lib/examples/ja/Modules/Sweave.lyx

   1 #LyX 2.3 created this file. For more info see http://www.lyx.org/
   2 \lyxformat 544
   3 \begin_document
   4 \begin_header
   5 \save_transient_properties true
   6 \origin /systemlyxdir/examples/ja/
   7 \textclass bxjsarticle
   8 \begin_preamble
   9 %% maxwidth is the original width if it's less than linewidth
  10 %% otherwise use linewidth (to make sure the graphics do not exceed the margin)
  11 \def\maxwidth{%
  12 \ifdim\Gin@nat@width>\linewidth
  13 \linewidth
  14 \else
  15 \Gin@nat@width
  16 \fi
  17 }
  18 \end_preamble
  19 \options nogin
  20 \use_default_options true
  21 \begin_modules
  22 sweave
  23 \end_modules
  24 \maintain_unincluded_children false
  25 \language japanese
  26 \language_package none
  27 \inputencoding utf8-platex
  28 \fontencoding global
  29 \font_roman "palatino" "default"
  30 \font_sans "lmss" "default"
  31 \font_typewriter "lmtt" "default"
  32 \font_math "auto" "auto"
  33 \font_default_family default
  34 \use_non_tex_fonts true
  35 \font_sc false
  36 \font_osf false
  37 \font_sf_scale 100 100
  38 \font_tt_scale 100 100
  39 \use_microtype false
  40 \use_dash_ligatures false
  41 \graphics default
  42 \default_output_format default
  43 \output_sync 0
  44 \bibtex_command default
  45 \index_command default
  46 \paperfontsize default
  47 \spacing single
  48 \use_hyperref false
  49 \papersize default
  50 \use_geometry true
  51 \use_package amsmath 1
  52 \use_package amssymb 1
  53 \use_package cancel 1
  54 \use_package esint 1
  55 \use_package mathdots 1
  56 \use_package mathtools 1
  57 \use_package mhchem 1
  58 \use_package stackrel 1
  59 \use_package stmaryrd 1
  60 \use_package undertilde 1
  61 \cite_engine basic
  62 \cite_engine_type default
  63 \biblio_style plain
  64 \use_bibtopic false
  65 \use_indices false
  66 \paperorientation portrait
  67 \suppress_date false
  68 \justification true
  69 \use_refstyle 0
  70 \use_minted 0
  71 \index Index
  72 \shortcut idx
  73 \color #008000
  74 \end_index
  75 \leftmargin 3cm
  76 \topmargin 3cm
  77 \rightmargin 3cm
  78 \bottommargin 3cm
  79 \secnumdepth 3
  80 \tocdepth 3
  81 \paragraph_separation indent
  82 \paragraph_indentation default
  83 \is_math_indent 0
  84 \math_numbering_side default
  85 \quotes_style english
  86 \dynamic_quotes 0
  87 \papercolumns 1
  88 \papersides 1
  89 \paperpagestyle default
  90 \tracking_changes false
  91 \output_changes false
  92 \html_math_output 0
  93 \html_css_as_file 0
  94 \html_be_strict false
  95 \end_header
  96
  97 \begin_body
  98
  99 \begin_layout Standard
 100 \begin_inset ERT
 101 status open
 102
 103 \begin_layout Plain Layout
 104
 105 %
 106 \backslash
 107 SweaveOpts{prefix=TRUE,prefix.string=sweave-prefix,keep.source=FALSE}
 108 \end_layout
 109
 110 \end_inset
 111
 112
 113 \end_layout
 114
 115 \begin_layout Standard
 116 \begin_inset ERT
 117 status open
 118
 119 \begin_layout Plain Layout
 120
 121 %%
 122 \backslash
 123 maxwidth はプリアンブル中で定義されています。文書設定をご覧ください。
 124 \end_layout
 125
 126 \begin_layout Plain Layout
 127
 128
 129 \backslash
 130 setkeys{Gin}{width=
 131 \backslash
 132 maxwidth}
 133 \end_layout
 134
 135 \end_inset
 136
 137
 138 \end_layout
 139
 140 \begin_layout Title
 141 \SpecialChar LyX
 142 でSweaveを使うには
 143 \end_layout
 144
 145 \begin_layout Author
 146 Yihui Xie
 147 \begin_inset Foot
 148 status collapsed
 149
 150 \begin_layout Plain Layout
 151 アイオワ州立大学統計学部、電子メール:
 152 \begin_inset CommandInset href
 153 LatexCommand href
 154 name "xie@yihui.name"
 155 target "xie@yihui.name"
 156 type "mailto:"
 157 literal "false"
 158
 159 \end_inset
 160
 161
 162 \end_layout
 163
 164 \end_inset
 165
 166
 167 \begin_inset ERT
 168 status collapsed
 169
 170 \begin_layout Plain Layout
 171
 172
 173 \backslash
 174 and
 175 \end_layout
 176
 177 \end_inset
 178
