 100 \begin_inset ERT
 101 status open
 102
 103 \begin_layout Plain Layout
 104
 105 %
 106 \backslash
 107 SweaveOpts{prefix=TRUE,prefix.string=sweave-prefix,keep.source=FALSE}
 108 \end_layout
 109
 110 \end_inset
 111
 112
 113 \end_layout
 114
 115 \begin_layout Standard
 116 \begin_inset ERT
 117 status open
 118
 119 \begin_layout Plain Layout
 120
 121 %%
 122 \backslash
 123 maxwidth はプリアンブル中で定義されています。文書設定をご覧ください。
 124 \end_layout
 125
 126 \begin_layout Plain Layout
 127
 128
 129 \backslash
 130 setkeys{Gin}{width=
 131 \backslash
 132 maxwidth}
 133 \end_layout
 134
 135 \end_inset
 136
 137
 138 \end_layout
 139
 140 \begin_layout Title
 141 \SpecialChar LyX
 142 でSweaveを使うには
 143 \end_layout
 144
 145 \begin_layout Author
 146 Yihui Xie
 147 \begin_inset Foot
 148 status collapsed
 149
 150 \begin_layout Plain Layout
 151 アイオワ州立大学統計学部、電子メール:
 152 \begin_inset CommandInset href
 153 LatexCommand href
 154 name "xie@yihui.name"
 155 target "xie@yihui.name"
 156 type "mailto:"
 157 literal "false"
 158
 159 \end_inset
 160
 161
 162 \end_layout
 163
 164 \end_inset
 165
 166
 167 \begin_inset ERT
 168 status collapsed
 169
 170 \begin_layout Plain Layout
 171
 172
 173 \backslash
 174 and
 175 \end_layout
 176
 177 \end_inset
 178
 179  Gregor Gorjanc
 180 \begin_inset ERT
 181 status collapsed
 182
 183 \begin_layout Plain Layout
 184
 185
 186 \backslash
 187 and
 188 \end_layout
 189
 190 \end_inset
 191
 192  Jean-Marc Lasgouttes
 193 \end_layout
 194
 195 \begin_layout Standard
 196 Sweaveは、文芸的プログラミングの考えに従った、動的なレポート生成するための、R言語(
 197 \begin_inset Flex URL
 198 status collapsed
 199
 200 \begin_layout Plain Layout
 201
 202 http://www.r-project.org
 203 \end_layout
 204
 205 \end_inset
 206
 207 )ツールです。Rコードは、\SpecialChar LaTeX
 208 文書の中で混用することができ、文書がコンパイルされるときにRで実行されます。結果は、\SpecialChar TeX
 209 出力内に書きこまれます。
 210 \end_layout
 211
 212 \begin_layout Standard
 213 \SpecialChar LyX
 214  2.0以降では、
 215 \family sans
 216 Sweave
 217 \family default
 218 モジュールを使えば、どの文書クラスでもSweaveをそのまま使うことができます。
 219 \family sans
 220 Sweave
 221 \family default
 222 モジュールを文書に加えるには、
 223 \family sans
 224 文書\SpecialChar menuseparator
 225 設定\SpecialChar menuseparator
 226 モジュール
 227 \family default
 228 を使用します。この説明書では、Sweaveでよく使われる機能をいくつか紹介し、本モジュールがどう動作するかを説明します。この説明書のPDF版は、
 229 \begin_inset Flex URL
 230 status collapsed
 231
 232 \begin_layout Plain Layout
 233
 234 https://github.com/downloads/yihui/lyx/sweave.pdf
 235 \end_layout
 236
 237 \end_inset
 238
 239 にあります。
 240 \end_layout
 241
 242 \begin_layout Section
 243 システム要件
 244 \end_layout
 245
 246 \begin_layout Standard
 247
 248 \family sans
 249 Sweave
 250 \family default
 251 モジュールは、実行ファイル
 252 \family typewriter
 253 Rscript
 254 \family default
 255 に依存しますので、このファイルが、システムの
 256 \family sans
 257 PATH
 258 \family default
 259 変数に含まれるパスになくてはなりません。これは、LinuxやMac OSユーザーには大した問題とならないでしょうが、Windowsユーザーには混乱を招くかもしれ
 260 ません。Windowsにおける
 261 \family sans
 262 PATH
 263 \family default
 264 が何かわからない場合には、R言語のリポジトリ
 265 \begin_inset Flex URL
 266 status collapsed
 267
 268 \begin_layout Plain Layout
 269
 270 https://github.com/yihui/lyx
 271 \end_layout
 272
 273 \end_inset
 274
 275 にあるRスクリプト
 276 \family sans
 277 add-R-path-win.R
 278 \family default
 279 を使って、パスを自動的に変更するか(推奨はできません。何にせよ
 280 \family sans
 281 PATH
 282 \family default
 283 が何かくらいは勉強すべきです)、あるいは
 284 \family sans
 285 ツール\SpecialChar menuseparator
 286 設定\SpecialChar menuseparator
