lib/examples/ja/Modules/Sweave.lyx

   1 #LyX 2.4 created this file. For more info see https://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 620
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \save_transient_properties true
   6 \origin /systemlyxdir/examples/ja/Modules/
   7 \textclass bxjsarticle
   8 \begin_preamble
   9 %% maxwidth is the original width if it's less than linewidth
  10 %% otherwise use linewidth (to make sure the graphics do not exceed the margin)
  11 \def\maxwidth{%
  12 \ifdim\Gin@nat@width>\linewidth
  13 \linewidth
  14 \else
  15 \Gin@nat@width
  16 \fi
  17 }
  18 \end_preamble
  19 \options nogin
  20 \use_default_options true
  21 \begin_modules
  22 sweave
  23 \end_modules
  24 \maintain_unincluded_children no
  25 \language japanese
  26 \language_package none
  27 \inputencoding utf8
  28 \fontencoding auto
  29 \font_roman "palatino" "IPAexMincho"
  30 \font_sans "default" "IPAexGothic"
  31 \font_typewriter "default" "IPAGothic"
  32 \font_math "auto" "auto"
  33 \font_default_family default
  34 \use_non_tex_fonts true
  35 \font_sc false
  36 \font_roman_osf false
  37 \font_sans_osf false
  38 \font_typewriter_osf false
  39 \font_sf_scale 100 100
  40 \font_tt_scale 100 100
  41 \use_microtype false
  42 \use_dash_ligatures false
  43 \graphics default
  44 \default_output_format default
  45 \output_sync 0
  46 \bibtex_command default
  47 \index_command default
  48 \paperfontsize default
  49 \spacing single
  50 \use_hyperref false
  51 \papersize default
  52 \use_geometry true
  53 \use_package amsmath 1
  54 \use_package amssymb 1
  55 \use_package cancel 1
  56 \use_package esint 1
  57 \use_package mathdots 1
  58 \use_package mathtools 1
  59 \use_package mhchem 1
  60 \use_package stackrel 1
  61 \use_package stmaryrd 1
  62 \use_package undertilde 1
  63 \cite_engine basic
  64 \cite_engine_type default
  65 \biblio_style plain
  66 \use_bibtopic false
  67 \use_indices false
  68 \paperorientation portrait
  69 \suppress_date false
  70 \justification true
  71 \use_refstyle 0
  72 \use_minted 0
  73 \use_lineno 0
  74 \index Index
  75 \shortcut idx
  76 \color #008000
  77 \end_index
  78 \leftmargin 3cm
  79 \topmargin 3cm
  80 \rightmargin 3cm
  81 \bottommargin 3cm
  82 \secnumdepth 3
  83 \tocdepth 3
  84 \paragraph_separation indent
  85 \paragraph_indentation default
  86 \is_math_indent 0
  87 \math_numbering_side default
  88 \quotes_style english
  89 \dynamic_quotes 0
  90 \papercolumns 1
  91 \papersides 1
  92 \paperpagestyle default
  93 \tablestyle default
  94 \tracking_changes false
  95 \output_changes false
  96 \change_bars false
  97 \postpone_fragile_content false
  98 \html_math_output 0
  99 \html_css_as_file 0
 100 \html_be_strict false
 101 \docbook_table_output 0
 102 \docbook_mathml_prefix 1
 103 \end_header
 104
 105 \begin_body
 106
 107 \begin_layout Standard
 108 \begin_inset ERT
 109 status open
 110
 111 \begin_layout Plain Layout
 112
 113 %
 114 \backslash
 115 SweaveOpts{prefix=TRUE,prefix.string=sweave-prefix,keep.source=FALSE}
 116 \end_layout
 117
 118 \end_inset
 119
 120
 121 \end_layout
 122
 123 \begin_layout Standard
 124 \begin_inset ERT
 125 status open
 126
 127 \begin_layout Plain Layout
 128
 129 %%
 130 \backslash
 131 maxwidth はプリアンブル中で定義されています。
 132 文書設定をご覧ください。
 133
 134 \end_layout
 135
 136 \begin_layout Plain Layout
 137
 138
 139 \backslash
 140 setkeys{Gin}{width=
 141 \backslash
 142 maxwidth}
 143 \end_layout
 144
 145 \end_inset
 146
 147
 148 \end_layout
 149
 150 \begin_layout Title
 151 \SpecialChar LyX
 152 でSweaveを使うには
 153 \end_layout
 154
 155 \begin_layout Author
 156 Yihui Xie
 157 \begin_inset Foot
 158 status collapsed
 159
 160 \begin_layout Plain Layout
 161 アイオワ州立大学統計学部、電子メール:
 162
 163 \begin_inset CommandInset href
 164 LatexCommand href
 165 name "xie@yihui.name"
 166 target "xie@yihui.name"
 167 type "mailto:"
 168 literal "false"
 169
 170 \end_inset
 171
 172
 173 \end_layout
 174
 175 \end_inset
 176
 177
 178 \begin_inset ERT
 179 status collapsed
 180
 181 \begin_layout Plain Layout
 182
 183
 184 \backslash
 185 and
 186 \end_layout
 187
 188 \end_inset
 189
 190  Gregor Gorjanc
 191 \begin_inset ERT