 179  Gregor Gorjanc
 180 \begin_inset ERT
 181 status collapsed
 182
 183 \begin_layout Plain Layout
 184
 185
 186 \backslash
 187 and
 188 \end_layout
 189
 190 \end_inset
 191
 192  Jean-Marc Lasgouttes
 193 \end_layout
 194
 195 \begin_layout Standard
 196 Sweaveは、文芸的プログラミングの考えに従った、動的なレポート生成するための、R言語(
 197 \begin_inset Flex URL
 198 status collapsed
 199
 200 \begin_layout Plain Layout
 201
 202 http://www.r-project.org
 203 \end_layout
 204
 205 \end_inset
 206
 207 )ツールです。Rコードは、\SpecialChar LaTeX
 208 文書の中で混用することができ、文書がコンパイルされるときにRで実行されます。結果は、\SpecialChar TeX
 209 出力内に書きこまれます。
 210 \end_layout
 211
 212 \begin_layout Standard
 213 \SpecialChar LyX
 214  2.0以降では、
 215 \family sans
 216 Sweave
 217 \family default
 218 モジュールを使えば、どの文書クラスでもSweaveをそのまま使うことができます。
 219 \family sans
 220 Sweave
 221 \family default
 222 モジュールを文書に加えるには、
 223 \family sans
 224 文書\SpecialChar menuseparator
 225 設定\SpecialChar menuseparator
 226 モジュール
 227 \family default
 228 を使用します。この説明書では、Sweaveでよく使われる機能をいくつか紹介し、本モジュールがどう動作するかを説明します。この説明書のPDF版は、
 229 \begin_inset Flex URL
 230 status collapsed
 231
 232 \begin_layout Plain Layout
 233
 234 https://github.com/downloads/yihui/lyx/sweave.pdf
 235 \end_layout
 236
 237 \end_inset
 238
 239 にあります。
 240 \end_layout
 241
 242 \begin_layout Section
 243 システム要件
 244 \end_layout
 245
 246 \begin_layout Standard
 247
 248 \family sans
 249 Sweave
 250 \family default
 251 モジュールは、実行ファイル
 252 \family typewriter
 253 Rscript
 254 \family default
 255 に依存しますので、このファイルが、システムの
 256 \family sans
 257 PATH
 258 \family default
 259 変数に含まれるパスになくてはなりません。これは、LinuxやMac OSユーザーには大した問題とならないでしょうが、Windowsユーザーには混乱を招くかもしれ
 260 ません。Windowsにおける
 261 \family sans
 262 PATH
 263 \family default
 264 が何かわからない場合には、R言語のリポジトリ
 265 \begin_inset Flex URL
 266 status collapsed
 267
 268 \begin_layout Plain Layout
 269
 270 https://github.com/yihui/lyx
 271 \end_layout
 272
 273 \end_inset
 274
 275 にあるRスクリプト
 276 \family sans
 277 add-R-path-win.R
 278 \family default
 279 を使って、パスを自動的に変更するか(推奨はできません。何にせよ
 280 \family sans
 281 PATH
 282 \family default
 283 が何かくらいは勉強すべきです)、あるいは
 284 \family sans
 285 ツール\SpecialChar menuseparator
 286 設定\SpecialChar menuseparator
 287 パス\SpecialChar menuseparator
 288 パス接頭辞
 289 \family default
 290 からRのバイナリパスを追加することができます(推奨)。後者の場合、大抵
 291 \family sans
 292 C:
 293 \backslash
 294 Program Files
 295 \backslash
 296 R
 297 \backslash
 298 R-x.x.x
 299 \backslash
 300 bin
 301 \family default
 302 のような形をしており、R内で下記のようにして確認することができます。
 303 \end_layout
 304
 305 \begin_layout Standard
 306 \begin_inset Flex Chunk
 307 status open
 308
 309 \begin_layout Plain Layout
 310
 311 \begin_inset Argument 1
 312 status open
 313
 314 \begin_layout Plain Layout
 315
 316 where-is-R-bin,eval=FALSE
 317 \end_layout
 318
 319 \end_inset
 320
 321
 322 \end_layout
 323
 324 \begin_layout Plain Layout
 325
 326 R.home('bin')
 327 \end_layout
 328
 329 \end_inset
 330
 331
 332 \end_layout
 333
 334 \begin_layout Standard
 335 これらの変更を加えた後、
 336 \family sans
 337 ツール\SpecialChar menuseparator
 338 再初期設定
 339 \family default
 340 を使って、\SpecialChar LyX
 341 の再設定を行う必要があります。
 342 \family typewriter
 343 Rscript
 344 \family default
 345 が
 346 \family sans
 347 PATH
 348 \family default
 349 にない場合、
 350 \family sans
 351 Sweave
 352 \family default
 353 モジュールを使うことはできません。Sweaveの更新は続いていますので、最新版のRを使用することをお勧めします。Rに同梱され、このパス下にある(CTANにはあり
 354 ません)\SpecialChar LaTeX
 355 スタイルファイル
 356 \family sans
 357 Sweave.sty
 358 \family default
 359 によって、下記のように依存関係が追加されます。
 360 \end_layout
 361
 362 \begin_layout Standard
 363 \begin_inset Flex Chunk
 364 status open
 365
 366 \begin_layout Plain Layout
 367
 368 \begin_inset Argument 1
 369 status open
 370
 371 \begin_layout Plain Layout
 372
 373 sweave-sty,eval=FALSE
 374 \end_layout
 375
 376 \end_inset
 377
 378
 379 \end_layout
 380
 381 \begin_layout Plain Layout
 382