 287 パス\SpecialChar menuseparator
 288 パス接頭辞
 289 \family default
 290 からRのバイナリパスを追加することができます(推奨)。後者の場合、大抵
 291 \family sans
 292 C:
 293 \backslash
 294 Program Files
 295 \backslash
 296 R
 297 \backslash
 298 R-x.x.x
 299 \backslash
 300 bin
 301 \family default
 302 のような形をしており、R内で下記のようにして確認することができます。
 303 \end_layout
 304
 305 \begin_layout Standard
 306 \begin_inset ERT
 307 status open
 308
 309 \begin_layout Plain Layout
 310
 311 <<where-is-R-bin,eval=FALSE>>=
 312 \end_layout
 313
 314 \begin_layout Plain Layout
 315
 316 R.home('bin')
 317 \end_layout
 318
 319 \begin_layout Plain Layout
 320
 321 @
 322 \end_layout
 323
 324 \end_inset
 325
 326
 327 \end_layout
 328
 329 \begin_layout Standard
 330 これらの変更を加えた後、
 331 \family sans
 332 ツール\SpecialChar menuseparator
 333 再初期設定
 334 \family default
 335 を使って、\SpecialChar LyX
 336 の再設定を行う必要があります。
 337 \family typewriter
 338 Rscript
 339 \family default
 340 が
 341 \family sans
 342 PATH
 343 \family default
 344 にない場合、
 345 \family sans
 346 Sweave
 347 \family default
 348 モジュールを使うことはできません。Sweaveの更新は続いていますので、最新版のRを使用することをお勧めします。Rに同梱され、このパス下にある(CTANにはあり
 349 ません)\SpecialChar LaTeX
 350 スタイルファイル
 351 \family sans
 352 Sweave.sty
 353 \family default
 354 によって、下記のように依存関係が追加されます。
 355 \end_layout
 356
 357 \begin_layout Standard
 358 \begin_inset ERT
 359 status open
 360
 361 \begin_layout Plain Layout
 362
 363 <<sweave-sty,eval=FALSE>>=
 364 \end_layout
 365
 366 \begin_layout Plain Layout
 367
 368 file.path(R.home('share'), 'texmf', 'tex', 'latex')
 369 \end_layout
 370
 371 \begin_layout Plain Layout
 372
 373 @
 374 \end_layout
 375
 376 \end_inset
 377
 378
 379 \end_layout
 380
 381 \begin_layout Standard
 382 Mik\SpecialChar TeX
 383 ユーザーは、Mik\SpecialChar TeX
 384 の設定で、Mik\SpecialChar TeX
 385 のルートディレクトリ一覧にtexmfディレクトリも追加したほうが良いかもしれません。また、
 386 \family sans
 387 Sweave.sty
 388 \family default
 389 は
 390 \series bold
 391 fancyvrb
 392 \series default
 393 パッケージに依存しており、
 394 \series bold
 395 ae
 396 \series default
 397 に依存する
 398 \emph on
 399 ことも
 400 \emph default
 401 あります。\SpecialChar LyX
 402 が
 403 \family sans
 404 Sweave.sty
 405 \family default
 406 を検出できないときは、直接Rからコピーしますので、このスタイルファイルがどこにあるかわからない場合でも、Sweaveモジュールは動作します。
 407 \end_layout
 408
 409 \begin_layout Section
 410 Sweaveの用例
 411 \end_layout
 412
 413 \begin_layout Standard
 414 Sweave文書を書く前に、Sweaveオプションを設定しましょう。Sweaveの設定コマンドは
 415 \family typewriter
 416
 417 \backslash
 418 SweaveOpts{}
 419 \family default
 420 ですが、これは、\SpecialChar LyX
 421 文書中で、
 422 \family sans
 423 挿入\SpecialChar menuseparator
 424 任意設定差込枠\SpecialChar menuseparator
 425 Sweaveオプション
 426 \family default
 427 か、\SpecialChar TeX
 428 コードで書く(
 429 \family sans
 430 挿入\SpecialChar menuseparator
 431 \SpecialChar TeX
 432 コード
 433 \family default
 434 )ことで挿入することができます。例えば、文頭で大域オプション
 435 \family typewriter
 436 echo=FALSE
 437 \family default
 438 を設定して、すべてのRコードを抑制することもできます(既定では、Rコードとその出力は、両方とも\SpecialChar LaTeX
 439 文書中に表示されます)。
 440 \end_layout
 441
 442 \begin_layout Standard
 443 \SpecialChar LyX
 444 でRコードを書くには、まずレイアウト様式一覧(ツールバーの左上端のドロップリスト)から、
 445 \family sans
 446 コード組
 447 \family default
 448 環境に変更するか、あるいは、単に\SpecialChar TeX
 449 コード環境を開いて、Sweaveのコード組を書き込んでください。後者の方法の方が安定していますので、そちらをお勧めします。
 450 \end_layout
 451
 452 \begin_layout Standard
 453 例えば
 454 \family typewriter
 455 width
 456 \family default
 457 や
 458 \family typewriter
 459 useFancyQuotes
 460 \family default