 192 status collapsed
 193
 194 \begin_layout Plain Layout
 195
 196
 197 \backslash
 198 and
 199 \end_layout
 200
 201 \end_inset
 202
 203  Jean-Marc Lasgouttes
 204 \end_layout
 205
 206 \begin_layout Standard
 207 Sweaveは、文芸的プログラミングの考えに従った、動的なレポート生成するための、R言語(
 208 \begin_inset Flex URL
 209 status collapsed
 210
 211 \begin_layout Plain Layout
 212
 213 http://www.r-project.org
 214 \end_layout
 215
 216 \end_inset
 217
 218 )ツールです。
 219 Rコードは、\SpecialChar LaTeX
 220 文書の中で混用することができ、文書がコンパイルされるときにRで実行されます。
 221 結果は、\SpecialChar TeX
 222 出力内に書きこまれます。
 223
 224 \end_layout
 225
 226 \begin_layout Standard
 227 \SpecialChar LyX
 228  2.0以降では、
 229 \family sans
 230 Sweave
 231 \family default
 232 モジュールを使えば、どの文書クラスでもSweaveをそのまま使うことができます。
 233
 234 \family sans
 235 Sweave
 236 \family default
 237 モジュールを文書に加えるには、
 238 \family sans
 239 文書\SpecialChar menuseparator
 240 設定\SpecialChar menuseparator
 241 モジュール
 242 \family default
 243 を使用します。
 244 この説明書では、Sweaveでよく使われる機能をいくつか紹介し、本モジュールがどう動作するかを説明します。
 245 この説明書のPDF版は、
 246 \begin_inset Flex URL
 247 status collapsed
 248
 249 \begin_layout Plain Layout
 250
 251 https://github.com/downloads/yihui/lyx/sweave.pdf
 252 \end_layout
 253
 254 \end_inset
 255
 256 にあります。
 257
 258 \end_layout
 259
 260 \begin_layout Section
 261 システム要件
 262 \end_layout
 263
 264 \begin_layout Standard
 265
 266 \family sans
 267 Sweave
 268 \family default
 269 モジュールは、実行ファイル
 270 \family typewriter
 271 Rscript
 272 \family default
 273 に依存しますので、このファイルが、システムの
 274 \family sans
 275 PATH
 276 \family default
 277 変数に含まれるパスになくてはなりません。
 278 これは、LinuxやMac OSユーザーには大した問題とならないでしょうが、Windowsユーザーには混乱を招くかもしれません。
 279 Windowsにおける
 280 \family sans
 281 PATH
 282 \family default
 283 が何かわからない場合には、R言語のリポジトリ
 284 \begin_inset Flex URL
 285 status collapsed
 286
 287 \begin_layout Plain Layout
 288
 289 https://github.com/yihui/lyx
 290 \end_layout
 291
 292 \end_inset
 293
 294 にあるRスクリプト
 295 \family sans
 296 add-R-path-win.R
 297 \family default
 298 を使って、パスを自動的に変更するか(推奨はできません。
 299 何にせよ
 300 \family sans
 301 PATH
 302 \family default
 303 が何かくらいは勉強すべきです)、あるいは
 304 \family sans
 305 ツール\SpecialChar menuseparator
 306 設定\SpecialChar menuseparator
 307 パス\SpecialChar menuseparator
 308 パス接頭辞
 309 \family default
 310 からRのバイナリパスを追加することができます(推奨)。
 311 後者の場合、大抵
 312 \family sans
 313 C:
 314 \backslash
 315 Program Files
 316 \backslash
 317 R
 318 \backslash
 319 R-x.x.x
 320 \backslash
 321 bin
 322 \family default
 323 のような形をしており、R内で下記のようにして確認することができます。
 324
 325 \end_layout
 326
 327 \begin_layout Standard
 328 \begin_inset Flex Chunk
 329 status open
 330
 331 \begin_layout Plain Layout
 332
 333 \begin_inset Argument 1
 334 status open
 335
 336 \begin_layout Plain Layout
 337
 338 where-is-R-bin,eval=FALSE
 339 \end_layout
 340
 341 \end_inset
 342
 343
 344 \end_layout
 345
 346 \begin_layout Plain Layout
 347
 348 R.home('bin')
 349 \end_layout
 350
 351 \end_inset
 352
 353
 354 \end_layout
 355
 356 \begin_layout Standard
 357 これらの変更を加えた後、
 358 \family sans
 359 ツール\SpecialChar menuseparator
 360 再初期設定
 361 \family default
 362 を使って、\SpecialChar LyX
 363 の再設定を行う必要があります。
 364
 365 \family typewriter
 366 Rscript
 367 \family default
 368 が
 369 \family sans
 370 PATH
 371 \family default
 372 にない場合、
 373 \family sans
 374 Sweave
 375 \family default
 376 モジュールを使うことはできません。
 377 Sweaveの更新は続いていますので、最新版のRを使用することをお勧めします。
 378 Rに同梱され、このパス下にある(CTANにはありません)\SpecialChar LaTeX
 379 スタイルファイル
 380 \family sans
 381 Sweave.sty
 382 \family default
 383 によって、下記のように依存関係が追加されます。
 384
 385 \end_layout
 386
 387 \begin_layout Standard
 388 \begin_inset Flex Chunk
 389 status open
 390
 391 \begin_layout Plain Layout
 392
 393 \begin_inset Argument 1
 394 status open
 395
 396 \begin_layout Plain Layout
 397
 398 sweave-sty,eval=FALSE
 399 \end_layout
 400
 401 \end_inset
 402
 403
 404 \end_layout
 405
 406 \begin_layout Plain Layout
 407
 408 file.path(R.home('share'),
 409  'texmf',
 410  'tex',
 411  'latex')
 412 \end_layout
 413
 414 \end_inset
 415
 416
 417 \end_layout
 418
 419 \begin_layout Standard
 420 Mik\SpecialChar TeX
 421 ユーザーは、Mik\SpecialChar TeX
 422 の設定で、Mik\SpecialChar TeX
 423 のルートディレクトリ一覧にtexmfディレクトリも追加したほうが良いかもしれません。
 424 また、
 425 \family sans