 383 file.path(R.home('share'), 'texmf', 'tex', 'latex')
 384 \end_layout
 385
 386 \end_inset
 387
 388
 389 \end_layout
 390
 391 \begin_layout Standard
 392 Mik\SpecialChar TeX
 393 ユーザーは、Mik\SpecialChar TeX
 394 の設定で、Mik\SpecialChar TeX
 395 のルートディレクトリ一覧にtexmfディレクトリも追加したほうが良いかもしれません。また、
 396 \family sans
 397 Sweave.sty
 398 \family default
 399 は
 400 \series bold
 401 fancyvrb
 402 \series default
 403 パッケージに依存しており、
 404 \series bold
 405 ae
 406 \series default
 407 に依存する
 408 \emph on
 409 ことも
 410 \emph default
 411 あります。\SpecialChar LyX
 412 が
 413 \family sans
 414 Sweave.sty
 415 \family default
 416 を検出できないときは、直接Rからコピーしますので、このスタイルファイルがどこにあるかわからない場合でも、Sweaveモジュールは動作します。
 417 \end_layout
 418
 419 \begin_layout Section
 420 Sweaveの用例
 421 \end_layout
 422
 423 \begin_layout Standard
 424 Sweave文書を書く前に、Sweaveオプションを設定しましょう。Sweaveの設定コマンドは
 425 \family typewriter
 426
 427 \backslash
 428 SweaveOpts{}
 429 \family default
 430 ですが、これは、\SpecialChar LyX
 431 文書中で、
 432 \family sans
 433 挿入\SpecialChar menuseparator
 434 任意設定差込枠\SpecialChar menuseparator
 435 Sweaveオプション
 436 \family default
 437 か、\SpecialChar TeX
 438 コードで書く(
 439 \family sans
 440 挿入\SpecialChar menuseparator
 441 \SpecialChar TeX
 442 コード
 443 \family default
 444 )ことで挿入することができます。例えば、文頭で大域オプション
 445 \family typewriter
 446 echo=FALSE
 447 \family default
 448 を設定して、すべてのRコードを抑制することもできます(既定では、Rコードとその出力は、両方とも\SpecialChar LaTeX
 449 文書中に表示されます)。
 450 \end_layout
 451
 452 \begin_layout Standard
 453 \SpecialChar LyX
 454 でRコードを書くには、まずレイアウト様式一覧(ツールバーの左上端のドロップリスト)から、
 455 \family sans
 456 コード組
 457 \family default
 458 環境に変更するか、あるいは、単に\SpecialChar TeX
 459 コード環境を開いて、Sweaveのコード組を書き込んでください。後者の方法の方が安定していますので、そちらをお勧めします。
 460 \end_layout
 461
 462 \begin_layout Standard
 463 例えば
 464 \family typewriter
 465 width
 466 \family default
 467 や
 468 \family typewriter
 469 useFancyQuotes
 470 \family default
 471 のようなRオプションもSweaveの出力に便利です。前者のオプションは、出力の幅を調整するものであり、後者は引用符に関してよく起こる問題を回避することができます
 472 。詳細については、Rに添付のSweave取扱説明書をお読みください。
 473 \end_layout
 474
 475 \begin_layout Standard
 476 \begin_inset Flex Chunk
 477 status open
 478
 479 \begin_layout Plain Layout
 480
 481 \begin_inset Argument 1
 482 status open
 483
 484 \begin_layout Plain Layout
 485
 486 setup, keep.source=TRUE
 487 \end_layout
 488
 489 \end_inset
 490
 491
 492 \end_layout
 493
 494 \begin_layout Plain Layout
 495
 496 ## オプション「digits」は桁数(の概数)を設定できます
 497 \end_layout
 498
 499 \begin_layout Plain Layout
 500
 501 options(width = 70, useFancyQuotes = FALSE, digits = 4)
 502 \end_layout
 503
 504 \end_inset
 505
 506
 507 \end_layout
 508
 509 \begin_layout Standard
 510 \begin_inset Flex Chunk
 511 status open
 512
 513 \begin_layout Plain Layout
 514
 515 \begin_inset Argument 1
 516 status open
 517
 518 \begin_layout Plain Layout
 519
 520 sweave-manual, eval=FALSE, keep.source=TRUE
 521 \end_layout
 522
 523 \end_inset
 524
 525
 526 \end_layout
 527
 528 \begin_layout Plain Layout
 529
 530 ## Sweaveのvignetteを見る (要 R >= 2.13.0)
 531 \end_layout
 532
 533 \begin_layout Plain Layout
 534
 535 vignette("Sweave", package = "utils")
 536 \end_layout
 537
 538 \end_inset
 539
 540 下記は、どのSエンジンでも動作する単純な例です。
 541 \end_layout
 542
 543 \begin_layout Standard
 544 \begin_inset Flex Chunk
 545 status open
 546
 547 \begin_layout Plain Layout
 548
 549 \begin_inset Argument 1
 550 status open
 551
 552 \begin_layout Plain Layout
 553
 554 print-integers, keep.source=TRUE
 555 \end_layout
 556
 557 \end_inset
 558
 559
 560 \end_layout
 561
 562 \begin_layout Plain Layout
 563
 564 ## 1から10までの整数は
 565 \end_layout
 566
 567 \begin_layout Plain Layout
 568
 569 1:10
 570 \end_layout
 571
 572 \end_inset
 573
 574
 575 \end_layout
 576
 577 \begin_layout Standard
 578 \begin_inset Flex Chunk
 579 status open
 580
 581 \begin_layout Plain Layout
 582
 583 \begin_inset Argument 1
 584 status open
 585
 586 \begin_layout Plain Layout