 461 のようなRオプションもSweaveの出力に便利です。前者のオプションは、出力の幅を調整するものであり、後者は引用符に関してよく起こる問題を回避することができます
 462 。詳細については、Rに添付のSweave取扱説明書をお読みください。
 463 \end_layout
 464
 465 \begin_layout Standard
 466 \begin_inset ERT
 467 status open
 468
 469 \begin_layout Plain Layout
 470
 471 <<setup, keep.source=TRUE>>=
 472 \end_layout
 473
 474 \begin_layout Plain Layout
 475
 476 ## オプション「digits」は桁数(の概数)を設定できます
 477 \end_layout
 478
 479 \begin_layout Plain Layout
 480
 481 options(width = 70, useFancyQuotes = FALSE, digits = 4)
 482 \end_layout
 483
 484 \begin_layout Plain Layout
 485
 486 @
 487 \end_layout
 488
 489 \begin_layout Plain Layout
 490
 491 <<sweave-manual, eval=FALSE, keep.source=TRUE>>=
 492 \end_layout
 493
 494 \begin_layout Plain Layout
 495
 496 ## Sweaveのvignetteを見る (要 R >= 2.13.0)
 497 \end_layout
 498
 499 \begin_layout Plain Layout
 500
 501 vignette("Sweave", package = "utils")
 502 \end_layout
 503
 504 \begin_layout Plain Layout
 505
 506 @
 507 \end_layout
 508
 509 \end_inset
 510
 511
 512 \end_layout
 513
 514 \begin_layout Standard
 515 下記は、どのSエンジンでも動作する単純な例です。
 516 \end_layout
 517
 518 \begin_layout Standard
 519 \begin_inset ERT
 520 status open
 521
 522 \begin_layout Plain Layout
 523
 524 <<print-integers, keep.source=TRUE>>=
 525 \end_layout
 526
 527 \begin_layout Plain Layout
 528
 529 ## 1から10までの整数は
 530 \end_layout
 531
 532 \begin_layout Plain Layout
 533
 534 1:10
 535 \end_layout
 536
 537 \begin_layout Plain Layout
 538
 539 @
 540 \end_layout
 541
 542 \begin_layout Plain Layout
 543
 544 <<hide-results, results=hide>>=
 545 \end_layout
 546
 547 \begin_layout Plain Layout
 548
 549 ## results=hide を設定して意図的に出力を隠す
 550 \end_layout
 551
 552 \begin_layout Plain Layout
 553
 554 print(1:20)
 555 \end_layout
 556
 557 \begin_layout Plain Layout
 558
 559 @
 560 \end_layout
 561
 562 \end_inset
 563
 564
 565 \end_layout
 566
 567 \begin_layout Standard
 568 単純な計算機をエミュレートすることもできます。
 569 \end_layout
 570
 571 \begin_layout Standard
 572 \begin_inset ERT
 573 status open
 574
 575 \begin_layout Plain Layout
 576
 577 <<calculator>>=
 578 \end_layout
 579
 580 \begin_layout Plain Layout
 581
 582 1 + pi
 583 \end_layout
 584
 585 \begin_layout Plain Layout
 586
 587 sin(pi/6)
 588 \end_layout
 589
 590 \begin_layout Plain Layout
 591
 592 @
 593 \end_layout
 594
 595 \end_inset
 596
 597
 598 \end_layout
 599
 600 \begin_layout Standard
 601 今度は、ガウシアンデータを見てみましょう。
 602 \end_layout
 603
 604 \begin_layout Standard
 605 \begin_inset ERT
 606 status open
 607
 608 \begin_layout Plain Layout
 609
 610 <<rnorm>>=
 611 \end_layout
 612
 613 \begin_layout Plain Layout
 614
 615 set.seed(123)  # 再現可能性のため
 616 \end_layout
 617
 618 \begin_layout Plain Layout
 619
 620 x <- rnorm(20)
 621 \end_layout
 622
 623 \begin_layout Plain Layout
 624
 625 print(x)
 626 \end_layout
 627
 628 \begin_layout Plain Layout
 629
 630 t1 <- t.test(x)
 631 \end_layout
 632
 633 \begin_layout Plain Layout
 634
 635 @
 636 \end_layout
 637
 638 \end_inset
 639
 640
 641 \end_layout
 642
 643 \begin_layout Standard
 644 数値を標準テキストに簡単に統合させることができます。これは、
 645 \family typewriter
 646
 647 \backslash
 648 Sexpr{}
 649 \family default
 650 コマンドによって行われ、\SpecialChar LyX
 651 中の対応するメニューは
 652 \family sans
 653 挿入\SpecialChar menuseparator
 654 任意設定差込枠\SpecialChar menuseparator
 655 S/R表現
 656 \family default
 657 ですが、\SpecialChar TeX
 658 コードを使うこともできます。例えば、ベクトル
 659 \family typewriter
 660 x
 661 \family default
 662 の第3要素は、