 426 Sweave.sty
 427 \family default
 428 は
 429 \series bold
 430 fancyvrb
 431 \series default
 432 パッケージに依存しており、
 433 \series bold
 434 ae
 435 \series default
 436 に依存する
 437 \emph on
 438 ことも
 439 \emph default
 440 あります。
 441 \SpecialChar LyX
 442 が
 443 \family sans
 444 Sweave.sty
 445 \family default
 446 を検出できないときは、直接Rからコピーしますので、このスタイルファイルがどこにあるかわからない場合でも、Sweaveモジュールは動作します。
 447
 448 \end_layout
 449
 450 \begin_layout Section
 451 Sweaveの用例
 452 \end_layout
 453
 454 \begin_layout Standard
 455 Sweave文書を書く前に、Sweaveオプションを設定しましょう。
 456 Sweaveの設定コマンドは
 457 \family typewriter
 458
 459 \backslash
 460 SweaveOpts{}
 461 \family default
 462 ですが、これは、\SpecialChar LyX
 463 文書中で、
 464 \family sans
 465 挿入\SpecialChar menuseparator
 466 任意設定差込枠\SpecialChar menuseparator
 467 Sweaveオプション
 468 \family default
 469 か、\SpecialChar TeX
 470 コードで書く(
 471 \family sans
 472 挿入\SpecialChar menuseparator
 473 \SpecialChar TeX
 474 コード
 475 \family default
 476 )ことで挿入することができます。
 477 例えば、文頭で大域オプション
 478 \family typewriter
 479 echo=FALSE
 480 \family default
 481 を設定して、すべてのRコードを抑制することもできます(既定では、Rコードとその出力は、両方とも\SpecialChar LaTeX
 482 文書中に表示されます)。
 483
 484 \end_layout
 485
 486 \begin_layout Standard
 487 \SpecialChar LyX
 488 でRコードを書くには、まずレイアウト様式一覧(ツールバーの左上端のドロップリスト)から、
 489 \family sans
 490 コード組
 491 \family default
 492 環境に変更するか、あるいは、単に\SpecialChar TeX
 493 コード環境を開いて、Sweaveのコード組を書き込んでください。
 494 後者の方法の方が安定していますので、そちらをお勧めします。
 495
 496 \end_layout
 497
 498 \begin_layout Standard
 499 例えば
 500 \family typewriter
 501 width
 502 \family default
 503 や
 504 \family typewriter
 505 useFancyQuotes
 506 \family default
 507 のようなRオプションもSweaveの出力に便利です。
 508 前者のオプションは、出力の幅を調整するものであり、後者は引用符に関してよく起こる問題を回避することができます。
 509 詳細については、Rに添付のSweave取扱説明書をお読みください。
 510
 511 \end_layout
 512
 513 \begin_layout Standard
 514 \begin_inset Flex Chunk
 515 status open
 516
 517 \begin_layout Plain Layout
 518
 519 \begin_inset Argument 1
 520 status open
 521
 522 \begin_layout Plain Layout
 523
 524 setup,
 525  keep.source=TRUE
 526 \end_layout
 527
 528 \end_inset
 529
 530
 531 \end_layout
 532
 533 \begin_layout Plain Layout
 534
 535 ## オプション「digits」は桁数(の概数)を設定できます
 536 \end_layout
 537
 538 \begin_layout Plain Layout
 539
 540 options(width = 70,
 541  useFancyQuotes = FALSE,
 542  digits = 4)
 543 \end_layout
 544
 545 \end_inset
 546
 547
 548 \end_layout
 549
 550 \begin_layout Standard
 551 \begin_inset Flex Chunk
 552 status open
 553
 554 \begin_layout Plain Layout
 555
 556 \begin_inset Argument 1
 557 status open
 558
 559 \begin_layout Plain Layout
 560
 561 sweave-manual,
 562  eval=FALSE,
 563  keep.source=TRUE
 564 \end_layout
 565
 566 \end_inset
 567
 568
 569 \end_layout
 570
 571 \begin_layout Plain Layout
 572
 573 ## Sweaveのvignetteを見る (要 R >= 2.13.0)
 574 \end_layout
 575
 576 \begin_layout Plain Layout
 577
 578 vignette("Sweave",
 579  package = "utils")
 580 \end_layout
 581
 582 \end_inset
 583
 584 下記は、どのSエンジンでも動作する単純な例です。
 585
 586 \end_layout
 587
 588 \begin_layout Standard
 589 \begin_inset Flex Chunk
 590 status open
 591
 592 \begin_layout Plain Layout
 593
 594 \begin_inset Argument 1
 595 status open
 596
 597 \begin_layout Plain Layout
 598
 599 print-integers,
 600  keep.source=TRUE
 601 \end_layout
 602
 603 \end_inset
 604
 605
 606 \end_layout
 607
 608 \begin_layout Plain Layout
 609
 610 ## 1から10までの整数は
 611 \end_layout
 612
 613 \begin_layout Plain Layout
 614
 615 1:10
 616 \end_layout
 617
 618 \end_inset
 619
 620
 621 \end_layout
 622
 623 \begin_layout Standard
 624 \begin_inset Flex Chunk
 625 status open
 626
 627 \begin_layout Plain Layout
 628
 629 \begin_inset Argument 1
 630 status open
 631
 632 \begin_layout Plain Layout
 633
 634 hide-results,
 635  results=hide
 636 \end_layout
 637
 638 \end_inset
 639
 640
 641 \end_layout
 642
 643 \begin_layout Plain Layout
 644
 645 ## results=hide を設定して意図的に出力を隠す
 646 \end_layout
 647
 648 \begin_layout Plain Layout
 649
 650 print(1:20)
 651 \end_layout
 652
 653 \end_inset
 654
 655 単純な計算機をエミュレートすることもできます。
 656
 657 \end_layout
 658
 659 \begin_layout Standard
 660 \begin_inset Flex Chunk
 661 status open
 662
 663 \begin_layout Plain Layout
 664
 665 \begin_inset Argument 1
 666 status open
 667