 587
 588 hide-results, results=hide
 589 \end_layout
 590
 591 \end_inset
 592
 593
 594 \end_layout
 595
 596 \begin_layout Plain Layout
 597
 598 ## results=hide を設定して意図的に出力を隠す
 599 \end_layout
 600
 601 \begin_layout Plain Layout
 602
 603 print(1:20)
 604 \end_layout
 605
 606 \end_inset
 607
 608 単純な計算機をエミュレートすることもできます。
 609 \end_layout
 610
 611 \begin_layout Standard
 612 \begin_inset Flex Chunk
 613 status open
 614
 615 \begin_layout Plain Layout
 616
 617 \begin_inset Argument 1
 618 status open
 619
 620 \begin_layout Plain Layout
 621
 622 calculator
 623 \end_layout
 624
 625 \end_inset
 626
 627
 628 \end_layout
 629
 630 \begin_layout Plain Layout
 631
 632 1 + pi
 633 \end_layout
 634
 635 \begin_layout Plain Layout
 636
 637 sin(pi/6)
 638 \end_layout
 639
 640 \end_inset
 641
 642
 643 \end_layout
 644
 645 \begin_layout Standard
 646 今度は、ガウシアンデータを見てみましょう。
 647 \end_layout
 648
 649 \begin_layout Standard
 650 \begin_inset Flex Chunk
 651 status open
 652
 653 \begin_layout Plain Layout
 654
 655 \begin_inset Argument 1
 656 status open
 657
 658 \begin_layout Plain Layout
 659
 660 rnorm
 661 \end_layout
 662
 663 \end_inset
 664
 665
 666 \end_layout
 667
 668 \begin_layout Plain Layout
 669
 670 set.seed(123)  # 再現可能性のため
 671 \end_layout
 672
 673 \begin_layout Plain Layout
 674
 675 x <- rnorm(20)
 676 \end_layout
 677
 678 \begin_layout Plain Layout
 679
 680 print(x)
 681 \end_layout
 682
 683 \begin_layout Plain Layout
 684
 685 t1 <- t.test(x)
 686 \end_layout
 687
 688 \end_inset
 689
 690
 691 \end_layout
 692
 693 \begin_layout Standard
 694 数値を標準テキストに簡単に統合させることができます。これは、
 695 \family typewriter
 696
 697 \backslash
 698 Sexpr{}
 699 \family default
 700 コマンドによって行われ、\SpecialChar LyX
 701 中の対応するメニューは
 702 \family sans
 703 挿入\SpecialChar menuseparator
 704 任意設定差込枠\SpecialChar menuseparator
 705 S/R表現
 706 \family default
 707 ですが、\SpecialChar TeX
 708 コードを使うこともできます。例えば、ベクトル
 709 \family typewriter
 710 x
 711 \family default
 712 の第3要素は、
 713 \begin_inset Flex S/R expression
 714 status collapsed
 715
 716 \begin_layout Plain Layout
 717
 718 x[3]
 719 \end_layout
 720
 721 \end_inset
 722
 723  (すなわち
 724 \family typewriter
 725 x[3]
 726 \family default
 727 )であり、検定の
 728 \begin_inset Formula $p$
 729 \end_inset
 730
 731 値は
 732 \begin_inset Flex S/R expression
 733 status collapsed
 734
 735 \begin_layout Plain Layout
 736
 737 format.pval(t1$p.value)
 738 \end_layout
 739
 740 \end_inset
 741
 742 です。これらの数値は、R中で
 743 \emph on
 744 round()
 745 \emph default
 746 のようなコマンドを使うことによって丸めることもできます。
 747 \end_layout
 748
 749 \begin_layout Standard
 750
 751 \family roman
 752 \series medium
 753 \shape up
 754 \size normal
 755 \emph off
 756 \bar no
 757 \noun off
 758 \color none
 759 今度は、
 760 \family typewriter
 761 \series default
 762 \shape default
 763 \size default
 764 \emph default
 765 \bar default
 766 \noun default
 767 \color inherit
 768 iris
 769 \family roman
 770 \series medium
 771 \shape up
 772 \size normal
 773 \emph off
 774 \bar no
 775 \noun off
 776 \color none
 777 データセットの要約を見てみましょう。
 778 \end_layout
 779
 780 \begin_layout Standard
 781 \begin_inset Flex Chunk
 782 status open
 783
 784 \begin_layout Plain Layout
 785
 786 \begin_inset Argument 1
 787 status open
 788
 789 \begin_layout Plain Layout
 790
 791 iris-summary
 792 \end_layout
 793
 794 \end_inset
 795
 796
 797 \end_layout
 798
 799 \begin_layout Plain Layout
 800
 801 summary(iris[,-5])
 802 \end_layout
 803
 804 \end_inset
 805
 806
 807 \end_layout
 808
 809 \begin_layout Standard
 810 \begin_inset Float table
 811 wide false
 812 sideways false
 813 status open
 814
 815 \begin_layout Plain Layout
 816 \begin_inset Caption Standard
 817
 818 \begin_layout Plain Layout
 819
 820 \family typewriter
 821 iris
 822 \family default
 823 データの最初の4変数の分位数
 824 \begin_inset CommandInset label