 663 \begin_inset Flex S/R expression
 664 status collapsed
 665
 666 \begin_layout Plain Layout
 667
 668 x[3]
 669 \end_layout
 670
 671 \end_inset
 672
 673  (すなわち
 674 \family typewriter
 675 x[3]
 676 \family default
 677 )であり、検定の
 678 \begin_inset Formula $p$
 679 \end_inset
 680
 681 値は
 682 \begin_inset Flex S/R expression
 683 status collapsed
 684
 685 \begin_layout Plain Layout
 686
 687 format.pval(t1$p.value)
 688 \end_layout
 689
 690 \end_inset
 691
 692 です。これらの数値は、R中で
 693 \emph on
 694 round()
 695 \emph default
 696 のようなコマンドを使うことによって丸めることもできます。
 697 \end_layout
 698
 699 \begin_layout Standard
 700
 701 \family roman
 702 \series medium
 703 \shape up
 704 \size normal
 705 \emph off
 706 \bar no
 707 \noun off
 708 \color none
 709 今度は、
 710 \family typewriter
 711 \series default
 712 \shape default
 713 \size default
 714 \emph default
 715 \bar default
 716 \noun default
 717 \color inherit
 718 iris
 719 \family roman
 720 \series medium
 721 \shape up
 722 \size normal
 723 \emph off
 724 \bar no
 725 \noun off
 726 \color none
 727 データセットの要約を見てみましょう。
 728 \end_layout
 729
 730 \begin_layout Standard
 731 \begin_inset ERT
 732 status open
 733
 734 \begin_layout Plain Layout
 735
 736 <<iris-summary>>=
 737 \end_layout
 738
 739 \begin_layout Plain Layout
 740
 741 summary(iris[,-5])
 742 \end_layout
 743
 744 \begin_layout Plain Layout
 745
 746 @
 747 \end_layout
 748
 749 \end_inset
 750
 751
 752 \end_layout
 753
 754 \begin_layout Standard
 755 \begin_inset Float table
 756 wide false
 757 sideways false
 758 status open
 759
 760 \begin_layout Plain Layout
 761 \begin_inset Caption Standard
 762
 763 \begin_layout Plain Layout
 764
 765 \family typewriter
 766 iris
 767 \family default
 768 データの最初の4変数の分位数
 769 \begin_inset CommandInset label
 770 LatexCommand label
 771 name "tab:xtable-demo"
 772
 773 \end_inset
 774
 775
 776 \end_layout
 777
 778 \end_inset
 779
 780
 781 \end_layout
 782
 783 \begin_layout Plain Layout
 784 \align center
 785 \begin_inset ERT
 786 status open
 787
 788 \begin_layout Plain Layout
 789
 790 \end_layout
 791
 792 \begin_layout Plain Layout
 793
 794 <<xtable-demo,results=tex,echo=FALSE>>=
 795 \end_layout
 796
 797 \begin_layout Plain Layout
 798
 799 if (require('xtable')) {
 800 \end_layout
 801
 802 \begin_layout Plain Layout
 803
 804 print(xtable(sapply(iris[,-5], quantile)), floating=FALSE)
 805 \end_layout
 806
 807 \begin_layout Plain Layout
 808
 809 } else cat('the xtable package is not available! please install.packages("xtable"
 810 )')
 811 \end_layout
 812
 813 \begin_layout Plain Layout
 814
 815 @
 816 \end_layout
 817
 818 \end_inset
 819
 820
 821 \end_layout
 822
 823 \end_inset
 824
 825
 826 \end_layout
 827
 828 \begin_layout Standard
 829 通常、人々はこのような「生の」出力を好みませんので、これらのごちゃごちゃした数字を、
 830 \series bold
 831 xtable
 832 \series default
 833 パッケージを使って綺麗にしてやるといいでしょう。表
 834 \begin_inset CommandInset ref
 835 LatexCommand ref
 836 reference "tab:xtable-demo"
 837
 838 \end_inset
 839
 840 は、Sweaveでの
 841 \series bold
 842 xtable
 843 \series default
 844 パッケージの使い方を示すための例です。コード組のオプション
 845 \family typewriter
 846 results=tex
 847 \family default
 848 は、R出力が、特別な環境(
 849 \family typewriter
 850 Soutput
 851 \family default
 852 )で包まれるのではなく、生の\SpecialChar LaTeX
 853 コードとして書き出されるように保証するためのものです。
 854 \end_layout
 855
 856 \begin_layout Standard
 857 図
 858 \begin_inset CommandInset ref
 859 LatexCommand ref
 860 reference "fig:iris-pairs"