 668 \begin_layout Plain Layout
 669
 670 calculator
 671 \end_layout
 672
 673 \end_inset
 674
 675
 676 \end_layout
 677
 678 \begin_layout Plain Layout
 679
 680 1 + pi
 681 \end_layout
 682
 683 \begin_layout Plain Layout
 684
 685 sin(pi/6)
 686 \end_layout
 687
 688 \end_inset
 689
 690
 691 \end_layout
 692
 693 \begin_layout Standard
 694 今度は、ガウシアンデータを見てみましょう。
 695
 696 \end_layout
 697
 698 \begin_layout Standard
 699 \begin_inset Flex Chunk
 700 status open
 701
 702 \begin_layout Plain Layout
 703
 704 \begin_inset Argument 1
 705 status open
 706
 707 \begin_layout Plain Layout
 708
 709 rnorm
 710 \end_layout
 711
 712 \end_inset
 713
 714
 715 \end_layout
 716
 717 \begin_layout Plain Layout
 718
 719 set.seed(123)  # 再現可能性のため
 720 \end_layout
 721
 722 \begin_layout Plain Layout
 723
 724 x <- rnorm(20)
 725 \end_layout
 726
 727 \begin_layout Plain Layout
 728
 729 print(x)
 730 \end_layout
 731
 732 \begin_layout Plain Layout
 733
 734 t1 <- t.test(x)
 735 \end_layout
 736
 737 \end_inset
 738
 739
 740 \end_layout
 741
 742 \begin_layout Standard
 743 数値を標準テキストに簡単に統合させることができます。
 744 これは、
 745 \family typewriter
 746
 747 \backslash
 748 Sexpr{}
 749 \family default
 750 コマンドによって行われ、\SpecialChar LyX
 751 中の対応するメニューは
 752 \family sans
 753 挿入\SpecialChar menuseparator
 754 任意設定差込枠\SpecialChar menuseparator
 755 S/R表現
 756 \family default
 757 ですが、\SpecialChar TeX
 758 コードを使うこともできます。
 759 例えば、ベクトル
 760 \family typewriter
 761 x
 762 \family default
 763 の第3要素は、
 764 \begin_inset Flex S/R expression
 765 status collapsed
 766
 767 \begin_layout Plain Layout
 768
 769 x[3]
 770 \end_layout
 771
 772 \end_inset
 773
 774  (すなわち
 775 \family typewriter
 776 x[3]
 777 \family default
 778 )であり、検定の
 779 \begin_inset Formula $p$
 780 \end_inset
 781
 782 値は
 783 \begin_inset Flex S/R expression
 784 status collapsed
 785
 786 \begin_layout Plain Layout
 787
 788 format.pval(t1$p.value)
 789 \end_layout
 790
 791 \end_inset
 792
 793 です。
 794 これらの数値は、R中で
 795 \emph on
 796 round()
 797 \emph default
 798 のようなコマンドを使うことによって丸めることもできます。
 799
 800 \end_layout
 801
 802 \begin_layout Standard
 803
 804 \family roman
 805 \series medium
 806 \shape up
 807 \size normal
 808 \emph off
 809 \bar no
 810 \noun off
 811 \color none
 812 今度は、
 813 \family typewriter
 814 \series default
 815 \shape default
 816 \size default
 817 \emph default
 818 \bar default
 819 \noun default
 820 \color inherit
 821 iris
 822 \family roman
 823 \series medium
 824 \shape up
 825 \size normal
 826 \emph off
 827 \bar no
 828 \noun off
 829 \color none
 830 データセットの要約を見てみましょう。
 831
 832 \end_layout
 833
 834 \begin_layout Standard
 835 \begin_inset Flex Chunk
 836 status open
 837
 838 \begin_layout Plain Layout
 839
 840 \begin_inset Argument 1
 841 status open
 842
 843 \begin_layout Plain Layout
 844
 845 iris-summary
 846 \end_layout
 847
 848 \end_inset
 849
 850
 851 \end_layout
 852
 853 \begin_layout Plain Layout
 854
 855 summary(iris[,-5])
 856 \end_layout
 857
 858 \end_inset
 859
 860
 861 \end_layout
 862
 863 \begin_layout Standard
 864 \begin_inset Float table
 865 placement document
 866 alignment document
 867 wide false
 868 sideways false
 869 status open
 870
 871 \begin_layout Plain Layout
 872 \begin_inset Caption Standard
 873
 874 \begin_layout Plain Layout
 875
 876 \family typewriter
 877 iris
 878 \family default
 879 データの最初の4変数の分位数
 880 \begin_inset CommandInset label
 881 LatexCommand label
 882 name "tab:xtable-demo"
 883
 884 \end_inset
 885
 886
 887 \end_layout
 888
 889 \end_inset
 890
 891
 892 \end_layout
 893
 894 \begin_layout Plain Layout
 895 \align center
 896 \begin_inset Flex Chunk
 897 status open
 898
 899 \begin_layout Plain Layout
 900
 901 \begin_inset Argument 1
 902 status open
 903
 904 \begin_layout Plain Layout
 905
 906 xtable-demo,results=tex,echo=FALSE
 907 \end_layout
 908
 909 \end_inset
 910
 911
 912 \end_layout
 913
 914 \begin_layout Plain Layout
 915
 916 if (require('xtable')) {
 917 \end_layout
 918
 919 \begin_layout Plain Layout
 920
 921 print(xtable(sapply(iris[,-5],
 922  quantile)),
 923  floating=FALSE)
 924 \end_layout
 925
 926 \begin_layout Plain Layout
 927
 928 } else cat('the xtable package is not available!