 825 LatexCommand label
 826 name "tab:xtable-demo"
 827
 828 \end_inset
 829
 830
 831 \end_layout
 832
 833 \end_inset
 834
 835
 836 \end_layout
 837
 838 \begin_layout Plain Layout
 839 \align center
 840 \begin_inset Flex Chunk
 841 status open
 842
 843 \begin_layout Plain Layout
 844
 845 \begin_inset Argument 1
 846 status open
 847
 848 \begin_layout Plain Layout
 849
 850 xtable-demo,results=tex,echo=FALSE
 851 \end_layout
 852
 853 \end_inset
 854
 855
 856 \end_layout
 857
 858 \begin_layout Plain Layout
 859
 860 if (require('xtable')) {
 861 \end_layout
 862
 863 \begin_layout Plain Layout
 864
 865 print(xtable(sapply(iris[,-5], quantile)), floating=FALSE)
 866 \end_layout
 867
 868 \begin_layout Plain Layout
 869
 870 } else cat('the xtable package is not available! please install.packages("xtable"
 871 )')
 872 \end_layout
 873
 874 \end_inset
 875
 876
 877 \end_layout
 878
 879 \end_inset
 880
 881
 882 \end_layout
 883
 884 \begin_layout Standard
 885 通常、人々はこのような「生の」出力を好みませんので、これらのごちゃごちゃした数字を、
 886 \series bold
 887 xtable
 888 \series default
 889 パッケージを使って綺麗にしてやるといいでしょう。表
 890 \begin_inset CommandInset ref
 891 LatexCommand ref
 892 reference "tab:xtable-demo"
 893
 894 \end_inset
 895
 896 は、Sweaveでの
 897 \series bold
 898 xtable
 899 \series default
 900 パッケージの使い方を示すための例です。コード組のオプション
 901 \family typewriter
 902 results=tex
 903 \family default
 904 は、R出力が、特別な環境(
 905 \family typewriter
 906 Soutput
 907 \family default
 908 )で包まれるのではなく、生の\SpecialChar LaTeX
 909 コードとして書き出されるように保証するためのものです。
 910 \end_layout
 911
 912 \begin_layout Standard
 913 図
 914 \begin_inset CommandInset ref
 915 LatexCommand ref
 916 reference "fig:iris-pairs"
 917
 918 \end_inset
 919
 920 と図
 921 \begin_inset CommandInset ref
 922 LatexCommand ref
 923 reference "fig:iris-boxplots"
 924
 925 \end_inset
 926
 927 は、Sweaveを使って画像を生成する簡単な例です。
 928 \end_layout
 929
 930 \begin_layout Standard
 931 \begin_inset Float figure
 932 wide false
 933 sideways false
 934 status open
 935
 936 \begin_layout Plain Layout
 937 \align center
 938 \begin_inset Note Note
 939 status open
 940
 941 \begin_layout Plain Layout
 942 epsとpdfの両方をtrueにして、latexとpdflatexの両方を動作するようにすることができます。実際には、おそらく一つを選ぶだけでよいでしょう。
 943 \end_layout
 944
 945 \end_inset
 946
 947
 948 \begin_inset Flex Chunk
 949 status open
 950
 951 \begin_layout Plain Layout
 952
 953 \begin_inset Argument 1
 954 status open
 955
 956 \begin_layout Plain Layout
 957
 958 iris-pairs,fig=TRUE,width=4.5,height=4.5,eps=TRUE,pdf=TRUE
 959 \end_layout
 960
 961 \end_inset
 962
 963
 964 \end_layout
 965
 966 \begin_layout Plain Layout
 967
 968 pairs(iris, col = iris$Species)
 969 \end_layout
 970
 971 \end_inset
 972
 973
 974 \end_layout
 975
 976 \begin_layout Plain Layout
 977 \begin_inset Caption Standard
 978
 979 \begin_layout Plain Layout
 980
 981 \family typewriter
 982 iris
 983 \family default
 984 データの散布図マトリックス
 985 \begin_inset CommandInset label
 986 LatexCommand label
 987 name "fig:iris-pairs"
 988
 989 \end_inset
 990
 991
 992 \end_layout
 993
 994 \end_inset
 995
 996
 997 \end_layout
 998
 999 \end_inset
1000
1001
1002 \end_layout
1003
1004 \begin_layout Standard
1005 \begin_inset Float figure
1006 wide false
1007 sideways false
1008 status open
1009
1010 \begin_layout Plain Layout
1011 \align center
1012 \begin_inset Flex Chunk
1013 status open
1014
1015 \begin_layout Plain Layout
1016
1017 \begin_inset Argument 1
1018 status open
1019
1020 \begin_layout Plain Layout
1021
1022 iris-boxplots,fig=TRUE,width=7,height=2,keep.source=F,eps=T,pdf=T
1023 \end_layout
1024
1025 \end_inset
1026
1027
1028 \end_layout
1029
1030 \begin_layout Plain Layout
1031
1032 par(mar=c(4,5,.1,.3), las=1)
1033 \end_layout
1034
1035 \begin_layout Plain Layout
1036
1037 boxplot(Sepal.Length~Species,data=iris,horizontal=TRUE,xlab='Sepal.Length')
1038 \end_layout
1039
1040 \end_inset
1041
1042
1043 \end_layout