 861
 862 \end_inset
 863
 864 と図
 865 \begin_inset CommandInset ref
 866 LatexCommand ref
 867 reference "fig:iris-boxplots"
 868
 869 \end_inset
 870
 871 は、Sweaveを使って画像を生成する簡単な例です。
 872 \end_layout
 873
 874 \begin_layout Standard
 875 \begin_inset Float figure
 876 wide false
 877 sideways false
 878 status open
 879
 880 \begin_layout Plain Layout
 881 \align center
 882 \begin_inset Note Note
 883 status open
 884
 885 \begin_layout Plain Layout
 886 epsとpdfの両方をtrueにして、latexとpdflatexの両方を動作するようにすることができます。実際には、おそらく一つを選ぶだけでよいでしょう。
 887 \end_layout
 888
 889 \end_inset
 890
 891
 892 \begin_inset ERT
 893 status open
 894
 895 \begin_layout Plain Layout
 896
 897 <<iris-pairs,fig=TRUE,width=4.5,height=4.5,eps=TRUE,pdf=TRUE>>=
 898 \end_layout
 899
 900 \begin_layout Plain Layout
 901
 902 pairs(iris, col = iris$Species)
 903 \end_layout
 904
 905 \begin_layout Plain Layout
 906
 907 @
 908 \end_layout
 909
 910 \end_inset
 911
 912
 913 \end_layout
 914
 915 \begin_layout Plain Layout
 916 \begin_inset Caption Standard
 917
 918 \begin_layout Plain Layout
 919
 920 \family typewriter
 921 iris
 922 \family default
 923 データの散布図マトリックス
 924 \begin_inset CommandInset label
 925 LatexCommand label
 926 name "fig:iris-pairs"
 927
 928 \end_inset
 929
 930
 931 \end_layout
 932
 933 \end_inset
 934
 935
 936 \end_layout
 937
 938 \end_inset
 939
 940
 941 \end_layout
 942
 943 \begin_layout Standard
 944 \begin_inset Float figure
 945 wide false
 946 sideways false
 947 status open
 948
 949 \begin_layout Plain Layout
 950 \align center
 951 \begin_inset ERT
 952 status open
 953
 954 \begin_layout Plain Layout
 955
 956 <<iris-boxplots,fig=TRUE,width=7,height=2,keep.source=F,eps=T,pdf=T>>=
 957 \end_layout
 958
 959 \begin_layout Plain Layout
 960
 961 par(mar=c(4,5,.1,.3), las=1)
 962 \end_layout
 963
 964 \begin_layout Plain Layout
 965
 966 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris,horizontal=TRUE,xlab='Sepal.Length')
 967 \end_layout
 968
 969 \begin_layout Plain Layout
 970
 971 @
 972 \end_layout
 973
 974 \end_inset
 975
 976
 977 \end_layout
 978
 979 \begin_layout Plain Layout
 980 \begin_inset Caption Standard
 981
 982 \begin_layout Plain Layout
 983 種でグループ化された萼片の長さのボックスプロット
 984 \begin_inset CommandInset label
 985 LatexCommand label
 986 name "fig:iris-boxplots"
 987
 988 \end_inset
 989
 990
 991 \end_layout
 992
 993 \end_inset
 994
 995
 996 \end_layout
 997
 998 \end_inset
 999
1000
1001 \end_layout
1002
1003 \begin_layout Standard
1004 Sweave文書中のRコードは、単一のRスクリプトとして書きだすことができますが、これは
1005 \family typewriter
1006 R CMD Stangle
1007 \family default
1008 を使って行われます。
1009 \end_layout
1010
1011 \begin_layout Section
1012
1013 \family sans
1014 Sweave
1015 \family default
1016 モジュール
1017 \end_layout
1018
1019 \begin_layout Standard
1020
1021 \family sans
1022 Sweave
1023 \family default
1024 モジュールは、\SpecialChar LyX
1025 文書が、Rを使った文芸的プログラミングのコンポーネントを含んでいることを宣言しますので、\SpecialChar LyX
1026 は、そのような文書を取り扱う特定の変換子を使って処理します
1027 (取扱説明書カスタマイズ篇参照)。
1028 \family sans
1029 Sweave
1030 \family default
1031 モジュールは、
1032 \family sans
1033 sweave
1034 \family default
1035 変換子を使用しますが、これは、\SpecialChar LyX
1036 の
1037 \family sans
1038 scripts
1039 \family default
1040 ディレクトリ下にあるRスクリプト
1041 \family sans
1042 lyxsweave.R
1043 \family default
1044 が本体になっています。このスクリプトは、\SpecialChar LyX
1045 から
1046 \family sans
1047 Rnw
1048 \family default
1049 文書を受け取り、これを\SpecialChar TeX