 929  please install.packages("xtable")')
 930 \end_layout
 931
 932 \end_inset
 933
 934
 935 \end_layout
 936
 937 \end_inset
 938
 939
 940 \end_layout
 941
 942 \begin_layout Standard
 943 通常、人々はこのような「生の」出力を好みませんので、これらのごちゃごちゃした数字を、
 944 \series bold
 945 xtable
 946 \series default
 947 パッケージを使って綺麗にしてやるといいでしょう。
 948 表
 949 \begin_inset CommandInset ref
 950 LatexCommand ref
 951 reference "tab:xtable-demo"
 952 nolink "false"
 953
 954 \end_inset
 955
 956 は、Sweaveでの
 957 \series bold
 958 xtable
 959 \series default
 960 パッケージの使い方を示すための例です。
 961 コード組のオプション
 962 \family typewriter
 963 results=tex
 964 \family default
 965 は、R出力が、特別な環境(
 966 \family typewriter
 967 Soutput
 968 \family default
 969 )で包まれるのではなく、生の\SpecialChar LaTeX
 970 コードとして書き出されるように保証するためのものです。
 971
 972 \end_layout
 973
 974 \begin_layout Standard
 975 図
 976 \begin_inset CommandInset ref
 977 LatexCommand ref
 978 reference "fig:iris-pairs"
 979 nolink "false"
 980
 981 \end_inset
 982
 983 と図
 984 \begin_inset CommandInset ref
 985 LatexCommand ref
 986 reference "fig:iris-boxplots"
 987 nolink "false"
 988
 989 \end_inset
 990
 991 は、Sweaveを使って画像を生成する簡単な例です。
 992
 993 \end_layout
 994
 995 \begin_layout Standard
 996 \begin_inset Float figure
 997 placement document
 998 alignment document
 999 wide false
1000 sideways false
1001 status open
1002
1003 \begin_layout Plain Layout
1004 \align center
1005 \begin_inset Note Note
1006 status open
1007
1008 \begin_layout Plain Layout
1009 epsとpdfの両方をtrueにして、latexとpdflatexの両方を動作するようにすることができます。
1010 実際には、おそらく一つを選ぶだけでよいでしょう。
1011
1012 \end_layout
1013
1014 \end_inset
1015
1016
1017 \begin_inset Flex Chunk
1018 status open
1019
1020 \begin_layout Plain Layout
1021
1022 \begin_inset Argument 1
1023 status open
1024
1025 \begin_layout Plain Layout
1026
1027 iris-pairs,fig=TRUE,width=4.5,height=4.5,eps=TRUE,pdf=TRUE
1028 \end_layout
1029
1030 \end_inset
1031
1032
1033 \end_layout
1034
1035 \begin_layout Plain Layout
1036
1037 pairs(iris,
1038  col = iris$Species)
1039 \end_layout
1040
1041 \end_inset
1042
1043
1044 \end_layout
1045
1046 \begin_layout Plain Layout
1047 \begin_inset Caption Standard
1048
1049 \begin_layout Plain Layout
1050
1051 \family typewriter
1052 iris
1053 \family default
1054 データの散布図マトリックス
1055 \begin_inset CommandInset label
1056 LatexCommand label
1057 name "fig:iris-pairs"
1058
1059 \end_inset
1060
1061
1062 \end_layout
1063
1064 \end_inset
1065
1066
1067 \end_layout
1068
1069 \end_inset
1070
1071
1072 \end_layout
1073
1074 \begin_layout Standard
1075 \begin_inset Float figure
1076 placement document
1077 alignment document
1078 wide false
1079 sideways false
1080 status open
1081
1082 \begin_layout Plain Layout
1083 \align center
1084 \begin_inset Flex Chunk
1085 status open
1086
1087 \begin_layout Plain Layout
1088
1089 \begin_inset Argument 1
1090 status open
1091
1092 \begin_layout Plain Layout
1093
1094 iris-boxplots,fig=TRUE,width=7,height=2,keep.source=F,eps=T,pdf=T
1095 \end_layout
1096
1097 \end_inset
1098
1099
1100 \end_layout
1101
1102 \begin_layout Plain Layout
1103
1104 par(mar=c(4,5,.1,.3),
1105  las=1)
1106 \end_layout
1107
1108 \begin_layout Plain Layout
1109
1110 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris,horizontal=TRUE,xlab='Sepal.Length')
1111 \end_layout
1112
1113 \end_inset
1114
1115
1116 \end_layout
1117
1118 \begin_layout Plain Layout
1119 \begin_inset Caption Standard
1120
1121 \begin_layout Plain Layout
1122 種でグループ化された萼片の長さのボックスプロット
1123 \begin_inset CommandInset label
1124 LatexCommand label
1125 name "fig:iris-boxplots"
1126
1127 \end_inset
1128
1129
1130 \end_layout
1131
1132 \end_inset
1133
1134
1135 \end_layout
1136
1137 \end_inset
1138
1139
1140 \end_layout
1141
1142 \begin_layout Standard
1143 Sweave文書中のRコードは、単一のRスクリプトとして書きだすことができますが、これは
1144 \family typewriter
1145 R CMD Stangle