1044
1045 \begin_layout Plain Layout
1046 \begin_inset Caption Standard
1047
1048 \begin_layout Plain Layout
1049 種でグループ化された萼片の長さのボックスプロット
1050 \begin_inset CommandInset label
1051 LatexCommand label
1052 name "fig:iris-boxplots"
1053
1054 \end_inset
1055
1056
1057 \end_layout
1058
1059 \end_inset
1060
1061
1062 \end_layout
1063
1064 \end_inset
1065
1066
1067 \end_layout
1068
1069 \begin_layout Standard
1070 Sweave文書中のRコードは、単一のRスクリプトとして書きだすことができますが、これは
1071 \family typewriter
1072 R CMD Stangle
1073 \family default
1074 を使って行われます。
1075 \end_layout
1076
1077 \begin_layout Section
1078
1079 \family sans
1080 Sweave
1081 \family default
1082 モジュール
1083 \end_layout
1084
1085 \begin_layout Standard
1086
1087 \family sans
1088 Sweave
1089 \family default
1090 モジュールは、\SpecialChar LyX
1091 文書が、Rを使った文芸的プログラミングのコンポーネントを含んでいることを宣言しますので、\SpecialChar LyX
1092 は、そのような文書を取り扱う特定の変換子を使って処理します
1093 (取扱説明書カスタマイズ篇参照)。
1094 \family sans
1095 Sweave
1096 \family default
1097 モジュールは、
1098 \family sans
1099 sweave
1100 \family default
1101 変換子を使用しますが、これは、\SpecialChar LyX
1102 の
1103 \family sans
1104 scripts
1105 \family default
1106 ディレクトリ下にあるRスクリプト
1107 \family sans
1108 lyxsweave.R
1109 \family default
1110 が本体になっています。このスクリプトは、\SpecialChar LyX
1111 から
1112 \family sans
1113 Rnw
1114 \family default
1115 文書を受け取り、これを\SpecialChar TeX
1116 文書に変換するためにSweaveを呼び出します。その後の作業は、\SpecialChar LyX
1117 が面倒を見ます。
1118 \end_layout
1119
1120 \begin_layout Standard
1121
1122 \family sans
1123 sweave
1124 \family default
1125 形式から\SpecialChar LaTeX
1126 への変換子は、下記のコマンド行でRを呼び出します。
1127 \end_layout
1128
1129 \begin_layout Standard
1130 \begin_inset ERT
1131 status open
1132
1133 \begin_layout Plain Layout
1134
1135
1136 \backslash
1137 begin{verbatim}
1138 \end_layout
1139
1140 \begin_layout Plain Layout
1141
1142 Rscript --no-save --no-restore $$s/scripts/lyxsweave.R $$p$$i $$p$$o $$e
1143  $$r
1144 \end_layout
1145
1146 \begin_layout Plain Layout
1147
1148
1149 \backslash
1150 end{verbatim}
1151 \end_layout
1152
1153 \end_inset
1154
1155
1156 \end_layout
1157
1158 \begin_layout Standard
1159 \SpecialChar LyX
1160 ライブラリディレクトリ
1161 \family typewriter
1162 $$s
1163 \family default
1164 は、
1165 \family sans
1166 ヘルプ\SpecialChar menuseparator
1167 \SpecialChar LyX
1168 について
1169 \family default
1170 メニューに記載があります。他にRに渡すことのできるオプションは、Rスクリプト中で説明されており、また、\SpecialChar LyX
1171 取扱説明書カスタマイズ篇には、
1172 \family typewriter
1173 $$i
1174 \family default
1175 ・
1176 \family typewriter
1177 $$o
1178 \family default
1179 ・
1180 \family typewriter
1181 $$e
1182 \family default
1183 ・
1184 \family typewriter
1185 $$r
1186 \family default
1187 についての詳しい説明があります。一般ユーザーは、これらの意味について詳しく知る必要はありませんが、ここでは、Rコードにまつわる若干の問題について説明しておく必要
1188 があります。
1189 \end_layout
1190
1191 \begin_layout Enumerate
1192 \SpecialChar LyX
1193 文書のエンコーディングを表す文字列は、Rにコマンドラインオプションとして渡されます。取り得る値は、
1194 \family typewriter
1195 ISO-8859-15
1196 \family default
1197 や
1198 \family typewriter
1199 UTF-8
1200 \family default
1201 などです。エンコーディングは、Rが
1202 \family sans
1203 Rnw
1204 \family default
1205 文書を正しく読むのに使用されます。
1206 \end_layout
1207
1208 \begin_layout Enumerate
1209 Sweave文書内のRコード組は、\SpecialChar LyX
1210 文書のあるディレクトリで実行されます(自信のない場合は、現在の作業ディレクトリがどこかを見るために、コード組に
1211 \family typewriter
1212 getwd()
1213 \family default
1214 を置いてください)。この場合、データファイルは同じディレクトリ下に置くことができ、再現可能性を保証するために、R内部では相対パスを使用してください。すなわち、他
1215 のシステムでは存在しないかもしれない、ハードコードのパスを書く必要はありません。
1216 \end_layout
1217
1218 \begin_layout Enumerate
1219 \SpecialChar LaTeX
1220 が
1221 \family sans
1222 Sweave.sty
1223 \family default
1224 を検出できないと、このRスクリプトが自動的に
1225 \family sans
1226 Sweave.sty
1227 \family default
1228 を一時ディレクトリにコピーし、そこで\SpecialChar LaTeX
1229 コンパイルを実行します。
1230 \end_layout
1231
1232 \begin_layout Enumerate
1233 Sweaveは、既定でRnwファイルのファイル名を、画像出力の接頭辞文字列として使用します。既知の問題の1つ(
1234 \begin_inset CommandInset href
1235 LatexCommand href
1236 name "#7551"