1050 文書に変換するためにSweaveを呼び出します。その後の作業は、\SpecialChar LyX
1051 が面倒を見ます。
1052 \end_layout
1053
1054 \begin_layout Standard
1055
1056 \family sans
1057 sweave
1058 \family default
1059 形式から\SpecialChar LaTeX
1060 への変換子は、下記のコマンド行でRを呼び出します。
1061 \end_layout
1062
1063 \begin_layout Standard
1064 \begin_inset ERT
1065 status open
1066
1067 \begin_layout Plain Layout
1068
1069
1070 \backslash
1071 begin{verbatim}
1072 \end_layout
1073
1074 \begin_layout Plain Layout
1075
1076 Rscript --no-save --no-restore $$s/scripts/lyxsweave.R $$p$$i $$p$$o $$e
1077  $$r
1078 \end_layout
1079
1080 \begin_layout Plain Layout
1081
1082
1083 \backslash
1084 end{verbatim}
1085 \end_layout
1086
1087 \end_inset
1088
1089
1090 \end_layout
1091
1092 \begin_layout Standard
1093 \SpecialChar LyX
1094 ライブラリディレクトリ
1095 \family typewriter
1096 $$s
1097 \family default
1098 は、
1099 \family sans
1100 ヘルプ\SpecialChar menuseparator
1101 \SpecialChar LyX
1102 について
1103 \family default
1104 メニューに記載があります。他にRに渡すことのできるオプションは、Rスクリプト中で説明されており、また、\SpecialChar LyX
1105 取扱説明書カスタマイズ篇には、
1106 \family typewriter
1107 $$i
1108 \family default
1109 ・
1110 \family typewriter
1111 $$o
1112 \family default
1113 ・
1114 \family typewriter
1115 $$e
1116 \family default
1117 ・
1118 \family typewriter
1119 $$r
1120 \family default
1121 についての詳しい説明があります。一般ユーザーは、これらの意味について詳しく知る必要はありませんが、ここでは、Rコードにまつわる若干の問題について説明しておく必要
1122 があります。
1123 \end_layout
1124
1125 \begin_layout Enumerate
1126 \SpecialChar LyX
1127 文書のエンコーディングを表す文字列は、Rにコマンドラインオプションとして渡されます。取り得る値は、
1128 \family typewriter
1129 ISO-8859-15
1130 \family default
1131 や
1132 \family typewriter
1133 UTF-8
1134 \family default
1135 などです。エンコーディングは、Rが
1136 \family sans
1137 Rnw
1138 \family default
1139 文書を正しく読むのに使用されます。
1140 \end_layout
1141
1142 \begin_layout Enumerate
1143 Sweave文書内のRコード組は、\SpecialChar LyX
1144 文書のあるディレクトリで実行されます(自信のない場合は、現在の作業ディレクトリがどこかを見るために、コード組に
1145 \family typewriter
1146 getwd()
1147 \family default
1148 を置いてください)。この場合、データファイルは同じディレクトリ下に置くことができ、再現可能性を保証するために、R内部では相対パスを使用してください。すなわち、他
1149 のシステムでは存在しないかもしれない、ハードコードのパスを書く必要はありません。
1150 \end_layout
1151
1152 \begin_layout Enumerate
1153 \SpecialChar LaTeX
1154 が
1155 \family sans
1156 Sweave.sty
1157 \family default
1158 を検出できないと、このRスクリプトが自動的に
1159 \family sans
1160 Sweave.sty
1161 \family default
1162 を一時ディレクトリにコピーし、そこで\SpecialChar LaTeX
1163 コンパイルを実行します。
1164 \end_layout
1165
1166 \begin_layout Enumerate
1167 Sweaveは、既定でRnwファイルのファイル名を、画像出力の接頭辞文字列として使用します。既知の問題の1つ(
1168 \begin_inset CommandInset href
1169 LatexCommand href
1170 name "#7551"
1171 target "https://www.lyx.org/trac/ticket/7551"
1172 literal "false"
1173
1174 \end_inset
1175
1176 )として、ファイル名(拡張子を除く)にピリオドが含まれている場合、\SpecialChar LaTeX
1177 がそのファイルを
1178 \family typewriter
1179
1180 \backslash
1181 includegraphics{}
1182 \family default
1183 で処理する際に失敗しうるということが知られています。したがって、接頭辞の既定値は、すべてのピリオドを「-」で置換したファイル名にしてあります。この問題は、Swe
1184 aveで直接的に解決することもができます。Sweaveオプションの
1185 \family typewriter
1186 prefix.string
1187 \family default
1188 を、ピリオドを含まない文字列に設定すると、このオプションが既定値を上書きします。
1189 \end_layout
1190
1191 \begin_layout Standard
1192 Sweaveパッケージには、事前に
1193 \family typewriter
1194 noae
1195 \family default
1196 オプションが設定されています。このオプションは、Sweaveが下記の2つのパッケージを読み込んでしまうのを防ぎます。
1197 \end_layout
1198
1199 \begin_layout Standard
1200 \begin_inset ERT
1201 status open
1202
1203 \begin_layout Plain Layout
1204
1205
1206 \backslash
1207 begin{verbatim}
1208 \end_layout
1209
1210 \begin_layout Plain Layout
1211
1212
1213 \backslash