1146 \family default
1147 を使って行われます。
1148
1149 \end_layout
1150
1151 \begin_layout Section
1152
1153 \family sans
1154 Sweave
1155 \family default
1156 モジュール
1157 \end_layout
1158
1159 \begin_layout Standard
1160
1161 \family sans
1162 Sweave
1163 \family default
1164 モジュールは、\SpecialChar LyX
1165 文書が、Rを使った文芸的プログラミングのコンポーネントを含んでいることを宣言しますので、\SpecialChar LyX
1166 は、そのような文書を取り扱う特定の変換子を使って処理します(取扱説明書カスタマイズ篇参照)。
1167
1168 \family sans
1169 Sweave
1170 \family default
1171 モジュールは、
1172 \family sans
1173 sweave
1174 \family default
1175 変換子を使用しますが、これは、\SpecialChar LyX
1176 の
1177 \family sans
1178 scripts
1179 \family default
1180 ディレクトリ下にあるRスクリプト
1181 \family sans
1182 lyxsweave.R
1183 \family default
1184 が本体になっています。
1185 このスクリプトは、\SpecialChar LyX
1186 から
1187 \family sans
1188 Rnw
1189 \family default
1190 文書を受け取り、これを\SpecialChar TeX
1191 文書に変換するためにSweaveを呼び出します。
1192 その後の作業は、\SpecialChar LyX
1193 が面倒を見ます。
1194
1195 \end_layout
1196
1197 \begin_layout Standard
1198
1199 \family sans
1200 sweave
1201 \family default
1202 形式から\SpecialChar LaTeX
1203 への変換子は、下記のコマンド行でRを呼び出します。
1204
1205 \end_layout
1206
1207 \begin_layout Standard
1208 \begin_inset ERT
1209 status open
1210
1211 \begin_layout Plain Layout
1212
1213
1214 \backslash
1215 begin{verbatim}
1216 \end_layout
1217
1218 \begin_layout Plain Layout
1219
1220 Rscript --no-save --no-restore $$s/scripts/lyxsweave.R $$p$$i $$p$$o $$e $$r
1221 \end_layout
1222
1223 \begin_layout Plain Layout
1224
1225
1226 \backslash
1227 end{verbatim}
1228 \end_layout
1229
1230 \end_inset
1231
1232
1233 \end_layout
1234
1235 \begin_layout Standard
1236 \SpecialChar LyX
1237 ライブラリディレクトリ
1238 \family typewriter
1239 $$s
1240 \family default
1241 は、
1242 \family sans
1243 ヘルプ\SpecialChar menuseparator
1244 \SpecialChar LyX
1245 について
1246 \family default
1247 メニューに記載があります。
1248 他にRに渡すことのできるオプションは、Rスクリプト中で説明されており、また、\SpecialChar LyX
1249 取扱説明書カスタマイズ篇には、
1250 \family typewriter
1251 $$i
1252 \family default
1253 ・
1254 \family typewriter
1255 $$o
1256 \family default
1257 ・
1258 \family typewriter
1259 $$e
1260 \family default
1261 ・
1262 \family typewriter
1263 $$r
1264 \family default
1265 についての詳しい説明があります。
1266 一般ユーザーは、これらの意味について詳しく知る必要はありませんが、ここでは、Rコードにまつわる若干の問題について説明しておく必要があります。
1267
1268 \end_layout
1269
1270 \begin_layout Enumerate
1271 \SpecialChar LyX
1272 文書のエンコーディングを表す文字列は、Rにコマンドラインオプションとして渡されます。
1273 取り得る値は、
1274 \family typewriter
1275 ISO-8859-15
1276 \family default
1277 や
1278 \family typewriter
1279 UTF-8
1280 \family default
1281 などです。
1282 エンコーディングは、Rが
1283 \family sans
1284 Rnw
1285 \family default
1286 文書を正しく読むのに使用されます。
1287
1288 \end_layout
1289
1290 \begin_layout Enumerate
1291 Sweave文書内のRコード組は、\SpecialChar LyX
1292 文書のあるディレクトリで実行されます(自信のない場合は、現在の作業ディレクトリがどこかを見るために、コード組に
1293 \family typewriter
1294 getwd()
1295 \family default
1296 を置いてください)。
1297 この場合、データファイルは同じディレクトリ下に置くことができ、再現可能性を保証するために、R内部では相対パスを使用してください。
1298 すなわち、他のシステムでは存在しないかもしれない、ハードコードのパスを書く必要はありません。
1299
1300 \end_layout
1301
1302 \begin_layout Enumerate
1303 \SpecialChar LaTeX
1304 が
1305 \family sans
1306 Sweave.sty
1307 \family default
1308 を検出できないと、このRスクリプトが自動的に
1309 \family sans
1310 Sweave.sty
1311 \family default
1312 を一時ディレクトリにコピーし、そこで\SpecialChar LaTeX
1313 コンパイルを実行します。
1314
1315 \end_layout
1316
1317 \begin_layout Enumerate
1318 Sweaveは、既定でRnwファイルのファイル名を、画像出力の接頭辞文字列として使用します。
1319 既知の問題の1つ(
1320 \begin_inset CommandInset href
1321 LatexCommand href
1322 name "#7551"
1323 target "https://www.lyx.org/trac/ticket/7551"
1324 literal "false"
1325
1326 \end_inset
1327
1328 )として、ファイル名(拡張子を除く)にピリオドが含まれている場合、\SpecialChar LaTeX
1329 がそのファイルを
1330 \family typewriter
1331
1332 \backslash
1333 includegraphics{}
1334 \family default
1335 で処理する際に失敗しうるということが知られています。
1336 したがって、接頭辞の既定値は、すべてのピリオドを「-」で置換したファイル名にしてあります。
1337 この問題は、Sweaveで直接的に解決することもができます。