1237 target "https://www.lyx.org/trac/ticket/7551"
1238 literal "false"
1239
1240 \end_inset
1241
1242 )として、ファイル名(拡張子を除く)にピリオドが含まれている場合、\SpecialChar LaTeX
1243 がそのファイルを
1244 \family typewriter
1245
1246 \backslash
1247 includegraphics{}
1248 \family default
1249 で処理する際に失敗しうるということが知られています。したがって、接頭辞の既定値は、すべてのピリオドを「-」で置換したファイル名にしてあります。この問題は、Swe
1250 aveで直接的に解決することもができます。Sweaveオプションの
1251 \family typewriter
1252 prefix.string
1253 \family default
1254 を、ピリオドを含まない文字列に設定すると、このオプションが既定値を上書きします。
1255 \end_layout
1256
1257 \begin_layout Standard
1258 Sweaveパッケージには、事前に
1259 \family typewriter
1260 noae
1261 \family default
1262 オプションが設定されています。このオプションは、Sweaveが下記の2つのパッケージを読み込んでしまうのを防ぎます。
1263 \end_layout
1264
1265 \begin_layout Standard
1266 \begin_inset ERT
1267 status open
1268
1269 \begin_layout Plain Layout
1270
1271
1272 \backslash
1273 begin{verbatim}
1274 \end_layout
1275
1276 \begin_layout Plain Layout
1277
1278
1279 \backslash
1280 RequirePackage[T1]{fontenc}
1281 \end_layout
1282
1283 \begin_layout Plain Layout
1284
1285
1286 \backslash
1287 RequirePackage{ae}
1288 \end_layout
1289
1290 \begin_layout Plain Layout
1291
1292
1293 \backslash
1294 end{verbatim}
1295 \end_layout
1296
1297 \end_inset
1298
1299
1300 \end_layout
1301
1302 \begin_layout Standard
1303 \SpecialChar LyX
1304 は、既定でフォントエンコーディングを取り扱うことができるので、Sweaveにこれをやってもらう必要はないのです(その上、これはパッケージオプションの衝突をもたら
1305 す可能性があります)。一方、ユーザーは、必要ならばプリアンブルで
1306 \series bold
1307 ae
1308 \series default
1309 パッケージを手動で読み込ませることができます。
1310 \end_layout
1311
1312 \begin_layout Section
1313 問題の解決法
1314 \end_layout
1315
1316 \begin_layout Standard
1317 \SpecialChar LyX
1318  2.0以降、コンパイル中の詳細な情報を、
1319 \family sans
1320 表示\SpecialChar menuseparator
1321 メッセージを表示
1322 \family default
1323 で見ることができるようになりました。これは、問題の解決に非常に役に立ちます。Rの処理は、メッセージパネルに表示され、エラーが発生した場合には、どのコード組がおか
1324 しいのか知ることができます。例えば、この文書をコンパイルする時、以下のようなメッセージを見ることができるでしょう。
1325 \end_layout
1326
1327 \begin_layout Standard
1328 \begin_inset ERT
1329 status open
1330
1331 \begin_layout Plain Layout
1332
1333
1334 \backslash
1335 begin{verbatim}
1336 \end_layout
1337
1338 \begin_layout Plain Layout
1339
1340 17:58:47.868: Processing code chunks with options ...
1341 \end_layout
1342
1343 \begin_layout Plain Layout
1344
1345 17:58:47.885:  1 : echo keep.source term verbatim (label=setup)
1346 \end_layout
1347
1348 \begin_layout Plain Layout
1349
1350 17:58:47.889:  2 : echo keep.source (label=sweave-manual)
1351 \end_layout
1352
1353 \begin_layout Plain Layout
1354
1355 17:58:47.908:  3 : echo keep.source term verbatim (label=print-integers)
1356 \end_layout
1357
1358 \begin_layout Plain Layout
1359
1360 ....
1361 \end_layout
1362
1363 \begin_layout Plain Layout
1364
1365 17:58:47.941: Loading required package: xtable
1366 \end_layout
1367
1368 \begin_layout Plain Layout
1369
1370 17:58:47.976:  9 : echo term verbatim pdf (label=iris-pairs)
1371 \end_layout
1372
1373 \begin_layout Plain Layout
1374
1375 ....
1376 \end_layout
1377
1378 \begin_layout Plain Layout
1379
1380 17:58:48.116: You can now run (pdf)latex on 'sweave.tex'
1381 \end_layout
1382
1383 \begin_layout Plain Layout
1384
1385
1386 \backslash
1387 end{verbatim}
1388 \end_layout
1389
1390 \end_inset
1391
1392
1393 \end_layout
1394
1395 \begin_layout Standard
1396
1397 \family typewriter
1398 label=
1399 \family default
1400 の後の文字列が、コード組のラベルを示します。コード組のどれかがRでエラーを起こせば、即座にここにエラーメッセージを見ることができます。
1401 \end_layout
1402
1403 \begin_layout Standard
1404 もうひとつ知られている問題点は、\SpecialChar LyX
1405 中でコード組段落の配置に(
1406 \family sans
1407 段落設定
1408 \family default
1409 を使用して)手を加えた場合、\SpecialChar LyX
1410 は、改行しないでコード組の前に
1411 \family typewriter
1412
1413 \backslash
1414 centering{}
1415 \family default
1416 のようなマクロを書き加えてしまうことがあるので、Sweaveコード組がエラーを起こす場合があるという事です。この場合のコード組は、下記のようになってしまいます。
1417 \end_layout
1418
1419 \begin_layout Standard
1420 \begin_inset ERT
1421 status open
1422
1423 \begin_layout Plain Layout
1424