1214 RequirePackage[T1]{fontenc}
1215 \end_layout
1216
1217 \begin_layout Plain Layout
1218
1219
1220 \backslash
1221 RequirePackage{ae}
1222 \end_layout
1223
1224 \begin_layout Plain Layout
1225
1226
1227 \backslash
1228 end{verbatim}
1229 \end_layout
1230
1231 \end_inset
1232
1233
1234 \end_layout
1235
1236 \begin_layout Standard
1237 \SpecialChar LyX
1238 は、既定でフォントエンコーディングを取り扱うことができるので、Sweaveにこれをやってもらう必要はないのです(その上、これはパッケージオプションの衝突をもたら
1239 す可能性があります)。一方、ユーザーは、必要ならばプリアンブルで
1240 \series bold
1241 ae
1242 \series default
1243 パッケージを手動で読み込ませることができます。
1244 \end_layout
1245
1246 \begin_layout Section
1247 問題の解決法
1248 \end_layout
1249
1250 \begin_layout Standard
1251 \SpecialChar LyX
1252  2.0以降、コンパイル中の詳細な情報を、
1253 \family sans
1254 表示\SpecialChar menuseparator
1255 メッセージを表示
1256 \family default
1257 で見ることができるようになりました。これは、問題の解決に非常に役に立ちます。Rの処理は、メッセージパネルに表示され、エラーが発生した場合には、どのコード組がおか
1258 しいのか知ることができます。例えば、この文書をコンパイルする時、以下のようなメッセージを見ることができるでしょう。
1259 \end_layout
1260
1261 \begin_layout Standard
1262 \begin_inset ERT
1263 status open
1264
1265 \begin_layout Plain Layout
1266
1267
1268 \backslash
1269 begin{verbatim}
1270 \end_layout
1271
1272 \begin_layout Plain Layout
1273
1274 17:58:47.868: Processing code chunks with options ...
1275 \end_layout
1276
1277 \begin_layout Plain Layout
1278
1279 17:58:47.885:  1 : echo keep.source term verbatim (label=setup)
1280 \end_layout
1281
1282 \begin_layout Plain Layout
1283
1284 17:58:47.889:  2 : echo keep.source (label=sweave-manual)
1285 \end_layout
1286
1287 \begin_layout Plain Layout
1288
1289 17:58:47.908:  3 : echo keep.source term verbatim (label=print-integers)
1290 \end_layout
1291
1292 \begin_layout Plain Layout
1293
1294 ....
1295 \end_layout
1296
1297 \begin_layout Plain Layout
1298
1299 17:58:47.941: Loading required package: xtable
1300 \end_layout
1301
1302 \begin_layout Plain Layout
1303
1304 17:58:47.976:  9 : echo term verbatim pdf (label=iris-pairs)
1305 \end_layout
1306
1307 \begin_layout Plain Layout
1308
1309 ....
1310 \end_layout
1311
1312 \begin_layout Plain Layout
1313
1314 17:58:48.116: You can now run (pdf)latex on 'sweave.tex'
1315 \end_layout
1316
1317 \begin_layout Plain Layout
1318
1319
1320 \backslash
1321 end{verbatim}
1322 \end_layout
1323
1324 \end_inset
1325
1326
1327 \end_layout
1328
1329 \begin_layout Standard
1330
1331 \family typewriter
1332 label=
1333 \family default
1334 の後の文字列が、コード組のラベルを示します。コード組のどれかがRでエラーを起こせば、即座にここにエラーメッセージを見ることができます。
1335 \end_layout
1336
1337 \begin_layout Standard
1338 もうひとつ知られている問題点は、\SpecialChar LyX
1339 中でコード組段落の配置に(
1340 \family sans
1341 段落設定
1342 \family default
1343 を使用して)手を加えた場合、\SpecialChar LyX
1344 は、改行しないでコード組の前に
1345 \family typewriter
1346
1347 \backslash
1348 centering{}
1349 \family default
1350 のようなマクロを書き加えてしまうことがあるので、Sweaveコード組がエラーを起こす場合があるという事です。この場合のコード組は、下記のようになってしまいます。
1351 \end_layout
1352
1353 \begin_layout Standard
1354 \begin_inset ERT
1355 status open
1356
1357 \begin_layout Plain Layout
1358
1359
1360 \backslash
1361 begin{verbatim}
1362 \end_layout
1363
1364 \begin_layout Plain Layout
1365
1366
1367 \backslash
1368 centering{}<<xtable-demo,results=tex,echo=FALSE>>=
1369 \end_layout
1370
1371 \begin_layout Plain Layout
1372
1373
1374 \backslash
1375 end{verbatim}
1376 \end_layout
1377
1378 \end_inset
1379
1380
1381 \end_layout
1382
1383 \begin_layout Standard
1384
1385 \family typewriter
1386 <<>>=
1387 \family default
1388 は行頭すぐに置かれなくてはならないため、これは正しいSweaveコードではありません。したがって、コード組段落の配置に手を加える場合には、