1338 Sweaveオプションの
1339 \family typewriter
1340 prefix.string
1341 \family default
1342 を、ピリオドを含まない文字列に設定すると、このオプションが既定値を上書きします。
1343
1344 \end_layout
1345
1346 \begin_layout Standard
1347 Sweaveパッケージには、事前に
1348 \family typewriter
1349 noae
1350 \family default
1351 オプションが設定されています。
1352 このオプションは、Sweaveが下記の2つのパッケージを読み込んでしまうのを防ぎます。
1353
1354 \end_layout
1355
1356 \begin_layout Standard
1357 \begin_inset ERT
1358 status open
1359
1360 \begin_layout Plain Layout
1361
1362
1363 \backslash
1364 begin{verbatim}
1365 \end_layout
1366
1367 \begin_layout Plain Layout
1368
1369
1370 \backslash
1371 RequirePackage[T1]{fontenc}
1372 \end_layout
1373
1374 \begin_layout Plain Layout
1375
1376
1377 \backslash
1378 RequirePackage{ae}
1379 \end_layout
1380
1381 \begin_layout Plain Layout
1382
1383
1384 \backslash
1385 end{verbatim}
1386 \end_layout
1387
1388 \end_inset
1389
1390
1391 \end_layout
1392
1393 \begin_layout Standard
1394 \SpecialChar LyX
1395 は、既定でフォントエンコーディングを取り扱うことができるので、Sweaveにこれをやってもらう必要はないのです(その上、これはパッケージオプションの衝突をもたらす可能性があります)。
1396 一方、ユーザーは、必要ならばプリアンブルで
1397 \series bold
1398 ae
1399 \series default
1400 パッケージを手動で読み込ませることができます。
1401
1402 \end_layout
1403
1404 \begin_layout Section
1405 問題の解決法
1406 \end_layout
1407
1408 \begin_layout Standard
1409 \SpecialChar LyX
1410  2.0以降、コンパイル中の詳細な情報を、
1411 \family sans
1412 表示\SpecialChar menuseparator
1413 メッセージを表示
1414 \family default
1415 で見ることができるようになりました。
1416 これは、問題の解決に非常に役に立ちます。
1417 Rの処理は、メッセージパネルに表示され、エラーが発生した場合には、どのコード組がおかしいのか知ることができます。
1418 例えば、この文書をコンパイルする時、以下のようなメッセージを見ることができるでしょう。
1419
1420 \end_layout
1421
1422 \begin_layout Standard
1423 \begin_inset ERT
1424 status open
1425
1426 \begin_layout Plain Layout
1427
1428
1429 \backslash
1430 begin{verbatim}
1431 \end_layout
1432
1433 \begin_layout Plain Layout
1434
1435 17:58:47.868:
1436  Processing code chunks with options ...
1437 \end_layout
1438
1439 \begin_layout Plain Layout
1440
1441 17:58:47.885:
1442   1 :
1443  echo keep.source term verbatim (label=setup)
1444 \end_layout
1445
1446 \begin_layout Plain Layout
1447
1448 17:58:47.889:
1449   2 :
1450  echo keep.source (label=sweave-manual)
1451 \end_layout
1452
1453 \begin_layout Plain Layout
1454
1455 17:58:47.908:
1456   3 :
1457  echo keep.source term verbatim (label=print-integers)
1458 \end_layout
1459
1460 \begin_layout Plain Layout
1461
1462 ....
1463 \end_layout
1464
1465 \begin_layout Plain Layout
1466
1467 17:58:47.941:
1468  Loading required package:
1469  xtable
1470 \end_layout
1471
1472 \begin_layout Plain Layout
1473
1474 17:58:47.976:
1475   9 :
1476  echo term verbatim pdf (label=iris-pairs)
1477 \end_layout
1478
1479 \begin_layout Plain Layout
1480
1481 ....
1482 \end_layout
1483
1484 \begin_layout Plain Layout
1485
1486 17:58:48.116:
1487  You can now run (pdf)latex on 'sweave.tex'
1488 \end_layout
1489
1490 \begin_layout Plain Layout
1491
1492
1493 \backslash
1494 end{verbatim}
1495 \end_layout
1496
1497 \end_inset
1498
1499
1500 \end_layout
1501
1502 \begin_layout Standard
1503
1504 \family typewriter
1505 label=
1506 \family default
1507 の後の文字列が、コード組のラベルを示します。
1508 コード組のどれかがRでエラーを起こせば、即座にここにエラーメッセージを見ることができます。
1509
1510 \end_layout
1511
1512 \begin_layout Standard
1513 もうひとつ知られている問題点は、\SpecialChar LyX
1514 中でコード組段落の配置に(
1515 \family sans
1516 段落設定
1517 \family default
1518 を使用して)手を加えた場合、\SpecialChar LyX
1519 は、改行しないでコード組の前に
1520 \family typewriter
1521
1522 \backslash
1523 centering{}
1524 \family default
1525 のようなマクロを書き加えてしまうことがあるので、Sweaveコード組がエラーを起こす場合があるという事です。
1526 この場合のコード組は、下記のようになってしまいます。
1527
1528 \end_layout
1529
1530 \begin_layout Standard
1531 \begin_inset ERT
1532 status open
1533
1534 \begin_layout Plain Layout
1535
1536
1537 \backslash
1538 begin{verbatim}
1539 \end_layout
1540
1541 \begin_layout Plain Layout
1542
1543
1544 \backslash
1545 centering{}<<xtable-demo,results=tex,echo=FALSE>>=