1425
1426 \backslash
1427 begin{verbatim}
1428 \end_layout
1429
1430 \begin_layout Plain Layout
1431
1432
1433 \backslash
1434 centering{}<<xtable-demo,results=tex,echo=FALSE>>=
1435 \end_layout
1436
1437 \begin_layout Plain Layout
1438
1439
1440 \backslash
1441 end{verbatim}
1442 \end_layout
1443
1444 \end_inset
1445
1446
1447 \end_layout
1448
1449 \begin_layout Standard
1450
1451 \family typewriter
1452 <<>>=
1453 \family default
1454 は行頭すぐに置かれなくてはならないため、これは正しいSweaveコードではありません。したがって、コード組段落の配置に手を加える場合には、
1455 \family sans
1456 表示\SpecialChar menuseparator
1457 ソースを表示
1458 \family default
1459 で、実際のソースコードを再確認し、
1460 \family typewriter
1461 <<>>=
1462 \family default
1463 が改行後に現れるようにすることをお勧めします。表
1464 \begin_inset CommandInset ref
1465 LatexCommand ref
1466 reference "tab:xtable-demo"
1467
1468 \end_inset
1469
1470 のコード組に手動で空行が追加されているのは、このためです。
1471 \end_layout
1472
1473 \begin_layout Section
1474 リソース
1475 \end_layout
1476
1477 \begin_layout Standard
1478 Sweaveの利用者の手引きは
1479 \begin_inset Flex URL
1480 status collapsed
1481
1482 \begin_layout Plain Layout
1483
1484 https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/doc/Sweave.pdf
1485 \end_layout
1486
1487 \end_inset
1488
1489 にあります。「Reproducible Research」にあるCRANタスクビューには、便利と思われるSweave関連パッケージの一覧があります。
1490 \begin_inset Flex URL
1491 status collapsed
1492
1493 \begin_layout Plain Layout
1494
1495 http://cran.r-project.org/web/views/ReproducibleResearch.html
1496 \end_layout
1497
1498 \end_inset
1499
1500 をご覧ください。\SpecialChar LyX
1501 とSweaveに関する質問は、\SpecialChar LyX
1502 メーリングリスト(
1503 \begin_inset Flex URL
1504 status collapsed
1505
1506 \begin_layout Plain Layout
1507
1508 https://www.lyx.org/MailingLists
1509 \end_layout
1510
1511 \end_inset
1512
1513 )に投稿してください。さらに多くの\SpecialChar LyX
1514 の用例は、
1515 \begin_inset Flex URL
1516 status collapsed
1517
1518 \begin_layout Plain Layout
1519
1520 https://github.com/yihui/lyx
1521 \end_layout
1522
1523 \end_inset
1524
1525 にあります。
1526 \end_layout
1527
1528 \begin_layout Section
1529 FAQ
1530 \end_layout
1531
1532 \begin_layout Subsection
1533 Sweaveをbeamerで使うにはどうすればよいでしょうか
1534 \end_layout
1535
1536 \begin_layout Standard
1537 beamerのスライドでSweaveを使うと、\SpecialChar LyX
1538 では\SpecialChar LaTeX
1539 エラーが発生します。その原因は、生のRコードを含むbeamerフレームのせいです。これを解決するには、通常のフ
1540 レームの代わりに脆弱フレームを使うか、フレーム表題に
1541 \family sans
1542 挿入\SpecialChar menuseparator
1543 フレームオプション
1544 \family default
1545 を使って、
1546 \family typewriter
1547 fragile
1548 \family default
1549 オプションを渡します。
1550 \end_layout
1551
1552 \begin_layout Subsection
1553 Rnw文書をコンパイルするためのRスクリプトを書いてもいいですか
1554 \end_layout
1555
1556 \begin_layout Standard
1557 もちろんです。まず、前述のRスクリプト
1558 \family typewriter
1559 $$s
1560 \family sans
1561 /scripts/lyxsweave.R
1562 \family default
1563 がどのように動作するかを理解する必要がありますので、できればそのRソースコードを読むことをお勧めします(特に、Rがパスをどのように取得し、Rnw文書を取り扱うの
1564 に
1565 \emph on
1566 Sweave()
1567 \emph default
1568 をどのように使っているかを見てください)。その後、カスタマイズした
1569 \family sans
1570 lyxsweave.R
1571 \family default
1572 をあなたの
1573 \emph on
1574 ユーザーディレクトリ
1575 \emph default
1576 (ヘルプ\SpecialChar menuseparator
1577 \SpecialChar LyX
1578 についてでチェックできます)の
1579 \family sans
1580 scripts
1581 \family default
1582 ディレクトリ下に置いてください。\SpecialChar LyX
1583 は自身の
1584 \emph on
1585 ライブラリディレクトリ
1586 \emph default
1587 を見に行く前に
1588 \emph on
1589 ユーザーディレクトリ
1590 \emph default
1591 をチェックしますので、Rスクリプト
1592 \family sans
1593 lyxsweave.R
1594 \family default
1595 がユーザーディレクトリで検出されれば、それが使用されます。\SpecialChar LyX
1596 ライブラリディレクトリ下にあるスクリプトを直接ハックしてしまうと、\SpecialChar LyX
1597 更新時に修正したスクリプトが上書きさ
1598 れてしまいます(ユーザーディレクトリは影響を受けません)ので、お勧めしません。
1599 \end_layout
1600
1601 \begin_layout Standard
1602 なお、Rの公式Sweaveの他に、Sweaveの代替ツールである
1603 \series bold
1604 knitr
1605 \series default
1606 パッケージもサポートされており、対応するモジュール名は
1607 \family sans
1608 Rnw (knitr)
1609 \family default
1610 となっています。
1611 \end_layout
1612
1613 \end_body
1614 \end_document