1389 \family sans
1390 表示\SpecialChar menuseparator
1391 ソースを表示
1392 \family default
1393 で、実際のソースコードを再確認し、
1394 \family typewriter
1395 <<>>=
1396 \family default
1397 が改行後に現れるようにすることをお勧めします。表
1398 \begin_inset CommandInset ref
1399 LatexCommand ref
1400 reference "tab:xtable-demo"
1401
1402 \end_inset
1403
1404 のコード組に手動で空行が追加されているのは、このためです。
1405 \end_layout
1406
1407 \begin_layout Section
1408 リソース
1409 \end_layout
1410
1411 \begin_layout Standard
1412 The user manual of Sweave is at
1413 \begin_inset Flex URL
1414 status collapsed
1415
1416 \begin_layout Plain Layout
1417
1418 https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/doc/Sweave.pdf
1419 \end_layout
1420
1421 \end_inset
1422
1423 にあります。 The CRAN task view on 「Reproducible Research」にあるCRANタスクビューには、便利と思われるSweav
1424 e関連パッケージの一覧があります。
1425 \begin_inset Flex URL
1426 status collapsed
1427
1428 \begin_layout Plain Layout
1429
1430 http://cran.r-project.org/web/views/ReproducibleResearch.html
1431 \end_layout
1432
1433 \end_inset
1434
1435 をご覧ください。\SpecialChar LyX
1436 とSweaveに関する質問は、\SpecialChar LyX
1437 メーリングリスト(
1438 \begin_inset Flex URL
1439 status collapsed
1440
1441 \begin_layout Plain Layout
1442
1443 https://www.lyx.org/MailingLists
1444 \end_layout
1445
1446 \end_inset
1447
1448 )に投稿してください。さらに多くの\SpecialChar LyX
1449 の用例は、
1450 \begin_inset Flex URL
1451 status collapsed
1452
1453 \begin_layout Plain Layout
1454
1455 https://github.com/yihui/lyx
1456 \end_layout
1457
1458 \end_inset
1459
1460 にあります。
1461 \end_layout
1462
1463 \begin_layout Section
1464 FAQ
1465 \end_layout
1466
1467 \begin_layout Subsection
1468 Sweaveをbeamerで使うにはどうすればよいでしょうか
1469 \end_layout
1470
1471 \begin_layout Standard
1472 beamerのスライドでSweaveを使うと、\SpecialChar LyX
1473 では\SpecialChar LaTeX
1474 エラーが発生します。その原因は、生のRコードを含むbeamerフレームのせいです。これを解決するには、通常のフ
1475 レームの代わりに脆弱フレームを使うか、フレーム表題に
1476 \family sans
1477 挿入\SpecialChar menuseparator
1478 フレームオプション
1479 \family default
1480 を使って、
1481 \family typewriter
1482 fragile
1483 \family default
1484 オプションを渡します。
1485 \end_layout
1486
1487 \begin_layout Subsection
1488 Rnw文書をコンパイルするためのRスクリプトを書いてもいいですか
1489 \end_layout
1490
1491 \begin_layout Standard
1492 もちろんです。まず、前述のRスクリプト
1493 \family typewriter
1494 $$s
1495 \family sans
1496 /scripts/lyxsweave.R
1497 \family default
1498 がどのように動作するかを理解する必要がありますので、できればそのRソースコードを読むことをお勧めします(特に、Rがパスをどのように取得し、Rnw文書を取り扱うの
1499 に
1500 \emph on
1501 Sweave()
1502 \emph default
1503 をどのように使っているかを見てください)。その後、カスタマイズした
1504 \family sans
1505 lyxsweave.R
1506 \family default
1507 をあなたの
1508 \emph on
1509 ユーザーディレクトリ
1510 \emph default
1511 (ヘルプ\SpecialChar menuseparator
1512 \SpecialChar LyX
1513 についてでチェックできます)の
1514 \family sans
1515 scripts
1516 \family default
1517 ディレクトリ下に置いてください。\SpecialChar LyX
1518 は自身の
1519 \emph on
1520 ライブラリディレクトリ
1521 \emph default
1522 を見に行く前に
1523 \emph on
1524 ユーザーディレクトリ
1525 \emph default
1526 をチェックしますので、Rスクリプト
1527 \family sans
1528 lyxsweave.R
1529 \family default
1530 がユーザーディレクトリで検出されれば、それが使用されます。\SpecialChar LyX
1531 ライブラリディレクトリ下にあるスクリプトを直接ハックしてしまうと、\SpecialChar LyX
1532 更新時に修正したスクリプトが上書きさ
1533 れてしまいます(ユーザーディレクトリは影響を受けません)ので、お勧めしません。
1534 \end_layout
1535
1536 \begin_layout Standard
1537 なお、Rの公式Sweaveの他に、Sweaveの代替ツールである
1538 \series bold
1539 knitr
1540 \series default
1541 パッケージもサポートされており、対応するモジュール名は
1542 \family sans
1543 Rnw (knitr)
1544 \family default
1545 となっています。
1546 \end_layout
1547
1548 \end_body
1549 \end_document