1546 \end_layout
1547
1548 \begin_layout Plain Layout
1549
1550
1551 \backslash
1552 end{verbatim}
1553 \end_layout
1554
1555 \end_inset
1556
1557
1558 \end_layout
1559
1560 \begin_layout Standard
1561
1562 \family typewriter
1563 <<>>=
1564 \family default
1565 は行頭すぐに置かれなくてはならないため、これは正しいSweaveコードではありません。
1566 したがって、コード組段落の配置に手を加える場合には、
1567 \family sans
1568 表示\SpecialChar menuseparator
1569 ソースを表示
1570 \family default
1571 で、実際のソースコードを再確認し、
1572 \family typewriter
1573 <<>>=
1574 \family default
1575 が改行後に現れるようにすることをお勧めします。
1576 表
1577 \begin_inset CommandInset ref
1578 LatexCommand ref
1579 reference "tab:xtable-demo"
1580 nolink "false"
1581
1582 \end_inset
1583
1584 のコード組に手動で空行が追加されているのは、このためです。
1585
1586 \end_layout
1587
1588 \begin_layout Section
1589 リソース
1590 \end_layout
1591
1592 \begin_layout Standard
1593 Sweaveの利用者の手引きは
1594 \begin_inset Flex URL
1595 status collapsed
1596
1597 \begin_layout Plain Layout
1598
1599 https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/doc/Sweave.pdf
1600 \end_layout
1601
1602 \end_inset
1603
1604 にあります。
1605 「Reproducible Research」にあるCRANタスクビューには、便利と思われるSweave関連パッケージの一覧があります。
1606
1607 \begin_inset Flex URL
1608 status collapsed
1609
1610 \begin_layout Plain Layout
1611
1612 http://cran.r-project.org/web/views/ReproducibleResearch.html
1613 \end_layout
1614
1615 \end_inset
1616
1617 をご覧ください。
1618 \SpecialChar LyX
1619 とSweaveに関する質問は、\SpecialChar LyX
1620 メーリングリスト(
1621 \begin_inset Flex URL
1622 status collapsed
1623
1624 \begin_layout Plain Layout
1625
1626 https://www.lyx.org/MailingLists
1627 \end_layout
1628
1629 \end_inset
1630
1631 )に投稿してください。
1632 さらに多くの\SpecialChar LyX
1633 の用例は、
1634 \begin_inset Flex URL
1635 status collapsed
1636
1637 \begin_layout Plain Layout
1638
1639 https://github.com/yihui/lyx
1640 \end_layout
1641
1642 \end_inset
1643
1644 にあります。
1645
1646 \end_layout
1647
1648 \begin_layout Section
1649 FAQ
1650 \end_layout
1651
1652 \begin_layout Subsection
1653 Sweaveをbeamerで使うにはどうすればよいでしょうか
1654 \end_layout
1655
1656 \begin_layout Standard
1657 beamerのスライドでSweaveを使うと、\SpecialChar LyX
1658 では\SpecialChar LaTeX
1659 エラーが発生します。
1660 その原因は、生のRコードを含むbeamerフレームのせいです。
1661 これを解決するには、通常のフレームの代わりに脆弱フレームを使うか、フレーム表題に
1662 \family sans
1663 挿入\SpecialChar menuseparator
1664 フレームオプション
1665 \family default
1666 を使って、
1667 \family typewriter
1668 fragile
1669 \family default
1670 オプションを渡します。
1671
1672 \end_layout
1673
1674 \begin_layout Subsection
1675 Rnw文書をコンパイルするためのRスクリプトを書いてもいいですか
1676 \end_layout
1677
1678 \begin_layout Standard
1679 もちろんです。
1680 まず、前述のRスクリプト
1681 \family typewriter
1682 $$s
1683 \family sans
1684 /scripts/lyxsweave.R
1685 \family default
1686 がどのように動作するかを理解する必要がありますので、できればそのRソースコードを読むことをお勧めします(特に、Rがパスをどのように取得し、Rnw文書を取り扱うのに
1687 \emph on
1688 Sweave()
1689 \emph default
1690 をどのように使っているかを見てください)。
1691 その後、カスタマイズした
1692 \family sans
1693 lyxsweave.R
1694 \family default
1695 をあなたの
1696 \emph on
1697 ユーザーディレクトリ
1698 \emph default
1699 (ヘルプ\SpecialChar menuseparator
1700 \SpecialChar LyX
1701 についてでチェックできます)の
1702 \family sans
1703 scripts
1704 \family default
1705 ディレクトリ下に置いてください。
1706 \SpecialChar LyX
1707 は自身の
1708 \emph on
1709 ライブラリディレクトリ
1710 \emph default
1711 を見に行く前に
1712 \emph on
1713 ユーザーディレクトリ
1714 \emph default
1715 をチェックしますので、Rスクリプト
1716 \family sans
1717 lyxsweave.R
1718 \family default
1719 がユーザーディレクトリで検出されれば、それが使用されます。
1720 \SpecialChar LyX
1721 ライブラリディレクトリ下にあるスクリプトを直接ハックしてしまうと、\SpecialChar LyX
1722 更新時に修正したスクリプトが上書きされてしまいます(ユーザーディレクトリは影響を受けません)ので、お勧めしません。
1723
1724 \end_layout
1725
1726 \begin_layout Standard
1727 なお、Rの公式Sweaveの他に、Sweaveの代替ツールである
1728 \series bold
1729 knitr
1730 \series default
1731 パッケージもサポートされており、対応するモジュール名は
1732 \family sans
1733 Rnw (knitr)
1734 \family default
1735 となっています。
1736
1737 \end_layout
1738
1739 \end_body
1740 \end_document